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Effects of Nephrolithiasis on Serum DNase(Deoxyribonuclease Ⅰ and Ⅱ) Activity and E3 SUMO-Protein Ligase NSE2(NSMCE2) in Malaysian Individuals 被引量:1
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作者 Faridah Yusof Atheer Awad Mehde +3 位作者 Wesen Adel Mehdi Raha Ahmed Raus Hamid Ghazali Azlina Abd Rahman 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2015年第9期660-665,共6页
Objective Nephrolithiasis is one of the most common disorders of the urinary tract. The aim of this study was to examine a possible relationship between DNase Ⅰ/Ⅱ activity and E3 SUMO-protein ligase NSE2 in the sera... Objective Nephrolithiasis is one of the most common disorders of the urinary tract. The aim of this study was to examine a possible relationship between DNase Ⅰ/Ⅱ activity and E3 SUMO-protein ligase NSE2 in the sera of nephrolithiasis patients to evaluate the possibility of a new biomarker for evaluating kidney damage. Methods Sixty nephrolithiasis patients and 50 control patients were enrolled in a case-control study. Their blood urea, creatinine, protein levels and DNase Ⅰ/Ⅱ activity levels were measured by spectrometry. Serum NSMCE2 levels were measured by ELISA. Blood was collected from patients of the government health clinics in Kuantan-Pahang and fulfilled the inclusion criteria. Results The result indicated that mean levels of sera NSMCE2 have a significantly increase(P〈0.01) in patients compared to control group. Compared with control subjects, activities and specific activities of serum DNase Ⅰ and Ⅱ were significantly elevated in nephrolithiasis patients(P〈0.01). Conclusion This study suggests that an increase in serum concentrations of DNase Ⅰ/Ⅱ and E3 SUMO-protein ligase NSE2 level can be used as indicators for the diagnosis of kidney injury in patients with nephrolithiasis. 展开更多
关键词 Nephrolithiasis dnase dnase E3 SUMO-protein ligase NSE2 NSMCE2
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沉默Ku70促进PARP1、ligase3和XRCC1在DNA双链断裂染色质聚集 被引量:1
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作者 程巧 厉红元 +1 位作者 王小毅 任国胜 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第14期1497-1501,共5页
目的研究碱基切除修复途径(base excision repair,BER)关键因子PARP1、ligase3和XRCC1在Ku70缺失的条件下与DNA双链断裂(double-strand break,DSB)所在染色质的结合及抑制PARP1所产生的影响。方法采用可经药物诱导Ku70 shRNA的细胞株,... 目的研究碱基切除修复途径(base excision repair,BER)关键因子PARP1、ligase3和XRCC1在Ku70缺失的条件下与DNA双链断裂(double-strand break,DSB)所在染色质的结合及抑制PARP1所产生的影响。方法采用可经药物诱导Ku70 shRNA的细胞株,以高效的DNA双链断裂诱导剂刺孢霉素calicheamicin诱导DSB。分离不同组分蛋白联合稳定同位素标记定量差异蛋白组分析法鉴定Ku70下调后在损伤染色质聚集增多的蛋白,Western blot进行验证并检测PARP1抑制剂DIQ对其染色质聚集的影响。结果在药物Doxy作用下,Ku70明显下调,其余蛋白的表达不受影响。稳定同位素标记定量蛋白组学方法鉴定出PARP1、ligase3和XRCC1在Ku70下调后在损伤染色质聚集增多。Western blot进行了验证并显示PARP1、ligase3和XRCC1在损伤染色质的聚集随DSB程度增加而增加。施加PARP1抑制剂DIQ,随着DIQ浓度的上升,ligase3在损伤染色质的聚集逐渐减少。结论沉默Ku70后,PARP1、ligase3和XRCC1在DSB染色质聚集增加,这种聚集与DSB程度变化一致,并且ligase3的染色质聚集具有一定程度的PARP1依赖性。 展开更多
