基于混合策略的de novo序列拼接算法构造

在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.

串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述

蛋白质组学的主要目的是鉴定出生物体内的蛋白质的种类和数量。为达到这个目的,人们开发了多种蛋白质鉴定算法,包括数据库搜索方法、De Novo方法、PST(肽段序列标签)方法和质谱数据库方法。首先介绍了质谱仪中肽段断裂机理的研究,以及相关的质谱鉴定方法,然后综述了当前常用的蛋白质鉴定方法,分析了这些方法的优缺点,最后提出了自己的见解和展望。

生物大分子从头合成和设计的研究进展

生物大分子指生物体内存在的DNA、蛋白质、多糖等物质,其对生物体正常生命活动至关重要.从头合成和设计技术在生物大分子的合成和结构设计上具有自由度高、前体简单等特点,能够按照特定研究目的对生物大分子进行全新设计和高效合成.近年来,从头合成与设计技术在人造基因组合成、新型蛋白质类药物设计、糖缀合物合成等领域已开始受到重视.基于生物大分子从头合成和设计技术,可以定向制备全新设计的DNA或全新的基因表达产物,以及具有识别功能的糖链或糖缀合物,将大大推进诸如细胞因子模拟物、基因治疗递送载体等生物活性物质的开发,为人工生物系统的构建、罕见疾病的治疗等提供新的解决方法.本文就DNA、蛋白质和多糖的从头合成和设计进行了综述,阐述了相关方法及应用,最后概括分析了三者之间的关系.

固定源飞灰中PCDD/Fs的时间变化特性分析

对河北省某生活垃圾焚烧厂（固定源）飞灰中二恶英（PCDD/Fs）含量随时间的变化特性进行了分析,并结合美国、欧盟和国内排放标准限值和3种常见垃圾（医疗垃圾、生活垃圾和工业危险废弃物）以及PCDDs/PCDFs比值,分析了焚烧飞灰中PCDD/Fs特征。结果表明：2014年10月—2015年11月PCDD/Fs的TEQ变化范围为0.00322~0.671μg I-TEQ/kg,同时O8CDD（5.020%~34.19%）、2,3,7,8-T4CDF（0.764%~9.696%）和1,2,3,7,8-P5CDF（0.273%~8.575%）均在PCDD/Fs浓度中占据主要贡献率,2,3,4,7,8-P5CDF（12.12%~68.53%）在PCDD/Fs毒性当量中占据主要贡献率,并且均低于美国、欧盟和国内排放标准限值,同时发现PCDDs/PCDFs TEQ比值与焚烧垃圾类型存在一定关系;本研究样品中PCDD/Fs的合成机理符合从头反应的理论。