利用DNAStar Protean软件对热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的二级结构和表面特性进行分析,如理化性质、亲水性、表面可及性、可塑性等,预测Blo t 5蛋白的B抗原表位和T抗原表位。实验结果表明,Blo t 5蛋白的二级结构以α螺旋为主,存在6个...利用DNAStar Protean软件对热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的二级结构和表面特性进行分析,如理化性质、亲水性、表面可及性、可塑性等,预测Blo t 5蛋白的B抗原表位和T抗原表位。实验结果表明,Blo t 5蛋白的二级结构以α螺旋为主,存在6个潜在的B抗原表位位点,可能的B抗原表位区域有:18-31,39-48,56-77,86-101,105-112,117-133氨基酸残基或其附近。含有7个潜在的T细胞抗原表位区域:32-37,40-44,57-65,70-79,86-95,100-104,115-120氨基酸残基或其附近。笔者应用Protean软件预测了热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的抗原表位,为进一步研究Blo t 5致敏原的结构与功能,研制针对热带螨的预防性和治疗性疫苗、开发相应的诊断试剂盒奠定了基础。展开更多
[目的]设计能用于多重RT-PCR扩增禽流感病毒H5、H7亚型基因的引物。[方法]在GenBank中搜索H5、H7亚型禽流感病毒的基因序列,并利用DNAStar分析其同源性,采用Primer Premier 5.0软件设计引物。[结果]多重RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳及测...[目的]设计能用于多重RT-PCR扩增禽流感病毒H5、H7亚型基因的引物。[方法]在GenBank中搜索H5、H7亚型禽流感病毒的基因序列,并利用DNAStar分析其同源性,采用Primer Premier 5.0软件设计引物。[结果]多重RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳及测序结果显示引物设计成功。[结论]该方法用于禽流感病毒的快速诊断是可行的。展开更多
[Objective] The research aimed to design primers that are suitable for detecting H5 and H7 subtypes of avian influenza virus （AIV） ; [Method] DNAStar was used to analyze the homology of the sequences of H5 and H7 su...[Objective] The research aimed to design primers that are suitable for detecting H5 and H7 subtypes of avian influenza virus （AIV） ; [Method] DNAStar was used to analyze the homology of the sequences of H5 and H7 subtypes of AIV accessed in GenBank, and design primers（ by Primer Premier 5.0） on high homologous region of these sequences, and then amplified by RT-PCR. [Result] The multiplex RT-PCR amplification, agarose gel electrophoresis and sequencing results showed that the self-designed primers are successful for detecting AIV. [Conclusion] It is feasible to rapidly diagnose AIV through this method.展开更多
目的克隆获取冬虫夏草指标蛋白氰酸酶(IP4)的c DNA全长及对其抗原表位预测。方法结合课题组前期采用蛋白组学法筛选得到的冬虫夏草指标性蛋白IP4和冬虫夏草转录组数据,挖掘IP4 m RNA序列,并克隆IP4 c DNA全长,通过NCBI结构分析服务系统...目的克隆获取冬虫夏草指标蛋白氰酸酶(IP4)的c DNA全长及对其抗原表位预测。方法结合课题组前期采用蛋白组学法筛选得到的冬虫夏草指标性蛋白IP4和冬虫夏草转录组数据,挖掘IP4 m RNA序列,并克隆IP4 c DNA全长,通过NCBI结构分析服务系统对IP4进行保守区和功能区分析,利用DNAMAN 6.0和DNAStar软件分别进行序列比对和抗原表位分析。结果从转录组数据中挖掘到IP4的2个可变剪接体,属于内含子保留的可变剪接。RT-PCR结果显示,IP4 c DNA全长465 bp,编码154 aa(氨基酸)。IP4蛋白的保守区和主要催化活性位点位于87～154 aa,该区域为氰酸酶家族保守核心区域和二聚体结合区域,DNAMAN 6.0分析结果表明1～39 aa和55～81 aa区具有较高种属特异性,DNAStar预测IP4蛋白的抗原表位区主要分布于25～90 aa。结论最终确定IP4的25～39 aa和55～81 aa为最佳抗原特异区,为后续规模化制备IP4蛋白特异抗原区及免疫法鉴定冬虫夏草奠定基础。展开更多
