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Hospital-Adapted Clonal Complex 17 <i>Enterococcus Faecium</i>Found among Sand Enterococcal Isolates
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作者 Daniela Pinto Marta Ruivo +1 位作者 Peter Vandamme Maria de F. S. Lopes 《Journal of Environmental Protection》 2012年第1期74-82,共9页
Though poorly studied, sand is an environment with an extended degree of interaction with man. Enterococcal strains can be found in sand but we do not know to what extent these ubiquitous opportunistic nosocomial path... Though poorly studied, sand is an environment with an extended degree of interaction with man. Enterococcal strains can be found in sand but we do not know to what extent these ubiquitous opportunistic nosocomial pathogens isolated from sand carry antimicrobial resistances and virulence traits. In an attempt to fill in this knowledge gap, two distinct types of sand (beach and children playground) were examined concerning composition in enterococcal species, genetic diversity of isolates and abundance of resistance to antimicrobials and virulence traits. Five different species were found, namely Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Enterococcus hirae, Enterococcus flavescens and Enterococcus casseliflavus. Although genetic diversity was evident, two different E. faecium clones, common to the two types of sand, were detected, suggesting the existence of clones well adapted to this specific environment or from a common source. E. faecium was associated with multiple antibiotic resistances, including to fluoroquinolones and tetracycline that are commonly used by veterinarians and clinicians. Among the multiresistant E. faecium strains from beach sand, two were from sequence type (ST) 442, which belongs to the wide-spread Hospital-adapted clade CC17. They both carried the esp gene and the genomic island associated with CC17. The other virulence factors screened were disseminated among E. faecalis strains, but seldom detected in the other species, evidencing the existence, in these environments, of E. faecalis strains carrying the same virulence factors as the clinical ones. The present work thus stresses the need to follow-up the presence and characterization of enterococcal strains from both beach and children playground sands and of including these environments in the epidemiological global analysis of enterococcal isolates. 展开更多
关键词 Antibiotic Resistance Beach SAND clonal complex 17 ENTEROCOCCUS Playground SAND Virulence Factors
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无乳链球菌流行现状与耐药性研究进展
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作者 余玉龙 康慧 +4 位作者 王辉 李笑樱 杜昕颖 邱少富 李申龙 《传染病信息》 2023年第6期557-562,共6页
