细颈囊尾蚴四川和云南分离株线粒体nadl和coxl基因的序列测定与种系发育分析

用PCR方法扩增分离自我国四川和云南2省5地山羊和猪共24个细颈囊尾蚴标本的线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第1亚基（nadl）基因部分序列（pnadl）和细胞色素c氧化酶第1亚基（coxl）基因全序列，分析其遗传变异，并用MEGA4．0程序NJ法和Bayesian3．1程序贝叶斯推理法绘制种系发育树，探讨不同地区来源的细颈囊尾蚴种群间的遗传相似性及其他带科带属绦虫的亲缘关系。测序结果显示，细颈囊尾蚴的pnadl序列长度为780bp，coxl基因全序列长度为1620bp。pnadl和coxl基因序列均存在一定的遗传变异，且pnadl序列的变异高于coxl基因序列。系统发育树显示，所有细颈囊尾蚴构成一个分支，可分为3个亚群，均未形成明显的地理分支或宿主分支。因此nadl基因是更适合于研究细颈囊尾蚴系统发生的遗传标记，同时两者在种内均相对保守，与其他带科绦虫种间差异较大，故均可用于细颈囊尾蚴的分子分类。

鸡蛔虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建其与其他蛔虫的进化关系。应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1,将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法和Mega 4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1序列长度一致,均为250bp,种内变异在0～2.5%之间。种系发育分析表明,8个鸡蛔虫分离株位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大(6.9%～15.3%),故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究鸡蛔虫的群体遗传结构奠定了基础。

基于cox1基因序列分析山羊褐黄血蜱种系发育关系

为分析山羊褐黄血蜱分离株的线粒体(mt DNA)部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并利用cox1序列分析山羊褐黄血蜱与其它蜱的种群遗传关系,本研究利用PCR扩增山羊褐黄血蜱的部分cox1片段,并对其进行测序分析。结果显示16株山羊褐黄血蜱分离株的cox1序列长度均为800 bp左右,且分离株与基因库中褐黄血蜱位于同一分支,与其它蜱类得到了很好的鉴别。本研究表明pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,可作为山羊褐黄血蜱的种间遗传变异研究的分子遗传标记。

辽宁省朝阳市细粒棘球病的基因型分析

目的分析本院分离到的人源性棘球蚴的基因型,为辽宁省棘球蚴病的分子流行病学提供资料。方法经外科手术方法从患者肝内获取棘球蚴囊,将囊内容物离心沉淀提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物进行PCR扩增,对PCR产物进行测序,测序结果应用Blast进行分析,并与GenBank数据库中序列进行比对。结果 cox1扩增产物及测序的结果提示,本例样本与细粒棘球幼的cox1基因型(AF297617)高度相似,差异性为0.1%,基因型属于G1亚型。并与其他国家的25个分离株序列一致。结论线粒体基因组的cox1基因分析是棘球蚴病诊断和分型的有力工具。辽宁地区首次报道了细粒棘球绦虫的基因型为G1亚型,其序列与国内外的多个分离株保持一致,为棘球蚴病的分子流行病学补充了资料。

湖南省日本血吸虫线粒体cox1基因部分序列多态性的研究

目的研究湖南省日本血吸虫不同自然隔离群的线粒体细胞色素c氧化酶亚基1基因(cox1)部分序列(pcox1)的变异,为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构奠定基础。方法采用聚合酶链反应(PCR)技术对湖南省岳阳君山、汨罗的日本血吸虫的pcox1片段进行扩增、克隆及序列分析。结果获得480 bp的pcox1序列。经DNAstar软件分析,pcox1序列有一定的种内差异(0～1.2%)。结论本研究为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构提供了数据。

山羊源枝睾阔盘吸虫的形态和分子鉴定

为鉴定采自西昌市6只山羊体内的小型吸虫的种类,本研究采用传统的形态学观察和PCR方法对其进行种类鉴定。经形态学观察,发现采自6只山羊体内的吸虫与枝睾阔盘吸虫形态相似;对6个样本虫株cox1基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,并用cox1序列构建其与其他吸虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的吸虫cox1基因片段大小为429 bp,6个虫株的同源性为97.7%~99.8%;构建的NJ系统发育树显示6个虫株与胰阔盘吸虫的亲缘关系最近。因此,结合形态学观察结果,将分离的6个小型吸虫虫株均鉴定为枝睾阔盘吸虫。研究结果为枝睾阔盘吸虫病的分子诊断、分子流行病学调查的进一步研究奠定了基础。

青海巨型住肉孢子虫线粒体cox1基因的克隆及进化分析

为了研究青海省巨型住肉孢子虫线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建巨型住肉孢子虫与其他住肉孢子虫的种群遗传关系。利用PCR技术扩增巨型住肉孢子虫的pcox1,将测序所获序列进行比对,并进行同源性分析和系统发育树的构建。结果显示,所获得的pcox1序列长度均为968 bp,与GenBank已公布的巨型住肉孢子虫相似度为99.1%~99.8%。系统发育树表明,所有分离株与已知巨型住肉孢子虫位于同一分支。巨型住肉孢子虫pcox1序列种内相对保守(0.2%~0.7%),种间差异较大(6.8%~20.8%),可用作种间遗传变异研究的标记。

