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Termination of DNA Replication and the Role of Enzymes in Recombination
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作者 Naila Rozi Nasir Uddinldaan 《Journal of Life Sciences》 2011年第2期162-166,共5页
关键词 dna复制 重组酶 dna聚合酶 dna转录 细胞分子 真核生物 遗传物质 编码信息
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Maternal gene Ooep may participate in homologous recombination-mediated DNA double-strand break repair in mouse oocytes
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作者 Da-Jian He Lin Wang +5 位作者 Zhi-Bi Zhang Kun Guo Jing-Zheng Li Xie-Chao He Qing-Hua Cui Ping Zheng 《Zoological Research》 SCIE CAS CSCD 2018年第6期387-395,共9页
DNA damage in oocytes can cause infertility and birth defects. DNA double-strand breaks (DSBs) are highly deleterious and can substantially impair genome integrity. Homologous recombination (HR)-mediated DNA DSB r... DNA damage in oocytes can cause infertility and birth defects. DNA double-strand breaks (DSBs) are highly deleterious and can substantially impair genome integrity. Homologous recombination (HR)-mediated DNA DSB repair plays dominant roles in safeguarding oocyte quantity and quality. However, little is known regarding the key players of the HR repair pathway in oocytes. Here, we identified oocyte-specific gene Ooep as a novel key component of the HR repair pathway in mouse oocytes. OOEP was required for efficient ataxia telangiectasia mutated (ATM) kinase activation and Rad51 recombinase (RAD51) focal accumulation at DNA DSBs. Ooep null oocytes were defective in DNA DSB repair and prone to apoptosis upon exogenous DNA damage insults. Moreover, Ooep null oocytes exhibited delayed meiotic maturation. Therefore, OOEP played roles in preserving oocyte quantity and quality by maintaining genome stability. Ooep expression decreased with the advance of maternal age, suggesting its involvement in maternal aging. 展开更多
关键词 Ooep Homologous recombination dna double-strand break repair ATM RAD51
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Homologous recombination in DNA repair and DNA damage tolerance 被引量:28
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作者 Xuan Li Wolf-Dietrich Heyer 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2008年第1期99-113,共15页