关键词 dna双链断裂 KU70 PARP1 ligase3 XRCC1
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分子对接、CRISPR/Cas9技术筛选并验证DNA ligase Ⅳ抑制剂
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作者 肖红卫 《湖北农业科学》 2021年第23期177-180,共4页
为了筛选靶向DNA连接酶Ⅳ的抑制剂以实现更有效的基因定点插入,采用分子对接技术筛选出与前期研究中靶向DNA连接酶Ⅳ的抑制剂SCR7作用类似的小分子化合物。筛选到与化合物库一致的nocodazole、Fisetin和Methylene blue 3个小分子化合物... 为了筛选靶向DNA连接酶Ⅳ的抑制剂以实现更有效的基因定点插入,采用分子对接技术筛选出与前期研究中靶向DNA连接酶Ⅳ的抑制剂SCR7作用类似的小分子化合物。筛选到与化合物库一致的nocodazole、Fisetin和Methylene blue 3个小分子化合物,通过用MSTN基因T11位点序列截断的Firefly Luciferase荧光素酶报告载体结合CRISPR/Cas9-gRNA-T11载体共转细胞,并结合不同的小分子化合物处理。结果表明,没有用小分子化合物处理时,萤火虫荧光素酶被截断的位置发生NHEJ修复,不能得到大量有活性的萤火虫荧光素酶;经过小分子化合物处理,抑制了细胞内的NHEJ,提高了HDR效率,能得到大量有活性的萤火虫荧光素酶。使用nocodazole、Methylene blue和Fisetin处理后的萤火虫荧光素酶检测结果65256.3、53713和77058.3分别是SCR7处理后的萤火虫荧光素酶检测结果41905.3的1.6、1.3和1.8倍,是没有SCR7处理后的萤火虫荧光素酶检测结果10120的6.4、5.3和7.6倍。证明所用的筛选策略正确,所筛选出的小分子化合物是具有DNA ligaseⅣ抑制活性的抑制剂,为后续研究奠定了基础。 展开更多
关键词 dna连接酶Ⅳ 抑制剂 荧火虫荧光素酶报告载体 CRISPR/Cas9 小分子化合物
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Ovarian cancer and DNA repair: DNA ligase IV as a potential key 被引量:2
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作者 Joana Assis Deolinda Pereira Rui Medeiros 《World Journal of Clinical Oncology》 CAS 2013年第1期14-24,共11页
Ovarian cancer(OC)is the sixth most common cancer and the seventh cause of death from cancer in women.The etiology and the ovarian carcinogenesis still need clarification although ovulation may be determinant due to i... Ovarian cancer(OC)is the sixth most common cancer and the seventh cause of death from cancer in women.The etiology and the ovarian carcinogenesis still need clarification although ovulation may be determinant due to its carcinogenic role in ovarian surface epithelium.The link between ovarian carcinogenesis and DNA repair is well established and it became clear that alterations in DNA damage response may affect the risk to develop OC.Polymorphisms are variations in the DNA sequence that exist in normal individuals of a population and are capable to change,among other mechanisms,the balance between DNA damage and cellular response.Consequently,genetic variability of the host has a great role in the development,progression and consequent prognosis of the oncologic patient as well as in treatment response.Standard treatment for OC patients is based on cytoreductive surgery,followed by chemotherapy with a platinum agent and a taxane.Although 80%of the patients respond to the first-line therapy,the