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安徽新安江水牛mtDNA D-Loop区遗传多样性与系统进化研究
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作者 赵拴平 金海 +5 位作者 刘峻 李永胜 金磊 李倩 徐磊 贾玉堂 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第1期1-7,共7页
试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性。利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生... 试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性。利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生物信息学分析其遗传多样性,构建Neighbor-joining系统发生树和Media-joining网络,探索不同水牛群体的遗传距离。结果显示,28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列共有117个变异位点,构成25种单倍型,其核苷酸多样性为0.02602±0.00303,单倍型多样性为0.989±0.014。新安江水牛群体的变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统进化树显示,新安江水牛25个单倍型分为A、B两个支系,具有A支系和B支系2个母系来源,其中A支系占据主导地位。Media-joining进化网络显示,中国水牛主要为沼泽型水牛,分为沼泽型水牛A支系和B支系,B支系又分为b1亚支系和b2亚支系。综上,新安江水牛群体变异水平与中国其他地方水牛群体接近,群体遗传多样性丰富;且新安江水牛属于沼泽型水牛,具有2个线粒体母系来源,与我国其他地方水牛群体具有一定的遗传距离。 展开更多
关键词 水牛 线粒体dna 遗传多样性 单倍型
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庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析
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作者 施海娜 王永杰 +5 位作者 梁万鹏 耿智广 李世恩 徐振飞 刘刚 刘哲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期601-613,共13页
[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,... [目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。 展开更多
关键词 庆阳驴 MTdna d-loop 遗传多样性 起源
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青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究
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作者 高雪 晁生玉 +3 位作者 王启菊 孟克达拉 乌兰巴特尔 贾功雪 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-7,共7页
旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明:D-loop序列中共... 旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明:D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支:第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。 展开更多
关键词 柴达木双峰驼 线粒体dna 系统发育 遗传多样性 单倍型
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中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究 被引量:3
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作者 黄勋和 翁茁先 +5 位作者 李威娜 王庆 何丹林 罗威 张细权 杜炳旺 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第22期4526-4538,共13页
【目的】地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1283份的线粒体DNA片段(D-loop,519... 【目的】地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1283份的线粒体DNA片段(D-loop,519 bp)遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】从1283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富(6个);广东省单倍型数量最多(61),浙江省(19)和海南省(12)较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低(0.736±0.076),江西省的核苷酸多样性最低(0.00981±0.00072)。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。 展开更多
关键词 黄鸡 线粒体dna d-loop 遗传变异 遗传分化 群体历史
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云南3个新发掘地方鸡种mtDNA D-loop区序列遗传多样性分析 被引量:2
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作者 王坤 豆腾飞 +4 位作者 李琦华 柳明正 李丰耘 贾俊静 葛长荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第10期3232-3241,共10页
为研究在云南省怒江州及山区发现的3个地方鸡种翻毛鸡(FM)、赤脖鸡(CB)和YN鸡的群体遗传背景,试验采用线粒体DNA(mitochondral DNA,mtDNA)D-loop区序列为遗传标记,对3个鸡种共168个样品进行了检测分析。结果显示,翻毛鸡、赤脖鸡和YN鸡3... 为研究在云南省怒江州及山区发现的3个地方鸡种翻毛鸡(FM)、赤脖鸡(CB)和YN鸡的群体遗传背景,试验采用线粒体DNA(mitochondral DNA,mtDNA)D-loop区序列为遗传标记,对3个鸡种共168个样品进行了检测分析。结果显示,翻毛鸡、赤脖鸡和YN鸡3个地方鸡种共定义了27种单倍型,其单倍型多样度分别为0.947、0.938和0.596;核苷酸多样度分别为0.01268、0.01434、0.00239。系统发生树分析显示,本研究检测的168个样品分布在A、B、C、E、F和G 6个世系中,其中翻毛鸡包含E、F和G 3个世系;赤脖鸡包含A、B、C、E、F和G 6个世系,E、F和G世系为其主要世系;YN鸡包含E、F和G 3个世系,其中E世系是其主要世系。YN鸡主要与印度亚种、白洛克鸡、白来航鸡和新汉夏鸡等蛋鸡品种进化关系较近,而赤脖鸡血缘较杂乱,与滇南亚种、海南亚种、指名亚种、印度尼西亚斗鸡及老挝鸡进化关系较近;翻毛鸡与赤脖鸡共享了较多的单倍型,2个品种间的进化关系较近。本试验结果为新发现的3个云南地方鸡品种的母系起源和遗传评估提供了依据。 展开更多
关键词 翻毛鸡 赤脖鸡 YN鸡 mtdna d-loop 遗传多样性
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苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 韩大勇 周春宝 +2 位作者 倪黎纲 陈章言 赵锦明 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1472-1479,共8页
【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序... 【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。 展开更多