相应再结合(HR ) 包括在脱氧核糖核酸双 stranded 裂缝(DSB ) 的修理工作的一系列互连的小径并且内部海滨交叉连接(ICL ) 。另外,再结合在阻止或碎的复制叉的恢复为 DNA 提供批评支持,贡献脱氧核糖核酸损坏的忍耐。蛋白质的一个中央... 相应再结合(HR ) 包括在脱氧核糖核酸双 stranded 裂缝(DSB ) 的修理工作的一系列互连的小径并且内部海滨交叉连接(ICL ) 。另外,再结合在阻止或碎的复制叉的恢复为 DNA 提供批评支持,贡献脱氧核糖核酸损坏的忍耐。蛋白质的一个中央核心,最非常 RecA 相当或相同的事物 Rad51,催化代表 HR 的关键反应:相同搜索和脱氧核糖核酸海滨侵略。再结合的多样的功能在对与核心蛋白质一起执行补加的功能的上下文特定的因素的需要被反映。适当地修理复杂脱氧核糖核酸损坏并且解决 DNA 应力的无能导致 genomic 不稳定性并且贡献癌症病原学。在 BRCA2 重组基因的变化引起倾向到胸和卵巢的癌症以及 Fanconi 贫血症,癌症倾向症候群在脱氧核糖核酸的修理由一个缺点描绘了内部海滨交叉连接。再结合的细胞的功能对癌症的基于 DNA 的治疗形式也适切,它指向由是为再结合小径的底层的脱氧核糖核酸损害的直接或间接的正式就职复制房间。这评论集中于关于 DSB 和 ICL 修理以及复制叉支持的 HR 的机械学的方面。 展开更多
关键词 dna 脱氧核糖核酸 损害机理 基因
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DNA存储技术:挑战与未来
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作者 褚利康 何磊 韩达 《集成技术》 2024年第3期116-127,共12页
随着全球数据呈现指数级增长,当前的信息存储技术面临维护成本高昂、存储寿命有限等多个缺陷,逐渐无法满足日益凸显的需求。因此,迫切需要引入新的信息存储方法来解决这一问题。DNA作为一种天然的遗传信息载体,具备高存储密度、潜在低... 随着全球数据呈现指数级增长,当前的信息存储技术面临维护成本高昂、存储寿命有限等多个缺陷,逐渐无法满足日益凸显的需求。因此,迫切需要引入新的信息存储方法来解决这一问题。DNA作为一种天然的遗传信息载体,具备高存储密度、潜在低维护成本和长寿命等优势,因此被视为一种有潜力的新型信息存储介质。该文对DNA数据存储技术的基本原理和流程进行了概述,并回顾了其历史发展。同时,对当前基于DNA存储的领域仍面临的挑战进行了总结,如缓慢的数据写入和读取速度等,以及应对这些挑战的一些潜在策略。最后,为了满足全球对新存储方法的需求,该文指出了DNA数据存储技术的未来发展方向。 展开更多
关键词 dna 数据存储 dna序列 dna纳米技术 信息加密
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Taq DNA聚合酶的分子改造及其在探针法qPCR直扩体系中的应用
5
作者 胡松青 袁家惠 +1 位作者 刘光毅 侯轶 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期8-16,共9页
Taq DNA聚合酶作为实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的核心组分,其性能优劣直接影响qPCR技术的进一步发展。然而,野生型Taq DNA聚合酶的耐抑制剂性能差、延伸性能不足。为获得具有高性能的Taq DNA聚合酶,采用基因工程技术将双链DN... Taq DNA聚合酶作为实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的核心组分,其性能优劣直接影响qPCR技术的进一步发展。然而,野生型Taq DNA聚合酶的耐抑制剂性能差、延伸性能不足。为获得具有高性能的Taq DNA聚合酶,采用基因工程技术将双链DNA结合蛋白Sso7d或Sto7d融合在野生型Taq DNA聚合酶的N端或C端,构建了4个均可溶表达的改造体,再经过耐受性测试筛选较优的改造体,结果显示:改造体Taq-Sto的耐受性最高,其热稳定性不受影响,且在1 s/kbp的延伸条件下能成功扩增靶标,表明Taq-Sto具有增强的延伸性能,在TaqMan探针法qPCR体系中对腐殖酸、单宁酸、全血等抑制剂同样表现出良好的耐受性。EMSA实验发现:Taq-Sto对DNA模板的结合亲和力有所提高,有利于增强Taq-Sto对模板的竞争力;将Taq-Sto应用于非洲猪瘟病毒(ASFV)的TaqMan探针法qPCR检测,与商品化试剂相比,Taq-Sto具有更低的ASFV检出限,且在体积分数为2%~6%的猪粪便样本或猪肉样本中的检测灵敏度分别为100.0%和85.4%,说明Taq-Sto在直扩qPCR检测领域更具有优势。 展开更多
关键词 Taq dna聚合酶 双链dna结合蛋白 耐受性 聚合酶链式反应
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The Role of DNA Mismatch Repair and Recombination in the Processing of DNA Alkylating Damage in Living Yeast Cells 被引量:1
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作者 Hernan Flores-Rozas Lahcen Jaafar Ling Xia 《Advances in Bioscience and Biotechnology》 2015年第6期408-418,共11页