无乳链球菌是一种条件致病菌,可以通过多种途径进行传播。它是引起孕妇、新生儿和老年人等高危群体发病和死亡的重要病原菌,可导致严重的临床感染,在成人中引起的侵袭性感染性疾病发病率有持续上升的趋势。目前无乳链球菌已鉴定出多种... 无乳链球菌是一种条件致病菌,可以通过多种途径进行传播。它是引起孕妇、新生儿和老年人等高危群体发病和死亡的重要病原菌,可导致严重的临床感染,在成人中引起的侵袭性感染性疾病发病率有持续上升的趋势。目前无乳链球菌已鉴定出多种序列型、克隆复合物以及10种血清型,它们在不同人群和不同地区的流行状况不尽相同。另外,近年无乳链球菌对抗生素耐药形势愈发严峻,不仅对红霉素、克林霉素等二线抗生素耐药率长期处于高位,甚至对青霉素耐药菌株的报道都已屡见不鲜,这使得无乳链球菌感染的临床治疗面临更多挑战。本文主要对无乳链球菌的流行现状以及对抗生素耐药性研究进展进行综述,以期更加清晰地认识无乳链球菌并为其科学防控提供参考依据。 展开更多
关键词 无乳链球菌 多位点序列分型 克隆复合物 流行病学 耐药性
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中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 赵帆 宋秀平 +3 位作者 栗冬梅 黄儒婷 李志芳 刘起勇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期592-596,共5页
目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(se... 目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(sequence type,ST),其中ST1占90%(72/80),ST9占8.75%(7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1(clonal complex 1)。结论与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。 展开更多
关键词 汉赛巴尔通体 多位点序列分型 序列型 克隆群
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铜绿假单胞菌耐药基因分析及多位点序列遗传分型 被引量:3
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作者 袁梦 袁月明 +3 位作者 陈宏彬 罗锦雁 俞慕华 段永翔 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期957-962,共6页
目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA... 目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA、SHV、PER、GES、GTX、SPM、GIM、IMP、VIM、DHA、oprD、Aac(6′)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull及Ⅰ类整合子基因。采用多位点序列分子分型方法进行聚类和克隆分析。结果检出11种耐药基因:TEM、SHV、IMP、DHA、Aac(6’)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull、Ⅰ类整合子及oprD基因,检出率分别为8.1%、6.4%、4.8%、9.7%、4.8%、14.5%、4.8%、56.5%,8.1%,8.1%,oprD基因缺失率为61.2%。52株铜绿假单胞菌检出耐药基因,形成19种耐药基因谱。多位点序列分型方法将62株铜绿假单胞菌,分为39个ST型,5个克隆群,1个优势克隆群CC244,1个优势独特型ST856。结论不同类型样本分离菌株携带耐药基因存在差异,部分病人分离株携带多种耐药基因。本研究铜绿假单胞菌具有遗传多样性,存在优势克隆群。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 多重耐药 耐药基因 聚合酶链反应 多位点序列分子分型 克隆群
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全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型 被引量:1
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作者 徐嘉良 杜小莉 卢昕 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第21期95-99,共5页
为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群... 为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886条,共含有663个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27条菌株信息。其中,有436条菌株数据来自中国(包括大陆、香港和台湾),覆盖了410个ST型,每个ST型含1~4条菌株数据,这436条菌株数据又可分为128个pST型,其中pST1型为最多,达116条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73个组,483个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基于碱基序列的多位点序列分型 基于肽链的多位点序列分型 克隆复合体
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基于改进克隆选择算法的复杂系统测试选择 被引量:2
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作者 吴杰长 刘海松 +1 位作者 陈国钧 刘树勇 《海军工程大学学报》 CAS 北大核心 2013年第2期14-18,共5页
