MD模拟研究Mini-protein Chignolin去折叠过程中残基的构象熵

采用分子动力学模拟方法,对Chignolin在260 K、300 K、350 K和400 K进行去折叠模拟,计算8个残基(2—9位点)的构象熵.研究发现,构象熵值可大致分为低熵组、中熵组和高熵组.影响残基熵值的因素主要为温度、残基的原子数、残基所在位点、与邻近残基的相互作用等.还发现残基的构象熵有短时间急剧变化——阶梯跃变的现象.这意味着蛋白质的去折叠可能是不连续的.提示蛋白质的折叠过程可能也是不连续的.

高压诱导小蛋白Chignoli变性的分子动力学研究

在温度为300K,压强为200、1000和2000MPa时,分别对小蛋白Chignolin进行了50ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩性系数随压强的改变情况.结果表明,在高压下Chignolin的构象产生非常显著的变化,出现了完全去折叠.通过研究水和Chignolin之间氢键作用发现,两者之间的氢键数目变化趋势与蛋白质构象变化相一致.进一步研究还发现,压强的增大还会抑制Chignolin的去折叠;同时对高压诱导小蛋白变性的机理进行了分析.