It is proposed that mismatch repair (MMR) mediates the cytotoxic effects of DNA damaging agents by exerting a futile repair pathway which leads to double strand breaks (DSBs). Previous reports indicate that the sensit... It is proposed that mismatch repair (MMR) mediates the cytotoxic effects of DNA damaging agents by exerting a futile repair pathway which leads to double strand breaks (DSBs). Previous reports indicate that the sensitivity of cells defective in homologous recombination (HR) to DNA alkylation is reduced by defects in MMR genes. We have assessed the contribution of different MMR genes to the processing of alkylation damage in vivo. We have directly visualized recombination complexes formed upon DNA damage using fluorescent protein (FP) fusions. We find that msh6 mutants are more resistant than wild type cells to MNNG, and that an msh6 mutation rescues the sensitivity of rad52 strains more efficiently than an msh3 mutation. Analysis of RAD52-GFP tagged strains indicate that MNNG increases repair foci formation, and that the inactivation of the MHS2 and MSH6 genes but not the MSH3 gene result in a reduction of the number of foci formed. In addition, in the absence of HR, NHEJ could process the MNNG-induced DSBs as indicated by the formation of NHEJ-GFP tagged foci. These data suggest that processing of the alkylation damage by MMR, mainly by MSH2-MSH6, is required for recruitment of recombination proteins to the damage site for repair. 展开更多
关键词 dna MISMATCH REPAIR recombination dna DAMAGE Non-Homologous End Joining
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Double-stranded DNA breaks and gene functions in recombination and meiosis 被引量:1
7
作者 Wuxing Li Hong Ma 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2006年第5期402-412,共11页
Meiotic 前期我是一个长、复杂的阶段。相应再结合是在 meiotic 前期期间发生在相应染色体之间的一个重要过程我。chiasmata 的形成,它一起保持相应染色体直到中期我到后期,我转移,为合适的染色体分离是批评的。最近的研究建议了 SPO... Meiotic 前期我是一个长、复杂的阶段。相应再结合是在 meiotic 前期期间发生在相应染色体之间的一个重要过程我。chiasmata 的形成,它一起保持相应染色体直到中期我到后期,我转移,为合适的染色体分离是批评的。最近的研究建议了 SPO11 蛋白质在产生被认为是相应再结合的起点的双 stranded DNA 裂缝(DSB ) 的地点在很多个有机体保存了功能。DSB 的这些地点处理要求 RecA 相当或相同的事物的功能,例如 RAD51, DMC1,和其它,由变异的研究建议了;因此,修理这些 meiotic DSB 的失败导致反常 chromosomal 引申,导致破坏成熟分裂。这些 RecA 相当或相同的事物的功能上的最近的发现改进了位于 meiotic 下面的机制的理解相应再结合。 展开更多
关键词 双股dna 基因功能 细胞分裂 染色体
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“DNA粗提取和鉴定”实验设计与改进
8
作者 张晓娟 《生物学教学》 北大核心 2024年第2期40-42,共3页
对DNA粗提取与鉴定实验进行优化,探究植物组织的多种破碎方法对DNA粗提取的影响,并用氯仿等有机物对DNA粗提取物进一步纯化,分析DNA未纯化与纯化后的纯度差异。结果显示,相较于破壁机破碎、加液氮研钵研磨以及玻璃匀浆器研磨,不添加液... 对DNA粗提取与鉴定实验进行优化,探究植物组织的多种破碎方法对DNA粗提取的影响,并用氯仿等有机物对DNA粗提取物进一步纯化,分析DNA未纯化与纯化后的纯度差异。结果显示,相较于破壁机破碎、加液氮研钵研磨以及玻璃匀浆器研磨,不添加液氮用研钵研磨效果更好。DNA粗提液经纯化后纯度显著提高,蛋白质及盐类等污染明显减少。 展开更多
关键词 dna的粗提取 实验改进 dna纯化 高中生物学
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Exploiting the homologous recombination DNA repair network for targeted cancer therapy 被引量:1
