基于生物信息学分析肺腺癌中铜死亡CDKN2A基因及潜在中药预测

目的运用生物信息学分析铜死亡CDKN2A基因在肺腺癌中的表达水平、预后价值、免疫细胞浸润、相关基因筛选、功能富集分析及潜在中药预测,以期为临床治疗提供参考。方法使用GEPIA2和UALCAN,研究CDKN2A在肺腺癌患者中的表达情况,研究它与患者的年龄、性别和种族等之间存在的相关性;使用KM-plotter来评估预后价值;使用TIMER 2.0进行免疫浸润相关性分析;利用LinkedOmics数据库筛选相关基因,进行功能富集分析;利用COREMINE数据库进行中药预测,TCMSP数据库、HERB数据库及Swiss ADME平台筛选出上述中药有效活性成分,Cytoscape软件绘制“中药-活性成分”网络图。结果按照P<0.05检验水平,CDKN2A在肺腺癌组织中显著高表达,与患者吸烟、种族、TP53突变有关,与年龄、性别、肿瘤分级、肿瘤分期无关。CDKN2A高表达患者预后差(HR=1.73;P=0.00024)。CDKN2A与多种免疫细胞浸润相关。基因本体(gene ontology,GO)富集分析显示正相关基因主要参与细胞周期、ncRNA 3′-末端处理、核酸磷酸二酯键水解过程,表达于含细胞蛋白复合物、染色体组织,基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析显示正相关基因参与细胞周期与DNA复制过程。预测出虎刺、蜂房、兰花根(春兰根)等9味中药,其四气以温、平为主,五味以甘、辛、苦为主,归经主要归肝、肺、脾经,有效活性成分有73种。结论CDKN2A在肺腺癌组织中显著高表达,高表达患者预后差。虎刺、蜂房、兰花根等9味中药可能是治疗CDKN2A基因突变的肺腺癌患者的潜在药物。

CDKN2A与胶质瘤相关性的研究进展

胶质瘤是最常见的颅内原发性恶性肿瘤,恶性程度高、治疗效果差,具有高致残率、高复发率等特点。细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)作为一种抑癌基因在多种肿瘤发生发展过程中发挥重要作用,通过对胶质瘤的遗传和表观遗传分析发现,CDKN2A在胶质瘤中对基因改变、信号通路的改变产生重要影响,并且CDKN2A与胶质瘤的发病机制、分子诊断、恶性程度及患者预后密切相关。因此探讨CDKN2A与胶质瘤的相关性就显得尤为重要。本文就CDKN2A与胶质瘤发生发展的相关性展开综述。

IDH突变型低级别星形细胞瘤p16蛋白表达与CDKN2A基因缺失状况的相关性

目的:以异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)突变型星形细胞瘤为研究对象,探讨利用p16蛋白免疫标记替代CDKN2A基因纯合性缺失检测的可行性。方法:收集我院既往组织学诊断为低级别星形细胞瘤(WHO 2级)且伴有IDH突变的胶质瘤42例,通过免疫组化方法检测肿瘤组织中p16蛋白表达,分别依据其胞核或胞浆阳性表达率将肿瘤分为阴性(阳性率0%)、低表达(0%<阳性率≤10%)、中表达(10%<阳性率≤25%)、高表达(25%<阳性率≤50%)及过表达(阳性率>50%)5个组别;利用FISH方法检测肿瘤CDKN2A基因纯合性缺失与杂合性缺失状况;采用Fisher精确检验评价p16蛋白表达水平与CDKN2A基因缺失间的相关性。结果:胞核p16蛋白表达水平与CDKN2A基因纯合性缺失间存在显著相关(P<0.001)。阴性组(4/4,100%)均检测到CDKN2A纯合性缺失,中、高及过表达组(22/22,100%)均未检测到CDKN2A纯合性缺失。低表达组与CDKN2A纯合性缺失间缺乏明确对应关系,其中3例(3/16,18.75%)检出纯合性缺失,13例(13/16,81.25%)未检出纯合性缺失。胞核p16蛋白表达水平与CDKN2A杂合性缺失无相关(P=0.228)。胞质p16蛋白表达水平与CDKN2A纯合性(P=0.086)或杂合性(P=0.884)缺失均无相关。结论:IDH突变且组织学呈低级别的星形细胞瘤中,胞核p16蛋白阴性(阳性率0%)或中等及以上表达(阳性率>10%)分别提示存在或不存在CDKN2A纯合性缺失。在上述区间p16蛋白与CDKN2A纯合性缺失间存在良好匹配关系,可用于协助病理诊断与分级。胞核p16蛋白低表达(0%<表达率≤10%)则不能预测CDKN2A纯合性缺失状态,此时仍需进行CDKN2A基因层面检测。