为了解决复杂系统测试优化选择问题,提出了一种基于改进克隆选择算法的测试选择方法。该方法针对测试选择问题的具体特点,对基本克隆选择算法进行了以下改进:采用二进制编码方式进行抗体编码,选用加性分段函数形式构建亲和度函数,利用... 为了解决复杂系统测试优化选择问题,提出了一种基于改进克隆选择算法的测试选择方法。该方法针对测试选择问题的具体特点,对基本克隆选择算法进行了以下改进:采用二进制编码方式进行抗体编码,选用加性分段函数形式构建亲和度函数,利用混沌搜索优化初始种群的生成方式,并引入免疫网络的抗体抑制操作对抗体种群进行预处理。最后,以某实际系统为例进行了算法验证,实验结果表明:该方法搜索效率高,具有很强的全局和局部搜索能力,可有效解决复杂装备系统测试性设计中的测试优化选择问题。 展开更多
关键词 测试性设计 测试选择 克隆选择算法 复杂系统
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金黄色葡萄球菌耐药基因分析及多位点序列分子分型 被引量:3
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作者 吴德群 巢国祥 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期513-518,共6页
目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4... 目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')]、大环内酯类耐药基因(ermA、ermC、msrA)、四环素类耐药基因(tetM、tetk)共8个耐药基因;用多位点序列分子分型(MLST)进行克隆分析。结果 94株菌株中共检出MRSA菌株36株,其中,医源MRSA(HA-MRSA)29株,包括Ⅲ型28株,Ⅰ型1株;社区源MRSA(CA-MRSA)7株,包括V型6株,Ⅳd型1株。94株菌株中,耐药基因aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')、ermA、ermC、msrA、tetM、tetk的携带率分别为55.3%、58.5%、26.6%、37.2%、34.0%、19.1%、37.2%、25.5%;共84株菌株耐药基因阳性,共形成35种耐药基因谱;含3种以上耐药基因的菌株占48.9%(46/94)。MLST分型共得到27个ST型,6个同源复合体;有3个重要同源复合体CC239、CC630、CC5及1个重要ST398型。HA-MRSA均属于CC239,而多数CAMRSA属于CC630;HA-MRSA耐药基因携带率与CA-MRSA及所有甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)携带率差异有统计学意义(P<0.01)。CC239克隆与所有其他克隆菌株耐药基因的携带率差异有统计学意义(P<0.01)。结论引起感染的MRSA主要是HA-MRSA-Ⅲ,其次为CA-MRSA-Ⅴ。CC630是国际上新出现的克隆;ST398主要是起源于人而非动物。MRSA主要存在于几类特定克隆中,主要来源于相同克隆的MSSA;金葡菌获得及携带耐药基因主要与CC克隆有关,推测此类复合体中含有相关分子构型,有利于耐药基因如SCCmec插入。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 耐药基因 多位点序列分子分型 克隆复合体
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基于DT-CWT的红外与可见光图像自适应融合 被引量:19
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作者 杨晓慧 金海燕 焦李成 《红外与毫米波学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第6期419-424,共6页
针对低可见光图像和红外图像的特点,提出一种基于DT-CWT的自适应图像融合算法.该算法具有好的平移不变性和方向选择性,更适合于人类视觉.先对源图像作双树复小波变换,充分考虑各尺度分解层的系数特征,对低通子带引入免疫克隆选择,根据... 针对低可见光图像和红外图像的特点,提出一种基于DT-CWT的自适应图像融合算法.该算法具有好的平移不变性和方向选择性,更适合于人类视觉.先对源图像作双树复小波变换,充分考虑各尺度分解层的系数特征,对低通子带引入免疫克隆选择,根据统计评价准则定义亲和度函数,自适应获得最优融合权值;对高通子带则根据人类视觉特性定义局部方向对比度,并作为融合准则,突出和增强了各源图像的对比度与细节信息.实验结果表明:与基于小波的融合结果相比较,本文的融合算法自适应性和鲁棒性更强,较好地保护和显示了源图像中的边缘和细节信息,对比度和清晰度都有所提高. 展开更多
关键词 双树复小波变换 免疫克隆选择 局部方向对比度 红外图像 图像融合
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六十二株水貂源大肠杆菌分离株耐药表型与耐药基因及克隆菌群分析 被引量:5
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作者 蒋智宇 王凡 +6 位作者 杨溢 衣首静 杨杰 鞠孜敬 宋艳 朱国强 孙淑红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2498-2508,共11页
