长牡蛎(Crassostrea gigas)中ChIP-seq方法的建立

染色质免疫共沉淀技术(Ch IP)作为研究DNA结合蛋白与DNA相互作用最有力的工具,越来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发育过程中表观遗传信息的变化模式,本文在长牡蛎胚胎中探索并建立了一套完整的染色质免疫共沉淀方法,构建了高质量的高通量测序文库,首次获得了牡蛎全基因组水平的组蛋白H3K4me3修饰分布,从而为研究牡蛎的表观遗传调控奠定了基础。

基于乳腺癌ChIP-seq数据的p53抑癌机制研究

采用生物信息学方法分析野生型p53乳腺癌MCF7细胞的Ch IP-seq(染色质免疫共沉淀-测序)数据,以揭示p53的抑癌分子机制。从NCBI下载的编号为GSE47041的Ch IP-seq数据来源于三组试验,分别为:未经处理的乳腺癌MCF7细胞对照(NS_input),Nutlin-3a(一种MDM2拮抗剂)处理的MCF7细胞对照(S_input)和Nutlin-3a刺激MCF7细胞后加入p53抗体的实验组(S_p53)。Ch IP获得的DNA数据的测序平台为Illumina Hi Seq 2000。利用Bowtie参照人基因组hg19进行序列比对;利用MACS进行峰信号检测,并利用自定义软件筛选p53可能的靶基因;利用DAVID在线工具对靶基因进行通路富集分析;最后利用STRING构建蛋白互作网络。研究共得到50个p53的靶基因,其中8个靶基因(CDKN1A、BBC3、BAX、DDB2、MDM2、CCNG1、XPC和PCNA)分别富集到p53信号转导通路和核苷酸切除修复通路两个通路上。在得到的由19个靶基因构成的蛋白质相互作用网络中,连通度最高的前5个基因分别是PCNA、MDM2、REV3L、CDKN1A和BAX。研究中采用的分析Ch IP-seq数据的方法能有效揭示野生型p53乳腺癌MCF7细胞中Nutlin-3a激活的p53的抑癌分子机制。