9
作者 Guang Peng Shiaw-Yih Lin 《World Journal of Clinical Oncology》 CAS 2011年第2期73-79,共7页
Genomic instability is a characteristic of cancer cells.In order to maintain genomic integrity,cells have evolved a complex DNA repair system to detect,signal and repair a diversity of DNA lesions.Homologous recombina... Genomic instability is a characteristic of cancer cells.In order to maintain genomic integrity,cells have evolved a complex DNA repair system to detect,signal and repair a diversity of DNA lesions.Homologous recombination(HR)-mediated DNA repair represents an error-free repair mechanism to maintain genomic integrity and ensure high-fidelity transmission of genetic information.Deficiencies in HR repair are of tremendous importance in the etiology of human cancers and at the same time offer great opportunities for designing targeted therapeutic strategies.The increase in the number of proteins identified as being involved in HR repair has dramatically shifted our concept of the proteins involved in this process:traditionally viewed as existing in a linear and simple pathway,today they are viewed as existing in a dynamic and interconnected network.Moreover,exploration of the targets within this network that can be modulated by small molecule drugs has led to the discovery of many effective kinase inhibitors,such as ATM,ATR,DNA-PK,CHK1,and CHK2 inhibitors.In preclinical studies,these inhibitors have been shown to sensitize cancer cells to chemotherapy and radiation therapy.The most exciting discovery in the field of HR repair is the identification of the synthetic lethality relationship between poly(ADPribose)polymerase(PARP)inhibitors and HR deficiency.The promises of clinical applications of PARP inhibitors and the concept of synthetic lethality also bring challenges into focus.Future research directions in the area of HR repair include determining how to identify the patients most likely to benefit from PARP inhibitors and developing strategies to overcome resistance to PARP inhibitors. 展开更多
关键词 dna REPAIR GENOMIC instability Homologous-recombination-mediated dna REPAIR Poly POLYMERASE inhibitors Synthetic LETHALITY
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DNA聚合酶θ的合成致死作用研究
10
作者 朱雨龙 李婷 龚国清 《中文科技期刊数据库(引文版)医药卫生》 2024年第2期0193-0197,共5页
