小鼠DEAF1调控基因的生物信息学分析

Deeaf1在小鼠体内可调控约600个基因的表达。用Clover程序对受Deaf1调控的基因的启动子区进行分析,结果发现受DEAF1调控的基因中约半数(263/590)含有能被DEAF1结合的保守序列TTTC(C/G)G。联合组织特异性基因表达数据库(TiGER)和小鼠基因组信息学(MGI)数据库对这些基因的组织特异表达谱进行分析,发现这些基因大部分为多个组织表达,也有在单个组织或少数几个组织中表达。有228个基因在胰腺特异表达,其中131个基因既在胰腺表达,又在淋巴结中表达,在胰腺及淋巴结中特异表达的这些基因大部分启动子区含DEAF1特异结合的保守序列。这些结果为下一步外周组织抗原在淋巴结中表达调控机制的研究及外周免疫耐受建立和维持机制的研究奠定了基础。

小鼠Deaf1基因变构体全长cDNA的克隆

目的克隆小鼠Deaf1基因变构体全长cDNA序列。方法利用RT-PCR技术从非肥胖糖尿病(non-obesediabetic,NOD)小鼠胰淋巴结总RNA中克隆Deaf1变构体全长cDNA,并做多重序列比对。结果从NOD小鼠胰淋巴结中克隆得到了多个Deaf1变构体的全长cDNA序列,序列分析结果表明,部分Deaf1变构体缺失了重要功能结构域。结论 Deaf1在NOD小鼠胰淋巴结中存在不同的变构体,这些变构体的产生可能会影响Deaf1作为转录因子的功能并与1型糖尿病的发生密切相关。

小鼠DEAF1多克隆抗体的制备及应用

为研究DEAF1在小鼠胰淋巴结中的内源性表达及调控外周组织抗原基因表达的机制,将DEAF1的原核表达质粒转化至E.coli BL21中,诱导获得重组DEAF1蛋白;经尿素梯度裂解包涵体纯化获得的重组DEAF1蛋白分期免疫Balb/C小鼠,获取鼠抗DEAF1的多克隆抗血清;采用ELISA、Western blot、免疫荧光、免疫沉淀分别鉴定其效价、特异性、敏感性和亲和力。结果表明,抗血清可与抗原发生特异性的免疫反应,可用于检测DEAF1的表达及荧光定位,抗血清与抗原有较高的亲和力。结果证明所制备的多克隆抗血清具有较高的特异性、敏感性和亲和力。

DEAF1基因变异致Vulto-van Silfout-de Vries综合征一例并文献复习

Vulto-van Silfout-de Vries综合征(Vulto-van Silfout-de Vries syndrome,VSVS)是一类罕见的遗传的智力发育障碍性疾病,由Vulto-van Silfhout(荷兰)于2014年首次描述[1],主要表现为精神运动发育迟缓、言语表达能力差和行为异常,部分患儿伴有癫痫发作、睡眠障碍等。本研究通过全外显子测序明确了1例DEAF1基因变异致常染色体显性遗传VSVS的患儿,为该家系的遗传咨询及产前诊断提供了依据,且此患儿突变位点是既往国内外未见报道的位点,拓展了DEAF1基因的变异谱。

DEAF1变异致Vulto-van Silfout-de Vries综合征1例报告

目的探讨DEAF1变异所致Vulto-vanSilfout-deVries综合征患儿的临床表型和基因型。方法回顾性分析1例Vulto-van Silfout-de Vries综合征患儿的临床数据及基因型,并复习相关文献资料。结果患儿以全面发育迟缓、癫痫发作、入睡困难、特殊面容、高痛觉阈值为主要临床表现。全外显子测序提示患儿DEAF1基因中存在c.748A>G(p.K250E)杂合突变,依据AGMG指南判断为疑似致病性变异,Sanger测序发现该变异为新发变异。患儿确诊为Vulto-van Silfout-de Vries综合征。结论国内首次报道了1例DEAF1基因c.748A>G变异导致的Vulto-van Silfout-de Vries综合征患儿,考虑癫痫伴全面发育迟缓的患儿应及早完善基因检测精准诊断。

畸形表皮自调节因子1相关功能蛋白的筛选

目的获得畸形表皮自调节因子1(DEAF1)稳定高表达的HEK293T细胞株,通过免疫共沉淀(Co-IP)和质谱分析技术筛选能与DEAF1相互作用的蛋白质因子。方法用Turbo Fect转染试剂将p EGFP-m DEAF1和p EGFP-N1质粒分别转染HEK293T细胞和2F-2B细胞、荧光显微镜观察DEAF1在2种细胞中的定位。将质粒p3×FLAG-m DEAF1分别转染HEK293T和2F-2B细胞株,同时设置相应未转染的空白对照组;通过反转录PCR法和实时定量PCR(qRT-PCR)检测DEAF1在2种细胞中mRNA表达水平,通过Western blot法检测DEAF1在2种细胞中蛋白表达水平。p3×FLAG-m DEAF1质粒转染HEK293T细胞,G418筛选阳性克隆,Western blot法、免疫荧光染色和流式细胞术鉴定DEAF1稳定表达的HEK293T-DEAF1细胞株。抽提HEK293T-DEAF1细胞和正常HEK293T细胞的核蛋白,用EZviewTMRed ANTI-FLAG M2亲和珠子进行Co-IP,SDS-PAGE分离,挑选明显富集和对照泳道没有的条带进行质谱分析,明确DEAF1的相关功能蛋白。结果荧光显微镜下可见DEAF1定位于细胞核;反转录PCR、qRT-PCR检测发现转染组DEAF1的mRNA表达水平明显高于未转染组;Western blot法检测发现转染组有融合蛋白m DEAF1-FLAG表达,成功获得稳定高表达DEAF1的HEK293T-DEAF1细胞。经Co-IP筛选和质谱分析,得到一些DEAF1的相关功能蛋白,如前mRNA处理所需的因子及酶,参与起始后RNA聚合酶,参与肽键断裂、蛋白空间结构形成的分子和其他转录因子等。结论成功获得稳定高表达DEAF1的HEK293T-DEAF1细胞,经Co-IP筛选和质谱分析获得了一些DEAF1相关的功能蛋白。

Deafl的功能结构域分析和预测

目的分析转录因子Deafl的功能结构域并预测其功能。方法利用现有的数据库和软件对Deafl的转录因子结构域，核定位信号及和输出信号进行分析和预测。结果Deafl含有一个保守的SAND结构域及一个能介导蛋白质一蛋白质相互作用的MYND结构域；有核定位信号和核输出信号；在其N端还有一个富含丙氨酸结构域。结论Deafl除有典型转录因子必需的功能结构域之外，可能还有不止一个结构域能介导与其它蛋白质因子的相互作用，这对Deafl调控外周组织抗原表达至关重要。