development of resistance is common although the mechanisms underlying therapy failure remain mostly unknown.Because of their role in oncology,enzymes involved in the DNA repair pathways,like DNA Ligase IV(LIG4),became attractive study targets.It has been reported that variations in LIG4 activity can lead to a hyper-sensitivity to DNA damage,deregulation of repair and apoptosis mechanisms,affecting the susceptibility to cancer development and therapy response.To overcome resistance mechanisms,several investigations have been made and the strategy to target crucial molecular pathways,such as DNA repair,became one of the important areas in clinical oncology.This review aims to elucidate the link between DNA repair and OC,namely which concerns the role of LIG4 enzyme,and how genetic polymorphisms in LIG4 gene can modulate the activity of the enzyme and affect the ovarian carcinogenesis and treatment response.Moreover,we try to understand how LIG4 inhibition can be a potential contributor for the development of new cancer treatment strategies. 展开更多
关键词 OVARIAN Cancer dna Repair dna ligase IV POLYMORPHISMS SUSCEPTIBILITY Treatment response
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Flexibility in the order of action and in the enzymology of the nuclease, polymerases, and ligase of vertebrate non-homologous DNA end joining: relevance to cancer, aging, and the immune system 被引量:5
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作者 Michael R Lieber Haihui Lu +1 位作者 Jiafeng Gu Klaus Schwarz 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2008年第1期125-133,共9页
Nonhomologous DNA end joining (NHEJ) is the primary pathway for repair of double-strand DNA breaks in human cells and in multicellular eukaryotes. The causes of double-strand breaks often fragment the DNA at the sit... Nonhomologous DNA end joining (NHEJ) is the primary pathway for repair of double-strand DNA breaks in human cells and in multicellular eukaryotes. The causes of double-strand breaks often fragment the DNA at the site of damage, resulting in the loss of information there. NHEJ does not restore the lost information and may resect additional nucleotides during the repair process. The ability to repair a wide range of overhang and damage configurations reflects the flexibility of the nuclease, polymerases, and ligase of NHEJ. The flexibility of the individual components also explains the large number of ways in which NHEJ can repair any given pair of DNA ends. The loss of information locally at sites of NHEJ repair may contribute to cancer and aging, but the action by NHEJ ensures that entire segments of chromosomes are not lost. 展开更多
