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Novel DNA vaccine based on hepatitis B virus core gene induces specific immune responses in Balb/c mice 被引量:7
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作者 Yi-Ping Xing Zu-Hu Huang +4 位作者 Shi-Xia Wang Jie Cai Jun Li Te-Hui W Chou Shan Lu 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2005年第29期4583-4586,共4页
AIM: To investigate the immunogenicity of a novel DNA vaccine,pSW3891/HBc, based on HBV core gene in Balb/c mice.METHODS: A novel DNA vaccine, pSW3891/HBc, encoding HBV core gene was constructed using a vector plasmid... AIM: To investigate the immunogenicity of a novel DNA vaccine,pSW3891/HBc, based on HBV core gene in Balb/c mice.METHODS: A novel DNA vaccine, pSW3891/HBc, encoding HBV core gene was constructed using a vector plasmid pSW3891. Balb/c mice were immunized with either pSW3891/HBc or empty vector DNA via gene gun. IgG anti-HBc responses in mouse sera were demonstrated by ELISA. Specific cytotoxicity of cytotoxic T lymphocytes (CTLs) of mice was quantitatively measured by lactate dehydrogenase release assay.RESULTS: HBcAg was expressed effectively in 293T cell line transiently transfected with pSW3891/HBc. Strong IgG anti-HBc responses were elicited in mice immunized with pSW3891/HBc. The end-point titers of anti-HBc reached the highest 1:97 200, 4 wk after the third immunization. The specific CTL killing with the highest specific lysis reached 73.25% at effector:target ratio of 20:1 in mice that received pSW3891/HBc DNA vaccine.CONCLUSION: pSW3891/HBc vaccination elicits specific anti-HBc response and induces HBc-specific CTL response in immunized Balb/c mice. 展开更多
关键词 DNA疫苗 乙型肝炎病毒 免疫反应 BALB/C 小鼠 动物实验
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Cloning and sequencing of core gene cDNA of Chinese hepatitis C virus
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作者 戚中田 潘卫 杜平 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 1993年第2期103-108,共6页
A hepatitis C virus(HCV)cDNA fragment,534bp in length and designated asQ534,was obtained by PCR amplification with self-designed primers.Q534 was cloned in-to Hinc Ⅱ site of pUC18 and the recombinant plasmid pQ534 wa... A hepatitis C virus(HCV)cDNA fragment,534bp in length and designated asQ534,was obtained by PCR amplification with self-designed primers.Q534 was cloned in-to Hinc Ⅱ site of pUC18 and the recombinant plasmid pQ534 was then selected from thebacterial transformants.The sequence analysis indicated that Q534 was a cDNA fragmentof HCV core gene,and located in HCV genome from positions 320 to 853 incorrespondence with Chiron’s prototype sequence.The homologies between Q534 and theprototype at the levels of nucleotides and amino acids were 90.0% and 97.6%,respectively.The homologies of Q534 with Japanese HCV-J and HCV-BK strains were 96.6% and97.0% at the nucleotide level,and 98.2% and 98.8% at the amino acid level.In terms ofthe sequence,this Chinese HCV isolate should belong to HCV group Ⅱ. 展开更多
关键词 HEPATITIS C VIRUS core gene DNA SEQUENCING
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Expression of core gene cDNA of Chinese hepatitis C virus in HepG2 cell line
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作者 姜荣龙 卢桥生 +3 位作者 侯金林 骆抗先 章廉 王燕军 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 1997年第4期313-316,共4页
Objective: To clone core gene cDNA of Chinese hepatitis C virus (HCV) into eukaryotic expression vector pTM3 and to express HCV core antigen in HepG2 cells. Methods: Core gene cDNA of HCV was introduced into eukaryoti... Objective: To clone core gene cDNA of Chinese hepatitis C virus (HCV) into eukaryotic expression vector pTM3 and to express HCV core antigen in HepG2 cells. Methods: Core gene cDNA of HCV was introduced into eukaryotic expression vector pTM3. Using vaccinia virus/bacteriophage T7 hybrid expression system, HepG2cells were trans feeted with the recombinant plasmid pTM3-Q534 by lipofectin. Results: From the transfected bacteria Top10F, 2pTM3-Q534 clones containing the recombinant plasmid were identified from randomly selected 10ampicillin-resistant colonies. By indirect immunofluorescence technique HCV core protein was identified in HepG2cells trans feeted with the recombinant plasmid. Conclusion: The construction of a recombinant plasmid and the expression of core gene cDNA of HCV in HepG2 were successful. 展开更多
关键词 HEPATITIS C VIRUS (HCV)/core gene CDNA cosmid vector CLONAL EXPRESSION