近些年来,食物过敏的发病率呈逐年上升趋势。核桃是引起食物过敏的主要食品之一。目的:本文旨在研究核桃中主要过敏原Jug r 1与致敏性相关的免疫学特征,确定其线性抗原表位。方法:首先对核桃过敏原Jug r 1进行消化稳定性和热稳定性的研...近些年来,食物过敏的发病率呈逐年上升趋势。核桃是引起食物过敏的主要食品之一。目的:本文旨在研究核桃中主要过敏原Jug r 1与致敏性相关的免疫学特征,确定其线性抗原表位。方法:首先对核桃过敏原Jug r 1进行消化稳定性和热稳定性的研究,然后利用人体血清学分析其特异性抗体的结合情况,结合生物信息学对其氨基酸一级序列的相关特征参数的分析,预测其可能存在线性抗原表位,同时合成覆盖其全部氨基酸序列的重叠肽库,利用圆点免疫法(dot-blot)筛选出可与过敏患者血清中Ig E特异性结合的肽段,从而确定出Jug r1的线性抗原表位。结果 :核桃中主要过敏原Jug r 1在模拟胃液中60 min时仍未被完全消化;在90℃水浴中加热60 min其条带仍然存在,且可以与核桃过敏患者血清中的Ig E特异性结合。通过生物信息学软件和血清筛选出可结合的抗原表位。结论:核桃中主要过敏原Jug r 1具有较强的免疫学特性,且其存在3个免疫显性的抗原表位。对深入研究其过敏原改造和过敏机理提供理论依据。展开更多
文摘利用DNAStar Protean软件对热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的二级结构和表面特性进行分析,如理化性质、亲水性、表面可及性、可塑性等,预测Blo t 5蛋白的B抗原表位和T抗原表位。实验结果表明,Blo t 5蛋白的二级结构以α螺旋为主,存在6个潜在的B抗原表位位点,可能的B抗原表位区域有:18-31,39-48,56-77,86-101,105-112,117-133氨基酸残基或其附近。含有7个潜在的T细胞抗原表位区域:32-37,40-44,57-65,70-79,86-95,100-104,115-120氨基酸残基或其附近。笔者应用Protean软件预测了热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的抗原表位,为进一步研究Blo t 5致敏原的结构与功能,研制针对热带螨的预防性和治疗性疫苗、开发相应的诊断试剂盒奠定了基础。
文摘[目的]设计能用于多重RT-PCR扩增禽流感病毒H5、H7亚型基因的引物。[方法]在GenBank中搜索H5、H7亚型禽流感病毒的基因序列,并利用DNAStar分析其同源性,采用Primer Premier 5.0软件设计引物。[结果]多重RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳及测序结果显示引物设计成功。[结论]该方法用于禽流感病毒的快速诊断是可行的。
基金Supported by Important Project of Jinlin Provincial Science and Technology Department(20065020)~~
文摘[Objective] The research aimed to design primers that are suitable for detecting H5 and H7 subtypes of avian influenza virus （AIV） ; [Method] DNAStar was used to analyze the homology of the sequences of H5 and H7 subtypes of AIV accessed in GenBank, and design primers（ by Primer Premier 5.0） on high homologous region of these sequences, and then amplified by RT-PCR. [Result] The multiplex RT-PCR amplification, agarose gel electrophoresis and sequencing results showed that the self-designed primers are successful for detecting AIV. [Conclusion] It is feasible to rapidly diagnose AIV through this method.
文摘近些年来,食物过敏的发病率呈逐年上升趋势。核桃是引起食物过敏的主要食品之一。目的:本文旨在研究核桃中主要过敏原Jug r 1与致敏性相关的免疫学特征,确定其线性抗原表位。方法:首先对核桃过敏原Jug r 1进行消化稳定性和热稳定性的研究,然后利用人体血清学分析其特异性抗体的结合情况,结合生物信息学对其氨基酸一级序列的相关特征参数的分析,预测其可能存在线性抗原表位,同时合成覆盖其全部氨基酸序列的重叠肽库,利用圆点免疫法(dot-blot)筛选出可与过敏患者血清中Ig E特异性结合的肽段,从而确定出Jug r1的线性抗原表位。结果 :核桃中主要过敏原Jug r 1在模拟胃液中60 min时仍未被完全消化;在90℃水浴中加热60 min其条带仍然存在,且可以与核桃过敏患者血清中的Ig E特异性结合。通过生物信息学软件和血清筛选出可结合的抗原表位。结论:核桃中主要过敏原Jug r 1具有较强的免疫学特性,且其存在3个免疫显性的抗原表位。对深入研究其过敏原改造和过敏机理提供理论依据。