关键词 nonhomologous dna end joining (NHEJ) Ku dna-PKcs Artemis Cernunnos/XLE ligase XRCC4 polymerase μ polymerase λ
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Radiation Effect of T_4DNA Ligase Induced by 80 MeV/u ^(12)C^(6+) Ions
6
作者 Wang Xiao, Li Wenjian, Gao Qingxiang, Feng Yan and Zhou Libing 《IMP & HIRFL Annual Report》 2001年第1期73-73,共1页
Cancer therapy with heavy ion bearns has now been progressed by America,Japan,Germany and some other countries.It becomes the most advanced and efficacious new cancer radiotherapy owing its high LET and RBE,low OER,es... Cancer therapy with heavy ion bearns has now been progressed by America,Japan,Germany and some other countries.It becomes the most advanced and efficacious new cancer radiotherapy owing its high LET and RBE,low OER,especialy forming Bragg peak at the end of the tracks of the charged particles.DNA 展开更多
关键词 dna IONS BRAGG RADIOTHERAPY ligase CHARGED repair spectrometer POLYACRYLAMIDE irradiated
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斑腿蝗科Catantopidae七种蝗虫线粒体COⅠ基因的DNA条形码研究 被引量:51
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作者 潘程莹 胡婧 +1 位作者 张霞 黄原 《Entomotaxonomia》 CSCD 北大核心 2006年第2期103-110,共8页
以我国常见的斑腿蝗科Catantopidae7种蝗虫为对象测定了COⅠ基因序列,探讨COⅠ基因作为DNA条形码在识别蝗虫物种方面的可行性。结果表明,斑腿蝗科3属7种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨蝗虫属、种分类单元的系统发育问题... 以我国常见的斑腿蝗科Catantopidae7种蝗虫为对象测定了COⅠ基因序列,探讨COⅠ基因作为DNA条形码在识别蝗虫物种方面的可行性。结果表明,斑腿蝗科3属7种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨蝗虫属、种分类单元的系统发育问题,为将线粒体基因组的COⅠ基因作为蝗虫DNA条形码进行分类鉴定手段的可行性提供一定的参考。 展开更多
关键词 直翅目 斑腿蝗科 CO基因 dna条形码
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马兜铃酸Ⅰ致肾小管上皮细胞DNA损伤的实验研究 被引量:20
8
作者 李瑛 刘志红 +4 位作者 郭啸华 苏健 陈朝红 周虹 黎磊石 《肾脏病与透析肾移植杂志》 CAS CSCD 2004年第1期7-12,共6页
目的:研究马兜铃酸Ⅰ(AAⅠ)致肾小管上皮细胞(LLC-PK1细胞)DNA损伤和对细胞周期的影响,并探讨其与P53途径的关系。 方法:不同浓度的AAⅠ纯品(80、160、320、640和1280ng/ml)体外刺激LLC-PK1细胞24h,采用单细胞凝胶电泳和流式细胞仪观... 目的:研究马兜铃酸Ⅰ(AAⅠ)致肾小管上皮细胞(LLC-PK1细胞)DNA损伤和对细胞周期的影响,并探讨其与P53途径的关系。 方法:不同浓度的AAⅠ纯品(80、160、320、640和1280ng/ml)体外刺激LLC-PK1细胞24h,采用单细胞凝胶电泳和流式细胞仪观察AAⅠ对LLC-PK1细胞DNA损伤和细胞周期的影响。用免疫荧光染色和流式细胞仪检测小管上皮细胞P53蛋白的表达。 结果:单细胞凝胶电泳实验发现 AAⅠ浓度为160,320,640和1280ng/ml时能导致LLC-PK1细胞产生彗星拖尾现象,且剂量越大,拖尾越明显,尾长和尾部荧光值与对照组比较有明显差异(P<0.05或P<0.01)。此剂量的AAI使LLC-PK1细胞在G2/M期的比例明显增高,且剂量越大,增高越明显,与对照组比较有明显差异(P<0.05或P<0.01)。各组小管上皮细胞P53蛋白的表达无明显差异(P>0.05)。 结论:AAⅠ可导致LLC-PK1细胞DNA损伤,使细胞周期阻滞在G2/M期,这可能是马兜铃酸肾毒性损伤后肾小管上皮细胞再生修复能力差和形成泌尿道肿瘤的机制之一。AAⅠ对LLC-PK1细胞DNA损伤和细胞周期阻滞作用是非P53依赖的,具体机制有待进一步研究。 展开更多
关键词 马兜铃酸 肾小管上皮细胞 dna损伤 细胞周期 单细胞凝胶电泳 流式细胞仪 肾功能衰竭
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以重组人DNA拓扑异构酶Ⅰ为靶位从天然产物及其衍生物中筛选抗肿瘤化合物 被引量:5
9
作者 杨国武 田新莉 +2 位作者 何国平 林永成 周世宁 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期58-61,共4页
