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cpSSR: a New Tool to Analyze Chloroplast Genome of Citrus Somatic Hybrids 被引量:8
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作者 程运江 郭文武 邓秀新 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第8期906-909,共4页
Chloroplast simple sequence repeat (cpSSR) markers in Citrus were developed and successfully used to analyze chloroplast genome inheritance of Citrus somatic hybrids. Twenty-two previously reported cpSSR primer pairs ... Chloroplast simple sequence repeat (cpSSR) markers in Citrus were developed and successfully used to analyze chloroplast genome inheritance of Citrus somatic hybrids. Twenty-two previously reported cpSSR primer pairs from pine (Pinus thunbergii Parl.), rice (Otyza sativa L.) and tobacco (Nicotiana tabacum L.) were tested in Citrus, nine of which could amplify intensive PCR products by agarose gel electrophoresis. Chloroplast genome inheritance of Citrus somatic hybrids from nine fusions was then analyzed, and five of the nine pre-screened primer pairs showed polymorphisms by polyacrylamide gel electrophoresis. The results revealed the random inheritance nature of chloroplast genome in all analyzed Citrus somatic hybrids, which was in agreement with previous reports based on RFLP or CAPS analyses. It was also shown that cpSSR is a more efficient tool in chloroplast genome analyses of somatic hybrids in higher plants, compared with the conventional RFLP or CAPS analyses. 展开更多
关键词 Citrus somatic hybrids MICROSATELLITE simple sequence repeat (SSR) chloroplast genome
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叶绿体基因组微卫星标记(cpSSR)研究进展 被引量:7
2
作者 李博 刘合霞 《安徽农业科学》 CAS 2012年第13期7638-7639,7649,共3页
随着测序技术的发展,叶绿体基因组微卫星标记(cpSSRs)的开发和应用越来越普遍。该研究介绍了叶绿体基因组分子标记的特点、用途、开发方法以及已开发的cpSSRs所具有的特点。随着cpSSRs开发成本的降低及研究技术的成熟,新的cpSSRs不断开... 随着测序技术的发展,叶绿体基因组微卫星标记(cpSSRs)的开发和应用越来越普遍。该研究介绍了叶绿体基因组分子标记的特点、用途、开发方法以及已开发的cpSSRs所具有的特点。随着cpSSRs开发成本的降低及研究技术的成熟,新的cpSSRs不断开发,将会有越来越多的叶绿体基因组SSR分子标记应用于群体遗传学、生物地理学和杂交育种的研究。其在野生植物进化过程研究中所具备的潜力在不久的将来将被充分认识和利用。 展开更多
关键词 叶绿体基因组 微卫星标记 叶绿体基因组微卫星标记cpssrs
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了哥王叶绿体基因组分析
3
作者 吴民华 叶晓霞 +3 位作者 谭靖怡 梁秋婷 吴子健 黄琼林 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期297-305,共9页
