DG-DGGE分析除臭生物滤池微生物多样性

以细菌的通用引物PCR扩增16SrRNA基因的V3可变区,结合应用双梯度变性梯度凝胶电泳(DGDGGE)技术分析除臭生物滤池中不同空间层次的微生物种群的基因多样性,以及富集前后的微生物种群结构变化,初步了解可培养细菌的情况,并回收主要的DNA片段进行序列分析.结果表明,在滤池的不同层次上呈现出明显的空间分布多样性差异,并且培养前后及不同培养基富集培养的微生物种群的多样性及特异性有很大的差别.序列比对显示,硫氧化细菌在除臭过程中占有优势地位,为进一步的菌种分离提供有益的指导,也为更好地处理恶臭气体提供可靠的科学支持.

DG-DGGE在基因多样性快速检测中的研究

为了探究双梯度变性凝胶电泳技术(DG-DGGE)相对于单一变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)可以提高基因多样性的检测效率。结合2种胶各自特点,在相同的试验条件下对在相同变性剂梯度下,双变性梯度胶DG-DGGE胶与单一变性梯度胶DGGE胶分离效果的比较,发现DG-DGGE胶的特点。之后在横向变性梯度条件下,进行DG-DGGE胶与DGGE胶分离效果的比较,找出各自的最适梯度。最后再把预测的DG-DGGE胶可以提高基因多样性的检测效率结果在试验中进行了验证。结果表明,在各自最适变性剂梯度下,DG-DGGE胶效果并不比DGGE胶的分离效果差,同时可以将原来DGGE检测所需的电泳时间缩短40%左右。

PCR-DGGE解析好氧-沉淀-厌氧工艺微生物群落多样性

为研究好氧-沉淀-厌氧(OSA)污泥减量工艺微生物群落结构和多样性,以及运行条件对微生物群落的影响,使用16S rDNA的PCR-DG-DGGE图谱分析方法结合条带割胶回收DNA序列比对,对OSA工艺微生物群落特征进行分析。DG-DGGE图谱聚类分析和多样性指数分析表明,OSA工艺微生物群落多样性比传统活性污泥工艺更加丰富。增加Ns和提高废水水质的复杂性,都能使Shannon指数略有提高,微生物多样性增加,但优势微生物种群基本不受影响。DG-DGGE图谱中优势条带序列分析表明,OSA工艺中的回收到的11个优势菌与α-proteobacte-ria,β-proteobacteria,CFB-group bacteria种属的微生物有很近的亲缘关系,β-proteobacteria约占63.6%。其中6个优势菌与强化生物除磷系统、反硝化系统中出现的微生物同源性非常高,证实了在OSA系统中存在的慢速生长微生物-反硝化菌和聚磷菌。

变性梯度凝胶电泳在微生物多样性分析中的应用及其技术发展

变性梯度凝胶电泳技术是目前研究微生物群落遗传多样性及种群动态性有效手段,已被广泛应用于土壤、活性污泥、生物膜、动物肠道、热泉、湖泊等环境微生物生态学研究。阐述了变性梯度凝胶电泳的原理,分析其在微生物多样性分析方面的优越性及局限性;并着重介绍了PCR-DGGE应用过程中的技术发展,包括Cloning/DGGE,GC-DGGE,Nested PCR-DGGE和DG-DGGE。