CDKN2A/B在原发性中枢神经系统肿瘤中的研究进展

原发性中枢神经系统肿瘤具有较高的致残率和病死率。WHO(2021)中枢神经系统肿瘤分类将CDKN2A/B纳入分级诊断依据。为进一步准确理解CDKN2A/B在WHO(2021)肿瘤分类中的作用,该文就CDKN2A/B的结构特征、生物学作用、在胶质瘤和脑膜瘤中的研究进展等方面进行综述。

基于数据分析CDKN2A基因在软组织肉瘤中的表达和意义

目的:分析挖掘CDKN2A基因与软组织肉瘤之间的关系。方法:利用GEPIA数据库、UALCAN数据库及String数据库中的数据资料,分析比较CDKN2A基因在软组织肉瘤中的表达及与临床生存期及相关上下游蛋白的关系。结果:CDKN2A基因在软组织肉瘤组织中高度表达,但其表达与临床预后无统计学差异,仅仅表现出相关性趋势。与CDKN2A基因关系紧密的上下游基因蛋白有11个,相互作用关系较为复杂。结论:CDKN2A基因表达与软组织肉瘤高度相关,并且在软组织肉瘤中参与多条细胞信号通路,所起的作用非常复杂,可作为研究软组织肉瘤病因及治疗的切入点。

CDKN2A基因在肺癌中的表达、功能富集和信号通路及其与患者预后关系

探寻CDKN2A基因在肺癌中的可能生物学功能及与肺癌人群的生存关系。方法 相关数据库检索探寻CDKN2A基因表达情况及其与肺癌人群的预后相关性;采用GO和KEEG数据库对CDKN2A在体内的生物学效应进行汇集,并建立相关蛋白作用关系网络。生存数据库中评价CDKN2A基因表达与肺癌人群的生存关系。结果 CDKN2A在膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌及肺癌(鳞癌、腺癌)组织中呈现高表达(P<0.05);在肺腺癌和鳞癌组织中高表达(P<0.05)CDKN2A富集于细胞周期蛋白依赖性蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂活性等生物学功能;CDKN2A基因涉及癌症等相关信号通路;预后分析,CDKN2A基因高表达患者OS(HR=1.30, 95%CI:1.15-1.46, P<0.05)和PFS有关(HR=1.28,95%CI:1.04-1.58 P>0.05),CDKN2A基因高表达肺癌患者OS和PFS均降低。结论 CDKN2A基因在肺癌中高表达,并参与肿瘤发生发展的重要环节,其高表达与肺癌患者的预后不良有关。

APC和CDKN2A基因甲基化定量分析对肝细胞癌的诊断价值

目的:系统分析基因甲基化在肝癌发生中涉及的分子途径,从中选取代表性基因进一步分析其甲基化在细胞癌变过程中的生物学及临床意义.方法:对10年间关于肝癌基因甲基化相关文献进行数据发掘与功能分类,在其中2个与肝癌发生相关的生物途径中选取APC和CDKN2A基因,采用实时定量甲基化特异性PCR技术对46例成对肝癌与癌旁组织中基因的甲基化水平进行定量分析并评估其诊断价值.结果:生物信息学分析显示肝癌中发生甲基化的基因主要涉及Wnt/β-catenin、p16及p533个主要分子途径;甲基化分析表明CDKN2A基因在肝癌组织中甲基化水平极显著高于癌旁组织(P<0.0001),并且癌组织中甲基化程度在高龄患者中较高(P=0.0027);ROC曲线分析表明通过CDKN2A甲基化定量分析能够高效区分癌与非癌组织(AUC=0.8526).APC基因在癌与癌旁间总体甲基化水平无显著性差异(P=0.0656).结论:CDKN2A基因甲基化水平的升高在肝细胞癌变过程中可能具有重要作用,其甲基化水平的升高可作为一种鉴别癌与非癌组织的分子标志物.CDKN2A甲基化模式的特异性使其在肝癌早期筛查和诊断中具有一定的临床应用价值.

