云南屏边大围山微型鸡遗传多样性

云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测，目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因，每个座位的等位基因数在1-3个之间，这些等位基因的频率大小在0.0333-1.000之间，平均每个座位的等位基因数为1.9697个，有效等位基因数在1.00-2.63个之间，平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明，大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低，纯合度较高，未受到其它外来血液的混杂，是一个封闭的原始群体，具有较高的遗传一致性。

基于线粒体DNAD-loop区全序列分析大围山微型鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究

[目的]探究大围山微型鸡的遗传多样性和起源。[方法]对30只大围山微型鸡线粒体DNA（mitochondrial genome,mt DNA）D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank已登录红色原鸡的D-loop区全序列,运用现代生物信息学方法进行数据处理。[结果]试验结果表明：大围山微型鸡mt DNA D-loop区全长1 231～1 232 bp,1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。核苷酸多样性（Pi）为0.004 43±0.000 14,单倍型多样性（Hd）为0.685±0.079,核苷酸平均差异数（K）为5.448。在30只个体中,共发现18处单核苷酸多态位点,6种单倍型。系统发育分析发现,6种单倍型可以分为A、B、D和E 4个分支,其中A和B为主要分支。A和B分支各有2种单倍型,D和E分支均只有1种单倍型。A和B分支与红色原鸡滇南亚种（Gallus gallus spadiceus）聚为一类。[结论]大围山微型鸡mt DNA D-loop区有丰富的多态性,并且有多个母系起源,红色原鸡滇南亚种在大围山微型鸡形成过程中贡献最大。

云南屏边大围山微型鸡种质特性研究

试验选用36只零日龄云南屏边大围山微型鸡进行为期14周饲养试验,对相关的种质特性进行了测定。从体形和毛色来看大围山微型鸡具有典型东南亚原鸡的外表特征。14周龄公母鸡体重分别为778.81 g和712.50 g;母鸡的胸宽、胸肌率、脂肪重和脂肪率显著地比公鸡的高(P<0.05),公鸡体尺和屠宰的其它指标均显著地比母鸡高(P<0.05)。公母鸡屠宰率平均分别为88.23%及90.23%,全净膛率平均分别为66.16%及59.58%。母鸡有较高的法氏囊、胸腺重量及其指数。大围山微型鸡的生长速度比其它生态类型鸡种较慢,均属于目前所报道的我国地方鸡种中体重较轻的地方鸡种。尽管大围山微型鸡的体重较小,但从屠宰性能指标显示,该鸡具有较高的屠宰率。

武定鸡和大围山微型鸡器官指数比较及其与屠体性状的相关性分析

武定鸡属于云南地方优良大型鸡种,而云南大围山微型鸡属于国内外研究报道中体型较小、体重较轻的家禽品种。武定鸡与大围山微型鸡表型差异较大,遗传背景完全不同。通过随机选取120日龄武定鸡和大围山微型鸡各30只屠宰,测定器官指数和屠体性状,比较种间的器官指数差异,分析器官指数与屠体性状的相关性。结果表明:武定鸡的内脏器官指数显著低于微型鸡(P<0.05),且在免疫器官指数上差异极显著(P<0.01);武定鸡和大围山微型鸡的器官指数与屠体性状之间都呈现出不同程度的相关性(P<0.01,P<0.05);两个品种的器官指数与活重呈负相关。

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡是近年在云南发现的地方鸡遗传资源,具有优良的种质特性,为了阐明其群体遗传背景,采用mtDNA D-loop区序列为遗传标记,对采自3个地方鸡的共257个样品进行了检测分析。结果表明:大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡的单倍型多样度分别为0.083±0.018、0.851±0.029和0.784±0.039;核苷酸多样度分别为0.014 67±0.000 45、0.013 42±0.000 80、0.011 66±0.001 55;群体内遗传距离分别为0.014±0.003、0.014±0.003、0.012±0.003。中介网络分析显示:本研究检测的257个样品分布在A、B、C、D、E、F和G等7个世系中,其中大围山微型鸡包含A、B、C、D、E、F和G等7个世系,B、D世系为其主要世系;云龙矮脚鸡包含A、B、C、E、F和G等6个世系,E世系为其主要世系;拉伯高脚鸡包含A、B、E和G等4个世系,G世系为其主要世系。AMOVA分析表明:3个群体间遗传分化指数(Fst)分别为0.120 84、0.239 46、0.263 68(P<0.01),群体内遗传变异占80.61%,群体间变异为19.39%(P<0.01)。本研究结果揭示3个地方鸡群体遗传多样性较丰富,都含有多个母系血统,支持家鸡多个母系起源的观点,但它们之间存在较大的遗传分化。