【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接... 【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接、注释以及比对和系统进化分析。【结果】了哥王叶绿体基因组全长为149864 bp,由86347 bp的大单拷贝区(LSC)、10601 bp的小单拷贝区(SSC)以及穿插在它们之间均为26458 bp的一对反向重复区(IR)构成,具有环状双链四分体结构,包含124个基因。在了哥王叶绿体基因组中共找到64种24180个密码子,其中30种为高频使用密码子,高频使用密码子中又有29种是以A/T结尾;搜索到93个简单重复序列(SSR),其中单核苷酸重复居多(72个),且以A或T及两者组合形成的基序为优势基序。了哥王与近缘植物的叶绿体基因组IR边界存在较为明显的变异。序列比较和系统进化树显示了哥王与同属细轴荛花W.nutans具有最高的序列同源性。【结论】了哥王叶绿体基因组具有植物叶绿体基因组的典型结构,有密码子使用偏好性,含多态性较为丰富的SSR,且与细轴荛花的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 了哥王 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 序列比对 系统进化关系
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五指毛桃叶绿体基因组结构与序列特征分析
4
作者 黄琼林 谭靖怡 +3 位作者 叶晓霞 梁秋婷 蒲柳池 吴民华 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期323-331,共9页
【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系... 【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系统进化分析。【结果】五指毛桃叶绿体基因组为环状双链四分体分子,长度160 340 bp,GC含量为35.9%,包含130个基因。该基因组含有26 679个密码子,偏好使用以A/T结尾的密码子;共有93个简单重复序列,其中以A/T形成的单、二核苷酸重复为优势重复基序。五指毛桃与其他榕属植物相比,叶绿体基因组序列同源性较高,碱基变异位点数量较少,主要分布在非编码区域如rpoB-trnC、trnT-trnL、rpl32-trnL等,与薜荔具有最高的序列相似度。【结论】五指毛桃叶绿体基因组具有典型的高等植物叶绿体基因组结构和基因组成,存在密码子偏好性,包含类型丰富的简单重复序列,且与同属植物薜荔的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 五指毛桃 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 序列比对 系统进化关系
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五爪金龙叶绿体基因组特征分析
5
作者 黄琼林 陈依虹 +3 位作者 叶晓霞 谭靖怡 梁秋婷 吴民华 《广西科学》 CAS 北大核心 2024年第3期451-458,共8页
为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析。结果显示... 为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析。结果显示,五爪金龙叶绿体基因组为环状双链四分体分子,全长161780 bp,由88205 bp的大单拷贝区(Large Single Copy,LSC)、30747 bp的反向重复区(Inverted Repeat,IR)A、12081 bp的小单拷贝区(Small Single Copy,SSC)和30747 bp的反向重复区B(IRB)排列而成,含有131个基因;共有28757个密码子,偏好使用以A或T结尾的密码子;存在67个简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),并以A/T单核苷酸重复居多。五爪金龙与近缘植物在IRB-SSC边界之间存在较为明显的变异,与同属三裂叶薯I.triloba、番薯I.batatas等的亲缘关系更近。本研究报道了五爪金龙叶绿体基因组的结构和序列组成,并分析其特征,为五爪金龙的物种鉴定、遗传进化及开发利用提供了基因组信息。 展开更多
关键词 五爪金龙 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统进化关系
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毛茛铁线莲叶绿体全基因组解析及系统发育分析
6
作者 王若澜 张德全 《吉首大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期66-76,共11页
