CMA、CNV-seq诊断引产胎儿DNA异常及病因效果

目的:探讨染色体微阵列芯片技术(CMA)、低深度全基因组测序技术(CNV-seq)对引产胎儿DNA异常的诊断价值及病因检出情况。方法:将2021年1月-2023年12月于本院进行引产的150例孕妇作为研究对象,以产前无创基因筛查(NIPT)技术检测结果作为引产胎儿DNA结果的金标准,对引产胎儿行CMA、CNV-seq检测。比较CMA、CNV-seq检测结果与金标准的符合情况;受试者特征曲线(ROC)分析CMA、CNV-seq检测对引产胎儿DNA异常的诊断价值;对比CMA、CNV-seq检测对引产胎儿DNA异常病因检测结果。结果:引产胎儿DNA异常的阳性检出率CNV-seq检测(85.9%)高于CMA检测(73.7%);CNV-seq检测诊断引产胎儿DNA异常的曲线下面积(0.870)高于CMA检测(0.761),CNV-seq检测对引产胎儿DNA异常病因的检出情况(85.9%)高于CMA检测(73.7%)(均P<0.05)。结论:CMA、CNV-seq对引产胎儿DNA异常及其病因均有较高检出率,且CNV-seq检测诊断效能更高,可为产前诊断胎儿DNA异常提供参考。

基于硅基过滤片的精子优选芯片设计与优化

利用半导体工艺技术构建了一种基于硅基过滤片的精子优选微流控芯片,具有高活力的精子会克服重力,在微孔的引导下游向精子收集池。分别在7,15,30,60 min对收集池中的精子取样,采用计算机辅助精子分析(CASA)系统进行精液常规检测、精子形态学和DNA碎片分析;对硅基过滤片的孔间距和筛选时间进行了优化。结果表明:6μm孔间距和15 min筛选时间为最佳的精子优选方案。所构建的基于硅基过滤片的精子优选芯片,可以有效优选出具有高活力且DNA完整性和形态正常率较高的精子。芯片精液吞吐量大,活动精子回收率较高,有一定的临床价值,同时提供了一种简单易操作的标准化精子优选流程。

DNA微阵列芯片法在非结核分枝杆菌菌种鉴定的应用探讨

目的为临床工作中非结核分枝杆菌(NTM)的感染和防治提供科学依据。方法收集疑似结核分枝杆菌感染患者标本(包括呼吸道标本痰液、灌洗液以及非呼吸道标本无菌体液)共1089例,采用DNA微阵列芯片法进行检测,分析分枝杆菌菌种的分布特点。结果1089份标本中检出结核分枝杆菌878份(80.62%),NTM211份(19.38%)。其中非结核分枝杆菌菌种分布有5种,胞内分枝杆菌153例(72.51%),鸟分枝杆菌28例(13.27%),龟脓分枝杆菌复合群19例(9%),堪萨斯分枝杆菌10例(4.74%),耻垢分枝杆菌1例(0.48%)。非结核分枝杆菌感染人员分布男性127例(60.19%),女性84例(39.81%),年龄分布以老年为主,60岁以上103例(48.82%),男性71例(68.93%),女性32例(31.07%)。结论疑似结核分枝杆菌患者检出NTM共有5种,排名前三的NTM种类是胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌和龟脓分枝杆菌复合群,感染人群以老年男性为主。

DNA芯片技术用于贝母的基因分型和种类鉴别(英文)

目的 通过对贝母几个种遗传多态性的研究来开发在分子水平上用于鉴别贝母基因型及不同种类的DNA芯片技术。方法 用PCR扩增法和DNA直接测序法确定核苷酸多态性 ,用DNA芯片进行基因检测。结果 首先提取来自多种贝母根茎的基因组DNA ,对 2 6SrDNA基因D2与D3区的多态性片段进行扩增和测序 ,然后将不同种属多态性片段的特异性寡核苷探针点置于经多聚赖氨酸处理包被的芯片。用来自不同种贝母的荧光素标记的PCR产物与DNA芯片进行杂交 ,可在芯片特定位置检测到不同种贝母的荧光信号。结论 本研究显示DNA芯片技术可为植物种属的验证与质量控制提供一种快速。