成年大围山微型鸡肌苷酸含量与肉品质相关性研究

研究选用200只1日龄健康大围山微型鸡(公母各半),在相同条件下饲养,于150日龄进行屠宰试验,对肌肉肉质性状和肌苷酸含量进行测定,比较大围山微型鸡肌苷酸含量与肉品质常规指标的差异及相关性。研究表明:母鸡腿肌pH_(24 h)显著高于胸肌(P<0.05);公鸡胸肌L~*值显著低于母鸡(P<0.05);公鸡腿肌a~*值极显著高于母鸡腿肌(P<0.01);公鸡胸肌和腿肌剪切力均显著高于母鸡(P<0.05);公鸡胸肌粗脂肪含量极显著低于母鸡(P<0.01),母鸡腿肌粗蛋白含量极显著高于公鸡腿肌(P<0.01),公鸡胸肌粗灰分含量显著低于母鸡(P<0.05);母鸡胸肌和腿肌肌苷酸含量均显著高于公鸡(P<0.05);相关性分析显示,胸肌和腿肌肌苷酸含量均与pH_(45 min)、p_H(24 h)、a~*值、剪切力、粗蛋白和粗脂肪呈正相关;与L~*值、b~*值、失水率、蒸煮损失率、粗灰分均呈负相关。

大围山微型鸡IGF-IGF-1基因表达量与生长性状的相关性分析

为研究胰岛素样生长因子1(IGF-1)基因表达量对家禽生长发育的影响,试验以大围山微型鸡、武定鸡和艾维茵肉鸡为材料,分别在0、4、8、12周龄时测定3个品种的体重和体尺,并检测肝脏中IGF-1基因m RNA的表达量。结果表明:在3个品种中,大围山微型鸡各周龄体重和体尺最小、肝脏中IGF-1基因的表达量最低,而艾维茵肉鸡的各项指标均最高;相关性分析结果显示,3个品种肝脏中IGF-1基因的表达量与体重、体尺呈显著正相关(P<0.05)。因此,IGF-1基因可作为大围山微型鸡的候选基因用于分子选择。

大围山微型鸡和艾维茵肉鸡PFKM基因表达量与pH值及肌糖原含量相关性研究

为研究家禽肌肉磷酸果糖激酶(PFKM)m RNA表达量与p H_(45min)值及肌糖原含量的相关性,检测了大围山微型鸡和艾维茵肉鸡不同日龄肌肉组织中PFKM mRNA表达量、pH_(45min)值和肌糖原含量。结果显示:大围山微型鸡肌肉中PFKM mRNA表达量与肌糖原含量整体上均高于艾维茵肉鸡,而pH_(45min)值则是艾维茵肉鸡高于大围山微型鸡;PFKM mRNA表达量与pH_(45min)值呈显著负相关(P<0.05),与肌糖原含量呈正相关;肌糖原含量与pH_(45min)值呈负相关,但相关性不显著(P>0.05)。研究表明PFKM基因可能是影响家禽肉品质的重要候选基因。

武定鸡和大围山微型鸡脂肪酸含量及FADSFADS2基因表达差异研究

脂肪酸是影响家鸡肉品质的重要风味物质,Δ6-脂肪酸脱氢酶基因(FADS2)是不饱和脂肪酸生物合成过程中的关键酶。研究以武定鸡和大围山微型鸡为研究对象,检测肌肉组织中脂肪酸含量及FADS2基因表达量,比较不同鸡种脂肪酸含量及FADS2基因表达差异。结果显示,整体上,武定鸡腿肌中饱和脂肪酸(SFA)、单不饱和脂肪酸(MUFA)、不饱和脂肪酸(USFA)、多不饱和脂肪酸(PUFA)、必需脂肪酸(EFA)及总脂肪酸含量和FADS2 m RNA表达量均显著高于大围山微型鸡,且在部位和周龄上存在显著差异。研究表明,武定鸡风味比大围山微型鸡优良,FADS2基因是影响家鸡肉品质的重要候选基因。

大围山微型鸡骨骼肌卫星细胞的分离培养、鉴定及生物学特性研究

为研究大围山微型鸡骨骼肌卫星细胞的体外纯化、培养、鉴定方法及其生物学特性,试验采用Ⅰ型胶原酶和胰蛋白酶两步酶消化法结合差速贴壁技术分离纯化出云南大围山微型鸡骨骼肌卫星细胞,进行体外原代和传代培养。观察细胞各个阶段的形态,通过生长曲线、诱导分化等手段研究骨骼肌卫星细胞的增殖与分化能力,利用RT-PCR以及免疫细胞化学染色对所获得的细胞进行鉴定。结果显示:两步酶消化法适用于微型鸡骨骼肌卫星细胞的分离和获取,此法分离得到的微型鸡骨骼肌卫星细胞表达卫星细胞特异的标志基因Pax7。在生长培养基作用下,细胞增殖旺盛,经诱导分化后,细胞可融合成肌管。该试验方法对研究家禽骨骼肌细胞增殖、分化和骨骼肌生长、发育的细胞生物学机制具有一定科学意义。