关键词 苏姜猪 线粒体dna d-loop 遗传变异 单倍型多样度 核苷酸多样性
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腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量:5
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作者 王荣琼 张自芳 +3 位作者 黄静 钱林东 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2021年第1期75-81,共7页
【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱... 【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.01641±0.00028,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。 展开更多
关键词 腾冲雪鸡 mtdna d-loop 遗传多样性 母系世系 遗传分化
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Mitochondrial DNA D-loop Variation and Genetic Background of Brahman Cattle 被引量:1
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作者 亐开兴 吴桂生 +7 位作者 廖祥龙 金显栋 赵刚 杨国荣 袁希平 黄必志 文际坤 张亚平 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期615-620,共6页
The complete mitochondrial DNA D-loop sequences from 10 stud Brahman cattle were sequenced and analyzed. The results showed that the genetic diversity of Brahman cattle was rich ; the rate of nucleotide variation, hap... The complete mitochondrial DNA D-loop sequences from 10 stud Brahman cattle were sequenced and analyzed. The results showed that the genetic diversity of Brahman cattle was rich ; the rate of nucleotide variation, haplotype diversity and nucleotide diversity were 6.25%, 0.978± 0.054 and 0.014 30± 0.008 68, respectively. Nine haplotypes were defined and fell into two distinct lineages, suggesting that Brahman cattle have both Bos indicus (Zebu) and B. taurus genetic background. The taurine haplotypes were predominant at 90% and only Brah-6 belonged to the Asian zebu mthaplotype. This indicates that Brahman cattle was one of the zebu breeds and inherited the excellent characteristics of both the Asian zebu and European beef cattle, such as easy calf delivery, high quality beef, heat tolerance and resistance to various parasites. Breeders introduced Brahman cattle to improve the productivity and adaptability of native cattle. The Zebu has evidently frequently introgressed into the modem taurine breeds. As for modem zebu breeds, B. taurus also highly contributed to their formation, except for the Asian zebu. Furthermore our results also confirm the hypothesis that B. indicus has undergone a separate domestication event and originated from the Indian subcontinent. 展开更多
关键词 Brahman cattle mtdna d-loop polymorphism genetic background
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晋南驴mtDNA D-loop区部分序列系统进化分析与体型测定 被引量:4
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作者 李慧锋 赵婧微 +5 位作者 陈员玉 程俐芬 曹宁贤 解建平 靳鲁柱 李武峰 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第4期121-128,共8页
[目的]晋南驴是中国优良的中大型地方良种。随着社会经济的发展,这一种质资源的规模已经大为减小。为保护晋南驴种质资源,急需对晋南驴进行系统化分析与测定。[方法]本研究以晋南驴为研究对象,测定了试验驴群的身高、体长、胸围和管围... [目的]晋南驴是中国优良的中大型地方良种。随着社会经济的发展,这一种质资源的规模已经大为减小。为保护晋南驴种质资源,急需对晋南驴进行系统化分析与测定。[方法]本研究以晋南驴为研究对象,测定了试验驴群的身高、体长、胸围和管围等体型性状,并就晋南驴每一个体mtDNA D-loop保守区480 bp的片段进行测序,并使用ClustalX和Dnasp5.10等软件分析了驴群的变异情况。[结果]该驴群mtDNA D-loop区核苷酸多样度为0.02707;核苷酸多态位点97个,多态位点比例为20.21%。共检测到54种单倍型,单倍型多样度为0.867,单倍型比例为54.55%,采用邻近归并法构建的系统发育树分析结果显示该群体的亲缘关系主要分为两支。[结论]晋南驴遗传多样性较为丰富,但该晋南驴群体在亲缘关系上有一定的分化,说明该驴群有一定的混杂,急需开展相应的晋南驴保种工作。 展开更多
关键词 晋南驴 mtdna d-loop 亲缘关系 遗传多样性
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云南水牛mtDNA D-loop遗传多样性研究 被引量:2
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作者 亐开兴 金显栋 +7 位作者 张继才 尹以昌 李红伟 和嘉荣 和占星 罗再仁 雷初朝 黄必志 《中国牛业科学》 2020年第6期1-4,共4页
[目的]探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了8... [目的]探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd:0.946±0.017,Pi:0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd:0.805±0.063,Pi:0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及1个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论]云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B 2个母系起源。 展开更多
关键词 云南水牛 mtdna d-loop 遗传多样性
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苏姜猪线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究