利用合成致死(SL)作用治疗癌症可能会成为一种有效且对患者安全的方案。在诱导合成致死效应的众多因素中,参与DNA修复的因素是最密切相关的。当一个经典的DNA双链断裂(DSB)修复途径发生突变时,替代途径可能是消除肿瘤细胞的靶标。目前,... 利用合成致死(SL)作用治疗癌症可能会成为一种有效且对患者安全的方案。在诱导合成致死效应的众多因素中,参与DNA修复的因素是最密切相关的。当一个经典的DNA双链断裂(DSB)修复途径发生突变时,替代途径可能是消除肿瘤细胞的靶标。目前,抑制缺乏经典修复途径肿瘤细胞中的RAD52和/或PARP1一直是诱导合成致死作用的潜在靶标,但是,常用的PARP1抑制剂(PARPi)的耐药性是制定治疗方案的最大障碍。由POLQ基因编码的DNA聚合酶θ(Polθ)介导的末端连接(TMEJ)在另一种DSB修复途径起关键作用。因此,它是治疗具有同源重组修复(HRR)缺陷肿瘤的潜在靶点,抑制其活性可以诱导SL。在本综述中,主要讨论了基于靶点Polθ合成致死性的抗癌疗法的现状。 展开更多
关键词 dna损伤 dna修复 dna聚合酶θ 合成致死
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HBsAg ELISA+/HBV DNA NAT-献血者血清学与分子生物学特征分析 被引量:1
11
作者 景媛媛 范云 +3 位作者 郭燕 张文娟 段勇 冯娜 《中国输血杂志》 CAS 2024年第4期412-416,共5页
目的 了解西安地区无偿献血人群HBsAg ELISA检测结果与HBV DNA检测结果不一致的标本相关血清学标志物的分布情况。方法 收集2022年11月1日—2023年4月30日陕西省血液中心HBsAg ELISA+/HBV DNA NAT-(ELISA+/NAT-)标本共计71份,对其采用... 目的 了解西安地区无偿献血人群HBsAg ELISA检测结果与HBV DNA检测结果不一致的标本相关血清学标志物的分布情况。方法 收集2022年11月1日—2023年4月30日陕西省血液中心HBsAg ELISA+/HBV DNA NAT-(ELISA+/NAT-)标本共计71份,对其采用电化学发光法检测乙肝血清学标志物,同时复检巢式PCR扩增HBV S区和C区基因片段。结果 双ELISA+/NAT-标本(n=30)巢式PCR检测阳性率远高于单ELISA+/NAT-标本(n=41)(60%vs 24.40%,P<0.05)。前者献血者100%为初次献血者,血清抗-HBc阳性率100%,血清学模式以1、4、5此3项阳性(80%)为主;后者献血者中31.7%为重复献血者,血清抗-HBc阳性率仅为19.51%,血清学模式以单2项阳性(43.90%)和全阴(36.58%)为主。结论 单ELISA+结果存在较多假阳性,导致不必要的血液报废;而NAT-标本可能存在低水平的HBV DNA,产生漏检风险。建议针对单HBsAg ELISA+/NAT-献血者,采用多套系统多种方法追溯检测,提高献血者HBV筛查的准确度,减少不必要的血液浪费。 展开更多
关键词 乙型肝炎表面抗原 无偿献血者 巢式PCR HBV dna
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放射治疗对宫颈癌DNA甲基转移酶表达的影响
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作者 徐晗 高扬 +2 位作者 白静 蔡志平 邵国 《包头医学院学报》 CAS 2024年第1期8-12,20,共6页
目的:研究放射治疗对宫颈癌(cervical cancer,CIN)组织中DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)1、3A和3B表达的影响,探讨其在放射治疗耐受中的作用。方法:选用12例宫颈癌患者放射治疗前、中、后三个时期的组织,应用qPCR检测宫颈... 目的:研究放射治疗对宫颈癌(cervical cancer,CIN)组织中DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)1、3A和3B表达的影响,探讨其在放射治疗耐受中的作用。方法:选用12例宫颈癌患者放射治疗前、中、后三个时期的组织,应用qPCR检测宫颈癌组织在放射治疗前期、中期和后期的DNMT1、DNMT3A和DNMT3B mRNA的表达变化。结果:宫颈癌放射治疗前、中、后三个时期DNMT1对β-actin mRNA的相对表达量分别是(0.1229±0.0217)、(0.5696±0.0217)和(0.1620±0.0352);放射治疗期间和放射治疗之前宫颈癌组织中DNMT1 mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗期间和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT1 mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗之前和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT1 mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05);DNMT3A对β-actin mRNA的相对表达量分别是(0.0012±0.0001)、(0.0021±0.0001)和(0.0014±0.0001),放射治疗期间和放射治疗之前宫颈癌组织中DNMT3A mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗期间和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT3A mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗之前和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT3A mRNA的表达差异无统计学意义(P>0.05);DNMT3B对β-actin mRNA的相对表达量分别是(0.6627±0.0348)、(0.8104±0.0845)和(0.2391±0.0470),放射治疗期间和放射治疗之前宫颈癌组织中DNMT3B mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗期间和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT3B mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05),放射治疗之前和放射治疗之后宫颈癌组织中DNMT3B mRNA的表达差异有统计学意义(P<0.05)。结论:放射治疗使宫颈癌组织中DNMT1,DNMT3A和DNMT3B表达发生变化,其可能在放射耐受中起到了作用。 展开更多