大围山微型鸡和艾维茵肉鸡肌糖原含量及PRKAG3基因表达相关性研究

肌糖原含量是影响肉质的一个重要因素,而PRKAG3基因在糖原合成和代谢过程中起着重要的作用。为研究鸡PRKAG3基因表达量与肌糖原含量的相关性,研究以大围山微型鸡为研究对象,以艾维茵肉鸡作对照,检测肌肉组织中PRKAG3 mRNA表达量和肌糖原含量。结果显示:大围山微型鸡胸肌和腿肌中PRKAG3 mRNA表达量和肌糖原含量均高于艾维茵肉鸡,且PRKAG3 mRNA表达量与肌糖原含量呈正相关。结果表明,鸡肌肉中PRKAG3基因对糖原的积累具有促进作用,且大围山微型鸡和艾维茵肉鸡肌肉中肌糖原含量的差异可能是由于遗传基础不同导致。因此,PRKAG3基因可能是一个重要的影响肉品质的候选基因。

大围山微型鸡POU1F1基因编码区的克隆及序列分析

大围山微型鸡是我国目前报道的体形最小、体重最轻的地方优良品种,具有较高的屠宰率和饲料报酬。研究通过设计特定引物对大围山微型鸡POU1F1基因的编码区进行PCR分段扩增并测序。利用分子生物学软件对其基因序列及编码产物的结构、功能进行了生物信息学分析,并构建其系统发育关系。结果表明,大围山微型鸡POU1F1基因编码区全长984bp,与原鸡的POU1F1基因(NM_204319)比对,在836位处发生一次碱基转换(C/T),但未造成氨基酸改变;其编码产物由327个氨基酸残基组成,分子质量为38801.19Da,理论等电点为8.67;系统发育树结果表明,不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,大围山微型鸡与原鸡POU1F1基因编码区核苷酸序列和氨基酸的相似性分别达到了99%和100%。大围山微型鸡POU1F1基因编码区的成功克隆,为进一步研究POU1F1基因的遗传特性和大围山微型鸡的矮小机理奠定了基础。

基于RAD-Seq技术的大围山微型鸡遗传进化分析

【目的】在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化。【方法】以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析。【结果】在大围山微型鸡群体中鉴定出331892个SNPs。大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态。聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(Fst)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远。共筛选出200个受选择基因。GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路。【结论】大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用。

武定鸡和大围山微型鸡肌苷酸含量及ADSL基因表达差异研究

为研究不同云南地方鸡种肌苷酸含量与腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因m RNA表达差异,对武定鸡和大围山微型鸡肌肉组织中肌苷酸含量和ADSL m RNA表达量进行了检测。结果显示,武定鸡肌肉中肌苷酸含量显著高于大围山微型鸡,且同一鸡种中肌苷酸含量因性别、部位、日龄的不同表现出较大差异;武定鸡肌肉中ADSL m RNA表达量均高于大围山微型鸡,且ADSL m RNA表达量与肌苷酸含量呈正相关。表明ADSL基因是影响家禽肉品质的重要候选基因。

12周龄大围山微型鸡与艾维茵肉鸡肌肉营养成分及LPL基因表达差异研究

为研究云南地方鸡种大围山微型鸡与艾维茵肉鸡肌肉营养成分中粗脂肪含量与脂蛋白脂酶(LPL)基因mRNA表达差异,屠宰同批12周龄大围山微型鸡和艾维茵肉鸡各20只,测定肌肉营养成分含量和LPL基因表达量。结果显示:在胸肌和腿肌中,大围山微型鸡粗灰分含量、粗蛋白含量、粗脂肪含量均显著高于艾维茵肉鸡,在胸肌和腿肌中大围山微型鸡水分的含量显著低于艾维茵肉鸡,且胸肌和腿肌中大围山微型鸡LPL基因表达量分别为3.98、5.72,均高于艾维茵肉鸡的3.70、3.54。可见,大围山微型鸡肌肉粗蛋白、粗脂肪等营养成分优于艾维茵肉鸡,LPL基因促进脂肪沉积,因此LPL基因可作为影响家禽脂肪沉积的重要候选基因。