为了调查诸城地区某水貂养殖场粪便源大肠杆菌的表观及其分子特征,采集某个水貂养殖场的水貂粪便进行大肠杆菌分离鉴定,对分离鉴定的大肠杆菌进行血清型鉴定和对14种常见抗菌药物的耐药表型鉴定;使用PCR检测耐药基因以及Ⅰ整合子基因盒... 为了调查诸城地区某水貂养殖场粪便源大肠杆菌的表观及其分子特征,采集某个水貂养殖场的水貂粪便进行大肠杆菌分离鉴定,对分离鉴定的大肠杆菌进行血清型鉴定和对14种常见抗菌药物的耐药表型鉴定;使用PCR检测耐药基因以及Ⅰ整合子基因盒的携带情况,利用多位点序列分型(MLST)来分析菌株的克隆关系并构建系统发育树来分析相同克隆群菌株的遗传相似性。结果显示,自82份水貂粪便样品分离到62株大肠杆菌,分离率75.61%;大肠杆菌分离株对AMP和TET的耐药率超过90%,多重耐药菌株(MDR)占比为85.48%。PCR检测到5类耐药基因的存在,qnrS检出率最高,为61.29%(38/62);aaC2、aaC4、sul1和aac(6′)-Ib-cr耐药基因与菌株产生相应的耐药抗性存在一致性(P<0.01)。分离菌株中Ⅰ类整合子可变区域的优势结构为dfrA27-aadA2-qnrA。鉴定出致病性血清型的存在,且对应菌株都具有多重耐药性,优势血清型为O104:H4。分离株中存在33个STs,ST46为优势STs(16.13%),具有3个主要克隆群,依次为CC10、CC46和CC176;与致病性相关菌株的STs和人源大肠杆菌具有共同的遗传背景。本研究表明,养殖场的水貂受到致病性和多重耐药性大肠杆菌的污染,相同克隆群菌株的耐药基因分布具有多态性,表观特征差异明显。 展开更多
关键词 水貂源大肠杆菌 致病性血清型 耐药基因 克隆群 系统发育树
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209株不同来源空肠弯曲菌分子特征分析 被引量:6
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作者 赵冰 黄红 +3 位作者 王闻卿 李彩云 崔琪奇 朱林英 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期865-869,874,共6页
目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样... 目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样本以及生禽肉食品中分离到的209株空肠弯曲菌为研究对象,选取7个管家基因进行测序分析,获得序列型(STs型),应用Bionumerics软件绘制进行溯源和遗传进化分析。结果209株分离株共分成了110种序列型,归属25种同源复合体,在144株人源株中,归属ST-353同源复合体菌株最多,占比16.7%,禽类养殖环境分离到的56株菌株归属ST-21同源复合体菌株最多,占比30.4%。遗传进化分析显示,209株菌株分为主要的5个彼此独立的聚类簇。结论上海市浦东新区的腹泻病人分离株与禽类株有着较为密切的关系,禽类是人感染空肠弯曲菌的重要传染源。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 多位点序列分型 管家基因 序列型 同源复合体
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基于多位点序列分型对新疆人及动物食品源性粪肠球菌种群进化关系解析
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作者 张雪玲 袁丽霞 +2 位作者 张慧敏 田丰伟 倪永清 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第22期183-191,共9页
从母乳、奶酪、马奶、驼奶以及冷水鱼肠道中共分离得到59株粪肠球菌。通过多位点序列分型技术分析不同来源分离株的种群结构和进化关系。结果表明,59株分离株被划分为12个序列型,3个克隆复合体和3个独特型,没有序列型被划分为高风险克... 从母乳、奶酪、马奶、驼奶以及冷水鱼肠道中共分离得到59株粪肠球菌。通过多位点序列分型技术分析不同来源分离株的种群结构和进化关系。结果表明,59株分离株被划分为12个序列型,3个克隆复合体和3个独特型,没有序列型被划分为高风险克隆复合体。持家基因分裂分解分析结果显示,基因重组在粪肠球菌进化过程中发挥了重要的作用。通过最小生成树分析发现,粪肠球菌遗传关系与分离地区的相关性较弱。尽管eBURST和系统发育分析表明母乳源和冷水鱼源的粪肠球菌具有一定的宿主特异性,但在奶酪、驼奶和马奶中仍然可以检测到与其密切相关的粪肠球菌克隆。结果表明,来自不同宿主的粪肠球菌将适应新的生态位,并通过生产实践和食物链传播。为减少人畜共患病的潜在风险,有必要进行持续监测。 展开更多
关键词 粪肠球菌 多位点序列分型 遗传多样性 克隆复合群 种群结构
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食品和临床来源金黄色葡萄球菌对Caco-2细胞侵袭力的比较研究
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作者 宋明辉 施春雷 +4 位作者 李琼琼 秦峰 刘浩 史贤明 杨美成 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2022年第14期4494-4500,共7页
目的研究食品和临床来源金黄色葡萄球菌不同克隆系(clonal complex,CC)菌株对Caco-2细胞的侵袭力和菌膜形成能力。方法采用Caco-2细胞体外培养方法、庆大霉素与溶葡萄球菌酶保护试验,研究金黄色葡萄球菌12个不同来源的克隆系菌株对人体... 目的研究食品和临床来源金黄色葡萄球菌不同克隆系(clonal complex,CC)菌株对Caco-2细胞的侵袭力和菌膜形成能力。方法采用Caco-2细胞体外培养方法、庆大霉素与溶葡萄球菌酶保护试验,研究金黄色葡萄球菌12个不同来源的克隆系菌株对人体肠道表皮细胞的体外侵袭力;采用96孔板结晶紫染色法评估不同菌株的菌膜形成能力。结果体外侵袭能力试验结果表明CC5、CC25、CC30、CC50、CC59、CC239和CC398等克隆系都具有细胞强侵袭株,与牲畜特异相关的CC9也展现出细胞强侵袭力,而CC1、CC20、CC72和CC121等克隆系则明显具有较弱的细胞侵袭能力。不同克隆系菌株菌膜形成的能力也具有一定差异,其中CC5、CC9、CC25和CC239等克隆系菌膜形成能力相比较强,而CC1、CC72、CC59和CC121等则菌膜形成能力较弱。进一步分析发现不同克隆系菌株的菌膜形成能力与细胞侵袭力呈现正相关(R=0.743)。结论金黄色葡萄球菌不同克隆系菌株的细胞侵袭能力、菌膜形成能力具有一定差异,为有效防控金黄色葡萄球菌临床感染提供重要支持。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 不同克隆系 CACO-2细胞 细胞侵袭力 菌膜形成能力