为了解析药用植物毛茛铁线莲的叶绿体全基因组特征及系统发育位置,利用高通量测序技术对毛茛铁线莲叶片样品进行测序,并对毛茛铁线莲叶绿体基因组进行组装、注释和特征分析,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建分子... 为了解析药用植物毛茛铁线莲的叶绿体全基因组特征及系统发育位置,利用高通量测序技术对毛茛铁线莲叶片样品进行测序,并对毛茛铁线莲叶绿体基因组进行组装、注释和特征分析,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建分子系统发育树.结果表明,毛茛铁线莲的叶绿体基因组为典型的四分体结构,全长159 741 bp,共编码112个基因,包括79个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因;毛茛铁线莲叶绿体基因组共含有84个简单重复序列,以单核苷酸重复基序居多,共57个;毛茛铁线莲叶绿体基因组使用频次最高的氨基酸是亮氨酸;基于叶绿体全基因组构建的MP,ML和BI树,拓扑结构基本一致;铁线莲属是明显的单系类群,与银莲花属关系最近,毛茛铁线莲与绣球藤亲缘关系最近. 展开更多
关键词 毛茛铁线莲 叶绿体基因组 简单重复序列 系统发育 毛茛科
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北陵鸢尾叶绿体基因组及其特征分析 被引量:6
7
作者 卢政阳 于凤扬 +2 位作者 肖月娥 石钰 毕晓颖 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1656-1664,共9页
本研究为探究北陵鸢尾(Iris typhifolia)叶绿体基因组的基本特征,明确其在鸢尾属的系统发育位置,采用Illumina二代测序技术对北陵鸢尾叶绿体基因组进行测序,对其叶绿体基因组基本特征进行分析,结果表明:北陵鸢尾叶绿体基因组大小为15240... 本研究为探究北陵鸢尾(Iris typhifolia)叶绿体基因组的基本特征,明确其在鸢尾属的系统发育位置,采用Illumina二代测序技术对北陵鸢尾叶绿体基因组进行测序,对其叶绿体基因组基本特征进行分析,结果表明:北陵鸢尾叶绿体基因组大小为152405 bp,具有典型的环状四分体结构,包含82335 bp的大单拷贝区(LSC)、18018 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26026 bp的反向重复区(IRs),总GC含量为38.04%;共注释得到133个基因,包含87个蛋白编码基因、8个rRNA基因和38个tRNA基因;共检测到57个SSR位点,其中单核苷酸重复数量最多;系统发育分析表明北陵鸢尾和溪荪(I.sanguinea)关系较近,支持率为100%。本研究通过对北陵鸢尾叶绿体基因组重复序列、IR边界、系统发育等进行分析,为北陵鸢尾的分子标记开发、系统发育分析、物种鉴定和种质资源开发及利用提供依据。 展开更多
关键词 北陵鸢尾 鸢尾属 叶绿体基因组 高通量测序 简单重复序列 系统发育
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长叶竹柏叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量:3
8
作者 颜丽 孔维杰 +3 位作者 杨雪莲 吴永飞 王霞 田山君 《种子》 北大核心 2023年第7期10-17,F0002,共9页
本研究以长叶竹柏叶片为材料,对其进行叶绿体基因组测序及构建系统发育树,分析长叶竹柏叶绿体基因组的结构特征。结果表明,长叶竹柏的叶绿体基因组结构(GenBank No.OL435123)缺乏反向重复(IR)区,叶绿体基因组大小为133870 bp,总GC含量为... 本研究以长叶竹柏叶片为材料,对其进行叶绿体基因组测序及构建系统发育树,分析长叶竹柏叶绿体基因组的结构特征。结果表明,长叶竹柏的叶绿体基因组结构(GenBank No.OL435123)缺乏反向重复(IR)区,叶绿体基因组大小为133870 bp,总GC含量为37%,共注释基因数为119个,包括80个蛋白编码基因,35个tRNA基因和4个rRNA基因。叶绿体基因组注释显示,大多数的基因与光合作用及基因转录翻译相关,其中43个光合作用相关基因、64个自我复制基因、8个其他蛋白编码基因和4个未知功能基因。密码子偏好性分析表明,共检测出44623个密码子,亮氨酸(Leu)是长叶竹柏叶绿体基组中占比最大的密码子,占10.54%,密码子偏向使用A/U两种碱基。长叶竹柏叶绿体基因组有49个SSRs,其中包含26个单核苷酸、22个二核苷酸和1个三核苷酸3种类型的SSRs。系统进化树显示,长叶竹柏(Nageia fleuryi,OL435123.1)与竹柏(Nageia nagi,AB830885.1和LC572146.1)聚在同一支,具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 长叶竹柏 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统发育
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直立型半野生大豆叶绿体基因组分析 被引量:3
9
作者 郭冉昊 赵淑文 +2 位作者 米福贵 候伟峰 赵力兴 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3334-3342,共9页