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STRUCTURE IN THE PRECORE REGION OF HEPATITIS B CORE GENE AFFECTING ITS EXPRESSION IN E.coil
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作者 马贤凯 丁广治 +4 位作者 石成华 左平 逯好英 卢秀桂 黄翠芬 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 1987年第11期1190-1198,共9页
Restriction fragments of HBV-DNA, cleaved by endonuclease HhaI,containing HBcAg gene were trimmed by BAL-31 exonuclease to remove different lengths of the precore sequence.They were inserted into plasmid pUR222 at Eco... Restriction fragments of HBV-DNA, cleaved by endonuclease HhaI,containing HBcAg gene were trimmed by BAL-31 exonuclease to remove different lengths of the precore sequence.They were inserted into plasmid pUR222 at EcoRI site through synthetic linker ligation. Transformants in E.coli BMH7118 showing different levels of HBcAg gene expression were screened and analyzed for their nucleotide sequences in the junction region both by Maxam and Gilbert’s chemical degradation method and by M13 chain termination method. Results of sequence analysis of different transformants revealed a partial palindromic (loop and stem) structure, at -7 to -35 nucleotide with regard to ATG of the HBcAg gene as position +1, which has dramatic effect on the level of expression of the inserted gene using the same promoter,SD sequence and identical N-terminus.The amount of HBcAg synthesized differed from 9% in the high expressing plasmid to less than 0.01% of the total cell proteins in the low expressing transformants.The findings 展开更多
关键词 HBeAg HBcAg STRUCTURE IN THE PREcore REGION OF HEPATITIS B core gene AFFECTING ITS EXPRESSION IN E.coil
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Biological impact of hepatitis B virus X-hepatitis C virus core fusion gene on human hepatocytes 被引量:7
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作者 Zhen Ma Qin-Hai Shen Guo-Min Chen Da-Zhi Zhang 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2008年第35期5412-5418,共7页
AIM: To investigate the biological impact of hepatitis B virus X- hepatitis C virus core (HBV X-HCV C) fusion gene on hepatoma cells. METHODS: The recombinant adenoviruses Ad- XC, Ad-X and Ad-C expressing HBV X-HCV C ... AIM: To investigate the biological impact of hepatitis B virus X- hepatitis C virus core (HBV X-HCV C) fusion gene on hepatoma cells. METHODS: The recombinant adenoviruses Ad- XC, Ad-X and Ad-C expressing HBV X-HCV C fusion gene, HBV X gene and HCV C gene were constructed, respectively. Hepatoma cells were infected with different recombinant adenoviruses. MTT, colonyforming experiment, FCM, TUNEL assay were performed to observe the biological impact of the HBV X-HCV C fusion gene on liver cells. RESULTS: MTT showed that the Ad-XC group cells grew faster than the other group cells. Colony-forming experiment showed that the colony-forming rate for the Ad-XC group cells was significantly higher than that for the other group cells. FCM analysis showed that Ad-XC/Ad-X/Ad-C infection enhanced the progression of G1→S phase in the HepG2 cell cycle. The apoptosis index of the Ad-XC, Ad-X, Ad-C group cells was significantly lower than that of the Ad0 and control group cells. Semi-quantitative RT-PCR showed that the expression level of c-myc was the highest in Ad- XC infected cells. Tumor formation was found at the injected site of mice inoculated with Ad-XC-infected LO2 cells, but not in control mice. CONCLUSION: Ad-XC, Ad-X and Ad-C facilitate the proliferation activity of HepG2 cells and inhibit their apoptosis in vitro. The effect of Ad-XC is significantly stronger than that of Ad-X and Ad-C. Up-regulation of c-myc may be one of the mechanisms underlying the synergism of HBV X and HCV C genes on hepatocarcinogenesis in athymic nude mice. 展开更多
关键词 肝细胞癌 细胞增殖 细胞凋亡 乙肝 丙肝 生物学
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Core Collection Based Backcrossing: An Eff icient Approach for Breeding, Germplasm Enhacement and Gene Discovery 被引量:8
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作者 J.Z. Jia  R.H. Zhou  X.Y. Zhang  L. Zhang  Y.L. Li  J. Wang  X.Z. Liu  L.F. Gao  S.B. Liu 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第2期245-245,共1页
Plant germplasm underpins much of crop development. Millions of germplasm accessions have been collected and conserved ex situ, and the major challenge is now how to exploit and utilize this abundant resource.