为了在体外以人DNA拓扑异构酶Ⅰ(hTopoⅠ)为靶位进行抗肿瘤化合物的快速筛选,首次使用毕赤酵母表达了hTopoⅠ。在微量反应体系中,测定了化合物抑制hTopoⅠ松驰活性的能力,并用MTT实验验证筛选到的hTopoⅠ抑制剂的抗肿瘤活性。从74个结... 为了在体外以人DNA拓扑异构酶Ⅰ(hTopoⅠ)为靶位进行抗肿瘤化合物的快速筛选,首次使用毕赤酵母表达了hTopoⅠ。在微量反应体系中,测定了化合物抑制hTopoⅠ松驰活性的能力,并用MTT实验验证筛选到的hTopoⅠ抑制剂的抗肿瘤活性。从74个结构新颖的天然产物及人工合成的黄酮类衍生物中筛到6个hTopoⅠ抑制剂,有4个化合物抑制肿瘤细胞生长的能力较强。 展开更多
关键词 dna拓扑异构酶 抑制剂 抗肿瘤 筛选
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我国五大淡水湖三角帆蚌群体mtDNA COⅠ基因片段变异分析 被引量:9
10
作者 李家乐 王建军 +1 位作者 汪桂玲 白志毅 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期779-782,共4页
关键词 三角帆蚌 线粒体dna CO基因 遗传多样性 亲缘关系
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基于COⅠ基因的厦门海域鱼类DNA条形码鉴定 被引量:12
11
作者 邢炳鹏 林汝榕 +1 位作者 王彦国 张稚兰 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期144-150,共7页
为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种... 为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种间、科内和目内的遗传距离(K2P)分别为:0.21%,20.50%、24.47%和25.62%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.所选厦门海域鱼类样品仅蓝圆鯵鉴定到圆鯵属,未能鉴定到种,其余22种全部鉴定到种,表明COⅠ基因序列可以作为鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 展开更多
关键词 海洋生物学 鱼类 细胞色素C氧化酶亚基基因 dna条形码 物种鉴定 厦门海域
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椭圆食粉螨线粒体DNA COⅠ基因片段序列分析 被引量:8
12
作者 吴太葆 夏斌 +2 位作者 邹志文 桂梓 朱志民 《蛛形学报》 2007年第2期79-82,共4页
采用苯酚-氯仿-异戊醇抽提法提取了采自江西南昌和广州潮州2个地理种群的椭圆食粉螨Aleuro-glyphus ovatus Troupeau,1878基因组DNA。以相应引物对椭圆食粉螨线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因(mtDNA COI)进行PCR扩增,直接测序,得到379b... 采用苯酚-氯仿-异戊醇抽提法提取了采自江西南昌和广州潮州2个地理种群的椭圆食粉螨Aleuro-glyphus ovatus Troupeau,1878基因组DNA。以相应引物对椭圆食粉螨线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因(mtDNA COI)进行PCR扩增,直接测序,得到379bp的碱基片断(国际基因库索引号EF527825),其碱基序列A、C、G、T含量分别为71bp(18.73%)、53bp(13.98%)、89bp(23.48%)、166bp(43.80%);江西南昌和广州潮州2个地理种群间的椭圆食粉螨mtDNACOI基因片段完全一致,未发现地理差异。 展开更多
关键词 椭圆食粉螨 线粒体dna CO 基因
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基于线粒体CO Ⅰ基因15个鸡种的DNA编码研究 被引量:21
13
作者 高玉时 唐修君 +4 位作者 屠云洁 陆俊贤 薛茂云 施祖灏 张小燕 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期587-594,共8页
【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶... 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种(除藏鸡外);15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。 展开更多
关键词 地方鸡群体 CO基因 dna条形码 品种鉴定
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我国耐力运动员线粒体DNA高变区Ⅰ序列多态性分析 被引量:17
14
作者 常芸 于长隆 +3 位作者 刘爱杰 高晓嶙 何子红 胡水清 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期4-10,共7页
为了探讨人类运动能力相关的基因标记与分子机制 ,对mtDNA高变区I作了序列多态性分析。研究选取汉族耐力运动员 95人 ,相应汉人对照 92人 ,对其mtDNA高变区I特异性片段进行扩增、测序 ,分析其序列多态性改变。结果显示 :中国汉族耐力运... 为了探讨人类运动能力相关的基因标记与分子机制 ,对mtDNA高变区I作了序列多态性分析。研究选取汉族耐力运动员 95人 ,相应汉人对照 92人 ,对其mtDNA高变区I特异性片段进行扩增、测序 ,分析其序列多态性改变。结果显示 :中国汉族耐力运动员的多态位点有 83个 ,其中 ,碱基替换位点 6 8,缺失位点 5个 ,插入位点 10个 ,位点 16 2 2 8碱基缺失及 16 113- 16 114和 16 335 -16 336碱基插入为运动员独有 ;中国汉族运动员mtDNA高变区I同质性多态主要表现为碱基转换、碱基颠换、缺失及插入四种类型 ,其中 ,碱基转换发生率最高 ,碱基颠换发生率次之 ,碱基缺失及插入频率最低。运动员碱基颠换频率明显高于常人 (P <0 0 5 ) ,而碱基缺失及插入频率则显著低于常人 (P <0 0 5 )。运动员T -C转换频率显著高于常人 (P <0 0 5 ) ,运动员A -G转换频率则显著低于常人 (P <0 0 1)。研究结果还提示 ,mtDNA扩增产物直接测序分析作为一种简便快捷的mtD NA序列多态性和单核苷酸多态性研究方法 ,为运动能力遗传标记的筛选与研究提供了有效方法 。 展开更多
