小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶RsaⅠ对中国地方猪种小梅山、中梅山及国外猪种大约克SLA DQB基因外显子 2的2 73bp扩增产物进行多态性分析。小梅山猪酶切后出现两种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB) ;中梅山猪中出现 4种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB) ;大约克猪中出现 5种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB)、2 73bp 2 4 6bp 2 7bp(AD)。分析发现 ,SLA DQB基因外显子 2的 11、94和 12 4位碱基表现出多态性并在 3个猪种中检测到A、B、C和D 4个等位基因 ;χ2 适合性检验结果表明 ,小梅山、中梅山及大约克SLA DQB基因外显子 2在RsaⅠ酶切位点已经达到了Hardy

多浪羊MHC-DQB1基因多态性与包虫病的抗性分析

目的探讨多浪羊MHC-DQB1基因多态性与包虫病的遗传抗性。方法采用PCR-RFLP方法,对101只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和64只阳性多浪羊MHC-DQB1第2外显子遗传多态性进行了检测,将包虫病阴性和阳性多浪羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析。结果多浪羊的MHC-DQB1基因外显子2在MroxⅠ、ScaⅠ、Sac1I、TaqⅠ、HaeIII和MvaⅠ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出2、2、3、2、3、6种等位基因,3、3、5、2、5、14种基因型。结论发现MvaⅠD(P<0.01)可能为多浪羊包虫病的抗性基因,MvaⅠDD和MvaⅠCD(P<0.05)疑似为多浪羊包虫病的抗性基因型,而MvaⅠBZ(P<0.05)与包虫病易感性相关。

中国猪种DQB新等位基因的克隆和分析

克隆和序列分析中国猪种DQB基因cDNA ,为猪异种器官移植的免疫识别机制的研究提供基础。采用RT PCR方法扩增猪DQB基因cDNA ,克隆入测序载体 ,然后进行测序及其序列分析。结果获得具有阅读框架的三个结构和已有序列不同的DQB新等位基因 ,基因序列号分别为AY10 2 4 76、AY10 2 4 77和AY10 2 4 78,其长度为 786个核苷酸 ,除末端终止密码外 ,编码 2 6 1个氨基酸残基。发现了三个猪DQB新等位基因 。

苏太猪SLA-DQB基因外显子2多态性及其与繁殖性能的关联分析

采用PCR-RFLP法对苏太猪SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行分析,结果显示,SLA-DQB基因外显子2经RsaⅠ酶切后,共分出4种基因型;经HaeⅢ酶切,共分出3种基因型。χ2适合性检验结果表明,苏太猪SLA-DQB基因外显子2在RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点都已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态。在RsaⅠ和HaeⅢ酶切后分出的4种组合带型中,组合带型为BBEE的种母猪第3胎总产仔数、产活仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均显著高于组合带型为AADD的个体(P<0.05),也高于组合带型为ABDE和ACDE的个体,但是差异不显著(P>0.05)。

昆明白族儿童幽门螺杆菌感染与HLA-DR/DQB1的免疫遗传学分析

目的了解昆明白族儿童幽门螺杆菌感染与HLA-DR/DQB1等位基因的相关性。方法采用聚合酶链反应-序列特异性引物技术对符合流行病学诊断标准的36例H.pylori感染患儿及34例非感染儿童进行HLA-DR/DQB1基因分型。结果感染组检出15种DRB1等位基因,非感染组检出11种DRB1等位基因,两组均检出7种DQB1等位基因;组间各等位基因频率经检验,差异无统计学意义。结论白族儿童中H.pylori感染和非感染组的HLA-DR/DQB1等位基因频率无免疫遗传学差异;白族儿童H.pylori感染与HLA-DR/DQB1可能无关。

猪MHC-DQB、DRB近端调控区序列及其多态性

根据人MHC-DRB和MHC-DQB基因组序列和猪MHC-DRB和MHC-DQB基因外显子1设计引物,应 用PCR扩增及克隆测序技术,首次得到了猪MHC-DRB和MHC-DQB基因的5'上游近端调控区(URR)序列。分 析发现所得序列中存在与MHCⅡ类基因表达调控有关的高度保守的W、X、Y、CCAAT及类TATA调控元件,调控 元件的空间组织顺序也与其他物种相应序列的相同。利用SSCP技术在313头猪中共发现12个DRB-URR复等 位基因和14个DQB-URR复等位基因,序列比对结果表明在这些复等位基因中存在丰富的多态位点,为进一步深 入研究猪MHCⅡ类基因近端调控区的多态性及抗病育种研究奠定了基础。