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138株临床分离肺炎克雷伯菌耐药性与多位点序列分型研究 被引量:2
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作者 陈鲜宝 金向红 +1 位作者 邵先兵 任姜黎 《全科医学临床与教育》 2015年第5期529-532,共4页
目的:研究肺炎克雷伯菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其遗传背景,为临床抗菌药物的合理选择提供依据。方法收集临床分离肺炎克雷伯菌138株,采用K-B纸片扩散法进行10种常用抗菌药物的体外药物敏感性试验,对所有菌株进行多位点序... 目的:研究肺炎克雷伯菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其遗传背景,为临床抗菌药物的合理选择提供依据。方法收集临床分离肺炎克雷伯菌138株,采用K-B纸片扩散法进行10种常用抗菌药物的体外药物敏感性试验,对所有菌株进行多位点序列分型(MLST)。结果 MLST方案中选取的7个管家基因GC含量均分布于55.02%~65.06%。各等位基因数分布于3~6范围内,其中infB的等位基因数只有3个,而tonB的等位基因数有6个。tonB的多态性位点最多,为79个;体外药物敏感性试验结果表明,138株肺炎克雷伯菌对10种抗菌药物耐药率分布于9.42%~50.00%;MLST结果显示,全部菌株共形成9个ST型,其中ST11有78株、ST258有16株、ST340有10株、ST379有8株,上述4个ST型均属于克隆复合体CC258。此外,本次研究还发现1个新ST型。结论肺炎克雷伯菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈现多重耐药趋势;肺炎克雷伯菌的传播趋势相对集中,在院内抗生素选择压的作用下易形成典型的克隆复合体。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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1例Y群ST167型脑膜炎奈瑟菌输入病例的流行病学和病原学分析
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作者 李振翠 李镕 +4 位作者 方艳梅 张昌 邵晓萍 刘英良 刘美真 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期480-484,共5页
目的对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断,评估疫情传播风险。方法采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养,通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分... 目的对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断,评估疫情传播风险。方法采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养,通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分群,检测菌株对12种抗生素的敏感性;对病例开展现场流行病学调查并采取疫情防制措施。结果经多种实验室方法鉴定,该疑似病例确诊为脑膜炎奈瑟菌感染,菌株血清群为Y群,多位点序列分型(MLST)为767,属ST167克隆群,对青霉素、氨苄西林、美罗培南等9种抗生素敏感,对环丙沙星和左氧氟沙星中介,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药。病例的密切接触者和环境检测结果为阴性。结论本病例经检测明确病因为脑膜炎奈瑟菌侵袭性感染,菌株为Y群ST167型。流行病学调查显示该病例引发疫情传播流行的风险较低,后续需要持续关注和监测。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 ST167克隆群 多位点序列分型 耐药性
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北京首例输入性ST-11 complex C群流脑死亡病例流行病学及病原学分析 被引量:3
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作者 董梅 黄芳 +1 位作者 周建军 吴疆 《疾病监测》 CAS 2013年第12期969-971,共3页
目的了解北京首例输入性ST-11 complex C群流行性脑脊髓膜炎(流脑)死亡病例流行病学特征及分离的ST-11 complex C群脑膜炎奈瑟菌株病原学特征。方法采集疑似病例的血液标本,进行脑膜炎奈瑟菌的分离培养、细菌学鉴定,确定为脑膜炎奈瑟菌... 目的了解北京首例输入性ST-11 complex C群流行性脑脊髓膜炎(流脑)死亡病例流行病学特征及分离的ST-11 complex C群脑膜炎奈瑟菌株病原学特征。方法采集疑似病例的血液标本,进行脑膜炎奈瑟菌的分离培养、细菌学鉴定,确定为脑膜炎奈瑟菌;对分离菌株进行血清学分群、实时荧光定量PCR核酸鉴定,同时对鉴定的菌株进行多位点序列分型(MLST)分析、外膜蛋白PorA、fetA基因检测和体外药物敏感试验。结果经细菌学、血清学和实时荧光定量PCR鉴定,该菌株为脑膜炎奈瑟菌C血清群;porA为P1.5-1,10-8,fetA为F3-6;多位点序列分型分析表明,该菌株基因序列型(ST)为ST-2724,属于ST-11/ET-37克隆系;该菌株对氨苄西林和复方新诺明为中等耐药,对其他10种抗菌药物均敏感。结论该菌株为脑膜炎奈瑟菌C:P1.5-1,10-8:F3-6,序列型是ST-2724,属ST-11/ET-37克隆系,对常用抗菌药物尚未出现耐药现象。这是我国首次分离到的ST-11/ET-37克隆系C群脑膜炎奈瑟菌株,为输入性,提示应加强流脑病原学监测。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 C血清群 序列类型ST-2724 多位点序列分型 ST-11 ET-37克隆系