葡萄胎中CDKN2A基因纯合性缺失和突变的研究

目的:探讨细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A基因,包括p16INK4a和p14ARF基因)外显子1、2的纯合性缺失和突变情况与葡萄胎发生的关系。方法:对38例葡萄胎和30例早孕绒毛的新鲜组织标本进行基因组DNA抽提、PCR扩增,而后应用变性高效液相色谱分析(DHPLC)的方法对扩增产物进行突变检测。结果:1)38例葡萄胎组织样本中,5例发生p16INK4a基因外显子1的纯合性缺失,其纯合性缺失率为13.16%;而30例早孕绒毛组织标本中,未发现p16INK4a基因外显子1的纯合性缺失。p16INK4a外显子1的纯合性缺失率在早孕绒毛组织和葡萄胎组织中差异具有统计学意义(P=0.036);2)38例葡萄胎组织样本和30例早孕绒毛组织样本中,无一例发生p14ARF基因外显子1和p16INK4a外显子2的纯合性缺失;3)经DHPLC检测,38例葡萄胎组织样本和30例早孕绒毛组织样本中,p16INK4a基因外显子1、2和p14ARF基因外显子1扩增产物的所有谱图均为单一峰型,未检测到任何位点的突变发生。结论:p16INK4a基因外显子1的纯合性缺失与葡萄胎的发生具有一定的相关性;在葡萄胎中,CDKN2A基因的遗传变异主要是由于此基因的纯合性缺失造成的,突变可能不是此基因变异的主要形式。

CDKN2A基因突变与晚期非小细胞肺癌患者临床病理特征及预后的相关性分析

目的:评估细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)突变与晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者的临床病理特征和预后的关系。方法:采用第二代测序技术筛选肿瘤标本中的CDKN2A基因突变。卡方检验分析CDKN2A基因突变与晚期NSCLC临床病理特征之间的相关性。Logistic回归分析CDKN2A基因突变与临床一线治疗评效之间的相关性。Kaplan-Meier曲线和COX模型评估患者生存。结果:NSCLC患者CDKN2A基因突变率为3.81%(8/210)。CDKN2A基因突变在鳞状细胞癌患者中更常见(P=0.005)。多数CDKN2A基因突变型患者一线治疗评效是疾病进展(PD),而野生型患者多为疾病控制(DCR)(P=0.012)。CDKN2A基因突变型患者的中位生存时间(OS)明显短于野生型患者(19.1 vs 42.8个月,P=0.010),并且突变型患者的无进展生存时间(PFS)也明显缩短(3.5 vs 9.7个月,P=0.001)。多因素分析显示CDKN2A基因突变、T_4期、淋巴结转移和ECOG高评分是影响晚期NSCLC患者生存的独立危险因素。结论:CDKN2A基因突变对晚期NSCLC患者的临床病理特征和预后有重要影响。CDKN2A基因突变患者的生存期明显缩短。

糖尿病肾病不同中医辨证分型患者中CDKN2A,CDKN2B,IGF2BP2和CDKAL1基因表达研究

目的:研究糖尿病肾病不同中医辨证分型的患者中CDKN2A,CDKN2B,IGF2BP2和CD-KAL1基因的表达量。方法:提取血液样本中的mRNA,并以此为模板进行反转录得到cDNA,以Real-Time PCR方法测定目的基因的表达量。结果:建立了这4个基因的定量方法,测定了50例正常人和53例糖尿病肾病患者中的基因表达量。结论:本研究在糖尿病肾病不同中医辨证分型的患者中测定了4个基因的表达量水平,对这些基因的表达量与糖尿病肾病中医辨证分型的关系进行了研究,为糖尿病肾病中医的临床诊断提供了量化指标,并同时指出基因研究对于中医中药的临床诊断和治疗具有深远的意义。