关键词 回交杂种 植物育种 种植技术 植物
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HIGN LEVEL EXPRESSION OF HEPATITIS C VIRUS CORE GENE IN E.COLI
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作者 李华 潘承恩 +3 位作者 陈武科 王欣璐 王全颍 杨广笑 《Academic Journal of Xi'an Jiaotong University》 2000年第2期142-145,共4页
Objective To express the hepatitis C virus (HCV) core gene in E . coli on a high level. Methods The cDNA coding for HCV core protein was amplified by polymerase chain reaction (PCR). The PCR product was purified a... Objective To express the hepatitis C virus (HCV) core gene in E . coli on a high level. Methods The cDNA coding for HCV core protein was amplified by polymerase chain reaction (PCR). The PCR product was purified and digested with restriction enzymes and inserted into the downstream of P RP L promoter of a high level expression vector pBV220 . HCV core gene was expressed in E . coli in a non fused form. The expression protein was analysed by SDS PAGE , and its immunoactivity was tested by ELISA . Results Sequence analysis of the amplified PCR products confirmed that we have successfully cloned and expresssed the intact core protein of HCV. SDS PAGE showed that a specific protein with a molecular weight of 21kDa at a level of 14.0% of the total bacterial proteins appeared in bacteria harboring pBV/HCVCore, while this protein was absent in the control bacteria harboring pBV220. The results of enzyme immunoassay analysis showed that this protein could be specifically recognized by the HCV positive sera from patients with hepatitis C .Conclusion The intact HCV core protein was successfully expressed in  E . coli  in a non fused form on a high level, and its immunoactivity was high. 展开更多
关键词 hepatitis C virus core protein gene VIRAL antiH
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Exploring the molecular mechanism and core genes of chronic Chagas cardiomyopathy based on gene expression microarray
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作者 卢建军 冯喆 +3 位作者 何永利 王锐 黄澄 周颖玲 《South China Journal of Cardiology》 CAS 2019年第2期108-116,共9页
Background Chronic Chagas cardiomyopathy(CCM)is an infectious disease which could lead to severe dilated cardiomyopathy.Intensive efforts have been made to elucidate the pathogeny,but the molecular mechanisms of CCM a... Background Chronic Chagas cardiomyopathy(CCM)is an infectious disease which could lead to severe dilated cardiomyopathy.Intensive efforts have been made to elucidate the pathogeny,but the molecular mechanisms of CCM are still not well understood.The present study was designed to identify differentially expressed genes(DEGs),and to exploring the molecular mechanism and core genes that may be involved in the disease progression of CCM.Methods A microarray dataset GSE84796 was downloaded from Gene Expression Omnibus(GEO)database.The DEGs were identified.Then Gene Ontology(GO),Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)pathway enrichment analysis and protein-protein interaction(PPI)network