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CDAN1基因突变导致的胎儿期非免疫性水肿的家系遗传学分析
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作者 王燕超 黎青 +5 位作者 孙筱放 李少英 何健淳 张敏聪 黄玲玲 何文智 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1899-1903,F0003,共6页
目的对一例因不明原因胎儿期水肿的流产组织进行临床和遗传学分析,为该家系产前诊断以及遗传咨询提供可靠的理论依据。方法采集孕妇外周血进行血常规、Rh血型和TORCH检测。采集羊水细胞用于细胞培养和G显带核型分析。提取胎儿引产组织... 目的对一例因不明原因胎儿期水肿的流产组织进行临床和遗传学分析,为该家系产前诊断以及遗传咨询提供可靠的理论依据。方法采集孕妇外周血进行血常规、Rh血型和TORCH检测。采集羊水细胞用于细胞培养和G显带核型分析。提取胎儿引产组织基因组DNA行全基因组拷贝数变异测序;采用Agilent's SureSelect XT Human All Exon V6进行文库制备和外显子捕获,并使用Illumina NovaSeq 6000对胎儿及其家系成员DNA行全外显子组测序(trios-WES),并利用SIFT、I-mutant2、PolyPhen-2及PROVEAN生物信息学软件对变异位点进行蛋白功能预测。利用Alpha Fold 2和PyMOL软件对CDAN1的结构进行建模和可视化分析;用Sanger测序对先证者及家系成员进行突变检测和验证。结果胎儿17周超声提示胎儿全身皮下广泛水肿,右侧胸腔大量积液,肝脾增大,胎盘增厚,心包缺损。染色体核型分析检测和染色体拷贝数变异测序结果均正常;全外显子组测序显示CDAN1基因:c.2140C>T(p.Arg714Trp)和c.1264_1265delCT(p.Leu422Glyfs*16)复合杂合突变,分别来自先证者父亲和母亲,生物信息学预测为可能致病性突变,对应的疾病为先天性红细胞生成障碍性贫血1型。结论全外显子组测序结果显示,该胎儿为先天性红细胞生成障碍性贫血(CDAN1基因突变)导致的胎儿期非免疫性水肿,其中CDAN1基因c.1264_1265delCT为首次报道的突变。 展开更多
关键词 先天性红细胞生成障碍性贫血1型 CDAN1基因 胎儿期非免疫性水肿 全外显子组测序
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靶向捕获-高通量测序法对一个先天性白内障家系致病基因的研究 被引量:2
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作者 李乾 张静 +2 位作者 曹琴英 高华方 马旭 《中国计划生育学杂志》 2017年第9期594-597,共4页
目的:应用靶向高通量测序技术鉴定一个常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因。方法:采用靶向捕获已知白内障致病基因并行高通量测序,筛选出候选基因,并对其进行家系内外的共分离检验。结果:该家系符合常染色体显性遗传规律,所有... 目的:应用靶向高通量测序技术鉴定一个常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因。方法:采用靶向捕获已知白内障致病基因并行高通量测序,筛选出候选基因,并对其进行家系内外的共分离检验。结果:该家系符合常染色体显性遗传规律,所有患者均为核性白内障。靶向基因测序发现,位于主要内源性蛋白MIP基因的一个杂合突变c.97C>T(p.R33C)可能是该家系的致病突变,该变异造成MIP基因编码的水通道蛋白氨基酸序列错义改变,并引起蛋白质结构异常,从而影响其功能。通过一代测序验证并确定该杂合突变为该家系的致病突变。结论:MIP基因c.97C>T(p.R33C)突变是造成该先天性白内障家系致病的分子机制。 展开更多
关键词 先天性白内障 靶向测序 突变基因 水通道蛋白
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先天性白内障致病基因EPHA2的筛查与鉴定 被引量:1
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作者 李乾 杨振菲 常亮 《河北医学》 CAS 2018年第8期1245-1249,共5页
