槐山羊PFOXic基因多态性与间性性状关联分析

间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>C突变位点与槐山羊间性性状之间存在显著相关性(P=0.023),CC基因型与CT和TT基因型间均差异显著(P<0.05);单倍型与间性性状关联分析结果显示,CCCC单倍型与CTTT单倍型间差异显著(P<0.05),CCCC单倍型与TCCT和TCCC单倍型间均差异极显著(P<0.01)。结果表明,间性槐山羊PIS区缺失,且PFOXic基因g.129749119 T>C突变与间性性状相关,本试验结果为进一步研究山羊间性性状发生机制和PFOXic基因功能提供参考依据。

牛腺病毒3型感染状况及其fiber轴区基因检测

本研究旨在通过TB Green Real-time PCR的方法对国内6个省(四川省、山西省、河南省、河北省、江苏省和内蒙古自治区)的9个规模化养牛场140份以流鼻涕、发热、咳嗽、呼吸困难为特征的病牛呼吸道鼻拭子样本开展牛腺病毒3型(bovine adenovirus type 3,BAdV-3)感染状况调查,并对其中的阳性样本进行fiber轴区基因检测。结果显示,140份样品中BAdV-3阳性率为36.4%,除河北省以外,其余各省均有BAdV-3检出,其中,四川及河南省检出率最高,分别达到82.9%(29/35)和83.3%(10/12)。其中,传统型占总阳性比的80.4%,fiber轴区缺失毒株占总阳性样本的19.6%。缺失位置与数量一致,轴区连续缺失237个碱基对(79个氨基酸),且缺失型仅在四川和河南两省检出,检出率分别为24.1%(7/29)和30%(3/10),场群阳性率分别为100%(2/2)和100%(1/1)。结果表明,BAdV-3已在我国牛场中广泛分布,目前流行的主要以传统型毒株为主,fiber轴区缺失毒株在我国具有独特的地域分布,主要在四川和河南省流行。

陕西省番茄黄化曲叶病毒基因间隔区缺失突变体的鉴定与不同分离物间群体进化研究

为明确番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)基因组的变异情况,分别从陕西省杨凌区、泾阳县、大荔县和阎良区采集了表现为番茄黄化曲叶病症状的抗病品种番茄样品20份以及感病品种番茄样品4份。经TYLCV特异性引物检测,24个样品均为阳性。通过全长扩增测序获得了15个TYLCV分离物的基因组序列。序列分析显示,其中7个分离物基因组大小为正常的2781 bp,而有8个TYLCV分离物基因组大小为2768 bp。与正常基因组相比,这8个分离物在基因间隔区(intergenic region,IR)的TATA-box与保守9核苷酸序列之间发生了13个核苷酸的缺失。对我国不同地区TYLCV分离物全基因组序列进行变异分析,发现IR区域是发生核苷酸变异最大的区域。系统进化分析表明,本研究分离到的15个TYLCV分离物均属于TYLCV-Israel进化分支下的中国亚群,其中8个TYLCV IR缺失突变体与国内已报道的IR缺失突变体BJ04和BJ06亲缘关系较远,而与本研究中分离得到的正常TYLCV分离物亲缘关系最近,疑似为陕西地区出现的一类新TYLCV IR缺失突变体。本研究首次对我国不同地区多个TYLCV分离物出现IR区缺失现象进行了报道。

白斑综合征病毒江苏分离株变异区和缺失区基因的序列比较

为了解白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)中的感染流行情况和分子流行病学特征,以及探讨不同病毒株间的遗传进化差异,2008年7月至2010年6月在江苏各主要克氏原螯虾养殖产区共采集了83份样品,应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测42份样品为病毒感染阳性,阳性率达50.6%。在此基础上考虑地理和时间因素选取了兴化、盱眙等地的6份样品,PCR扩增、克隆了样品中所携带病毒的变异区和缺失区基因并对其进行了测序。分析结果显示,在变异区除兴化毒株为1 829 bp之外,其余各分离株间差异微小,均在1 440 bp左右;而在缺失区各毒株大小均为384 bp,且核苷酸序列完全一致。随后将各分离株序列与GenBank已公布的毒株做进一步的序列比较分析,结果表明在江苏境内流行的兴化毒株与其余毒株间存在明显差异,在遗传上相距较远,并且推测WSSV变异区和缺失区可能是各自独立进化变异的;同时,缺失变小的病毒基因组更易于适应宿主和环境的变化。