接触低浓度苯系物工人血细胞计数和血浆中P16/CDKN2A蛋白含量的变化及其意义

目的:探讨在低于职业接触限值情况下,长期接触苯系物对工人血细胞计数和血浆中P16/CDKN2A蛋白含量的影响情况,为更好地进行苯系物污染的监测和监督工作提供理论基础。方法:选择深圳市某印刷企业从事印刷作业工龄超过2年的50名工人作为接触组,选择该企业不接触苯系物的50名行政和后勤工作人员作为对照组。对2组人员进行血常规检测;ELISA法检测接触组和对照组人员血浆中P16/CDKN2A蛋白含量;同时测定接触组工作环境中苯系物的浓度。结果:接触组和对照组工作环境中苯系物浓度均低于职业接触限值;接触组和对照组工人白细胞计数、红细胞计数、血红蛋白含量和血小板计数均在正常范围内,2组比较差异无统计学意义(P>0.05);接触组工人血浆P16/CDKN2A蛋白含量均值低于对照组,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:在低于职业接触限制情况下,长期接触低浓度苯系物对工人血细胞计数和血浆中P16/CDKN2A蛋白含量无明显影响。

妊娠糖尿病患者血糖、血脂水平与CDKN2A/2B基因多态性的相关性

目的探讨妊娠糖尿病患者血糖、血脂水平与CDKN2A/2B基因多态性的相关性。方法选取2015年1月至2017年1月我院内分泌科、产科收治的妊娠期糖尿病患者120例(GDM组),同时选取同期在我院产科门诊检查糖耐量试验正常的孕妇120例作为对照。检测两组孕妇CDKN2A/2B基因多态性,并对妊娠期糖尿病患者血糖、血脂水平与CDKN2A/2B基因多态性的相关性进行分析。结果妊娠期糖尿病患者TT、TC基因型的总胆固醇(TC)、空腹血糖(FBG)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白(LDL)高于CC基因型,差异有统计学意义(P<0.05);TT、TC基因型的高密度脂蛋白(HDL)低于CC基因型,差异有统计学意义(P<0.05);两组孕妇CDKN2A/2B基因TT、TC、CC 3种基因型分布差异有统计学意义(P<0.05);GDM组危险等位基因T分布频率显著高于健康对照组(P <0.05)。结论 CDKN2A/2B基因可能是妊娠糖尿病的易感基因之一,TC、TG、LDL、HDL、FBG与CDKN2A/2B基因多态性具有相关性。

胃癌组织CDKN2A基因座p14^(ARF)基因变异及意义

目的 :探讨胃癌组织p14ARF基因变异及其意义。方法 :应用PCR、PCR -SSCP、PCR甲基化分析法和RT -PCR分别检测 48例胃癌及癌旁组织中p14ARF基因纯合性缺失、突变、CpG岛甲基化及其mRNA表达状况。结果 :①胃癌组织p14ARF基因纯合性缺失率为 3 1 3 % (15 / 48) ,癌旁组织均未见纯合性缺失。② 3 3例无纯合性缺失的胃癌及癌旁组织均未见p14ARF基因点突变。③胃癌组织p14ARF基因甲基化率为 47 9% (2 3 / 48) ,癌旁组织仅 2例甲基化 ,两者差异有显著 (P <0 0 1)。④ 45 8% (2 2 / 48)的胃癌组织p14ARFmRNA无表达。 3例外显子E1β和E2共甲基化者p14ARFmRNA均无表达 (10 0 % ) ,2 0例单纯E2甲基化者仅 3例无表达 (15 % ) ,两者差异有显著 (P <0 0 5 )。结论 :胃癌中p14ARF基因失活多由纯合性缺失和 5’CpG岛甲基化所致 。