目的:应用新一代高通量测序技术研究一个连续三代都有患病的先天性白内障家系的致病基因。方法:采用已知候选基因靶向捕获富集的方法并结合二代测序技术,筛选出候选突变,应用Sanger测序对其进行验证及家系内的共分离检验,之后对其进行... 目的:应用新一代高通量测序技术研究一个连续三代都有患病的先天性白内障家系的致病基因。方法:采用已知候选基因靶向捕获富集的方法并结合二代测序技术,筛选出候选突变,应用Sanger测序对其进行验证及家系内的共分离检验,之后对其进行信息学预测。结果:该家系共七名患者,遗传方式符合常染色体显性遗传规律。靶向基因测序发现了EPHA2基因的一个杂合突变c.1532C>T,该变异造成EPHA2基因编码的跨膜蛋白受体氨基酸序列错义改变(p.T511M),信息学预测表明E-PHA2氨基酸511位在物种进化上保守且T511M突变引起蛋白质功能改变,Sanger测序结果表明该突变可信并且在先天性白内障家系内与疾病表型共分离。结论:EPHA2基因c.1532C>T(p.T511M)可能是本研究先天性白内障家系的致病突变。病基因。方法:采用已知候选基因靶向捕获富集的方法并结合二代测序技术,筛选出候选突变,应用Sanger测序对其进行验证及家系内的共分离检验,之后对其进行信息学预测。结果:该家系共七名患者,遗传方式符合常染色体显性遗传规律。靶向基因测序发现了EPHA2基因的一个杂合突变c.1532C>T,该变异造成EPHA2基因编码的跨膜蛋白受体氨基酸序列错义改变(p.T511M),信息学预测表明EPHA2氨基酸511位在物种进化上保守且T511M突变引起蛋白质功能改变,Sanger测序结果表明该突变可信并且在先天性白内障家系内与疾病表型共分离。结论:EPHA2基因c.1532C>T(p.T511M)可能是本研究先天性白内障家系的致病突变。 展开更多
关键词 先天性白内障 靶向捕获高通量测序 EPHA2 突变
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儿童铁粒幼红细胞贫血的临床特征及基因突变谱分析 被引量:1
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作者 安文彬 刘超 +4 位作者 万扬 郭晔 王书春 张英驰 竺晓凡 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1016-1021,共6页
目的对铁粒幼红细胞贫血(SA)患儿的临床特征和基因突变谱进行分析,探讨目的基因捕获二代测序技术在SA患儿分子诊断中的临床应用价值,提高对SA的早期诊断和临床干预水平。方法收集36例诊断为SA患儿的临床资料,采用目的基因捕获二代测序... 目的对铁粒幼红细胞贫血(SA)患儿的临床特征和基因突变谱进行分析,探讨目的基因捕获二代测序技术在SA患儿分子诊断中的临床应用价值,提高对SA的早期诊断和临床干预水平。方法收集36例诊断为SA患儿的临床资料,采用目的基因捕获二代测序方法进行SA相关致病基因、与血红素合成及线粒体铁代谢有关的基因检测,分析基因型与临床表型的关系。结果36例患儿中,32例为遗传性铁粒幼红细胞贫血(CSA),4例为骨髓增生异常综合征伴环形铁粒幼红细胞(MDS-RS)。共53%(19/36)患儿检测到CSA相关基因突变,其中ALAS2基因突变占47%(9/19),SLC25A38基因突变占21%(4/19),线粒体片段缺失占32%(6/19)。所有MDS-RS患儿均未检测到致病/可能致病性基因突变。89%(17/19)为已知致病突变,11%(2/19)为新变异。ALAS2基因新变异c.1153A>T(p.I385F)评级为"可能致病的"及SLC25A38基因新变异c.175C>T(p.Q59X)评级为"致病的"。结论儿童CSA以ALAS2及SLC25A38基因突变为主,但线粒体基因片段缺失亦占有相当比例,对于婴儿期即出现的低增生性贫血,需考虑线粒体病的可能。 展开更多
关键词 遗传性铁粒幼红细胞贫血 骨髓增生异常综合征伴环形铁粒幼红细胞 临床特征 基因突变 目的基因捕获二代测序 儿童
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Targeted Genes Sequencing Identified a Novel 15 bp Deletion on GJA8 in a Chinese Family with Autosomal Dominant Congenital Cataracts 被引量:1
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作者 Han-Yi Min Peng-Peng Qiao +10 位作者 Asan Zhi-Hui Yan Hui-Feng Jiang Ya-Ping Zhu Hui-Qian Du Qin Li Jia-Wei Wang Jie Zhang Jun Sun Xin Yi Ling Yang 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2016年第7期860-867,共8页