基于区域地震活动频次对比的余震删除方法

从尽可能科学地删除余震,又保留有价值的地震预测信息的目的出发,提出了一种既考虑地震序列特征,又基于主震后孕震区内的余震活动频次与区域地震活动正常时段频次相比的删除余震方法(简称SMRZ方法),编制了相应的计算程序。以西北地区发生的几次较大地震为例,对该文提出的SMRZ方法、广泛使用的K-K方法以及G-C方法的删除余震效果进行了对比研究。结果表明,与其他方法相比,笔者提出的方法识别余震时、空分布范围比较合理,同时保留了对未来地震有重要预测意义的前震,有较好的实际应用效果。

慢性乙型肝炎患者HBsAg和HBsAb共阳性与preS区及S区突变关系的研究

目的探讨HBsAg、HBsAb共阳性慢性乙型肝炎患者HBVpreS及S基因突变的关系。方法对6例HBsAg、HBsAb共阳性慢性乙型肝炎患者(试验组)、9例HBsAg阳性、HBsAb阴性慢性乙型肝炎患者(对照组)进行HBVDNA的提取及HBV基因组preS和S基因的PCR扩增和测序,比较组间突变率差异。结果试验组与对照组所感染HBV均为B型或C型。试验组未检出preS区缺失突变,对照组检出1例preS1区15bp缺失。试验组与对照组比较,preS/S、preS、preS1、preS2区核酸点突变率无统计学差异(P>0.05),S区核酸点突变率有统计学差异(P<0.05)。在氨基酸水平上,试验组与对照组preS/S、preS、S、preS1、preS2区及α决定簇点突变率比较无统计学差异(P>0.05)。结论 HBVpreS基因的缺失及S基因的氨基酸突变均不是B型或C型慢性乙型肝炎患者出现HBsAg、HBsAb共阳性的决定性因素。

牦牛DAZL基因编码区的克隆和序列特征与进化分析

根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。

染色体7q32-ter鼻咽癌相关基因的初步研究

为克隆 7q32 ter区域等位基因杂合性丢失最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因 .以STSD7S5 0 9为探针 ,PCR法筛选位于该区的细菌人工染色体 (BAC)克隆 ,应用EST介导的定位 候选克隆策略并结合生物信息学筛选出在鼻咽癌细胞株和活检组织中表达增强的ESTAA7734 5 4,cDNA克隆测序和生物信息学资源获取全长cDNA ,DNA印迹和甲基化分析研究其表达增强的机制 .结果表明 ,克隆的NAG18基因cDNA全长 80 2bp ,编码 2 2 7个氨基酸 ,定位于胞核 .该基因分别与人、鼠TAXREB10 7基因及RPL6基因高度同源 .其表达增强的机制不是基因拷贝数的丢失和甲基化位点的改变 .可以断定NAG18是定位于 7q32 ter最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因 ,它是一高度保守的基因 。

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株3'端非编码区序列分析

本研究应用RT-PCR方法扩增出分离自广西的26株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)以及参考株M41和疫苗株H120、Ma5和4/91的3'端非编码区(3'UTR)的cDNA,并对其进行了克隆、序列测定、比较及其系统进化分析。序列分析结果表明,与Beaudette株的3'UTR序列相比较,26株分离的IBV中有1株和3株的分离株3'UTR序列分别插入了23个和2个碱基,另外有12株、6株、1株、2株和1株的分离株3'UTR序列分别缺失了1个、2个、22个、29个和84个碱基,不同毒株之间碱基数量最大相差达107个碱基。系统进化分析结果表明,26株分离株可分为4群,其中21株属于第Ⅰ群,与经典疫苗株H120的核苷酸同源性均较低(54.4%～75.5%);3株与4/91同属于第Ⅱ群;1株与H120同属于第Ⅲ群;另外1株单独属于Ⅴ群。综上所述,广西流行IBV的绝大部分毒株在3'UTR序列上与目前常用的疫苗株相比都发生了很大的变异,而且存在多种形式的碱基缺失和插入现象。由此,我们认为流行株的变异可能是疫苗不能提供有效保护的主要原因。