湖南长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体cox1基因的克隆及序列分析

目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树;同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析,并与GenBankTM中已知泡状带绦虫相应基因序列进行比较分析。结果所获得的pcox1序列长度一致,均为343bp,与GenBankTM公布的带科绦虫序列进行比较分析表明,湖南长沙分离株1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因的相似性分别为99.4%和99.7%,与其它带科绦虫的相似性均小于90.0%;湖南长沙1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因遗传距离分别为0.006和0.003,与其他带科绦虫的遗传距离均大于0.100。种系发育树表明,2个分离株与已知泡状带绦虫位于同一分枝,Bootstrap值在97%以上。结论由于泡状带绦虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。

青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究

目的解析青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株的基因型及基因多态性。方法根据Gen Bank公布的细粒棘球绦虫线粒体基因组序列,分别针对cox1和nad1基因设计特异性引物,对16份绵羊源和2份人源细粒棘球蚴分离株样品进行PCR扩增、测序及cox1和nad1基因核苷酸序列多态性和单倍型分析。结果 18株细粒棘球蚴分离株均属于G1型。其中cox1基因单倍型共有9种,变异位点16个,单倍型序列之间碱基差异0~5个,变异率达0.31%;nad1基因单倍型共有7种,涉及变异位点共15个,单倍型序列之间碱基差异1~8个,变异率达0.89%。结论青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株为G1型,其cox1基因多态性较nad1基因多态性丰富;cox1基因用于细粒棘球蚴分离株间核苷酸多态性分析的分辨率较高。

基于DNA条形码探讨红树林区背眼虾虎鱼亚科鱼类的分子系统学

本研究分别基于线粒体的Cox1基因DNA条形码序列和12个蛋白编码基因序列,探讨我国雷州半岛红树林常见9种背眼虾虎鱼的分类与演化历程。采用Kimura双参数法计算遗传距离,基于邻接法(NJ)和最大似然法(ML)构建的系统进化树显示,属于背眼虾虎鱼亚科(Oxudercinae)的弹涂鱼属(Periophthalmus)聚为一枝,呈单系群;大鳍弹涂鱼(P.magnuspinnatus)与弹涂鱼(P.modestus)的平均遗传距离高达12.55%,分属分子系统树的不同分支,从分子水平证实了大鳍弹涂鱼为新纪录种。依化石记录标定的松散分子钟估算物种的分歧时间,推测背眼虾虎鱼亚科与虾虎鱼亚科(Gobiinae)及其它亚科于始新世晚期至渐新世中期(39.48~26.09 Mya)出现了明显的分化,到中新世(27.98~20.03 Mya),背眼虾虎鱼亚科的两栖类型开始出现。本研究表明线粒体Cox1条形码能清楚反映出虾虎鱼类亚科、属及种间分类单元的系统发育关系。

青海省玉树市人群定居点周围小型啮齿类动物种群动态及棘球绦虫感染调查

目的调查青海省玉树市人群定居点周围小型啮齿类动物种群动态及其棘球蚴感染情况。方法2018年5、8月和10月,在青海省玉树市巴塘乡和隆宝镇牧场布置鼠夹捕捉啮齿类动物,测量捕获的动物体质量和头体长并根据形态学进行种类鉴定。提取动物肝脏组织和病灶组织DN A,PCR扩增棘球绦虫线粒体cox1基因进行虫种鉴定,PCR检测阳性组织样本进行病理观察。计算啮齿类动物棘球蚴感染率,基于棘球绦虫cox1基因序列构建系统进化树。结果累计捕获小型啮齿类动物285只,其中高原鼠兔143只(50.2%)、青海田鼠141只(49.5%)、高原松田鼠1只(0.3%),高原鼠兔和田鼠在栖息地选择上表现出明显分离。青海田鼠数量与植被覆盖度呈正相关(r=0.350,P=0.264),在8月达到最高水平;高原鼠兔数量与植被覆盖度呈负相关(r=-0.371,P=0.235),在8月活动频率最低、5月活动频率最高。高原鼠兔雌雄性别比例为1:0.96,田鼠雌雄性别比例为0.82:1;高原鼠兔体质量(r=0.519,P<0.01)和头体长(r=0.578,P<0.01)随月份呈逐渐增大趋势,田鼠体质量(r=-0.401,P<0.01)和头体长(r=-0.570,P<0.01)随月份呈逐渐下降趋势;田鼠中未发现棘球绦虫感染,高原鼠兔石渠棘球绦虫感染率为2.1%。系统进化树显示,青海省玉树市石渠棘球绦虫和四川省甘孜藏族自治州石渠县境内发现的石渠棘球绦虫cox1基因序列一致。结论青海省玉树市人群定居点周围小型啮齿类动物主要为高原鼠兔和青海田鼠,高原鼠兔和青海田鼠分别在5月和8月达到最大种群数量;随着玉树市棘球蚴病防治措施的有效实施,人群定居点周围小型啮齿类动物棘球蚴感染率处于较低水平,但仍然存在棘球蚴病传播风险。