Background: Congenital cataract (CC) is the leading cause of visual impairment or blindness in children worldwide. Because of highly genetic and clinical heterogeneity, a molecular diagnosis of the lens disease rem... Background: Congenital cataract (CC) is the leading cause of visual impairment or blindness in children worldwide. Because of highly genetic and clinical heterogeneity, a molecular diagnosis of the lens disease remains a challenge. Methods: In this study, we tested a three-generation Chinese family with autosomal dominant CCs by targeted sequencing of 45 CC genes on next generation sequencing and evaluated the pathogenicity of the detected mutation by protein structure, pedigree validation, and molecular dynamics (MD) simulation. Results: A novel 15 bp deletion on GJA8 (c.426_440delGCTGGAGGGGACCCT or p. 143147delLEGTL) was detected in the family. The deletion, concerned with an in-frame deletion of 5 amino acid residues in a highly evolutionarily conserved region within the cytoplasmic loop domain of the gap junction channel protein connexin 50 (CxS0), was in full cosegregation with the cataract phenotypes in the family but not found in 1100 control exomes. MD simulation revealed that the introduction of the deletion destabilized the Cx50 gap junction channel, indicating the deletion as a dominant-negative mutation, Conclusions: The above results support the pathogenic role of the 15 bp deletion on GJA8 in the Chinese family and demonstrate targeted genes sequencing as a resolution to molecular diagnosis of CCs. 展开更多
关键词 congenital Cataract GJA8 Next Generation Sequencing Novel In-frame Deletion targeted Genes capture
原文传递
一个Ⅱ型先天性红细胞生成异常性贫血家系的僦3B基因型及表型分析 被引量:3
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作者 李栋梁 李博伦 +4 位作者 瞿姗姗 曹玮 杨娅平 马印图 侯天文 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期874-878,共5页
目的对1个Ⅱ型先天性红细胞生成异常性贫血(congenital dyserythropojetic anemia,CDA)家系进行致病基因的突变及表型分析。方法应用目标序列捕获高通量二代测序技术对1例CDAⅡ型患者SEC23B基因的外显子及侧翼区进行测序,在确定先... 目的对1个Ⅱ型先天性红细胞生成异常性贫血(congenital dyserythropojetic anemia,CDA)家系进行致病基因的突变及表型分析。方法应用目标序列捕获高通量二代测序技术对1例CDAⅡ型患者SEC23B基因的外显子及侧翼区进行测序,在确定先证者的致病基因型后,应用Sanger测序法进行验证,同时检测患者直系亲属的基因型,并用Mutation Taster与PolyPhen-2软件预测突变对蛋白功能的影响,用SWISS-MODEL软件对蛋白结构进行模拟分析。结果先证者SEC23B基因存在罕见的复合杂合错义突变C.1727T〉C(P.F576S)和C.1831C〉T(P.R611W),导致该基因的第576位氨基酸由苯丙氨酸变为丝氨酸,第611位由精氨酸变为色氨酸。Sanger测序证实了上述双重突变。先证者之姐检出C.1727T〉C杂合突变,父亲及儿子均检出C.1831C〉T杂合突变。此外,在先证者中检出一血色病相关基因HFE的杂合突变c.211C〉T(p.R71X),导致71位的精氨酸变为终止密码子,其父亲未检出此突变。上述3种突变的蛋白功能预测均为有害,分子模拟显示其改变了SEC23B蛋白的三维构象。先证者在脾脏切除后贫血有所好转,在祛铁治疗后铁蛋白有所下降。结论SEC23B基因c.1727T〉C与c.1831C〉T复合杂合突变很可能是该cDAⅡ型家系的分子发病原因,此基因型与临床表型密切相关。 展开更多