关键词 宫颈癌 放射治疗 dna甲基转移酶 dna甲基化
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不同运动方式对人体DNA损伤、DNA甲基化和端粒长度的影响 被引量:1
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作者 杨裴 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第1期147-152,共6页
背景:运动不仅是改善身体健康和心理健康的有效手段,还对代谢性和心脑血管等疾病的发生、发展具有良好的干预效果,其原因与表观遗传因素有关。目的:总结不同运动方式对人体DNA损伤、DNA甲基化和端粒长度的影响,并分析运动调控表观遗传... 背景:运动不仅是改善身体健康和心理健康的有效手段,还对代谢性和心脑血管等疾病的发生、发展具有良好的干预效果,其原因与表观遗传因素有关。目的:总结不同运动方式对人体DNA损伤、DNA甲基化和端粒长度的影响,并分析运动调控表观遗传修饰的可能机制,以期为运动改善机体功能提供参考。方法:以“运动,有氧训练,急性运动,无氧训练,抗阻训练,DNA损伤,DNA甲基化,端粒”为中文检索词,以“exercise,sport,aerobic exercise,anaerobic exercise,resistance training,acute exercise,DNA methylation,DNA damage,telomere”为英文检索词。在PubMed、Embase、Web of Science、中国知网数据库中进行检索,并根据纳入与排除标准筛选文献,最终纳入70篇文献。结果与结论:①长期有氧、抗阻和无氧运动均能改善DNA损伤,其原因与运动可以提高机体的抗氧化能力有关。而急性运动则会通过上调活性氧和活性氮氧化物的表达进而加剧DNA损伤程度;②急性运动、长期抗阻运动和无氧运动在降低DNA甲基化方面具有积极作用,其关键机制可能是运动诱导的活性氧使氧化型谷胱甘肽/还原型谷胱甘肽比值和DNA甲基化转移酶、10-11易位酶的表达发生了改变,进而对DNA甲基化产生调控作用;③与其他运动形式相比,长时间有氧运动可能更具有增加端粒长度的潜在价值,其中的生物学机制涉及炎症、氧化应激、DNA甲基化和微小RNA的表达调控;④基于当前文献可知,有氧运动持续2年以上可以增加端粒长度,未来的研究也应进一步明确最佳的运动持续时间。 展开更多
关键词 运动 表观遗传 dna损伤 甲基化 端粒
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DNA聚合酶θ:易错的多功能DNA末端修复分子
14
作者 王瑶 陈国江 +3 位作者 冯健男 石艳春 王晶 郑源强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第3期493-503,共11页
DNA聚合酶θ(DNA polymerase theta,Polθ)是一种广泛存在于动植物中的DNA修复酶。它在选择性末端连接(alternative end-joining,Alt-EJ)途径中发挥着关键作用,常参与DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSB)损伤修复。在正常生理状... DNA聚合酶θ(DNA polymerase theta,Polθ)是一种广泛存在于动植物中的DNA修复酶。它在选择性末端连接(alternative end-joining,Alt-EJ)途径中发挥着关键作用,常参与DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSB)损伤修复。在正常生理状态下,Polθ主要调控基因组稳定性。然而,在恶性肿瘤发生时,Polθ表现出异常高表达水平,并参与调控肿瘤细胞的恶性转变过程。研究表明,抑制Polθ活性可导致同源重组(homologous recombination,HR)缺陷的肿瘤细胞发生合成致死(synthetic lethality,SL)。因此,已经开发出多种针对Polθ的小分子抑制剂,可与其他化疗药物联合使用以抑制恶性肿瘤的发展。此外,敲除或抑制Polθ活性还能增加HR修复效率,从而提高外源基因靶向整合效果。本文综述了Polθ及其介导的Alt-EJ修复机制在生物学功能方面的最新研究进展,为靶向Polθ在肿瘤治疗和基因编辑方面的应用提供理论基础。 展开更多
关键词 dna聚合酶θ dna双链断裂修复 基因组稳定性 肿瘤抑制 靶向整合
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DNA甲基化/去甲基化调控缺血性卒中的研究进展
15
作者 李亚楠 韩非原 +2 位作者 王文 伍昊文(综述) 孙宏巍(审校) 《中风与神经疾病杂志》 CAS 2024年第1期47-51,共5页