19个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

本研究旨在系统分析国内外猪种SLA-DQB基因的多态性,以期为进一步研究猪SLA-DQB与疾病抗性的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法,野猪、14个中国地方猪种和4个引进猪种SLA-DQB基因第2外显子经限制性内切酶HaeⅢ酶切后,共检测到5个等位基因,9种基因型。其中野猪中仅存在A、B 2种等位基因;家猪群体中出现了野猪群体中所没有的6种基因型和3种等位基因。中国地方猪种与引进猪种相比,RFLP带型较为丰富,五指山猪和淮猪中具有8种基因型,多态性最为丰富。除野猪群体中A等位基因为优势等位基因外,其它所有家猪群体中均以B和C基因为优势等位基因;临高猪中出现其它猪种所没有的D等位基因,表现出独特的特性。本研究结果提示,生态环境和遗传纯度均可能影响SLA-DQB等位基因的多样性,总体上,引进猪种、培育猪种和地方猪种SLA-DQB基因外显子2的基因型分布并不存在明显的差异,但PCR-RFLP带型在具体的品种之间的差别较大。

中国部分猪种SLA-DQB外显子2遗传多样性

运用 PCR SSCP 和克隆测序对中国部分猪种的 SLA DQB 基因外显子 2 的多态性分析表明:有功能的DQB 基因有68个新等位基因,假基因(SLA DXB )等位基因有5个。各等位基因的数量分布极其不平衡,而且许多品种都表现出共享等位基因。9个主要等位基因中, C08广泛分布在中国猪种的 6 大地方类型 11 个品种及云南和四川野猪中,它为中国猪种特有的共享等位基因,占总数的 55.10%。在单一的个体中拥有 5 条以上序列,说明SLA DQB 基因座在某些品种中拷贝数为3个。SLA DQB 外显子2的等位基因核苷酸和氨基酸多态变异位点分别高达81个和49个,等位基因多样度(H=0.889)以及核苷酸多样度(Pi=0.047)都很高,总体表现为β折叠区的Pi值均高于α螺旋区。综合分析表明华南型、西南型猪H 和Pi 均较高,高原型的藏猪最低。类群内遗传距离排序与Pi 值高低排序一样,可见各地方类型中核苷酸替换的差异正比于核苷酸多样度。类群间遗传距离比较,江海型与华北型间的距离最大,而华中型和高原型间的遗传距离最小。

广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究

为探讨广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性,以其耳组织为试验材料,经PCR扩增获得广西巴马小型猪SLA-DQB外显子2片段,片段大小为273 bp,含有1个RsaI酶切位点和5个HaeIII酶切位点,基因型分别为27bp/246 bp和84 bp/83 bp/7 bp/16 bp/29 bp/54 bp。采用PCR-RFLP对30头广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的PCR扩增产物进行多态性分析,发现广西巴马小型猪封闭群内S,LA-DQB基因外显子2无多态性位点;而克隆测序及同源性比较分析表明,广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2序列与普通猪(Sus Scrofa)、人类(Homo sapiens)的同源性分别为94.1%、79.1%。

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对五指山猪、二花脸猪及皮特兰猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行了分析,结果显示,SLA-DQB基因外显子2经限制酶HaeⅢ和RsaⅠ酶切共分出9种RFLP组合带型,五指山猪、二花脸猪和皮特兰猪分别有3种、3种和5种组合带型。Hardy-Weinberg平衡分析表明,五指山猪和二花脸猪的SLA-DQB基因外显子2的两个酶切位点的PCR-RFLP带型达平衡状态,而皮特兰猪中只有RsaⅠ酶切位点达到平衡状态。

HLA-DRB1、DQA1、DQB1基因与上海地区类天疱疮的易感性

目的 为探讨HLA Ⅱ类基因与类天疱疮 (BP)的相关性 ,了解BP的免疫遗传发病背景。方法 采用PCR SSOP方法对上海地区汉族 5 6例BP患者和 15 0例健康对照者进行了HLA DRB1、DQA1、DQB1位点等位基因分型。结果 发现HLA DRB1 10 0 1与DQB1 0 5 0 1紧密连锁 ,其基因频率BP组与对照组比较明显增高 ;DRB1 0 4与DQB1 0 3 0 2紧密连锁 ,其基因频率与对照组比较也明显增高 ;DRB1 12基因频率BP组与对照组比较明显降低 (P =0 .0 0 7,RR =0 .3 5 8)。结论 DRB1 10 0 1、DRB1 0 4可能为上海地区BP患者的易感基因 ,而DRB1 12 ( 12 0 1, 12 0 2 )