原文传递
基于多位点序列分型对新疆伊宁学龄儿童肠道两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)群体遗传差异解析
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作者 金之烜 王平 +2 位作者 张雪玲 田丰伟 倪永清 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5487-5504,共18页
【背景】两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)是专性代谢人体母乳寡糖(human milk oligosaccharides,HMOs)和宿主肠道黏膜上皮黏蛋白聚糖的肠道共栖益生菌,对生命早期健康和发育至关重要,目前对其不同人群来源的群体遗传报道较少。... 【背景】两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)是专性代谢人体母乳寡糖(human milk oligosaccharides,HMOs)和宿主肠道黏膜上皮黏蛋白聚糖的肠道共栖益生菌,对生命早期健康和发育至关重要,目前对其不同人群来源的群体遗传报道较少。【目的】探究在有限地域内遗传、饮食相近人群来源的B.bifidum菌株集的遗传结构是否具有族群特异的规律性,为开发个性化的益生菌株提供理论基础。【方法】对来自新疆伊宁两个族群(维吾尔族和哈萨克族)学龄儿童队列的肠道两歧双歧杆菌进行分离和鉴定,共获得115个菌株,对基于细菌基因组重复序列PCR(repetitive sequence-PCR,rep-PCR)方法筛选的53株代表菌株采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)进行群体遗传差异分析。【结果】53株代表菌株共分为37个序列型(sequence type,ST),具有很高的遗传多样性;其中26株源自维吾尔族儿童的菌株有17个ST,而20个ST来自27株哈萨克族儿童的菌株,两个族群来源的菌株之间检测到较少的同源基因重组事件。goeBURST分析显示,来自同一族群的B.bifidum分离株比来自另一族群的菌株更有可能被归入特定的系统发育分支或克隆复合体(clonal complexes,CC)。【结论】不同族群来源的B.bifidum分离株显示出较高的遗传多样性,群体遗传结构一定程度上呈现出民族族群来源的特异性,需要更大规模的取样证实。为进一步开展体内外实验并筛选针对区域族群的特色优良益生菌株提供了理论基础。 展开更多
关键词 两歧双歧杆菌 多位点序列分型 遗传多样性 克隆复合群 持家基因
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铜绿假单胞菌耐药率与多位点序列分型研究 被引量:6
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作者 徐立群 吴立燕 +4 位作者 丁汀 魏霞 严倩 赖登攀 陈燕 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期501-504,共4页
目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START... 目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START2软件进行生物信息学分析,以揭示其流行趋势。结果MLST方案中选取的7个管家基因GC含量分布达60.0%~70.0%;各等位基因数分布于4~10个,aroE的等位基因数只有4个,而acsA的等位基因数有10个,trpE的多态性位点最多,为16个;168株铜绿假单胞菌对除多黏菌素外的抗菌药物耐药率为16.3%~35.2%;MLST结果显示,全部菌株共形成20个ST型,其中ST244有26株、ST986有22株、ST597有16株、ST441有13株,上述4个ST型均属于克隆复合体CC244,此外,研究还发现5个新ST型。结论铜绿假单胞菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈现多药耐药趋势;铜绿假单胞菌的传播趋势以散发为主,其进化速度较快,但在医院抗菌药物选择压力的作用下也易形成典型的克隆复合体,目前需要重点监控以CC244为代表的铜绿假单胞菌的流行,以防其在医院内大规模暴发与流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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我国首例感染Y群脑膜炎奈瑟菌CC23病例的实验室分析 被引量:7
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作者 张莉萍 叶雪仪 +3 位作者 熊慧璋 黄勇 叶雪芬 张巧利 《疾病监测》 CAS 2020年第7期664-667,共4页