analyses were performed by DAVID,STRING and Cytoscape.Results A total of 786 DEGs were identified,consisting of703 downregulated genes and 83 upregulated genes.The enriched biological process(BP)analysis revealed that DEGs included genes for adaptive immune response,regulation of immune and inflammatory response.Five of the most important six BP in advanced CCM were associated with immune injury and the other one was associated with inflammatory response.From the most important module of PPI network,24 DEGs with degrees≥35 were identified as core genes,among which 22 genes are associated to immune damage,and the other 2 genes are related to inflammatory reaction.Conclusion This study has proved the importance of immune injury in the progression of advanced CCM.Meanwhile,the core genes may provide molecular targets for the diagnosis or drug intervention of CCM in the future study. 展开更多
关键词 CHRONIC CHAGAS cardiomyopathy(CCM) DILATED CARDIOMYOPATHY immune response core gene enrichment analysis
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Specific activation of 2'-5'oligoadenylate synthetase gene promoter by hepatitis C virus-core protein:A potential for developing hepatitis C virus targeting gene therapy
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作者 Ying Wang Shan-Shan Mao +3 位作者 Qiong-Qiong He Yuan Zi Ji-Fang Wen De-Yun Feng 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2009年第25期3178-3182,共5页
AIM:To examine whether 2'-5'oligoadenylate synthetase (OAS) gene promoter can be specifically activated by hepatitis C virus (HCV)-core protein.METHODS: Human embryo hepatic cell line L02 wa transfected with p... AIM:To examine whether 2'-5'oligoadenylate synthetase (OAS) gene promoter can be specifically activated by hepatitis C virus (HCV)-core protein.METHODS: Human embryo hepatic cell line L02 wa transfected with pcDNA3.1-core plasmid and selected by G418. Expression of HCV-core was detected by reverse transcription polymerase chain reaction and Western blotting. The OAS promoter sequence wa amplified from the genomic DNA and inserted into pGL3-basic vector. The resultant pGL3-OAS-Luc plasmid was transiently transfected into L02/core cell and luciferase activity was assayed. RESULTS: L02/core cell line stably expressing HCV core protein was established. The pGL3-OAS-Luc construct exhibited significant transcriptional activity in the L02/core cells but not in the L02 cells.CONCLUSION: HCV-core protein activates the OAS gene promoter specifically and effectively. Utilization of OAS gene promoter would be an ideal strategy for developing HCV-specific gene therapy. 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 基因启动子 核心蛋白 基因治疗 合成酶 激活 逆转录聚合酶链反应 PCDNA3.1
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单细胞RNA测序联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病中的核心基因
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作者 薛廷 郑乐婷 +2 位作者 董菲 周广 钟小宁 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期97-105,共9页