染色体7q32-ter最小共同缺失区鼻咽癌抑瘤基因候选者的筛选

目的：在明确 7q32- ter区域等位基因杂合性丢失最小共同缺失区位于以 D7S509为中心的 D7S500- D7S509- D7S495的基础上，筛选和克隆位于该区内鼻咽癌相关的候选抑瘤基因。方法：应用定位—候选克隆策略筛选位于该最小共同缺失区的 3′末端 ESTs(expressed sequence tags,ESTs),RT- PCR和 Northern杂交筛选出在鼻咽癌细胞株和活检组织中表达下调的 ESTs,采用 cDNA克隆测序和生物信息学资源获取候选 EST的全长 cDNA。 Southern杂交和甲基化分析研究候选基因表达下调的机制。结果：筛选 D7S500- D7S495区域内的 12个代表新基因的 3′末端 ESTs序列，发现一个 EST（ AI290024）在鼻咽癌细胞株及 50％（ 6/12）的鼻咽癌活检组织中表达下调， Multiple Tissue Northern(MTNTM) Blot杂交结果显示该 EST在心、肝、肾等多种组织中存在大小 2.0 kb的转录本。通过测定包含该 EST的 cDNA克隆，获得该新基因（命名为 NAG- 22基因） 2.3 kb转录本的全长 cDNA(GenBank登录号： AF247820),编码 77AA，含有 disintegrin的结构域。 NAG22在 NPC中表达下调的机制不是高甲基化和基因拷贝数的丢失。结论： NAG22是定位于 7q32- ter最小共同缺失区的一个与鼻咽癌相关的抑瘤基因候选者。

带多乘积约束的线性规划问题的求解新方法

根据问题的最优性和可行性提出一新的区域删除准则以排除问题(P)的可行域中不存在全局最优解的部分,结合区域删除准则和分支定界理论给出新算法.数值算例表明算法是有效可行的.

系列功能区缺失的猪内源反转录病毒5′非编码区的构建及序列分析

为构建缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′UTR)克隆,分析5′UTR的转录调控规律,以质粒WZSP-293-5′UTR为模板,应用重组PCR方法分别扩增5′UTR与缺失引物结合区及前导序列(PBS-Leader),即5′UTR(5′长末端重复区)、U3区、R区、U3区中重复序列的5′UTR等5种PCR片段,并分别将其克隆至T载体上,挑取阳性克隆,酶切鉴定插入方向,选择正确方向插入的克隆,测序并进行序列分析。结果表明,构建了系列功能区缺失的5种5′UTR克隆,分别命名为UTR-PMD、LTR-PMD、UTR-U3-PMD、UTR-R-PMD、UTR-U-PMD以备后用。结论:在PERV 5′UTR的不同功能区中含有一系列可能的转录因子结合位点;中国五指山猪内源性反转录病毒(WZSP-PERV)在293细胞中传代时,不仅U3重复区数目增加,重复亚型也发生了一定的改变。