DNA条形码识别 Ⅲ.媒介蚊类DNA条形码芯片的初步研究

目的利用DNA条形码信息研制DNA芯片,建立快速高效的医学媒介蚊类鉴定方法。方法以蚊科5属15种,共30个样本为研究材料,获取其DNA条形码信息(COⅠ基因片段序列),采用基因块motif技术,搜索15个样本的同源保守基因序列,制作虚拟DNA条形码芯片。虚拟电子杂交30个样本,应用软件Bio-Edit计算属、种及种内个体间的同一性,应用phylip3.66软件以最大简约法分别对杂交结果和原序列进行聚类分析比较。结果选择78个DNA片段制作一张虚拟DNA条形码芯片,计算属间的平均同一性为0.75,同一属内种间的平均同一性为0.84,种内个体间的平均同一性为0.98,聚类分析结果一致。结论研制的虚拟DNA芯片能够鉴定本研究中的15种蚊虫,利用DNA条形码信息,设计DNA芯片在理论上可行。

百合科贝母属药用植物分类研究进展

对近年来关于贝母属Fritillaria药用植物的分类学研究进行了综述。贝母属药用植物的分类学主要从3个方面进行研究:根据传统的形态学特征进行分类,根据植物中的特征性化学成分进行分类,分子水平上的DNA芯片技术在基因分型和种类鉴别上的应用。通过比较发现,DNA芯片技术可为贝母属植物种属的验证与质量控制提供一种快速、高通量的检测工具,是最有发展前景的用于植物种类鉴别的方法。DNA芯片技术在植物种类鉴别上的应用为分子水平上的植物分类学研究提供了理论依据。

应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针

利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0～ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD

DNA条形码识别Ⅰ.DNA条形码研究进展及应用前景

DNA条形码(DNA Barcoding)是近年来生物分类学中引人注目的发展热点。本文综述了DNA条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检疫检验领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,将推动传统物种鉴定方法的更新,可在检疫检验领域中实现非专家检定,这对进出口口岸生物监测具有重要的理论意义和应用价值。

DNA芯片制作原理及其杂交信号检测方法

文章讨论了DNA芯片的制作原理和杂交信号的检测方法。依其结构 ,DNA芯片可分为两种形式 ,DNA阵列和寡核苷酸微芯片。DNA芯片的制作方法主要有光导原位合成法和自动化点样法。DNA芯片与标记的探针或DNA样品杂交 ,并通过探测杂交信号谱型来实现DNA序列或基因表达的分析。适应于DNA芯片的发展 ,同时出现了许多新型的杂交信号检测方法。主要有激光荧光扫描显微镜、激光扫描共焦显微镜、结合使用CCD相机的荧光显微镜、光纤生物传感器、化学发生法、光激发磷光物质存储屏法、光散射法等。

复方积雪草对局灶硬化性肾小球肾炎模型小鼠肾组织内细胞因子表达的调控作用

目的 :了解局灶硬化性肾小球肾炎 (FGS)模型小鼠的细胞因子表达谱 ,以及复方积雪草对其细胞因子网络的表达调控作用。方法 :通过BALB c小鼠尾静脉一次性注射阿霉素 (11mg·kg-1) ,诱导成FGS肾炎模型 ,以复方积雪草制剂灌胃治疗 4wk ,分别取 1、4wk肾组织 ,提取其总RNA ,通过反转录掺入荧光素CY3 dUTP CY5 dUTP ,转录产物与细胞因子基因芯片杂交 ,芯片扫描并进行图像分析。结果 :基因表达谱芯片检测表明 :复方积雪草可抑制PDGF α、PDGF β、PDGF受体、VEGFmRNA的表达 ;能抑制IL 9、IL 7R2、MIP等因子的mRNA的表达 ;经复方积雪草刺激后 ,肾组织中癌基因c Myc ,Jun表达被抑制。结论 :复方积雪草具有抗肾纤维化作用 。