关键词 中国 耐力运动员 线粒体dna 高变区 基因序列 基因多态性
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基于COⅠ的中国西施舌DNA条形码 被引量:8
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作者 孟学平 高如承 +4 位作者 申欣 郑雯雯 赵娜娜 程汉良 田美 《水产科学》 CAS 北大核心 2011年第10期626-630,共5页
以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和... 以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和PhyML软件构建NJ树和ML树,用Arlequin3.11软件进行分子方差分析,研究COⅠ这一特定基因区段作为DNA条形码在识别西施舌地理群体的可行性和有效性。结果获得658bp的COⅠ核苷酸片段,其T、C、A、G含量分别为42.4%、14.8%、21.8%、21.0%,A+T(64.2%)含量明显高于G+C含量。变异位点占15.3%(101/658),其中简约信息位点占14.1%。群体内遗传距离为0.0020~0.0043,群体间遗传距离为0.0024~0.0883。群体间氨基酸序列无变异。长乐、漳州群体(DH组)与其他群体(HB组)间有显著的遗传分化(FST=0.956~0.970)。NJ树和ML树显示长乐、漳州群体聚为一支,北方的大连、日照、启东群体和南方的北海群体聚为置信度较高的另一支(BPN=99),2支间的遗传距离为0.0837,是2支内群体间遗传距离的17.8~23.5倍。本研究结果表明,COⅠ基因片段序列作为鉴定福建西施舌条形码是可行的,但不能将其余群体区别开来。 展开更多
关键词 西施舌 线粒体 CO dna条形码
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基于线粒体COⅠ的DNA条形码技术在贻贝科种类鉴定中的应用 被引量:17
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作者 刘君 李琪 +3 位作者 孔令锋 陈军 郑小东 于瑞海 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期874-881,共8页
DNA条形码(DNA barcoding)技术作为近年来发展起来的物种鉴定的一门新兴技术,已引起越来越多的关注。其原理是利用一段短DNA标准序列(对动物而言一般为线粒体细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ,mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ... DNA条形码(DNA barcoding)技术作为近年来发展起来的物种鉴定的一门新兴技术,已引起越来越多的关注。其原理是利用一段短DNA标准序列(对动物而言一般为线粒体细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ,mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)来实现物种鉴定。它的两大主要目的是鉴定已知种和发现新种。 展开更多
关键词 dna条形码 双单亲遗传 线粒体CO 贻贝科
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基于COⅠ基因的西南大西洋部分经济鱼类DNA条形码鉴定 被引量:23
17
作者 张馨月 刘岩 +1 位作者 张秀梅 高天翔 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1161-1167,共7页
目前,国际上广泛使用FishBase(http://fishbase.org)等鱼类分类检索系统进行鱼类形态学鉴定,但由于部分地区鱼类开发和研究水平不一,因此单一的形态学鉴定无法完全满足物种鉴定的需求。DNA序列辅助分类作为一个理想的辅助形态学分类手... 目前,国际上广泛使用FishBase(http://fishbase.org)等鱼类分类检索系统进行鱼类形态学鉴定,但由于部分地区鱼类开发和研究水平不一,因此单一的形态学鉴定无法完全满足物种鉴定的需求。DNA序列辅助分类作为一个理想的辅助形态学分类手段应运而生,迄今已有30多年历史。2003年,Hebert等[1,2]明确提出了DNA条形码(DNA barcoding)的概念,即通过使用短的、标准化的基因片段来进行物种鉴定,以提高真核生物识别的效率。 展开更多
关键词 经济鱼类 CO dna条形码 物种鉴定 西南大西洋
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SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR法测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA拷贝数方法的建立 被引量:5
18
作者 丛喆 涂新明 +5 位作者 李兆忠 许琰 蒋虹 佟巍 卢圣栋 魏强 《中国比较医学杂志》 CAS 2006年第11期680-683,690,共5页