目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及... 目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及组间树突状细胞差异表达基因(DC-DEG)鉴定。GSE38974差异分析得到的差异基因(DEG)与DC-DEG取交集获取共有DC-DEG,评估共有DC-DEG对COPD的诊断效能和共有DC-DEG富集分析及其与GSE38974免疫细胞浸润中激活的树突状细胞(DC)、浆细胞样树突状细胞(pDC)和Th17细胞的相关性。肺气肿小鼠模型肺组织对共有DC-DEG的mRNA表达量进行实验验证。结果 GSE173896得到组间DC-DEG 18个,GSE38974得到646个DEG,两者取交集得到3个DC-DEG,包括白细胞介素1受体拮抗剂(IL1RN)、 S100钙结合蛋白A8(S100A8)和S100A9,曲线下面积(AUC)值分别为0.841、 0.804和0.966。基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)主要富集于慢性炎症反应、含胶原蛋白的细胞外基质、晚期糖基化终产物受体(RAGE)结合、 Toll样受体(TLR)结合、白细胞介素17(IL-17)信号通路等。IL1RN、 S100A8和S100A9均与激活的DC、 pDC及Th17细胞呈正相关。实验验证结果显示肺气肿小鼠肺组织IL1RN、 S100A8和S100A9的mRNA相对表达量上调。结论 IL1RN、 S100A8和S100A9可能是DC在COPD发病机制中的核心基因,为后续COPD的免疫治疗提供潜在靶点和理论依据。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病(COPD) 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) 树突状细胞(DC) 核心基因
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非酒精性脂肪性肝病及动脉粥样硬化的基因串扰综合分析
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作者 孟思雨 倪天祎 +2 位作者 耿金 葛培兵 王丙剑 《中国动脉硬化杂志》 CAS 2024年第7期573-582,共10页
[目的]使用生物信息学的方法寻找非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和动脉粥样硬化(As)的共同转录特征,通过两种疾病的基因串扰分析,挖掘NAFLD相关As新的潜在机制和关键靶点,并进一步在动物组织和人血清样本中验证关键靶点的表达水平。[方法]GE... [目的]使用生物信息学的方法寻找非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和动脉粥样硬化(As)的共同转录特征,通过两种疾病的基因串扰分析,挖掘NAFLD相关As新的潜在机制和关键靶点,并进一步在动物组织和人血清样本中验证关键靶点的表达水平。[方法]GEO数据库下载NAFLD(数据集GSE89632)和As(数据集GSE43292)的基因表达谱,进行差异基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选两种疾病的共享基因。通过String数据库、蛋白质互作分析和R软件等工具对共享基因进行富集分析。利用Cytoscape软件计算、外部数据集(GSE100927)验证及机器学习方法(LASSO回归)筛选出核心基因。最后,通过构建高脂饮食非酒精脂肪肝和As小鼠模型以及收集NAFLD合并冠心病患者的外周血清,验证重要的核心基因。[结果]识别出两种疾病的75个共享基因,发现共享基因的主要富集通路,包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、IL-17信号通路、脂质和As、NF-κB信号通路等。综合多种生物信息学方法,最终筛选出2个重要的核心基因(MMP-9和CCL3)。动物实验验证结果表明,高脂饮食组小鼠肝脏和主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量都明显升高,高脂饮食组小鼠肝脏组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.43倍(P<0.001)和1.35倍(P<0.01),高脂饮食组小鼠主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.10倍(P<0.001)和1.58倍(P<0.01)。人血清样本验证结果表明,NAFLD合并冠心病患者血清中的MMP-9和CCL3含量分别为单纯冠心病患者的1.21倍(P<0.01)和1.29倍(P<0.01)。[结论]本研究基于生物信息学分析发现MMP-9和CCL3可能是NAFLD相关As中发挥关键作用的核心基因,为研究NAFLD相关As提供一定的靶点参考。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪性肝病 动脉粥样硬化 生物信息学分析 机器学习 核心基因
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地榆通过影响PPARG和SLC7A11/GPX4表达减轻溃疡性结肠炎小鼠损伤
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作者 尹小溪 陈孜旋 +5 位作者 袁漪 马京男 王晶 吕添熠 佟苗苗 李丽 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第7期20-28,共9页