应用基因芯片技术检测肉及肉制品中5种致病菌

建立一种运用多重聚合酶链式反应(PCR)结合基因芯片技术检测大肠埃希氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌和单核细胞增生李斯特菌5种食源性致病菌的快速、准确、灵敏的方法。分别选取编码大肠埃希氏菌的slt基因、沙门氏菌invA基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、志贺氏菌ipaH基因和单核细胞增生李斯特菌inlA基因,并以细菌16S rDNA基因作为阳性对照,设计引物和探针,进行多重PCR扩增,产物与含特异性探针的芯片杂交。结果表明:该基因芯片可同时特异性地检测5种致病菌,多重PCR检测灵敏度为20pg,而DNA芯片检测灵敏度可达2pg;用所制备的基因芯片检测实际肉及肉制品样品,准确率高于传统培养法。所建立的基因芯片检测方法特异性好、灵敏度高,可为食源性致病菌的检测提供理想手段。

基于COI序列快速鉴定花蓟马的DNA条形码芯片初探

利用DNA条形码信息研制DNA芯片,建立快速高效的花蓟马鉴定方法。以3种花蓟马属,共9个样本的COI基因片段序列为研究材料,应用软件Primer Premier5搜索出9个样本的12种motif基因序列,应用这12种motif序列制作虚拟DNA条形码芯片。虚拟电子杂交20个样本的COI基因片段序列。结果显示,设计的虚拟DNA芯片能够鉴定本研究中的3种花蓟马,利用DNACOI基因片段,设计DNA芯片在理论上可行。

长沙地区2012-2017年非结核分枝杆菌流行状况分析

目的研究长沙地区近年来非结核分枝杆菌(NTM)的流行状况。方法采用对硝基苯甲酸(PNB)鉴别培养基和DNA微阵列芯片鉴定2012年1月至2017年7月该院分枝杆菌培养阳性菌株,并用绝对浓度法检测其耐药性。结果共分离10 779株分枝杆菌,其中NTM分离株867株,检出率8.04%。NTM检出率从2012年的6.2%上升到2017年的11.3%,呈逐年升高的趋势;867株NTM耐药率顺位依次为异烟肼(INH,99.88%)、对氨基水杨酸钠(PAS,99.77%)、吡嗪酰胺(PZA,99.42%)、乙硫异烟胺(TH,93.08%)、链霉素(SM,92.73%)、氧氟沙星(OFLX,83.85%)、利福平(RFP,76.27%)、乙胺丁醇(EMB,70.70%)、卡那霉素(KM,55.02%)。NTM对RFP、EMB和KM 3种药物的耐药率随年份有缓慢下降趋势;NTM种群分布达11种,占比居前3位的分别是胞内分枝杆菌(43.94%)、鸟分枝杆菌(24.11%)和龟或脓肿分枝杆菌(21.68%)。结论长沙地区分枝杆菌中NTM检出率持续升高,以胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌和龟或脓肿分枝杆菌为主;该地区NTM检出率低于全国第五次结核病流行病学调查结果,但仍属于较高疫情区域。

DNA芯片在0-1规划问题中的应用

生物芯片技术和DNA计算分别是近年来生命科学与信息科学的新兴研究领域 ,对信息高度并行的获取与处理是二者的本质特性 .而 0 1规划问题作为运筹学中一个重要的问题 ,到目前为止还没有好的算法 .在DNA计算和DNA芯片基础上 ,提出了基于DNA芯片解决 0 1规划问题的DNA计算新模型 ,与以往DNA计算模型相比 ,该模型具有高信息量和操作易自动化的优点 .