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作者 陶勇 任善茂 +1 位作者 董晓君 赵旭庭 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第22期51-56,共6页
为了研究苏姜猪的遗传多样性和系统地位,试验采集47头苏姜猪的耳组织进行基因组DNA提取,利用PCR技术扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-Loop区序列并测序,对47条苏姜猪mtDNA D-Loop区序列的碱基组成和含量、序列长度、变异位点... 为了研究苏姜猪的遗传多样性和系统地位,试验采集47头苏姜猪的耳组织进行基因组DNA提取,利用PCR技术扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-Loop区序列并测序,对47条苏姜猪mtDNA D-Loop区序列的碱基组成和含量、序列长度、变异位点、单倍型数量及单倍型多样性和核苷酸多态性指标进行了分析,估计序列变异程度,并构建系统发育树和分析单倍型网络关系,最后利用其他24个猪种的mtDNA D-Loop区序列构建了苏姜猪mtDNA D-Loop区序列系统发育树。结果表明:苏姜猪mtDNA D-Loop区全长序列为1194~1274 bp,A、T、C、G碱基含量分别为32.9%、24.8%、26.5%、15.8%;47条序列共鉴定出3种单倍型和8个变异位点(均为简约性信息位点);单倍型多样度为0.00173,核苷酸多样度为0.499,平均核酸差异数为1.210,Tajima’s D值为-0.91674(P>0.10),符合中性突变;该苏姜猪群有3个分支,推测有3个母系起源,并与长江流域以南猪种有较近的亲缘关系。说明苏姜猪群体遗传多样性较为丰富,具有3个母系来源。 展开更多
关键词 苏姜猪 mtdna d-loop 序列分析 单倍型 遗传多样性 系统进化
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贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究 被引量:38
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作者 刘若余 夏先林 +3 位作者 雷初朝 张明忠 陈宏 杨公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期279-284,共6页
对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区... 对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为2.16%~2.61%,单倍型多样度(H)为0.695~0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。 展开更多
关键词 贵州黄牛 线粒体dna d-loop 遗传多样性 起源
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中国驴种线粒体DNA D-loop多态性研究 被引量:32
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作者 雷初朝 陈宏 +7 位作者 杨公社 孙维斌 雷雪芹 葛庆兰 王朝锋 吕宁 高雪 侯文通 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期481-486,共6页
利用ClustalW软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNAD loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%。以欧洲驴D loop作对照,我国5个家驴品种D loop区序列的平均核苷酸变异率为1... 利用ClustalW软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNAD loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%。以欧洲驴D loop作对照,我国5个家驴品种D loop区序列的平均核苷酸变异率为1.80%,其中凉州驴的平均核苷酸变异率为0.35%,云南驴为1.25%,关中驴为2.30%,新疆驴为2.91%,佳米驴为2.20%。家驴品种内与品种间mtDNAD loop区序列歧异度分别为0.25%~5.01%和4.51%~5.51%,说明家驴品种间D loop区序列多态性比较丰富。在所测家驴个体中,mtDNAD loop序列由11种单倍型组成,单倍型比例为42.31%,表明我国家驴mtDNA遗传多态性正逐步丧失,需要加强其种质资源保护。引用GenBank中亚洲野驴和欧洲家驴的序列,构建了我国5个家驴品种的NJ分子系统树,首次从分子水平证实中国家驴可能起源于非洲野驴,而与亚洲野驴无关。 展开更多
关键词 家驴 线粒体dna D—loop 多态性 单倍型 起源
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淡水鱼类线粒体DNA D-loop基因的引物设计和应用 被引量:18
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作者 黄志坚 徐晓鹏 +4 位作者 唐晶晶 张飓 郑锦卿 李桂峰 何建国 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期84-88,共5页
线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域... 线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域主要的淡水鱼类线粒体DNA D-loop控制区基因进行扩增,均能获得单一的目的DNA片断,特异性扩增产物大小为1 kb左右。经测序及与GenBank同源序列的比较,证实为包含线粒体控制区全序列的扩增产物。本研究所设计的引物和应用的方法可以快速地同时对多种鱼类进行大规模的遗传背景分析,鉴定某些难于鉴别的近缘物种,为我国鱼类的种类鉴定、地理种群鉴别及种质资源的评估提供重要的工具。 展开更多
关键词 淡水鱼类 线粒体dna d-loop 引物设计 遗传分析
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野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性 被引量:21
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作者 马志杰 钟金城 +3 位作者 韩建林 徐惊涛 窦全林 常怀普 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期4798-4803,共6页
为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840~FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1... 为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840~FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1、Arlequin3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明8条野牦牛线粒体DNAD-loop区全序列长度在891~894bp之间,其中A、T、G和C4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%。排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点。依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 野牦牛 线粒体dna d-loop 遗传多样性
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舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析 被引量:15
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作者 郑文娟 来育洪 +2 位作者 尤昕煜 秦茜晗 朱世华 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期329-336,共8页