目的基于生物信息学探究地榆(Sanguisorbae Radix,SR)改善小鼠溃疡性结肠炎的机制。方法利用R语言对高通量基因表达数据库(GEO)中GSE92415数据集进行溃疡性结肠炎(UC)差异表达基因筛选和加权基因共表达网络分析(WGCNA),并结合FerrDb数据... 目的基于生物信息学探究地榆(Sanguisorbae Radix,SR)改善小鼠溃疡性结肠炎的机制。方法利用R语言对高通量基因表达数据库(GEO)中GSE92415数据集进行溃疡性结肠炎(UC)差异表达基因筛选和加权基因共表达网络分析(WGCNA),并结合FerrDb数据库,获得UC相关铁死亡特征基因。对特征基因进行蛋白互作分析(PPI)和相关性分析,筛选UC铁死亡核心基因。构建葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的UC小鼠模型,并灌胃给予SR水提物9 d,记录疾病活动指数(DAI)和结肠长度,采用HE染色法观察结肠组织病理变化,酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测小鼠结肠组织炎症因子肿瘤坏死因子(TNF)⁃α、白细胞介素-6(IL⁃6),生化试剂盒检测脂质过氧化因子丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)水平,免疫荧光法检测结肠组织闭锁小带蛋白1(ZO⁃1)表达,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测结肠组织过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、溶质载体家族7成员11(SLC7A11)和谷胱甘肽过氧化酶4(GPX4)蛋白表达。结果通过生物信息学筛选得到9个UC相关铁死亡特征基因,其中核心基因为PPARG。相关性分析发现PPARG与铁死亡高度相关。结合生物信息学筛选结果,探讨SR改善小鼠UC的机制,实验结果发现,SR可降低UC小鼠DAI值,缓解结肠缩短,改善肠道粘膜屏障功能,对TNF⁃α、IL⁃6、MDA、GSH水平有显著回调作用,并可提高结肠组织PPARG、SLC7A11和GPX4蛋白表达。结论铁死亡与UC密切相关,SR可通过影响PPARG和SCL7A11/GPX4蛋白,进而改善UC小鼠结肠上皮损伤和功能障碍,为UC治疗策略提供了思路与方向。 展开更多
关键词 生物信息学 溃疡性结肠炎 铁死亡 核心基因 地榆
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m^(6)A相关基因在激素性股骨头坏死中的生物信息学分析
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作者 令狐熙涛 桂佳琦 +2 位作者 梁卓智 瓦庆德 黄帅 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第36期5811-5816,共6页
背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并... 背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并下载与激素性股骨头坏死相关的mRNA表达谱数据集(GSE123568),通过R软件对数据集进行差异基因筛选及GO功能、KEGG通路富集分析。识别差异基因中的m^(6)A差异表达基因(m^(6)A-DEGs)并对其进行GO功能与KEGG通路富集分析,比较m^(6)A-DEGs的表达量并分析它们之间的相关性。最后通过Cytoscape构建m^(6)A-DEGs的PPI互作网络及筛选核心基因。使用TargetScan,miRTarBase和miRBD数据库预测m^(6)A-DEGs相关的潜在miRNAs,同时使用ChIPBase及hTFtarget数据库预测7个核心基因潜在转录因子,然后分别构建m^(6)A-miRNA与转录因子m^(6)A调控网络。最后使用数据集GSE74089验证7个核心m^(6)A-DEGs的表达水平。结果与结论:①从数据集中共筛选出2460个差异表达的基因,其中1455个上调,1005个下调。②从数据集中筛选出了14个m^(6)A-DEGs,包括3个下调和11个上调基因,m^(6)A-DEGs在激素性股骨头坏死中的表达具有显著差异(P<0.05),Spearman分析表明它们之间具有一定相关性。③m^(6)A-DEGs的GO和KEGG富集分析主要集中在骨髓细胞分化与发育、免疫受体与细胞因子受体活性、破骨细胞分化、AMPK与白细胞介素17信号通路。④m^(6)A-DEGs前7个核心基因包括YTHDF3,YTHDF1,YTHDF2,ALKBH5,METTL3,HNRNPA2B1及HNRNPC,它们在miRTarBase,miRDB和TargetScan数据库中共有44个miRNA重叠,在ChIPBase及hTFtarget数据库中共有79个重叠转录因子。⑤在GSE74089数据集中有6个核心m^(6)A-DEGs的表达水平与GSE123568数据集一致。⑥结果证实,根据生物信息学方法筛选的7个m^(6)A-DEGs可能通过调控多个miRNA、转录因子和AMPK及白细胞介素17信号通路表达,进而影响激素性股骨头坏死中骨髓细胞分化发育与破骨细胞分化,为进一步深入研究激素性股骨头坏死的发病机制和靶向治疗提供了数据支持和研究方向。 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 m^(6)A甲基化 微小RNA 转录因子 生物信息学 差异基因 基因调控网络 核心基因
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肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建
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作者 李晓凤 唐明政 +4 位作者 刘禧禧 宋子晴 张国欣 杨开银 张凌云 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期70-81,共12页
目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争性内源性RNA(ceRNA) 微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA 信号通路
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丙型肝炎病毒Core基因重组表达载体Pet32a-Core的构建 被引量:1
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作者 杨洪 房师松 +4 位作者 何雅青 姚相杰 张海龙 阳帆 冼慧霞 《中国热带医学》 CAS 2008年第4期563-564,共2页
目的扩增丙型肝炎病毒核心区(HCV-Core)基因,并构建HCV-Core基因的重组表达载体。方法设计合成HCVCore基因全长引物,提取丙型肝炎患者血清中的HCV RNA,应用逆转录-多聚酶链反应(RT-PCR)扩增C区基因片段,用限制性内切酶BamH1和SaL1双酶切... 目的扩增丙型肝炎病毒核心区(HCV-Core)基因,并构建HCV-Core基因的重组表达载体。方法设计合成HCVCore基因全长引物,提取丙型肝炎患者血清中的HCV RNA,应用逆转录-多聚酶链反应(RT-PCR)扩增C区基因片段,用限制性内切酶BamH1和SaL1双酶切后,连接到Pet32a表达载体中,并转化到BL21大肠杆菌中;然后PCR和双酶切鉴定转化菌落。结果扩增得到目的基因长度约600bp,经测序证实为HCV-Core基因,表明HCV-Core基因重组表达载体Pet32a-Core构建成功。结论成功构建HCV-Core基因表达载体Pet32a-Core,为下一步Core蛋白的原核表达及单克隆抗体的制备奠定基础。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 核心基因 载体构建