采用Illumina高通量测序技术对直立型半野生大豆(Glycine gracilis)叶绿体基因组(Chloroplast DNA,cpDNA)进行测序和组装,获得完整基因组,以探究其结构特征,为后续基于cpDNA的相关分析以及大豆资源多样性保护和系统发育等研究提供基础... 采用Illumina高通量测序技术对直立型半野生大豆(Glycine gracilis)叶绿体基因组(Chloroplast DNA,cpDNA)进行测序和组装,获得完整基因组,以探究其结构特征,为后续基于cpDNA的相关分析以及大豆资源多样性保护和系统发育等研究提供基础或依据。结果表明,直立型半野生大豆cpDNA全长148320 bp,为典型四分体结构,注释基因108个,包含66个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因。基因组序列上共检测到87个SSR位点,其中与单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸对应的位点分别为55,19,4,7,2个。在系统发育上,直立型半野生大豆与已公布的普通型一年生半野生大豆(Glycine gracilis)、栽培大豆(Glycine max)及野大豆(Glycine soja)亲缘关系较近。 展开更多
关键词 半野生大豆 CPDNA 简单重复序列 密码子偏好性 系统发育
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4种金花茶叶绿体基因组比较分析 被引量:2
10
作者 丁祥青 李文芳 +5 位作者 吴丽君 陈义堂 王子墨 郑宏 郑航 邹双全 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第3期300-308,共9页
利用全基因组重测序数据组装得到了夏石金花茶等4种金花茶的叶绿体全基因组序列,并进行了注释和比较分析.结果表明,4种金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似,约为156657~157046 bp,均预测注释134个基因,包含89个蛋白编码基因、8个rRNA和3... 利用全基因组重测序数据组装得到了夏石金花茶等4种金花茶的叶绿体全基因组序列,并进行了注释和比较分析.结果表明,4种金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似,约为156657~157046 bp,均预测注释134个基因,包含89个蛋白编码基因、8个rRNA和37个tRNA;金花茶植物的叶绿体基因组在结构和进化上具有保守性,它们具有相似的密码子偏好性且均未发生大面积的倒位和基因重排;通过叶绿体基因组的比较分析和核苷酸多态性分析发掘了rps16和ycf1等高变异片段,这些片段可作为金花茶植物的分子标记;基于金花茶叶绿体基因组数据构建的系统进化树具有较高的支持度,说明金花茶叶绿体基因组序列的公布对其系统发育的研究具有重要意义. 展开更多
关键词 金花茶植物 叶绿体基因组 密码子偏好性 多态性分析 分子标记 SSR 系统发育分析
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露兜树叶绿体基因组结构与序列特征分析 被引量:9
11
作者 吴民华 邹振宁 +3 位作者 叶晓霞 梁艳清 陈妹 黄琼林 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期115-122,共8页
目的 明确露兜树Pandanus tectorius Soland叶绿体基因组的结构、序列特征和系统进化关系。方法 以露兜树叶片总DNA为材料,采用illumina NovaSeq高通量测序列平台进行叶绿体基因组测序,利用生物信息学工具对其进行组装、注释和特征分析... 目的 明确露兜树Pandanus tectorius Soland叶绿体基因组的结构、序列特征和系统进化关系。方法 以露兜树叶片总DNA为材料,采用illumina NovaSeq高通量测序列平台进行叶绿体基因组测序,利用生物信息学工具对其进行组装、注释和特征分析,并基于最大似然法构建系统进化树。结果 露兜树叶绿体基因组呈典型的环状四分体结构,全长为157 747 bp,其中大单拷贝区的长度为85 929 bp,小单拷贝区的长度为17 992 bp,两个反向互补区的长度则均为26 913 bp。共含有131个基因,其中蛋白编码基因85个,核糖体RNA基因8个,转运RNA基因38个。露兜树叶绿体基因组密码子偏向使用A或T碱基结尾;共检测到144个简单重复序列,其中以A或T碱基的单核苷酸重复为主。基于叶绿体基因组序列的系统进化分析显示露兜树与同目植物巴拿马草同源性较高。结论 获得了露兜树叶绿体基因组序列及其特征信息,为该药用植物的分子标记开发和遗传多样性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 露兜树 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统进化
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甜菜及其近缘类群叶绿体基因组重复序列比较分析