致泻性大肠杆菌基因芯片检测方法的建立

建立一种多重PCR技术结合基因芯片检测方法,实现多种致泻性大肠杆菌(EPEC、ETEC、EIEC、EHEC、EAEC和大肠杆菌O157)的快速、准确检测。筛选肠致病性大肠杆菌、产肠毒素大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠聚集性大肠杆菌及大肠杆菌O157的特异基因作为目的基因。设计9对引物和23条探针,进行多重PCR扩增,制备寡核苷酸芯片。将多重PCR扩增产物与带有特异探针的芯片杂交。用扫描仪扫描,判定细菌种类及型别。该基因芯片可特异性的检测EPEC、ETEC、EIEC、EHEC、EAEC和大肠杆菌O157,具有良好的特异性,致病菌检测灵敏度可达104cfu/mL。所建立的多种致泻性大肠杆菌基因芯片方法检测方法特异性好,灵敏度高,具有较好的实用性。

问号钩端螺旋体检测基因芯片的研制

目的 制备一种用于快速检测、鉴定问号钩端螺旋体的DNA微阵列芯片。方法 从Genbank中选取钩体 2 3SrDNA序列 ,设计一对种特异性引物和DNA探针 ,通过Blast的基因同源性比较 ,验证引物和探针的通用性与特异性。将合成的探针点样到玻片上制备成基因芯片。用Cy3标记引物 ,通过不对称PCR反应获取荧光素标记的靶序列 ,然后与制备的芯片杂交。结果 设计的引物与探针仅同时与问号钩体 2 3srDNA完全同源。该引物可扩增我国 18个血清群的 2 5株钩体 ,均出现单一 4 82bp的扩增产物 ,而双曲钩体及其他螺旋体、病原、空白对照均无任何DNA扩增条带。芯片杂交结果与常规PCR方法结果一致 ,敏感性高于PCR。结论 基因芯片可以快速、灵敏、特异地检测问号钩端螺旋体。

DNA芯片技术与基因表达研究

随着基因组计划的顺利实施 ,大量的生物信息被解析 ,基因表达及基因功能的研究将成为生命科学研究的热点 .DNA芯片技术是近年来出现的分子生物学与微电子技术相结合的最新 DNA分析检测技术 .该技术将在生命科学与信息科学之间架起一道桥梁 ,因而成为后基因组时代基因功能分析的最重要的技术之一 .目前 DNA芯片技术已在基因表达等研究中得到广泛的应用 .

DNA芯片鉴定分枝杆菌的研究

目的评价DNA芯片技术鉴定分枝杆菌菌种的应用价值,为临床实际应用提供科学依据。方法收集以BACTECMGIT960从结核病患者分离到的分枝杆菌阳性培养物,以传统分枝杆菌菌种鉴定方法为对照,应用DNA芯片技术进行菌种鉴定。结果两种方法鉴定结果一致和基本一致共112株,吻合率为83.6%(112/134),包括胞内分枝杆菌50株,龟分枝杆菌14株,结核分枝杆菌14株,戈登分枝杆菌9株,鸟分枝杆菌7株,偶然分枝杆菌7株,堪、瘰、胃和猿分枝杆菌6株,土分枝杆菌和海分枝杆菌各1株;未分类NTM3株。应用DNA芯片未能分类的17株分枝杆菌中,传统方法分别鉴定为戈登分枝杆菌5株、胞内分枝杆菌3株、龟分枝杆菌2株、蟾分枝杆菌、耻垢分枝杆菌和浅黄分枝杆菌各1株,未分类NTM4株。结论用DNA芯片检测技术,可以简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,但有待进一步完善。

DNA芯片技术研究进展

DNA芯片技术是近年来发展迅速的生物高技术 .其基本过程是采用寡核苷酸原位合成或显微打印手段 ,将大量探针片段有序地固化于支持物如硅芯片的表面 ,然后与扩增、标记的生物样品杂交 ,通过对杂交信号的检测分析 ,即可得出样品的遗传信息 .该技术不仅可以对遗传信息进行定性、定量分析 ,而且扩展到基因组研究和基因诊断等方面的应用 .尽管目前在硬件和软件上还面临一些困难 ,但其发展和应用的前景广阔 .