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基于生信分析放射性肺损伤核心基因及靶向中药筛选
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作者 李建华 郭婷婷 +3 位作者 王志鹏 侯彦婕 秦秀军 李建国 《安徽大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期102-108,共7页
为了探索放射性肺损伤发病机制及预测潜在靶向治疗的中药,利用生物信息学方法分析放射性肺损伤与正常肺组织的表达差异基因,从GEO数据库选取GSE202586数据集,通过GEO_(2)R分析得出表达差异基因,对表达差异基因进行GO功能富集分析及KEGG... 为了探索放射性肺损伤发病机制及预测潜在靶向治疗的中药,利用生物信息学方法分析放射性肺损伤与正常肺组织的表达差异基因,从GEO数据库选取GSE202586数据集,通过GEO_(2)R分析得出表达差异基因,对表达差异基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路分析,通过STRING数据库构建蛋白互作网络,利用Cytoscape获得核心基因,通过Coremine Medical预测靶向作用于核心基因的中药.结果共获得差异基因113个,其中88个基因表达上调,25个基因表达下调,主要涉及细胞过程、免疫过程及信号的调节,非跨膜蛋白酪氨酸激酶和信号受体的活性等生物过程;主要富集在免疫系统信号通路.蛋白互作分析筛选出8个核心基因包括CD19,CD22,CD52,CD86,LCP2,PAX5,SPN,TNFRSF13C.将筛选整合得到的8个核心基因通过数据库进行靶向中药的筛选,归纳总结3类相关治疗的中药,包括以赤芍、苦蘵、白花蛇钱草、白英为代表的清热解毒药,以槐角、姜黄、川牛膝为代表的凉血止血、活血化瘀药,以枳实、车前子、灵芝、野山药为代表的补气理气药.该研究利用生物信息学分析预测放射性肺损伤发生的作用机制及潜在治疗的中药,为进一步的科学研究与临床应用提供参考. 展开更多
关键词 放射性肺损伤 差异基因 核心靶点 靶向中药
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基于生物信息学探讨支气管哮喘与溃疡性结肠炎“异病同治”机制
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作者 梁家浩 侯博 王海 《河南大学学报(医学版)》 CAS 2024年第2期103-113,共11页
目的:通过生物信息学分析确定支气管哮喘(哮喘)和溃疡性结肠炎(UC)共有的潜在生物标志物,并探讨这两种疾病的共同发病机制。方法:从GEO数据库下载包含529例哮喘患者、637例UC患者和147例健康对照者样本的数据集GSE76262、GSE206285、GSE... 目的:通过生物信息学分析确定支气管哮喘(哮喘)和溃疡性结肠炎(UC)共有的潜在生物标志物,并探讨这两种疾病的共同发病机制。方法:从GEO数据库下载包含529例哮喘患者、637例UC患者和147例健康对照者样本的数据集GSE76262、GSE206285、GSE69683和GSE87466,其中GSE76262和GSE206285用作训练数据集,GSE69683和GSE87466作为独立验证数据集。通过limmaR软件包筛选哮喘、UC患者和健康对照者样本的差异表达基因(DEGs),将两种疾病相关DEGs取交集得到哮喘和UC共同DEGs。构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,利用cytoHubba筛选出PPI网络的核心生物标志物,并对其进行功能注释、富集分析和表达验证。结果:共筛选出209个哮喘和UC共同DEGs,其中112个基因上调,97个基因下调。MMP9、CCL2、SELL、CCR7、ICAM1、ITGAX、NFKBIA、CXCR4、AGPS和TLR2被鉴定为哮喘和UC共同的核心生物标志物,RELA和NFKB1是关键转录因子。功能富集分析显示,核心DEGs主要参与趋化因子和细胞因子活性和脂质与动脉粥样硬化。结论:MMP9、CCL2、SELL、CCR7、ICAM1、ITGAX、NFKBIA、CXCR4、AGPS和TLR2是哮喘和UC的潜在核心基因;哮喘和UC共病机制可能涉及趋化因子和细胞因子活性、NF-κB信号通路以及脂质与动脉粥样硬化。 展开更多
关键词 哮喘 溃疡性结肠炎 生物信息学 异病同治 核心基因 转录因子 分子机制
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山羊NPC1基因核心启动子鉴定与转录调控分析
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作者 李崇瑞 陈思 +7 位作者 翟哲 王雪梅 吴艳茹 刘志勇 蒋俊明 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第3期154-163,共10页
NPC1基因编码的C型尼曼匹克蛋白1(NPC1)参与脂筏形成、病原微生物内吞以及内吞体的胞内转运等过程。本试验旨在阐明海南黑山羊NPC1基因的转录调控机制,为研究病原微生物与宿主细胞互作提供理论参考。首先,以山羊NPC1基因1466 bp启动子... NPC1基因编码的C型尼曼匹克蛋白1(NPC1)参与脂筏形成、病原微生物内吞以及内吞体的胞内转运等过程。本试验旨在阐明海南黑山羊NPC1基因的转录调控机制,为研究病原微生物与宿主细胞互作提供理论参考。首先,以山羊NPC1基因1466 bp启动子序列为模板,构建9个启动子5'端连续缺失的双荧光素酶报告载体,筛选NPC1基因核心启动子区;继而对核心启动子区的关键转录因子进行预测分析,构建转录因子结合位点缺失的双荧光素酶报告载体,筛选NPC1基因的关键转录因子结合位点。结果表明:山羊NPC1基因的核心启动子区位于转录起始位点上游-195 bp至-60 bp,并且该区域存在E2F3(-134/-120 bp)、SREBP-1(-107/-96 bp)、SP1(-68/-62 bp)等多个转录因子结合位点。双荧光素酶报告实验结果表明,缺失E2F3、SREBP-1、SP1三个转录因子结合位点均会使山羊NPC1基因启动子的转录活性显著下降(P<0.01),且缺失SREBP-1结合位点后NPC1基因转录活性下降最显著。提示,SREBP-1转录因子对海南黑山羊NPC1基因转录活性具有重要的调控作用。本试验成功鉴定山羊NPC1基因的核心启动子区(-195/-60 bp)及该区域的关键转录因子结合位点SREBP-1,为进一步研究山羊NPC1基因介导病原微生物与宿主互作分子机制提供理论基础。 展开更多