卒中是我国首位的致死致残原因,其中急性缺血性卒中(ischemic stroke,IS)约占全部卒中的80%,是一种具有遗传背景的复杂疾病。脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)甲基化/去甲基化是表观遗传的重要方式之一,近年研究发现其在IS的发... 卒中是我国首位的致死致残原因,其中急性缺血性卒中(ischemic stroke,IS)约占全部卒中的80%,是一种具有遗传背景的复杂疾病。脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)甲基化/去甲基化是表观遗传的重要方式之一,近年研究发现其在IS的发病和复发中发挥重要作用,预示着DNA甲基化/去甲基化分子有望成为IS新的诊断标志物和药物治疗靶点。现将DNA甲基化/去甲基化在缺血性卒中的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 缺血性卒中 表观遗传学 dna甲基化 dna去甲基化
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淡水鱼类环境DNA宏条形码引物的筛选及其在千岛湖的应用
16
作者 周严 童璐 +4 位作者 胡文静 李志力 郝雷 刘其根 胡忠军 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期187-199,共13页
基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有... 基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有研究综合评估这些引物的检出效果。本研究评估了来自COI、Cytb、12S rRNA和16S rRNA基因的29对鱼类e DNA宏条形码引物(包括本研究设计的2对和从国内外文献中引用的27对引物),首先基于计算机模拟PCR(in silico PCR)进行了初步分析,随后通过高通量测序对其中效果较好的17对引物开展了更进一步的验证,结果显示:计算机模拟PCR结果良好的引物在进行高通量测序时并非全部表现良好,表明引物的筛选不能仅仅依靠计算机模拟PCR;具有更长扩增片段长度的宏条形码引物并没有获得理想中更好的扩增效果,表现效果好的引物大多是扩增片段长度处于200~300 bp之间的引物;相对于COI和Cytb而言,12S rRNA引物与16S rRNA引物均具有良好的扩增效果,适宜作为鱼类环境DNA宏条形码而用于鱼类多样性研究;同时,鉴于当前的鱼类DNA条形码数据库尚不完备以及不同引物的特性不同,使用多对引物将大大增加物种的检出概率和e DNA研究的可信性。本研究展示了eDNA在评估生物多样性方面的潜力,有助于将来的鱼类eDNA研究,从而为鱼类多样性的保护提供参考。 展开更多
关键词 Edna dna宏条形码 生物多样性 计算机模拟PCR 引物 千岛湖
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血浆无细胞线粒体外线粒体DNA与牙周炎临床指标的相关性研究
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作者 杨再目 曹沛 +1 位作者 刘振华 栾庆先 《国际口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期288-295,共8页
目的血浆无细胞线粒体外线粒体DNA(cf-exmtDNA)具有促炎潜能,本文探讨血浆cf-exmtDNA与牙周炎临床指标的相关性。方法纳入18~45岁受试者78人,其中牙周健康者11人,牙龈炎患者11人,牙周炎患者56人。检查并记录基线牙周指标、年龄、性别、... 目的血浆无细胞线粒体外线粒体DNA(cf-exmtDNA)具有促炎潜能,本文探讨血浆cf-exmtDNA与牙周炎临床指标的相关性。方法纳入18~45岁受试者78人,其中牙周健康者11人,牙龈炎患者11人,牙周炎患者56人。检查并记录基线牙周指标、年龄、性别、体质指数(BMI)和空腹血糖(FBG)。取4 mL抗凝静脉血,采用二次离心法提取其中cf-exmtDNA,使用实时荧光定量聚合酶链式反应检测cf-exmtDNA拷贝数。比较不同牙周炎症状态组血浆cf-exmtDNA水平,并对血浆cf-exmtDNA与平均探诊深度(mPD)、平均附着水平(mCAL)、平均出血指数(mBI)、平均菌斑指数(mPLI)、年龄、FBG、BMI等指标进行相关性分析以及多重线性回归分析。结果牙周炎组血浆cf-exmtDNA水平显著高于牙周健康组(P=0.042);样本整体血浆cf-exmtDNA水平与年龄(P=0.023)、mPD(P<0.001)、mCAL(P=0.006)、mBI(P=0.026)呈正相关关系;多重回归分析中,血浆cf-exmtDNA水平主要取决于mPD。结论在18~45岁人群中,牙周炎患者血浆cf-exmtDNA水平较牙周健康者显著升高,血浆cf-exmtDNA水平与年龄、mPD、mCAL、mBI呈正相关关系。 展开更多
关键词 牙周炎 无细胞dna 线粒体dna 横断面研究 牙周临床指标
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环境DNA技术发展及其在长江流域水生生态学领域的应用研究进展
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作者 赵娜 杨刚 +4 位作者 吴祖立 宋超 熊敏思 赵峰 张涛 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第1期119-128,共10页