CDKN2A和CDKN2B区域间的基因多态性与汉族人群颅内动脉瘤性别差异性的关联分析

目的 研究CDKN2A-CDKN2B区域的基因多态性与汉族人群颅内动脉瘤(intracranial aneurysm,IA)的相关性.方法 收集500例中国汉族IA病例作为研究对象,通过病例对照的关联分析方法 和分层分析方法 ,从遗传学角度探讨存在于IA患者的性别差异与上述基因多态性是否存在关联.结果 位于9p21.3的CDKN2A-CDKN2B区域4个与血管疾病相关的SNP位点(rs1333040、rs2891168、rs2383207和rs10757278)中,rs1333040与汉族人群IA发病密切相关,其风险性主要来源于T等位基因(χ2=6.278,P=0.012,OR=1.378,95%CI 1.072~1.771).应用Logistic回归校正性别、年龄及饮酒、吸烟等危险因素后,发现rs1333040位点的T/T基因型及T等位基因是IA的独立危险因素,其患病风险率增加至1.796倍.亚组分析显示rs2891168的A/A基因型与前循环分布区的IA密切相关(P=0.025).在按性别进行统计的亚组分析中,rs1333040 T/T基因型与汉族男、女IA发病均密切相关,但与女性IA的关联程度更高.结论 遗传因素和性别在IA的发生中具有一定的影响作用.

实验性大鼠舌癌p16^(CDKN2A)外显子1甲基化状态研究

目的 :检测实验性大鼠舌癌发生发展过程中 p16CDKN2A基因exon 1的甲基化状态 ,探讨关键基因甲基化在口腔鳞癌发生发展中的作用。方法 :0 .0 2 g/L 4 硝基亚氧喹啉 (4NQO)饮水饲养清洁级SD大鼠 3 0只 ,分别于第 13、16、2 4周切取其正常组织、中重度异常增生组织及鳞癌组织 ;应用甲基化特异性PCR检测上述组织中p16CDKN2A基因exon 1的甲基化状态。结果 :所有实验标本均扩增出 12 3bp的非甲基化产物 ,但未检测出甲基化产物。结论 :应用 4NQO成功建立实验性SD大鼠舌癌模型 ;抑癌基因 p16CDKN2Aexon

CDKN2A基因变异与肿瘤

细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)为抑癌基因,编码两种周期抑制蛋白p16INK4a和p14ARF;进而通过p16INK4a-CDK4(和CDK6)-pRb途径和p14ARF-mdm2-p53途径发挥细胞周期调控作用。研究发现在多种肿瘤中均存在CDKN2A的基因变异,现就近年来的研究状况做一简要概述。

CDKN2A基因在非小细胞肺癌中表达及生物学功能生物信息分析

目的探讨细胞周期蛋白依赖激酶抑制剂2A(CDKN2A)在人非小细胞肺癌(NSCLC)中表达、生物学功能和患者预后的关系。方法应用生物信息分析技术探讨癌症基因组图谱数据库(TCGA)中CDKN2A在NSCLC患者肿瘤组织和正常肺组织中的表达情况。采用蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库STRING分析CDKN2A编码蛋白作用网络,并进行聚类分析。采用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)富集CDKN2A和相关蛋白的生物学功能和信号通路。同时分析CDKN2A高低表达与NSCLC患者的无疾病进展生存和总生存的关系。同时采用免疫组化检测62例NSCLC患者癌组织和癌旁组织中CDKN2A表达情况分析CDKN2A阳性和阴性表达组患者生存期是否存在差异。结果CDKN2A基因在多种实体肿瘤包括乳腺癌、食管癌、肠癌等中表达水平明显上调。在NSCLC患者癌组织中CDKN2A表达水平明显高于正常肺组织(P<0.05)。而CDKN2A表达水平与肿瘤分期无明显相关性(P>0.05)。CDKN2A相关蛋白PPI网络中,相互作用关系指数为24.8,区域聚类指数为0.74,相互作用蛋白呈现明显的聚类表达(P<0.05)。CDKN2A编码蛋白主要定位在细胞核、细胞膜和囊泡;分子功能主要为蛋白结合、核蛋白结合和铁结合。而生物学过程主要集中于代谢、细胞增殖及对刺激的反应。KEGG信号通路主要为细胞周期调控、DNA蛋白结合以及Wnt信号通路。CDKN2A高表达NSCLC患者总生存期明显低于低表达组,且差异有统计学意义(HR=1.3,P=0.02),而CDKN2A高低表达组间NSCLC患者无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.94,P=0.59)。62例NSCLC患者癌组织中CDKN2A阳性表达11例(17.7)而对应癌旁组织中阳性表达49例(79.0%),癌组织中CDKN2A阳性标的率显著高于癌旁组织(P<0.05)。而CDKN2A阳性组与阴性组患者生存期差异无统计学意义(HR=0.99,P>0.05)。结论CDKN2A在NSCLC患者癌组织中表达升高,并与患者预后不良有关,有望成为NSCLC预后和治疗的靶点。