关键词 海南黑山羊 NPC1基因 转录调控 核心启动子 SREBP-1
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基于生信分析对脓毒症相关性脑病中神经炎症相关核心基因的筛选
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作者 苏思璇 尚彦星 +2 位作者 段程伟 梁彩霞 张冬梅 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第7期915-926,共12页
目的:通过生信分析筛选脓毒症相关性脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)中小胶质细胞介导神经炎症的核心基因,并通过体外细胞学实验验证。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取脓毒症患者外周血全转... 目的:通过生信分析筛选脓毒症相关性脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)中小胶质细胞介导神经炎症的核心基因,并通过体外细胞学实验验证。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取脓毒症患者外周血全转录组测序数据集GSE65682以及体外脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)诱导小胶质细胞活化模型基因芯片数据集GSE103156。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选GSE65682数据集中与脓毒症临床诊断显著相关的模块,与GSE103156数据集中LPS处理前后小胶质细胞的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)相交,利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对DEG进行功能富集分析。采用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、Cytoscape以及Lasso回归分析筛选核心基因。构建LPS诱导BV2小胶质细胞活化体外细胞模型,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)检测基因表达;采用慢病毒载体法过表达组蛋白去乙酰化酶9(histone deacetylase 9,HDAC9),Western blot检测炎症相关分子表达。结果:WGCNA分析得到GSE65682数据集中与脓毒症临床诊断相关的9个模块、共332个基因,通过Limma分析得到GSE103156数据集中LPS刺激前后小胶质细胞的1 272个DEGs,二者取交集后得到18个交集基因,进一步采用Lasso回归分析筛选得到4个枢纽基因分别为七跨膜G蛋白偶联受体183(G protein-coupled receptor 183,GPR183)、HDAC9、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸激酶(nicotinamide adenine dinucleotide kinase,NADK)、富含亮氨酸重复蛋白25(leucine rich repeat containing 25,LRRC25)。RT-qPCR结果证实在LPS刺激的小胶质细胞炎性活化模型中,Gpr183和Hdac9基因的m RNA表达下调、Lrrc25表达上调,而Nadk表达无明显变化;Western blot显示过表达HDAC9可促进LPS诱导小胶质细胞促炎因子白介素(interleukin,IL)-1β、诱导型一氧化氮合酶(inducible nitric oxide synthase,iNOS)的表达、促进JAK1-STAT3磷酸化。结论:本研究利用生物信息学筛选得到SAE中小胶质细胞介导神经炎症的4个关键基因,并初步证实HDAC9对于小胶质细胞具有促炎活性,为SAE的机制研究提供了新的思路和数据。 展开更多
关键词 脓毒症相关性脑病 小胶质细胞 生信分析 差异基因 核心基因
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骨关节炎核心基因的生物信息学鉴定
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作者 朱雪坤 刘恒 +5 位作者 冯晖 高云龙 文磊 蔡筱松 赵奔 仲敏 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第3期637-644,共8页
背景:目前骨关节炎成为影响老年人生活质量的主要疾病,治疗效果欠佳,临床治疗措施主要集中在阻止疾病的进程,同时骨关节炎的发病机制尚不完全清楚。为了探索骨关节炎的主要发病机制和基因编码调控的相关机制,进行生物信息学分析。目的:... 背景:目前骨关节炎成为影响老年人生活质量的主要疾病,治疗效果欠佳,临床治疗措施主要集中在阻止疾病的进程,同时骨关节炎的发病机制尚不完全清楚。为了探索骨关节炎的主要发病机制和基因编码调控的相关机制,进行生物信息学分析。目的:通过基因表达谱筛选出在骨关节炎中起主要作用的核心差异基因。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集:GSE114007、GSE117999和GSE129147,利用R软件筛选出GSE114007和GSE117999数据合集的差异基因,将差异基因进行加权基因共表达网络分析,选择和骨关节炎最相关的模块基因并进行蛋白互作分析,利用cytocape软件筛选出候选核心基因,随后将候选核心基因进行最小绝对收缩和选择算子回归(LASSO回归)和COX分析,鉴定出在骨关节炎中起关键作用的核心基因,利用外部数据集GSE129147验证核心基因的准确性。结果与结论:①共鉴定出477个差异基因,加权基因共表达网络分析获得265个和骨关节炎相关的差异基因,共鉴定8个候选核心基因,LASSO回归分析最终获得了一个具有核心价值的差异基因ASPM并进行了外部验证;②提示通过生物信息学筛选出基因ASPM表达异常在骨关节炎中起到关键核心作用。 展开更多
关键词 骨关节炎 差异表达基因 核心差异基因 生物信息学 LASSO回归分析
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