长江流域鱼类资源丰富、生物多样性高。近年来,受人为干扰、环境变化等因素影响,鱼类资源急剧衰退,全面了解该流域水生生态学信息、进行长江大保护迫在眉睫。随着分子生物学技术的发展,环境DNA技术应运而生,其相比于传统调查方式更加高... 长江流域鱼类资源丰富、生物多样性高。近年来,受人为干扰、环境变化等因素影响,鱼类资源急剧衰退,全面了解该流域水生生态学信息、进行长江大保护迫在眉睫。随着分子生物学技术的发展,环境DNA技术应运而生,其相比于传统调查方式更加高效、灵敏,应用领域更广;该技术的灵敏性使其非常适合于检测濒危物种、低密度物种入侵、瞬时和隐秘物种的存在,特别是当检测低密度物种的采样工作难以控制时,其敏感性、简便性和降低危害性的优势愈加显现出来。因此,该技术已被广泛应用于食品微生物、生物监测、群落生态学、古环境、保护生物学和生物入侵等领域的研究。介绍了环境DNA定义、发展史、研究方法与优劣势,在此基础上概述了其在长江流域水生生态学领域的应用研究进展,最后展望了环境DNA技术与环境RNA技术相结合的技术革新以及新一代测序手段、大数据及机器智能技术多技术结合助力该领域研究的前景,以期为长江流域持续性生态学监测提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 环境dna 长江流域 生态学
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精子核DNA完整性测定方案的优化及其在辅助生殖技术中的应用价值
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作者 刘居理 陈胜辉 +4 位作者 杨丽娟 杨韦华 饶研文 章梦颖 张端军 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期136-140,共5页
目的:对现有精子核DNA完整性测定方案进行优化,并探讨其在辅助生殖技术(ART)中的应用价值。方法:选择2021年1月1日至2022年12月8日于江西中医药大学附属生殖医院就诊的拟接受体外受精-胚胎移植(IVF-ET)助孕的194对夫妇作为研究对象。采... 目的:对现有精子核DNA完整性测定方案进行优化,并探讨其在辅助生殖技术(ART)中的应用价值。方法:选择2021年1月1日至2022年12月8日于江西中医药大学附属生殖医院就诊的拟接受体外受精-胚胎移植(IVF-ET)助孕的194对夫妇作为研究对象。采集男方的精液作为对照组(n=194),同一精液经双层密度梯度离心法优化处理后精子混合液作为观察组(n=194)。根据精子核DNA碎片率(DFI)测定结果将对照组及观察组各分为3个亚组,对照A组和观察A组:DFI<15%,对照B组和观察B组:DFI 15%~30%,对照C组和观察C组:DFI≥30%。对观察组与对照组的DFI值及各亚组间的助孕及妊娠情况进行比较。结果:(1)观察组DFI明显低于对照组,差异有统计学意义[(13.55±10.17)%vs.(18.56±11.54)%,P<0.05]。(2)6个亚组间的受精率、卵裂率及优胚率两两比较,差异无统计学意义(P>0.05)。(3)6个亚组的妊娠率和着床率比较,差异有统计学意义(P<0.05);其中,对照A组、对照B组、观察A组、观察B组4组的临床妊娠率(均在65.00%以上)及着床率(均在50.00%)两两比较,差异均无统计学意义(P>0.05),但均高于对照C组(43.24%、31.67%)及观察C组(13.64%、8.82%),差异有统计学意义(P<0.05);对照C组的临床妊娠率及着床率明显高于观察C组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:精液经优化处理后精子核DNA完整性可明显改善。两种不同检测方案在ART中均有较好的应用价值,当精液经优化处理后DFI≥30%时,对ART的不良妊娠结局具有更好的预测价值。 展开更多
关键词 精子核dna完整性 辅助生殖技术 精子核dna碎片率 胚胎质量 妊娠结局
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基于环境DNA技术的珠江中下游鱼类多样性初步研究
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作者 朱书礼 陈蔚涛 +4 位作者 武智 夏雨果 杨计平 李跃飞 李捷 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期120-129,共10页
通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗... 通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗传标记扩增及测序和数据库比对分析等流程检测鱼类多样性。结果表明,6个采样点共检测出30种鱼类,隶属于4目10科27属,其中土著鱼类26种,外来种4种。较已有传统调查数据新检出2种鱼类:美丽沙鳅(Botia pulchra)和齐氏罗非鱼(Oceochromis zillii)。鱼类优势种为子陵吻鰕虎鱼(Rhinogobius giurinus)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、尼罗罗非鱼(O.nilotica)、齐氏罗非鱼、南方波鱼(Rasbora steineri)和鲤(Cyprinus carpio)。根据Shannon指数和Simpson指数显示,eDNA检测九江和桂平站点的鱼类多样性最高,藤县的最低。作为一种新的检测方法,eDNA技术可用于快速检测珠江中下游鱼类的多样性及分布,在实际应用中可将eDNA技术与传统的监测方法相结合,以提供更全面的鱼类生物多样性数据信息。 展开更多
关键词 环境dna(edna) 鱼类多样性 珠江中下游
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