12
作者 包国媛 王雅琼 李文辛 《种子》 北大核心 2023年第9期36-44,共9页
甜菜、菠菜及藜麦具有较高的食用、药用和饲用价值。通过MISA和REPuter软件对其叶绿体全基因组的简单重复序列(cpSSR)和散在重复序列(cpIRS)进行分析,研究甜菜及其近缘类群的叶绿体基因组重复序列差异。结果表明,甜菜及其近缘类群的全... 甜菜、菠菜及藜麦具有较高的食用、药用和饲用价值。通过MISA和REPuter软件对其叶绿体全基因组的简单重复序列(cpSSR)和散在重复序列(cpIRS)进行分析,研究甜菜及其近缘类群的叶绿体基因组重复序列差异。结果表明,甜菜及其近缘类群的全长分别为149722 bp、150725 bp和152079 bp,均由一个大单拷贝区(LSC)(83110 bp、82719 bp、83551 bp),一个小单拷贝区(SSC)(17793 bp、17860 bp、18118 bp)和一对反向重复序列(IRs)(24410 bp、25073 bp、25205 bp)组成。甜菜及其近缘类群叶绿体基因组中共检测到195个,171个,154个SSR位点,平均每隔767.8 bp、881.4 bp、987.5 bp出现一个SSR位点。重复序列中主要以单碱基重复序列为主,分别占SSR位点总数的91.8%,85.35%,89.6%。cpSSR主要集中分布在大单拷贝区(LSC),占SSR位点总数的67.69%,68.82%及65.59%;cpSSR长度主要集中在8~12 bp之间,说明叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有较高的多态性。REPuter共检测到甜菜、菠菜及藜麦存在50个,13个及25个cpIRS序列,甜菜中检测到26个正向重复(F型)和24个回文重复(P型),菠菜和藜麦中只检测到1种重复类型,均正向重复(F型)。 展开更多
关键词 甜菜 叶绿体基因组 重复序列 cpssr
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蒺藜苜蓿叶绿体微卫星分布规律的研究 被引量:10
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作者 骈瑞琪 李伟 +2 位作者 李娜 陈晓阳 倪慧群 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第9期3531-3534,共4页
利用已公布的蒺藜苜蓿(Medicao truntula)叶绿体DNA(cpDNA)全序列测序结果,应用生物信息学软件对蒺藜苜蓿微卫星位点的分布情况进行了统计分析,结果表明:在已公布的124 033 bp的蒺藜苜蓿叶绿体基因组序列中,共有341个SSR序列,SSR的碱基... 利用已公布的蒺藜苜蓿(Medicao truntula)叶绿体DNA(cpDNA)全序列测序结果,应用生物信息学软件对蒺藜苜蓿微卫星位点的分布情况进行了统计分析,结果表明:在已公布的124 033 bp的蒺藜苜蓿叶绿体基因组序列中,共有341个SSR序列,SSR的碱基总数达3 987 bp,约占整个基因组的3.2%;在所有SSR序列中,数量最多的是单碱基SSR,数量达到297个,占总数的87.1%,其次是二碱基重复序列,占12.6%,三碱基微卫星序列最少,仅有1个,大于三碱基的微卫星数为0;在单碱基重复中又以A和T重复为主,占单碱基重复总数的84.5%,二碱基重复也以AT和TA为主,占95.5%,单碱基中的纯粹重复类型占总数的65.3%。研究结果为该物种的分子标记的筛选提供了基础信息。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 叶绿体微卫星 分布规律
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豇豆叶绿体微卫星标记的开发及其在近缘种的通用性研究 被引量:8
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作者 潘磊 李依 +5 位作者 郭瑞 张凤银 曾长立 胡志辉 吴华 陈禅友 《长江蔬菜》 2014年第6期9-15,共7页
从公共数据库中下载豇豆叶绿体基因组,对其进行全序列分析,揭示豇豆cpSSR的分布特点和基序特征,进一步研究豇豆cpSSR在豆类植物中的通用性。研究结果表明,豇豆叶绿体基因组上共有52个微卫星,主要分布于LSC区,且以A/T为单碱基重复基序的... 从公共数据库中下载豇豆叶绿体基因组,对其进行全序列分析,揭示豇豆cpSSR的分布特点和基序特征,进一步研究豇豆cpSSR在豆类植物中的通用性。研究结果表明,豇豆叶绿体基因组上共有52个微卫星,主要分布于LSC区,且以A/T为单碱基重复基序的微卫星为主;从豇豆的52个叶绿体微卫星中筛选出8对多态性豇豆cpSSR引物,在豌豆、利马豆和菜豆中均成功扩增,表明这些豇豆cpSSR引物在其豆类近缘种中具有较好的通用性。 展开更多
关键词 豇豆 叶绿体基因组 微卫星 近缘种 通用性
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喜马红景天叶绿体基因组特征及其系统发育分析 被引量:9