小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一, 过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟... 小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一, 过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增, 序列长度在795-801bp 之间, 长度差异不大。采用Clustal X1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析, 结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop 区的T、C、A 和G 碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%, 排除13 处核苷酸的插入或缺失后, 共检测到93处转换和颠换位点, 约占分析序列总长度的11.6%, 其中包括53 个单一多态位点和40 个简约信息位点, 共确定了52 种单倍型, 单倍型多样性(hd)为0.9993, 单倍型间的平均遗传距离为0.012, 转换/颠换平均值为4.305, 平均核苷酸差异数(k)为9.73875, 核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。 展开更多
关键词 线粒体dna d-loop 小黄鱼 遗传多样性 舟山
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中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究(英文) 被引量:39
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作者 刘若余 杨公社 雷初朝 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期420-428,共9页
采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种(板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊)共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明:山羊mtDNA D-loop全序列长度为1 212-1 213 ... 采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种(板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊)共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明:山羊mtDNA D-loop全序列长度为1 212-1 213 bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8.42%,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0.9333-1.0000,核苷酸多样度为0.7062%-1.8265%,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74.22%;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25.78%,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24.6491,P值为0.0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3.3947,P值为0.0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。 展开更多
关键词 山羊 线粒体dna d-loop 遗传多样性 起源
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关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析 被引量:17
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作者 雷初朝 陈宏 +2 位作者 王德解 杨公社 孙维斌 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2004年第4期10-12,共3页
本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正... 本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 展开更多
关键词 关中驴 线粒体dna d-loop 多态性分析 核苷酸序列分析
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黄海蓝点马鲛mtDNA D-loop序列变异分析 被引量:17
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作者 姜艳艳 孔晓瑜 +2 位作者 喻子牛 庄志猛 金显仕 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期177-183,共7页
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n=20)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分... 采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n=20)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较,在这20个个体中,共检测到54个变异位点,包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性(P_i)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.0271和11.047。研究结果表明,蓝点马鲛的mtDNA D-loop基因个体变异程度较大,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 蓝点马鲛 MTdna D—1oop 遗传多样性
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大鳞副泥鳅群体线粒体DNA D-loop序列遗传变异分析 被引量:9
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作者 白晓慧 杨华 +4 位作者 孟一耕 王娜 姜巨峰 吴会民 冯守明 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期658-664,共7页
为探明大鳞副泥鳅野生资源状况,利用线粒体DNA D-loop序列,对天津5个大鳞副泥鳅自然群体的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态进行分析。5个群体72个个体的D-loop基因序列全长912~914bp,其中多态性位点30个,共检测到22个单倍型,平均单... 为探明大鳞副泥鳅野生资源状况,利用线粒体DNA D-loop序列,对天津5个大鳞副泥鳅自然群体的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态进行分析。5个群体72个个体的D-loop基因序列全长912~914bp,其中多态性位点30个,共检测到22个单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.813和0.0015,呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的模式。5个群体间的遗传分化指数为-0.0205~0.0795,总的遗传分化指数为0.0712,属中等程度的遗传分化。单倍型网络进化图和单倍型系统发育树均未显示出明显的地理分布格局,中性检验和核苷酸不配对分布分析均表明,大鳞副泥鳅经历过种群扩张,扩张事件发生在第四纪更新世晚期。研究结果表明,应加强5个湿地大鳞副泥鳅群体的保护,适时开展大鳞副泥鳅良种选育工作,减少对大鳞副泥鳅野生资源的破坏。 展开更多
关键词 大鳞副泥鳅 线粒体dna d-loop基因 遗传多样性 核苷酸不配对分布
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