盐津乌骨鸡MyoG和IGF-1基因表达及其与生长、屠宰性状的相关性分析

为研究肌细胞生成素(myogenin,MyoG)和胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor 1,IGF-1)基因表达量对家禽生长发育的影响,试验以体型差异较大的盐津乌骨鸡和大围山微型鸡为材料,分别测定300日龄鸡的体重、体尺和屠宰性状来进行比较分析,检测胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因mRNA的相对表达量,将生长、屠宰性状与基因的相对表达量进行两两相关性分析。结果显示,盐津乌骨鸡体重、体尺和屠宰性状等指标均高于大围山微型鸡,同时盐津乌骨鸡胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因的表达量也高于大围山微型鸡,表达量趋势为:胸肌>腿肌>肝脏;相关性分析结果显示,两个品种鸡胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因的表达量与体重、体尺和屠宰性状等指标呈显著正相关(P<0.05),其中MyoG基因的相对表达量与除胸深外的所有性状均呈极显著相关(P<0.01),而IGF-1基因的相对表达量与体重、体斜长、胸深、胸骨长均呈显著相关(P<0.05)。因此,MyoG、IGF-1基因可作为盐津乌骨鸡和大围山微型鸡的生长性状候选基因来进行选育。

大围山微型鸡和艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞增殖分化及Myf5基因表达差异研究

为研究不同鸡种骨骼肌卫星细胞生肌决定因子5(Myf5)基因表达差异,试验通过提取大围山微型鸡和艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞并进行两个鸡种骨骼肌卫星细胞增殖分化差异及Myf5基因表达差异研究。结果显示:两个鸡种骨骼肌卫星细胞生长曲线呈"S"形,大围山微型鸡骨骼肌卫星细胞生长速度较低;在分化过程中,艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞分化能力高于大围山微型鸡,且艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞的Myf5 mRNA表达量显著高于大围山微型鸡(P<0.05)。本试验表明:Myf5基因是影响家禽肌肉生长发育的重要候选基因,且细胞体外培养对家禽分子育种研究具有一定科学指导意义。

TNF-α基因表达量对大围山微型鸡及武定鸡股骨强度的影响

家禽骨质特性是家禽重要的经济性状指标,研究显示肿瘤坏死因子α（TNF-α）对人类及动物骨代谢有显著影响。为了揭示影响家禽骨强度的主效基因,研究以体重较轻、体型较小的大围山微型鸡以及大型鸡种武定鸡为研究对象,和艾维因肉鸡作对比,通过检测骨强度以及骨骼中TNF-α基因的表达量,研究TNF-α基因的表达量对大围山微型鸡和武定鸡股骨强度的影响。结果显示,4~16周龄大围山微型鸡股骨强度均显著高于武定鸡和肉鸡（P〈0.05）,且武定鸡股骨强度高于肉鸡;每一阶段大围山微型鸡股骨软骨中TNF-α基因m RNA表达量显著低于其它两个鸡种（P〈0.05）;相关分析显示TNF-α基因的表达水平与股骨强度指标呈负相关。可见,TNF-α基因对家禽的骨强度有重要影响,是影响家禽骨强度的重要候选基因。

武定鸡和大围山微型鸡公鸡肉品质物理性状比较研究

为充分开发武定鸡和大围山微型鸡品种资源优势,选取1日龄健康武定鸡和大围山微型鸡各120只(公),在相同条件下饲养至180日龄,测定不同日龄、不同鸡种、不同部位的肉质指标,比较武定鸡和大围山微型鸡公鸡肉品质性状,分析其差异及其原因。结果显示:大围山微型鸡的肉色、pH值、蒸煮损失率显著高于武定鸡(P<0.05),武定鸡的失水率和剪切力显著高于大围山微型鸡(P<0.05);不同日龄、品种鸡胸肌肉质指标几乎无显著差异,150日龄腿肌肉质指标显著高于180日龄(P<0.05);同一日龄、不同部位腿肌肉质指标显著高于胸肌(P<0.05)。研究表明,鸡肉品质性状受品种、日龄、部位等因素的影响。

武定鸡与大围山微型鸡脂肪酸含量及SCD基因表达差异研究

脂肪酸是重要的风味物质,影响着鸡肉品质性状,硬脂酰辅酶A去饱和酶(Stearoyl-CoA desaturase,SCD)是合成单不饱和脂肪酸的关键酶,是调节肝脏脂肪生成和脂类氧化的关键控制点。研究以90日龄武定鸡和大围山微型鸡为研究对象,检测肌肉组织中脂肪酸含量及SCD基因表达量结果显示,武定鸡肌肉中脂肪酸含量和SCD基因表达量显著高于大围山微型鸡,且在不同部位存在显著差异。研究表明,SCD基因是影响家鸡脂肪酸形成的重要候选基因。