CDKN2A/B基因多态性在颅内动脉瘤形成过程中的功能分析

目的研究CDKN2A/B相关基因位点突变与颅内动脉瘤形成的关系。方法病例组82例为安阳市人民医院神经外科在2017-2021年间收治的开颅夹闭颅内动脉瘤患者。对照组为该院同期收治的入院头CTA检查无颅内动脉瘤的头外伤患者,共114例。两组均使用SNP基因分型,对病例组不同基因型的动脉瘤壁组织内CDKN2A/B基因翻译、表达的产物进行对比分析。结果动脉瘤壁内表达CD⁃KN2A/B基因产物p15^(INK4b)/p16^(INK4a)蛋白,rs10757272位点等位基因T的频率高于对照组(P=0.029,OR=1.658,95%CI:1.051~2.614),rs10757272位点在T/T基因型动脉瘤瘤壁组织中p16^(INK4a)(P<0.001)/p15^(INK4b)(P=0.014)mRNA低水平转录,在T/T基因型中p15^(INK4b)蛋白为低水平表达(P=0.027),p16^(INK4a)蛋白的表达水平差异无统计学意义(P=0.089),但是有相似的低表达趋势。结论rs10757272位点的突变通过影响细胞周期抑制基因CDKN2A/B的表达,影响动脉瘤壁组织细胞的塑性,参与动脉瘤的形成过程。

CDKN2A/2B基因多态性与妊娠糖尿病相关

目的研究CDKN2A/2B基因rs10811661的单核苷酸多态性(SNP),探讨其与妊娠糖尿病(GDM)的相关性。方法选取鲁西南地区正常糖耐量孕妇(NGT)100例、GDM患者120例、2型糖尿病(T2DM)患者100例作为研究对象,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP方法检测CDKN2A/2B基因rs10811661多态性。结果 CDKN2A/2B基因rs10811661的TT、TC、CC 3种基因型分布在NGT组与GDM组间有显著差别(P<0.01),GDM组危险等位基因T分布频率显著高于NGT组(P<0.05)。3种基因型及等位基因分布在NGT组与T2DM组之间亦有显著差别(P<0.05)。结论在鲁西南地区女性人群中,CDKN2A/2B基因rs10811661 T/C多态性可能与妊娠糖尿病有明显相关性。

肝细胞癌中抑癌基因CDKN2A甲基化的研究进展

肝细胞癌(HCC)的发生是一个涉及多基因、多步骤的复杂过程,相关癌基因激活和抑癌基因失活的致癌模式逐渐为人们所认识。DNA甲基化是转录水平的DNA修饰方式之一,在调节基因表达及维持细胞正常分化中起着重要作用。其状态的改变是肝癌相关基因调控的一种方式,属于肝癌发生的早期事件。本文就抑癌基因CDKN2A(cyclin-dependent kinase inhibitor,CDKN2A)的结构与功能及其与肝癌的关系等方面的研究进展进行综述。