研究蛋白质相互作用的新系统——酵母双杂交系统

自酵母双杂交系统创建以来,已经成为研究蛋白质相互作用的重要手段,被广泛用于各个生物学研究领域,揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用. 近来,在经典的酵母双杂交系统基础上,又相继提出许多新的研究方法,如:三杂交系统,单杂交系统,逆向双杂交系统,SOS富集系统等等. 酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间,蛋白质与DNA、RNA。

酵母双杂交系统的研究进展

酵母双杂交系统自创建以来,已成为研究蛋白质相互作用的重要手段,揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用。随着该系统的广泛应用,近年来又发展了三杂交系统、单杂交系统、逆向双杂交系统、SOS富集系统等。酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间,蛋白质与DNA、RNA、配体之间相互作用的研究。

BD Phoenix^(TM)酵母菌鉴定板对临床分离酵母菌鉴定能力的评估

目的评估BD PhoenixTM酵母菌鉴定板对酵母菌的鉴定能力。方法选取白念珠菌18株,热带念珠菌22株,光滑念珠菌19株,克柔念珠菌8株,近平滑念珠菌20株,新生隐球菌14株,季也蒙念珠菌4株,平常念珠菌1株,葡萄牙念珠菌1株,头状地霉2株,挪威念珠菌1株,链状念珠菌1株,乳酒念珠菌1株,希木龙念珠菌1株,解脂念珠菌3株,皱褶念珠菌1株,菌膜念珠菌3株,共计120株。借助PhoenixTM100全自动微生物鉴定仪,使用BD PhoenixTM酵母菌鉴定板鉴定上述菌株。用真菌通用引物ITS1与ITS4对所有受试菌株的rDNA进行PCR扩增,对PCR产物进行序列测定、分析并作为金标准与BD PhoenixTM酵母菌鉴定板的结果比较,同时使用MALDI-TOF MS质谱分析对试验菌株进行菌种鉴定。结果 BD PhoenixTM酵母菌鉴定板除了对1株挪威念珠菌、1株平常念珠菌、1株解脂念珠菌、1株皱褶念珠菌未能鉴定以及1株链状念珠菌、1株克柔念珠菌、2株菌膜念珠菌、1株解脂念珠菌鉴定错误外其余试验菌株鉴定均正确,鉴定准确率为92.5%。所有鉴定结果均在17 h内获得,而白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌的鉴定时间均小于6 h,并且不受推荐培养基的限制。所有菌株MALDI-TOF MS的鉴定结果与其rDNA ITS序列分析的结果完全一致。结论 BD PhoenixTM酵母菌鉴定板对多数酵母菌能够快速准确地鉴定到种,但对某些少见酵母菌的鉴定能力有待进一步考证。

柑橘衰退病毒柚类分离株的分子鉴定

应用限制性片段长度多态性（RFLP）、双向逆转录-聚合酶链式反应（BD-PCR）、序列分析等技术对我国部分地区柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus，CTV）柚类分离株进行了鉴定分析。结果表明：柚类以受相对单一的CTV株系侵染为主；柚类上的优势流行株系属于p25／Hin f ⅠRFLP6组群（占79．4％）和p23／BD-PCRⅢ组群（占84．1％）；在对柚类CTV分离株S051～S058及国外CTV分离株PB61、T30、T36、T385、SY568、VT、NUAGA的p23、p25基因序列分析中，S051与弱毒株PB61的同源性最高；S052与弱毒株T30、T385的同源性最高；S053、S054、S055、S056、S057、S058与其它CTV分离株的同源关系均较远，并在系统发生树上形成了独立的分枝。

稀溶液中线形DNA分子链结构及扩散的布朗动力学模拟

通过构建全参数化的珠-弹簧分子链模型,并运用一种高效稳定的半隐式预测-校验积分算法求解描述稀溶液中DNA分子链结构演化的随机动力学方程组,系统研究了体积排斥作用、有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用对分子链的回旋半径、质心扩散系数以及相应标度指数的影响.模拟结果能够验证良溶剂中分子链Zimm模型的标度规律,并揭示出3种非线性作用对稀溶液中分子链静态结构属性和动力学属性不同的影响程度和变化趋势.分子链柔性对稀溶液中DNA结构、扩散系数以及标度指数影响都很小.溶剂品质的提高可显著增大分子链的回旋半径,减小其扩散系数,并且使两者随链长的标度指数显著增加.流体动力学作用不改变分子链的结构,但显著影响其扩散系数.随着流体作用的增强,分子链的质心扩散系数增大,随链长变化的标度指数减小.

不同方法定量检测HIV/AIDS病例病毒载量分析

目的比较2种方法检测人类免疫缺陷病毒(HIV)1型病毒载量的相关性及一致性,为合理评价HIV/AIDS病程进展及抗HIV药物疗效提供参考。方法对四川省凉山州95例在治HIV/AIDS的血浆样本同时用分支DNA杂交实验(bDNA)法和核酸序列扩增实验(NASBA)法检测HIV-1病毒载量,结果进行比较分析。结果该2种方法测得阳性样本均值bDNA法为3.75±1.05 log copies/mL,NASBA法为4.22±1.23 log copies/mL,差异有统计学意义(t=6.09,P<0.05);2种方法测出的病毒载量呈显著直线相关(r=0.852,P<0.01);2种方法测出的病毒载量阳性率差异无统计学意义(χ2=0.836,P>0.05)。结论 bDNA法和NASBA法检测HIV-1病毒载量具有高度的一致性,在实际工作中均可选用,但是两者检测结果的数值不能完全等同。建议抗HIV药物疗效评价最好应用同一种方法的检测结果,使其治疗前后的结果具有可比性和一致性。

DNA修复酶基因多态性与1,3-丁二烯作业工人DNA损伤遗传易感性的关系

目的研究DNA修复酶基因XRCC1、XRCC2、XRCC4、RAD52单核酸多态性在1,3-丁二烯(BD)致外周血淋巴细胞DNA损伤遗传易感性中的作用。方法选取171名BD作业工人和55名行政人员作为研究对象,采用碱性彗星试验评价个体外周血淋巴细胞DNA损伤,聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析XRCC1、XRCC2、XRCC4、RAD52基因多态性。结果 BD暴露组和对照组彗星尾距分别为4.53(3.49~5.87)和2.38(0.82~3.98),差异具有统计学意义(P<0.01)。暴露组中具有XRCC1基因G28152A位点GG基因型个体的彗星尾距显著低于AA基因型个体[4.52(3.43~5.64),5.18(4.23~6.18),P<0.05];XRCC4A245G位点AG和GG基因型个体的彗星尾距显著高于AA基因型个体[(5.05(3.79~6.05),5.37(4.29~6.36),4.23(3.35~5.41),P<0.01]。结论 XRCC1 G28152A和XRCC4 A245G位点的多态性可能与BD诱导的DNA损伤有关。