叶尔羌河土著鱼类寄生对盲囊线虫的分子鉴定和群体遗传结构分析

为探明叶尔羌河5种土著鱼寄生对盲囊线虫(Contracaecum sp.)的群体遗传结构,基于其核糖体ITS-1基因进行分子鉴定,并利用线粒体COⅡ基因进行遗传结构分析。结果显示,5个对盲囊线虫群体均为鲁道夫对盲囊线虫B种(Contracaecum rudolphii B),共检测出71个单倍型,5个群体的单倍型多样性为0.714~0.978,核苷酸多样性为0.00540~0.01091。系统发育树和网络图显示,5个群体间未形成与宿主相对应谱系。遗传分化指数为-0.0013~0.1086,AMOVA分析显示,群体间变异和群体内变异分别占4.33%和95.67%,5个群体遗传变异主要来自群体内部。综上,叶尔羌河5种土著鱼体内寄生鲁道夫对盲囊线虫B种群体均属高遗传多样性群体,各群体间分化程度较低,群体间基因交流频繁。

用PCR-RFLP技术鉴别鲁道夫对盲囊线虫姊妹种的研究

用保守引物扩增鲁道夫对盲囊线虫Contracaecumrudolphii姊妹种和C .septentrionalerDNA第一内转录间隔区(ITS 1)片段并纯化,根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionalerDNAITS 1序列,选用限制性内切酶MspΙ和NsiI酶切,酶切产物用琼脂糖凝胶电泳分析.结果经MspΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫姊妹种与C .septentrionale表现出不同的条带;经NsiΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionale结果一致,与鲁道夫对盲囊线虫A不同.用MspΙ可以鉴定出C .septentrionale ,用NsiΙ可以鉴定出鲁道夫对盲囊线虫A ,2个限制性内切酶合用可以将鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionale分别鉴定出来.根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionalerDNAITS 1基因序列建立的鲁道夫对盲囊线虫姊妹种PCR RFLP鉴别技术能够对鲁道夫对盲囊线虫姊妹种进行准确。

叶尔羌河流域鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定及遗传多样性分析

为评估叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内寄生的鲁道夫对盲囊线虫(Contracaecum rudolphii)群体遗传多样性水平,本研究采用PCR方法测定叶尔羌河、塔什库尔干河、下坂地水库3个地区52条对盲囊线虫的ITS-1和COⅠ基因序列,对其基因序列及遗传结构进行鉴别分析。结果显示,基于ITS-1序列叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内对盲囊线虫被鉴定为鲁道夫对盲囊线虫B种(C.rudolphii B),利用COⅠ序列共检测出30个单倍型,其中共享单倍型1种。多样性分析显示,3个群体的整体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.931和0.00967。系统进化树和单倍型网络结构表明,3个群体间单倍型随机地聚集在一起,没有形成明显的空间地理格局。群体遗传结构和分子方差分析表明,3个群体间遗传距离较小且呈弱分化水平,鲁道夫对盲囊线虫B种的分化主要来自于群体内部。研究结果表明,叶尔羌河流域3个不同地理群体的鲁道夫对盲囊线虫B种均属高遗传多样性群体,各群体间基因交流频繁,没有形成特定的地理遗传结构,正处于稳定扩增状态,本研究旨在为保护其宿主塔里木裂腹鱼种质资源提供理论依据。

广州动物园鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

目的以核糖体DNA(rDNA)的第一与第二内转录间隔区序列(ITS-1及ITS-2)鉴定从广州动物园鸬鹚体内分离出来的鲁道夫对盲囊线虫种类。方法将鲁道夫对盲囊线虫样品GZ1、GZ2、GZ3和GZ4的ITS-1、5.8S、ITS-2进行PCR扩增及序列分析,并与GenBankTM公布的Contracaecum rudolphii A、B种相应序列进行比较。结果来自鸬鹚体内的4条鲁道夫对盲囊线虫具有相同长度的ITS序列,其ITS-1、5.8S、ITS-2分别为451、157和268bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫B种(C.rudolphii B)序列几乎完全一致,但在第108位缺失T。结论来自广州动物园鸬鹚体内的对盲囊线虫是C.rudolphii B。