2种兼用型牛BoLA-DQB·exon2基因的多态性与乳房炎的相关性

【目的】探讨牛主要组织相容性复合物基因第二外显子(BoLA-DQB.exon2)的多态性与乳房炎发生的关系。【方法】采用PCR-SSCP分子标记技术,检测84头中国西门塔尔牛和130头三河牛BoLA-DQB.exon2基因的多态性,并用体细胞记数法检测乳房炎的感染情况,应用GLM模型分析BoLA-DQB.exon2的多态性与奶牛乳房炎的相关性。【结果】BolA-DQB.exon2的基因型及等位基因频率在感染乳房炎牛和健康牛之间分布差异显著(P<0.05)。在感染乳房炎的中国西门塔尔牛中,EE基因型、E等位基因频率最高,在健康的中国西门塔尔牛中,AA基因型、A等位基因频率最高;在感染乳房炎的三河牛中,DD基因型、D等位基因频率最高,而在健康的三河牛中,EE基因型、E等位基因频率最高。【结论】BolA-DQB.exon2多态性与牛乳房炎的发生存在关联,但这种关联在两个品种中的表现不同。

HLA-A/B/C/DRB1/DQB1对非血缘造血干细胞移植影响的分析

本研究探讨供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1等位基因不合的数目和位点对非血缘造血干细胞移植的影响。选取北京市道培医院101例非血缘造血干细胞移植病例,分别根据供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1位点0-3个等位基因不合和HLA-C位点的不同,分组统计移植后1年以上总生存率、急性GVHD发生率和复发率。结果表明:①按供受者HLA等位基因水平10/10全相合组(30例)与9/10相合组(32例),8/10相合组(31例)以及7/10相合组(8例)分组比较,10/10和9/10组的1年以上总活存率(OS)较8/10组(78%and 82%vs50%,p=0.39)增多;10/10组、9/10组和8/10组复发率为16%和18%vs20%;10/10组没有Ⅱ度以上GVHD发生,9/10和8/10组10%左右。7/10组虽然病例数少,缺乏统计学意义,但结果证实安全有效。②)对比HLA-C位点等位基因不合组与HLA-10/10全合组,HLA-C不合组有延长1年以上总生存率(77%vs85%,p=0.30),降低复发率的趋势(8%vs17%,p=0.47),其Ⅱ度以上GVHD发生率明显增高,统计学有明显差异(0%vs25%,p=0.006)。③按抑制性KIR的配体HLA-C1/C2将HLA-10/10组与HLA-C一个等位基因不合组按供受者HLA-C1/C2 match和mismatch分为两组(37例和5例),发现1年以上总生存率、复发率,GVHD发生率无明显差异(78%vs80%,14%vs20%,和5%vs20%)。结论:供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1等位基因不相合数目0-2个情况下,数目越少,1年以上生存率越高,复发率和急性GVHD无明显差异。7/10组是安全的。HLA-C不相合组GVHD发生率明显增高,有减少复发和延长生存率的趋势,但其原因是否与抑制性KIR与其配体HLA-C1/C2有关,尚待研究。

白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析

测定了 4 5个克隆的白豚 (Lipotesvexillifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元 172bp的核苷酸序列 ,共获得 15种序列 ,发现了 2 2个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换 ,并造成了 15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的与抗原的选择性识别相关的位点附近。白豚DQB基因的核苷酸和氨基酸序列与文献报道的白鲸 (Delphinapterusleucas)和一角鲸 (Monodonmonoceros)DQB1序列具有较高的同源性。氨基酸序列不具备人及其它一些灵长类动物DQB2基因所共有的基序 (Motif) ,而与牛DQB1基因的基序相近 ,说明本研究得到的白豚MHC序列应属于类DQB1基因。同一个体出现了多种序列的情况 ,提示白豚的DQB基因可能存在着座位重复。白豚的类DQB1座位的序列中存在多种基序的不同组合 ,推测是由于基因转换造成的.

八眉猪DQB基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性研究

为了探讨SLA-DQB基因作为猪抗病育种辅助选择标记的可能性,试验采用PCR-RFLP方法对八眉猪SLA-DQB基因外显子2的多态性及其与仔猪腹泻的相关性进行研究。结果表明:八眉猪SLA-DQB基因外显子2多态性并不丰富,仅检测出3个等位基因和5种基因型,其多态信息含量为0.23,遗传杂合度仅为0.24;八眉猪DQB基因外显子2变异程度比较低。该群体偏离了HardyWeinberg平衡(P<0.01)。仔猪腹泻与性别不相关(P>0.05),与DQB基因外显子2的基因型之间呈现极显著相关(P<0.01),AA和AB基因型腹泻评分均极显著高于AC、BB和CC基因型(P<0.01)。不同性别DQB外显子2的基因型对仔猪腹泻的影响不同。在公猪中,AB基因型个体的腹泻评分高于AA、AC、BB、CC个体(P<0.05);而在母猪中,AA和AB腹泻评分极显著高于AC、BB和CC(P<0.01),可见性别影响了DQB外显子2基因型与腹泻之间的关系。说明八眉猪DQB基因外显子2多态性较低,其基因型对仔猪腹泻有影响,可作为猪抗病育种的选择标记。

