[目的]预测Pla a 1抗原的免疫原性及B细胞表位。[方法]联合运用多种方法预测Pla a 1的二级结构并预测其表面特性,如亲水性、可塑性及抗原表位。[结果]该蛋白是一个分子量约19 kDa,pI值约8.7,主要为α-螺旋的结构紧凑的球形蛋白。预测其...[目的]预测Pla a 1抗原的免疫原性及B细胞表位。[方法]联合运用多种方法预测Pla a 1的二级结构并预测其表面特性,如亲水性、可塑性及抗原表位。[结果]该蛋白是一个分子量约19 kDa,pI值约8.7,主要为α-螺旋的结构紧凑的球形蛋白。预测其亲水性区域:32-42,55-59,76-78,88-89,92-98,110-112,118-127,140-151,157-163;预测其可塑性区域:28-40,49-57,76-80,87-98,109-114,121-125,137-139,144-151,154-162;预测其蛋白质抗原表位区域:29-42,49-60,75-78,86-100,107-114,116-130,134-152,156-164;预测其转角结构区域:39-42,51,55,88-89。[结论]Pla a 1抗原蛋白具有较强的免疫原性;其主要的抗原表位集中于29-42,49-60,86-100,而这些预测结果为进一步寻求梧桐花粉变态反应的防治方法提供了依据。展开更多
为了了解血清4型Ⅰ群禽腺病毒(serotype 4 of groupⅠFowl adenovirus)分离株RZ140718(RZ株)的hexon、penton、fiber-1和fiber-2四个主要结构蛋白的遗传进化、二级结构及抗原表位等生物学信息,试验在对四个蛋白基因扩增测序基础上,应用M...为了了解血清4型Ⅰ群禽腺病毒(serotype 4 of groupⅠFowl adenovirus)分离株RZ140718(RZ株)的hexon、penton、fiber-1和fiber-2四个主要结构蛋白的遗传进化、二级结构及抗原表位等生物学信息,试验在对四个蛋白基因扩增测序基础上,应用Megalign、MEGA 5.1软件进行氨基酸序列分析并构建系统发育进化树,应用ProtParam、SignalP和SOPMA软件分析理化性质和二级结构,应用BepiPred、ABCpred、IEDB和DNAStar软件综合预测B细胞抗原表位,应用NetMHCpan4.0和NetMHCⅡpan3.2软件预测T细胞抗原表位。结果表明:从RZ株中PCR扩增出hexon、penton、fiber-1和fiber-2这四个蛋白的基因;RZ株的hexon和penton蛋白与GenBank中12个血清型参考株的同源性较高,fiber-1和fiber-2蛋白与4型和10型参考株的同源性较高;RZ株的四个蛋白与GenBank中其他4型中国分离株均位于同一分支上;四个蛋白均为酸性亲水蛋白,无信号肽,均以无规卷曲为主;从四个蛋白中分别得到22,11,11,10个潜在的线性B细胞抗原表位,4,2,4,2个潜在的CTL细胞抗原表位,2,1,1,0个潜在的Th细胞抗原表位。说明hexon蛋白具有较多的潜在优势抗原表位,可用于后续表位疫苗的开发研究。展开更多
目的对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6)VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础。方法采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,...目的对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6)VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础。方法采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位。结果该CoxA6分离株VP1基因编码305aa的多肽,分子量为33.5kDa。该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层。该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151~173aa区域内的表位分值最高为2.774。结论成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础。展开更多
文摘[目的]预测Pla a 1抗原的免疫原性及B细胞表位。[方法]联合运用多种方法预测Pla a 1的二级结构并预测其表面特性,如亲水性、可塑性及抗原表位。[结果]该蛋白是一个分子量约19 kDa,pI值约8.7,主要为α-螺旋的结构紧凑的球形蛋白。预测其亲水性区域:32-42,55-59,76-78,88-89,92-98,110-112,118-127,140-151,157-163;预测其可塑性区域:28-40,49-57,76-80,87-98,109-114,121-125,137-139,144-151,154-162;预测其蛋白质抗原表位区域:29-42,49-60,75-78,86-100,107-114,116-130,134-152,156-164;预测其转角结构区域:39-42,51,55,88-89。[结论]Pla a 1抗原蛋白具有较强的免疫原性;其主要的抗原表位集中于29-42,49-60,86-100,而这些预测结果为进一步寻求梧桐花粉变态反应的防治方法提供了依据。
文摘目的对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6)VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础。方法采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位。结果该CoxA6分离株VP1基因编码305aa的多肽,分子量为33.5kDa。该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层。该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151~173aa区域内的表位分值最高为2.774。结论成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础。