目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应(PCR)及多位点序列分型(MLST)检测。结果生化、血清鉴定以... 目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应(PCR)及多位点序列分型(MLST)检测。结果生化、血清鉴定以及PCR检测结果均显示,该分离自患者的菌株为Y群脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株,MLST结果分析其属于ST-23克隆群(CC23),从171份密切接触者咽拭子中分离到1株Y群Nm,4株B群Nm。Y群Nm属于CC23,4株B群Nm中1株为ST-11110型,无克隆群归类,2株可能属于ST-4821克隆群,1株为ST-5664,属于ST-4821克隆群。结论该病例为广东省首例Y群流脑病例,也是我国首例由Y群CC23引起的流脑病例,提示今后需进一步加强Y群流脑的病原学监测。 展开更多
关键词 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 ST-23克隆群 多位点序列分型
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新疆维吾尔自治区1960-2019年流行性脑脊髓膜炎流行病学及病原学特征分析 被引量:2
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作者 谢娜 符文慧 +6 位作者 朱兵清 王童敏 陈涛 朱帕尔古丽·哈那西 徐丽 邵祝军 崔燕 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1037-1043,共7页
目的了解新疆维吾尔自治区(新疆)流行性脑脊髓膜炎(流脑)的流行病学和病原学特征。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统和新疆CDC保存的1960-2019年流脑发病数据,分析其流行病学特征。采用分离培养和荧光PCR对临床标本进行检测,并... 目的了解新疆维吾尔自治区(新疆)流行性脑脊髓膜炎(流脑)的流行病学和病原学特征。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统和新疆CDC保存的1960-2019年流脑发病数据,分析其流行病学特征。采用分离培养和荧光PCR对临床标本进行检测,并开展健康人群带菌调查。采用玻片凝集和荧光PCR方法检测菌株的血清群,采用多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)方法检测脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株分子分型特征。结果1960-2019年新疆流脑年发病率为0.02/10万~81.32/10万,病死率为1.05%~20.78%。喀什地区、阿克苏地区、乌鲁木齐市、昌吉回族自治州与和田地区发病数位居前5位。1990年以前,病例和密切接触者均以A群为主(81.82%);1990年以后,出现B、C、W和Y群病例(14.00%),密切接触者没有明显优势的血清群,B、A、W、Y、C群分别为23.28%、18.53%、15.52%、9.91%、7.33%。健康人群带菌率为15.50%,16~岁带菌率最高(25.53%),菌株主要血清群为B(52.11%)、W(20.66%)、C(12.21%)和Y(9.39%)。MLST分子分型结果显示,新疆Nm菌株主要克隆群为ST-4821、ST-175和ST-5克隆群,病例Nm菌株以ST-5和ST-4821克隆群为主。结论1960-2019年新疆流脑发病率存在地区差异,健康人群带菌率高,Nm菌株血清群正在发生变迁。应在重点地区加强流脑疫情的防控,防止流脑的暴发流行。 展开更多
关键词 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 血清群 克隆群 流行病学特征
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我国东部沿海地区水产品中副溶血弧菌分离株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型研究 被引量:2
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作者 徐嘉良 杜小莉 +1 位作者 阚飙 卢昕 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期811-815,共5页
目的:了解2007~2012年来自我国东部沿海地区水产品中的副溶血弧菌分离株的毒力基因携带情况和菌株克隆群关系构成。方法收集2007~2012年间来自广东省、福建省、上海市、江苏省、山东省、北京市的水产品,分离自水产品中的副溶血弧菌... 目的:了解2007~2012年来自我国东部沿海地区水产品中的副溶血弧菌分离株的毒力基因携带情况和菌株克隆群关系构成。方法收集2007~2012年间来自广东省、福建省、上海市、江苏省、山东省、北京市的水产品,分离自水产品中的副溶血弧菌株,经基于 tlh 基因荧光 PCR 鉴定为副溶血弧菌共79株。采用荧光 PCR 方法对其进行了毒力基因耐热直接溶血素(tdh)、耐热直接溶血素相关溶血素(trh)及流行组标识基因 orf8检测,采用国际推荐的多基因座序列分型(MLST)方法对菌株进行亚群分析和克隆复合体分析,并构建基于 ST 型和 pST 型的最小生成树,根据 eBURST 进行克隆群复合体分析。结果在79株水产品分离株中,tlh 均为阳性,8.86%(7/79)的分离株 tdh 阳性,orf8基因的携带率为8.86%。此79株副溶血弧菌分离株分属于69个 ST 型,3个克隆群复合体,62个单体。在基于肽链的多位序列分型时,此79株副溶血弧菌分离株可分为23个 pST 型,包括1个克隆群复合体,2个单体。去重组后剩余363个单核苷酸多态性(SNP)位点,以此363个 SNP 位点进行分型,可分为68个 pattern型。结论来自我国东部沿海地区的水产品中分离的副溶血弧菌具有高度多态性,但毒力基因携带率较低,MLST分型时以 ST3型为多,AA-MLST 分型时以 pST1型为主。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基于碱基序列的多位点序列分型 基于肽链的多位点序列分型 克隆复合体
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