Y染色体无精子症因子c区缺失男性不育患者同步显微取精术后行卵胞浆内单精子显微注射的临床结局

目的:评价同步显微镜下睾丸切开取精术结合卵胞浆内单精子显微注射(intracytoplasmic sperm injection,ICSI)对Y染色体长臂上无精子症因子c区(azoospermia factor c region,AZFc)缺失所致男性不育患者的临床治疗效果,指导AZFc缺失男性不育患者的临床治疗。方法:回顾性分析了自2015年1月到2019年12月因AZFc缺失所致男性不育患者在北京大学第三医院生殖医学中心行显微取精术的临床资料,追踪随访了同步显微取精手术中成功获取精子的患者使用睾丸精子行ICSI助孕的临床结局,比较了首次同步显微取精术与第二次同步显微取精术患者的临床结局,包括受精率、临床妊娠率、流产率和活产率等。结果:共有195例AZFc缺失的男性不育患者接受显微取精术,其中14例为隐匿性精子症,术中均成功发现精子,精子获得率为100%(14/14);181例为非梗阻性无精子症(non-obstructive aoospermia,NOA),122例成功发现精子,精子获得率为67.4%(122/181),余59例NOA患者在显微取精术中未发现精子,占32.6%(59/181)。我们随访了手术成功发现精子的患者中,选择夫妻双方同步取精、取卵且不行胚胎植入前遗传学检测患者的临床结局,纳入研究的99例患者共进行了118人次显微取精术和120个ICSI周期助孕,最终有38例患者成功活产,累积活产率38.4%(38/99),总共分娩出22个健康男婴和22个健康女婴,其中在首次和二次同步显微取精术的新鲜精子-ICSI周期中,优质胚胎率、新鲜周期临床妊娠率和取卵周期活产率分别为47.7%vs.50.4%、40.5%vs.50.0%、28.3%vs.41.2%,第二次同步手术组略高于首次同步手术组,但组间差异没有统计学意义。结论:对AZFc缺失导致的男性不育患者,有较大的概率通过显微取精在睾丸中成功获取精子,并结合ICSI生育自己的遗传学后代,对首次同步ICSI周期未成功的患者,有机会通过再次手术取精和ICSI成功孕育后代。

不育男性患者Y染色体AZF区域微缺失及临床表现

目的:探讨男性Y染色体上无精症因子(AZF)区域的微缺失分布及与临床关系。方法:收集本院门诊不育男性920例,正常生育男性100例,多重PCR技术对涵盖AZFa、AZFb、AZFc区域微缺失的15个STS位点进行检测,分析AZF区域微缺失分布情况。结果:920例不育患者中检出AZF区域微缺失18例(1.96%),其中AZFc区微缺失12例、AZFb区缺失4例、AZFa区缺失1例、AZFb和c区均缺失1例,共发现6种AZF缺失类型,正常生育男性中未检测到AZF区域存在微缺失;接受进一步临床检测的17例AZF区域微缺失携带男性中,无精症6例、弱精症及少弱精症9例、坏死精子症2例。结论:本次不育男性患者Y染色体AZF区存在多种类型微缺失,主要以AZFc区缺失为主。不育男性诊断或人工辅助生殖治疗前,筛查Y染色体微缺失应作为常规检查并给予足够重视。

求非凸二次约束二次规划全局解的凸规划方法

针对非凸二次约束二次规划(QCQP)问题,将问题中二次函数的凸函数部分保留,达到所得松弛规划的可行域更加紧致的目的,得到原问题更好的下界.利用正交变换的方法得到原问题的一个凸规划松弛模型,再利用分支定界算法求其全局最优解.根据问题的最优性和可行性原则,提出一种能整体删除或缩小算法迭代过程中产生的分割子区域的区域删减策略.数值算例表明,算法及区域删减策略均是有效的.

AZFc区gr/gr及DAZ基因拷贝缺失与原发性男性生精障碍的相关性研究

目的探讨Y染色体AZFc区gr/gr缺失及DAZ基因拷贝缺失与男性生精障碍的相关性。方法运用PCR与PCR-RFLP检测技术,对252例正常生精男性,430例原发性生精障碍男性患者进行Y染色体AZFc区gr/gr缺失及DAZ基因拷贝缺失分析。结果正常生精男性组gr/gr缺失率为5.2%,原发性生精障碍组gr/gr缺失率为10.2%,P=0.021,差异有统计学意义;正常生精男性组DAZ1/DAZ2基因拷贝共缺失率为2.0%,原发性生精障碍组中DAZ1/DAZ2基因拷贝共缺失率为7.0%,P=0.004,差异亦有统计学意义;正常生精男性组DAZ3/DAZ4基因拷贝共缺失率为3.2%,在生精障碍组中DAZ3/DAZ4基因拷贝的共缺失率为3.3%,P=0.954,差异无统计学意义。结论在原发性男性生精障碍患者中存在较高频率的gr/gr缺失及DAZ1/DAZ2基因共缺失,提示gr/gr缺失及DAZ1/DAZ2基因拷贝的共缺失是男性不育的高风险因子。

一株NSP2蛋白连续缺失48个氨基酸的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株的分离及其主要生物学特征的研究