关键词 SEC23B基因 突变 贫血 先天性红细胞生成异常性 目标序列捕获 二代测序
原文传递
四个先天性红细胞生成异常性贫血家系的SEC23B基因变异分析
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作者 冯银 时盼来 +1 位作者 刘宁 孔祥东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第8期727-730,共4页
目的分析4例不明原因的溶血性贫血患者的基因变异类型。方法采集4例以溶血性贫血为表型的患者及其家系成员外周静脉血,提取基因组DNA。应用高通量测序方法对4例患者红系相关疾病基因进行筛查,并用Sanger测序验证患者及其家系成员可疑变... 目的分析4例不明原因的溶血性贫血患者的基因变异类型。方法采集4例以溶血性贫血为表型的患者及其家系成员外周静脉血,提取基因组DNA。应用高通量测序方法对4例患者红系相关疾病基因进行筛查,并用Sanger测序验证患者及其家系成员可疑变异位点。结果4个先证者在SEC23B基因上均检测到2个复合杂合变异,分别来自其父母,为先天性红细胞生成异常性贫血(congenital dyserythropoietic anemia,CDA)Ⅱ型患者。先证者1携带SEC23B基因第15外显子c.1727T>C(p.Phe576Ser)和第16外显子c.1831C>T(p.Arg611Trp)复合杂合变异;先证者2携带第2外显子c.74C>A(p.Pro25His)和第14外显子c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异;先证者3携带第2外显子c.74C>A(p.Pro25His)和第16外显子c.1831C>T(p.Arg611Trp)复合杂合变异;先证者4及其弟携带第14外显子c.1571C>T(p.Ala524Val)和第19外显子c.2149G>T(p.Ala717Ser)复合杂合变异;检出的6个变异中,c.1727T>C(p.Phe576Ser)和c.2149G>T(p.Ala717Ser)为未见报道过的新变异。同时检测到先证者4其PIEZO1基因上存在c.4608_4615del(p.Gly1537Glufs*82)杂合变异。结论高通量测序技术可快速准确地对CDAⅡ型患者进行基因变异分析,是传统诊断方法的有效补充手段,其中新发现的变异位点丰富了SEC23B基因的变异数据库。 展开更多
关键词 高通量测序 溶血性贫血 先天性红细胞生成异常 SEC23B基因
原文传递
SEC23B基因突变诊断先天性红细胞生成异常性贫血Ⅱ型1例并文献复习
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作者 孙慧敏 姜中兴 王卫敏 《重庆医学》 CAS 2019年第9期1513-1515,1519,共4页
目的探讨分子生物学基因突变检测对于复杂、罕见遗传性疾病诊断的重要性,以提高对先天性红细胞生成异常性贫血(CDA)的认识。方法运用高通量二代测序技术对申请人进行血液系统疾病相关基因全外显子编码区及剪切区序列测定,在确定致病基因... 目的探讨分子生物学基因突变检测对于复杂、罕见遗传性疾病诊断的重要性,以提高对先天性红细胞生成异常性贫血(CDA)的认识。方法运用高通量二代测序技术对申请人进行血液系统疾病相关基因全外显子编码区及剪切区序列测定,在确定致病基因后,应用Sanger测序法进行验证,同时检测申请人父母的基因型。通过分析此病例资料并复习相关文献。结果申请人为年轻女性,成年后发现贫血、黄疸,脾大,胆囊结石,血象呈正细胞轻度贫血;血片可见6%球形红细胞;光镜下骨髓形态存在双核幼红细胞,以哑铃核、花核多见,偶见点彩,占有核红细胞的12%;申请人及其父母血液系统疾病基因筛查(高通量二代测序):申请人存在SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)和c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异;其母存在SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)杂合变异;其父存在SEC23B基因c.1588C>T(p.Arg530Trp)杂合变异。未行骨髓电镜、十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检查。诊断为CDAⅡ型(CDAⅡ),因其未出现严重的铁过载等并发症,观察随访。结论 SEC23B基因c.74C>A(p.Pro25His)和c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异是本例CDAⅡ患者的可能分子发病机制,积极开展与该病相关的CDAN1、C150RF41、SEC23B、KIF23、KLF1和GATA1基因检测极为重要。 展开更多
关键词 贫血 红细胞生成障碍性 先天性 高通量二代测序 SEC23B基因
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