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作者 张雨 苏旭 +5 位作者 刘玉萍 刘涛 郑长远 苏丹丹 王亚男 吕婷 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期602-612,共11页
以青藏高原特有药用植物——喜马红景天(Rhodiola himalensis)为试验材料,利用高通量测序技术对喜马红景天进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组。结果显示:喜马红景天叶绿体基因组全长为151074 bp,GC含量为37.8%,... 以青藏高原特有药用植物——喜马红景天(Rhodiola himalensis)为试验材料,利用高通量测序技术对喜马红景天进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组。结果显示:喜马红景天叶绿体基因组全长为151074 bp,GC含量为37.8%,具有1个长单拷贝区、1个短单拷贝区和1对反向重复区的典型四分体结构,其序列长度分别为82309、17017、25874 bp;叶绿体基因组共编码130个基因,其中编码蛋白的基因86个、编码tRNA的基因37个、编码rRNA的基因7个;叶绿体基因组共检测出25513个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大;喜马红景天IRa和IRb区的rps19和ycf1基因缺失,长单拷贝区的trnH基因收缩;喜马红景天与圣地红景天(R.sacra)亲缘关系最近;短单拷贝区域的单核苷酸多态性(SNP)变异频率最高。本研究报道了喜马红景天的叶绿体基因组,并对其进行了组装、注释和序列分析,为今后开展喜马红景天的遗传多样性研究和合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 叶绿体基因组 系统发育 简单重复序列 IR区边界分析 喜马红景天
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苦马豆叶绿体基因组结构及其特征分析 被引量:11
16
作者 苏丹丹 刘玉萍 +5 位作者 刘涛 郑长远 张雨 王亚男 秦娜 苏旭 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期446-454,共9页
利用Illumina高通量测序平台对苦马豆(Sphaerophysa salsula)进行测序和组装,获得完整的苦马豆叶绿体基因组序列。组装结果表明,苦马豆叶绿体基因组全长123327 bp,存在IR区丢失,不具有四分体结构;注释结果显示,苦马豆叶绿体基因组共编码... 利用Illumina高通量测序平台对苦马豆(Sphaerophysa salsula)进行测序和组装,获得完整的苦马豆叶绿体基因组序列。组装结果表明,苦马豆叶绿体基因组全长123327 bp,存在IR区丢失,不具有四分体结构;注释结果显示,苦马豆叶绿体基因组共编码108个基因,其中包含74个蛋白编码基因、4个rRNA基因和30个tRNA基因;叶绿体基因组序列上共检测到99个SSR位点,包含75个单核苷酸、17个二核苷酸和7个三核苷酸重复单元;系统发育分析显示,苦马豆和骆驼刺为姊妹群,亲缘关系最近。这为今后苦马豆遗传多样性、群体遗传结构和物种形成机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 苦马豆 叶绿体基因组 简单重复序列 密码子偏好性 系统发育
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Complete chloroplast genome of Salvia plebeia:organization, specific barcode and phylogenetic analysis 被引量:8
17
作者 CUI Ning LIAO Bao-Sheng +5 位作者 LIANG Cong-Lian LI Shi-Feng ZHANG Hao XU Jiang LI Xi-Wen Chen Shi-Lin 《Chinese Journal of Natural Medicines》 SCIE CAS CSCD 2020年第8期563-572,共10页
Salvia plebeia has been in use as traditional Chinese medicine(TCM)for more than 500 years.In this study,the complete chloroplast(cp)genome of S.plebeia was sequenced,assembled and compared to those of other five publ... Salvia plebeia has been in use as traditional Chinese medicine(TCM)for more than 500 years.In this study,the complete chloroplast(cp)genome of S.plebeia was