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)遗传变异特点,本研究在PRRSV流行病学调查中分离到一株PRRSV,该分离株在高致病性PRRSV(HP-PRRSV)NSP2区1 aa+29 aa缺失的基础上,突变为49 aa+29 aa的缺失株,将其命名为Henan-A14(NCBI序列号:KJ819936)。此外,该分离株在MARC-145细胞中的复制能力减弱,即其细胞嗜性有所改变。血清中和试验结果显示5份HP-PRRSV疫苗抗血清均不能中和该分离株,推测其抗原发生了较大变异。为鉴定该缺失是否影响病毒的复制,本研究以HP-PRRSV p Hu N4-F112株的感染性克隆为骨架,拯救出一株在NSP2区相应位置连续缺失48 aa的重组病毒,而该重组病毒在MARC-145细胞中的复制及血清中和试验结果表明,NSP2基因区48 aa缺失既不影响PRRSV的复制效率,也不影响病毒对HP-PRRSV制备的阳性血清中和效率。本研究的结果证明Henan-A14分离株在MARC-145细胞中复制能力的降低,以及病毒抗原中和表位与NSP2中相关的氨基酸缺失无直接关系。该分离株的鉴定为进一步研究HP-PRRSV的变异具有重要的参考价值。

利用电穿孔法对狂犬病病毒SRV9 Ψ区缺失株病毒的拯救及鉴定

探讨电穿孔转染法对SRV9Ψ区缺失株重组病毒的拯救及鉴定。利用电穿孔细胞转染法,将纯化的Ψ区缺失株pcDNA-NPMG-L全长质粒和pcDNA-N、pcDNA-P、pcDNA-M、pcDNA-G和pcDNA-L辅助表达质粒共转染至BHK-21细胞中,并进行盲传,借助RT-PCR、间接免疫荧光试验、Western-blot及透射电子显微镜对重组病毒进行鉴定。结果显示,重组病毒能够产生绿色荧光,透射电子显微镜观察可见典型的弹状病毒,对重组毒株与亲本毒株G蛋白进行Western-blot验证,可获得相应目的条带。结果表明,通过电穿孔细胞转染法,能成功拯救出重组病毒SRV9Ψ区缺失株,为病毒的拯救提供新的转染方法,并能有效提高转染效率,为研发新型狂犬病疫苗提供参考。

CDH1基因Exon1非编码区插入/缺失多态性与膀胱移行细胞癌易感性的关系

目的:探讨上皮钙粘素(E-cadherin,CDH1)基因Exon1非编码区234bp位点插入/缺失多态性与膀胱移行细胞癌(TCCB)生物学行为之间的关系。方法:从TCCB组180例,对照组健康人110例的血液中提取人基因组DNA,PCR获取包含CDH1基因启动子近侧序列-160位点和Exon1的DNA片段,DNA测序方法测得上述DNA片断的基因序列。选择χ2检验进行统计学分析,Woolf法计算OR值(odd sratio,OR)和95%CI。结果:CDH1基因Exon1非编码区234bp位点插入片断碱基序列为5'-CCGTGCCCCAGCC-3',其插入/缺失多态性基因型分为插入\插入纯合子(I/I)、缺失\缺失纯合子(D/D)和插入\重复插入杂合子(I/2I)三种。TCCB组该位点I/2I基因型频率(0.54)高于对照组(0.35)(P<0.01),提示I/2I基因型患TCCB风险较高(OR=2.15,95%CI1.32～3.52)。结论:CDH1基因Exon1非编码区234bp位点2I等位基因频率与膀胱移行细胞癌的发生密切相关。-160A/A-234I/2I基因型与膀胱移行细胞癌的发生密切相关。

网页正文提取中与正文无关的图像清除技术

因为图像相比文字具有更强的表现力,站点的设计者在设计广告时考虑的首要问题是如何吸引用户的"眼球",所以通常网页中的广告通常都是以图像的形式嵌入到网页中。这使得在HTML网页正文提取中主要处理的就是广告图像。文中综合分析了网页中图像的特点,提出了区域分块的HTML元素删除法来清除网页中的广告等无关图像并提取网页正文。实验结果表明,所提出的区域分块的HTML元素删除法很好地解决了网页正文提取中图像处理问题。