目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA。方法巢式RT-PCR扩增SIVmac251病毒RNA gag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEM T载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经... 目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA。方法巢式RT-PCR扩增SIVmac251病毒RNA gag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEM T载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经大量扩增纯化后定量,10倍系列稀释后,做出标准曲线,作为SIV前病毒DNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Roche公司FastStart DNA Master SYBR GreenⅠKit,该标准品可精确定量到10 copies/μL。结论制备的pGEM-SIVgag477质粒外标准品纯度高,SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA载量。 展开更多
关键词 猴免疫缺陷病毒 前病毒dna 实时荧光定量PCR SYBR Green
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华蟾素注射液对人肝癌HepG-2细胞DNA拓扑异构酶Ⅰ的影响 被引量:24
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作者 陈华 孙宇 崔晓楠 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期197-201,共5页
背景与目的:华蟾素注射液是传统抗肿瘤中药制剂,目前药效机制尚不明确。本研究旨在探讨华蟾素注射液对DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoisomerase Ⅰ,TOPOⅠ)的影响。方法:采用噻唑蓝还原法(MTT)观察华蟾素注射液对人肝癌HepG-2细胞增殖的影响;采... 背景与目的:华蟾素注射液是传统抗肿瘤中药制剂,目前药效机制尚不明确。本研究旨在探讨华蟾素注射液对DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoisomerase Ⅰ,TOPOⅠ)的影响。方法:采用噻唑蓝还原法(MTT)观察华蟾素注射液对人肝癌HepG-2细胞增殖的影响;采用流式细胞术(FCM)检测对HepG-2细胞周期的影响;采用RT-PCR法检测对HepG-2细胞TOPOⅠmRNA表达的影响;采用TOPOⅠ介导的负超螺旋PBR322 DNA解旋反应检测华蟾素对TOPOⅠ酶活性的影响;采用负超螺旋PBR322 DNA检测华蟾素对DNA的直接抑制作用。结果:华蟾素注射液对HepG-2细胞增殖具有抑制作用,其抑制效应具有时间和剂量依赖性;并将HepG-2细胞阻滞于S期;RT-PCR检测表明,华蟾素注射液可下调TOPOⅠmRNA表达,表现浓度依赖效应;对TOPOⅠ介导的负超螺旋PBR322 DNA解旋反应有抑制作用;对负超螺旋PBR322 DNA没有直接抑制作用。结论:华蟾素注射液能够抑制HepG-2细胞增殖,影响DNA拓扑异构酶Ⅰ酶的mRNA表达及活性可能为机制之一。 展开更多
关键词 华蟾素 TOPO 肝癌 HEPG-2细胞 PBR322dna
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基于线粒体COⅠ基因的齿小蠹属昆虫DNA条形码研究 被引量:32
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作者 常虹 郝德君 +4 位作者 肖荣堂 刘勇 钱路 安榆林 杨晓军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1075-1081,共7页
齿小蠹属(鞘翅目:小蠹科)昆虫是植物检疫中经常截获的类群,为探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确鉴定齿小蠹种类的可行性,以齿小蠹属昆虫为研究对象,测定分析了线粒体COⅠ基因462bp碱基序列。... 齿小蠹属(鞘翅目:小蠹科)昆虫是植物检疫中经常截获的类群,为探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确鉴定齿小蠹种类的可行性,以齿小蠹属昆虫为研究对象,测定分析了线粒体COⅠ基因462bp碱基序列。序列分析结果显示:变异位点为259个,保守位点203个,简约信息位点181个,自裔位点78个。所有位点中,A,G,C和T碱基平均含量分别为30.7%,16.5%,17.0%和35.8%。A+T含量较高,为66.5%,明显高于G+C含量,表现明显的A+T碱基偏嗜,且A与T含量相当,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。转换与颠换结果显示:该段序列未达到饱和,可以得到准确的进化分析。利用Kimura2-parameter模型分析遗传距离得到,同物种间的遗传距离介于0.002~0.007之间,不同种间的遗传距离介于0.056~0.431间,平均遗传距离为0.199,说明该段序列能够区分不同物种。基于COⅠ基因序列构建的邻接法系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,且分支自展值均为100%;近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。结果表明应用基于COⅠ基因片段的DNA条形码进行齿小蠹属昆虫分类鉴定具有可行性。 展开更多
关键词 齿小蠹属 dna条形码 线粒体CO基因 遗传距离 系统发育树
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