sequenced,assembled and compared to those of other five published Salvia cp genomes.It was found that the cp genome structure of S.plebeia was well conserved and had a total size of 151062 bp.Four parameters were used to display the usage conditions of the codons of the amino acids in Salvia genus.Although the number of protein-coding genes in each species was the same,the total number of codons was different.Except for amino acids Trp and Met whose Relative Synonymous Codon Usage(RSCU)value of one condon was equal to 1,the remaining 19 amino acids had 1-3 preferred codons.The preferred codon names of each amino acid were coincident.The period size for the tandem repeats of six species ranged from 9 to 410 bp.Salvia cp genomes mainly possessed tandem repeats with a copy number less than or equal to 3.The sequence length of tandem repeats of the six species ranged from 25 to 824 bp.Highly viarable regions including four intergenic spacers and six partial genes were discovered as potential specific barcodes for Salvia species through cp genome-wide comparison.Finally,we performed phylogenetic analyses based on the complete cp genome and coding sequences respectively.These results provide information to help construct the cp genome library for Salvia,which may support studies of phylogenetics,DNA barcoding,population and transplastomics. 展开更多
关键词 simple sequence repeat chloroplast Tandem repeats Microsatellites BARCODE
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蔓赤车叶绿体基因组结构及系统进化分析 被引量:1
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作者 颜丽 杨雪莲 +2 位作者 吴永飞 王霞 胡小京 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2914-2925,共12页
蔓赤车(Pellionia scabra)属于荨麻科赤车属,是一种具有高营养价值的优质野菜。本研究以蔓赤车为材料,基于高通量技术方法完成叶绿体基因组测序、组装注释、结构解析及构建系统发育树,以此深入研究蔓赤车叶绿体基因组特征。结果表明,蔓... 蔓赤车(Pellionia scabra)属于荨麻科赤车属,是一种具有高营养价值的优质野菜。本研究以蔓赤车为材料,基于高通量技术方法完成叶绿体基因组测序、组装注释、结构解析及构建系统发育树,以此深入研究蔓赤车叶绿体基因组特征。结果表明,蔓赤车叶绿体基因组大小为153220 bp,GC含量为36.4%,属于典型的四分体结构。共注释到130个基因,其中85个蛋白编码基因,37个转运RNA基因,8个核糖体RNA基因;其中,有15个基因包含1个内含子,2个基因包含2个内含子,rps12存在反式剪接情况。蔓赤车叶绿体基因组可分为光合作用(43个)、自我复制(64个)、其他编码蛋白(7个)以及未知功能(4个)4大类基因。蔓赤车叶绿体基因组共检测出51073个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大,密码子偏向使用A和U两种碱基。检测到72个简单重复序列位点,其中有58个单核苷酸、12个二核苷酸、1个三核苷酸和1个四核苷酸4种不同类型的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)。蔓赤车IRb/SSC边界存在ycf1基因扩张现象。系统进化树显示,蔓赤车(Pellionia scabra OL800583)与庐山楼梯草(Elatostema stewardii MZ292972)、盘托楼梯草(Elatostema dissectum MK227819)、光叶楼梯草(Elatostema laevissimum var.laevissimum MN189961)亲缘关系最密切。基于蔓赤车叶绿体基因组的研究,旨在为蔓赤车物种鉴定、遗传进化及基因组学研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 蔓赤车 叶绿体基因组 简单重复序列 密码子偏好性 IR区边界分析 系统发育