云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2遗传多态性分析

本研究采用PCR直接测序和PCR-RFLP法研究了云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2(DQB.2)的遗传多态性,并利用DNAMAN软件分析了云南高峰牛与部分物种DQB.2相应核苷酸序列的同源性。结果发现,共检测到了17个等位基因,其中HaeⅢ酶切位点存在10种基因型,由A、B、C、D和E 5个复等位基因控制;RsaⅠ酶切位点存在22种基因型,由A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和K共11个复等位基因控制;TaqⅠ酶切位点只出现了1种基因型。分析发现,云南高峰牛DQB.2基因的12、25、63、96、106、126、152、156、165、204位的碱基表现出了多态性。所分析的物种该基因片段大小相同均为270bp,云南高峰牛第224位碱基缺失及236位碱基插入现象。云南高峰牛与人、猪、马、绵羊、黄牛×瘤牛的核苷酸序列的同源性分别为81.4%、83.3%、78.1%、87.7%、86.6%。经χ2检验结果表明,HaeⅢ和TaqⅠ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而RsaⅠ酶切位点则未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。

山西白猪SLA-DQB基因多态性与生产性状的关联分析

采用PCR-RFLP法对山西白猪SLA-DQB基因外显子2多态性和生产性状的关联分析进行了研究.结果表明,山西白猪SLA-DQB基因外显子2经HaeⅢ酶切后产生5种等位基因(A,B,C,D和E),6种基因型(AA,BB,CC,EE,AC和CD);最小二乘分析结果表明,EE基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和CC型比较差异显著(P<0.05),3种基因型在初生重的大小排列顺序为CC<AA<EE;28日龄体重、6月龄重和6月龄体尺等基因型间差异不显著(P>0.05).从生产性状看,本研究中EE基因型是优势基因型.因此,推测SLADQB基因对个体的初生重存在一定的影响.

遵义地区汉族HLA-DRB1、DQB1等位基因多态性的研究

目的:从基因水平调查遵义地区汉族人群HLA-DRB1、DQB1等位基因频率,并了解其多态性分布状况。方法:应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对遵义汉族200名健康个体进行HLA-DRB1、DQB1等位基因分型。结果:遵义地区汉族HLA-DRB1、DQB1等位基因频率分布,在中低分辨水平,共检出13个DRB1基因,7个DQB1基因,DRB1*09、DRB1*08及DQB1*05基因频率相对较高;DRB1*10及DQB1*04基因频率相对较低。与我国北方、南方汉族比较,更接近南方汉族人群。结论:遵义汉族人群HLA-DRB1、DQB1基因具有较为丰富的多态性,其分布符合南方汉族的特点,可能与重庆汉族人群有较为密切的民族融合。

特应性皮炎与HLA-DRB1 DQB1基因的相关性研究

目的探讨HLA-DRB1和DQB1位点基因与汉族特应性皮炎的相关性。方法用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)方法,对59例特应性皮炎患者(来自27个家系)和60例正常对照者进行了HLA-DRB1和DQB1等位基因的分型,并分析了DRB1和DQB1基因在各组中的分布。结果特应性皮炎患者组DRB1*15,DR7,DQB1*0601等位基因频率较正常对照组增高(P<0.05);特应性皮炎患者组DQB1*0302频率较正常对照组降低(P<0.05)。特应性皮炎家系成员中对屋尘螨抗原皮试阳性者HLA-DR7等位基因频率较皮试阴性者均显著增高(P<0.05)。结论特应性皮炎的发病可能与DRB1*15,DR7,DQB1*0601相关;DQB1*0302对特应性皮炎的发病可能起保护作用。HLA-DR7在限定对屋尘螨抗原特异性IgE反应过程中起重要作用。

荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域突变分析及蛋白质序列模式预测

为了深入了解荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域的变异及蛋白质序列模式分布情况,对53头荣昌猪SLA-DQB基因的β1结构域进行了克隆测序和序列多重比对,并在线预测蛋白质序列模式。结果发现,222bp区域内存在9个单核苷酸的插入位点、16个单核苷酸的缺失位点和89个SNPs位点。74个氨基酸中仅由SNP位点导致的氨基酸变异位点共37个,其中有24个位点氨基酸的类型发生变化。对50条SLA-DQB基因β1结构域蛋白质序列分析发现7种类型共174个蛋白质序列模式位点。单条序列中蛋白质序列模式位点最多的12个,最少的2个。蛋白质序列模式突变位点主要发生在第9、26、45、53、61个氨基酸上,涉及到5种类型蛋白质序列模式位点的改变。结果提示,荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域存在丰富的遗传变异和多样化的蛋白质序列模式。