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红边龙血树叶绿体基因组特征及其系统发育分析 被引量:2
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作者 王子豪 郭佳乐 +4 位作者 范琪 田泽园 王雪晴 郑维 黄罗冬 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2926-2938,共13页
红边龙血树(Dracaena marginata)是一种在全球广泛种植的龙血树属园艺植物,具有较高的观赏价值和药用价值。本研究首次利用高通量测序技术对红边龙血树叶片进行全基因组测序,组装得到完整的叶绿体基因组序列,并进行注释、序列特征比较... 红边龙血树(Dracaena marginata)是一种在全球广泛种植的龙血树属园艺植物,具有较高的观赏价值和药用价值。本研究首次利用高通量测序技术对红边龙血树叶片进行全基因组测序,组装得到完整的叶绿体基因组序列,并进行注释、序列特征比较和系统发育分析。结果表明,红边龙血树叶绿体基因组包含一个典型的四分体结构,长度为154926 bp,是目前已报道的龙血树属中叶绿体基因组最小的物种;共拥有132个基因,包含86个编码蛋白基因、38个转运RNA基因和8个核糖体RNA基因;密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象,整体上密码子偏好性较低;共鉴定出46个简单重复序列位点和54个长重复序列,分别在大单拷贝区与反向重复区有最大检出率;种间边界分析发现边界区域基因存在相对位置差异,扩张收缩情况总体较为相似;与近缘种进行系统发育分析,红边龙血树与细枝龙血树聚为一类,关系最近,符合形态学分类特征。对红边龙血树叶绿体基因组的解析为龙血树属植物的物种鉴定、遗传多样性和叶绿体转基因工程等提供了重要数据基础。 展开更多
关键词 红边龙血树 叶绿体基因组 简单重复序列位点分析 系统发育 比较基因组学分析
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藏波罗花叶绿体基因组分析 被引量:2
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作者 张亚颖 焦琬尧 +4 位作者 焦文睿 乔天乐 苏志扬 益西卓玛 封烁 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2954-2964,共11页
藏波罗花(Incarvillea younghusbandii Sprague)是一种传统的补益类中药。其根作草药使用,用于滋补强壮,治产后少乳、久病虚弱、头晕、贫血等症。但目前关于藏波罗花分子遗传信息的研究很少。本研究基于高通量测序技术对藏波罗花叶绿体... 藏波罗花(Incarvillea younghusbandii Sprague)是一种传统的补益类中药。其根作草药使用,用于滋补强壮,治产后少乳、久病虚弱、头晕、贫血等症。但目前关于藏波罗花分子遗传信息的研究很少。本研究基于高通量测序技术对藏波罗花叶绿体基因组进行测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、系统发育和分化时间进行分析。结果表明,藏波罗花叶绿体基因组全长为159323 bp,包含1个大单拷贝区(80197 bp)、1个小单拷贝区(9030 bp)和2个反向重复区(35048 bp);共注释出120个基因,包括77个蛋白编码基因、8个rRNA基因和35个tRNA基因;密码子偏好性分析显示,AAA是藏波罗花叶绿体基因组中使用最频繁的密码子;从藏波罗花叶绿体基因组中共检测到42个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR);系统发育分析表明,藏波罗花与密生波罗花(Incarvillea compacta)的亲缘关系最近,且在大概466万年前产生分化。本研究对藏波罗花相关资源的科学保护和开发具有重要的现实意义,也可以为后续角蒿属(Incarvillea)的物种鉴定、紫葳科(Bignoniaceae)的种群遗传多样性研究提供基本的遗传资源。 展开更多
关键词 藏波罗花 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统发育分析 分化时间估计
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