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菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建 被引量:1
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作者 付阳云 文晓鹏 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期63-73,共11页
为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析. 展开更多
关键词 菜豆 转录组 分子标记开发 est-ssr标记 分子身份证
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基于EST-SSR分子标记的萱草亲缘关系分析
2
作者 赵玉帆 储博彦 +3 位作者 刘素素 赵丽红 李金霞 尹新彦 《天津农业科学》 CAS 2024年第2期1-4,10,共5页
萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩... 萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩增。结果显示:11对引物共获得40个多态性位点,样本平均有效等位基因数为2.58个,平均Shannon多样性指数为1.00,平均期望杂合度为0.57,平均观察杂合度为0.52;以遗传距离矩阵为分析对象,36个萱草品种间的遗传距离为0.05~0.70,利用NTSYS软件按UPGMA法聚类结果显示,遗传距离0.48为阈值时,36种萱草品种分为2个大类,遗传距离0.414为阈值时,可进一步将第1大类分为4个亚类。综上,供试的36个萱草品种之间具有较高的遗传多样性和较为丰富的遗传背景,为今后培养萱草优良新品种提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 萱草 est-ssr分子标记 亲缘关系
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Genome-Wide Analysis for Yield-Related Agronomic and Biochemical Traits of Chinese and Bangladeshi Grass Pea Genotypes Using SSR Markers
3
作者 Md.Mosiur Rahman Md.Ruhul Quddus +15 位作者 Quanle Xu Muhammad Malek Hossain Rong Liu Mengwei Li Xin Yan Guan Li Yishan Ji Chenyu Wang Ashutosh Sarker Tao Yang Xuxiao Zong Md.Monoar Hossain Saleh Alfarraj Mohammad Javed Ansari Sagar Maitra Akbar Hossain 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2024年第8期1781-1804,共24页
Grass pea(Lathyrus sativus L.)is an imperative food crop cultured in dryland agricultural ecology.It is a vital source of dietary protein to millions of populaces living in low-income countries in South-East Asia and ... Grass pea(Lathyrus sativus L.)is an imperative food crop cultured in dryland agricultural ecology.It is a vital source of dietary protein to millions of populaces living in low-income countries in South-East Asia and Africa.This study highlights the improvement of genomic properties and their application in marker-trait relationships for 17 yield-related characters in 400 grass pea genotypes from China and Bangladesh.These characters were assessed via 56 polymorphic markers using general linear model(GLM)(P+G+Q)and mixed linear model(MLM)(P+G+Q+K)in the tassel software based on the linkage disequilibrium and population structure analysis.Population structure analysis showed two major groups and one admixed group in the populace.Statistically significant loci pairs of linkage disequilibrium(LD)mean value(D′)was 0.479.A total of 99 and 61 marker-trait associations in GLM and MLM models allied to the 17 traits were accepted at a 5%level of significance.Among these markers,21 markers were associated with more than one trait;12 marker-trait associations passed the Bonferroni correction threshold.Both models found six markers C41936,C39067,C34100,C47146,C47638,and C43047 significantly associated with days to maturity,flower color,plant height,and seed per pod were detected in the Hebei and Liaoyang location(p≤0.01),and the interpretation rate(R^(2)value)11.2%to 43.6%.Conferring to the consequences,the association analysis methodology may operative system for quantitative,qualitative,and biochemical traits related to gene position mapping and support breeders in improving novel approaches for advancing the grass pea quality. 展开更多
关键词 Grass pea dryland agriculture genome-wide association yield contributing traits ssr markers
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基于EST-SSR标记的金线莲叶色突变体分子身份分析
4
作者 樊荣辉 陈艺荃 +1 位作者 钟淮钦 叶秀仙 《东南园艺》 2023年第4期281-285,共5页
【目的】为金线莲(Anoectochilus roxburghii)从DNA分子水平上探索叶色突变体的遗传差异。【方法】采用EST-SSR分子标记技术对金线莲及其2个叶色突变体进行分子鉴定。【结果】20对SSR引物共扩增出78条谱带,其中3对引物(JXL-6、JXL-14和J... 【目的】为金线莲(Anoectochilus roxburghii)从DNA分子水平上探索叶色突变体的遗传差异。【方法】采用EST-SSR分子标记技术对金线莲及其2个叶色突变体进行分子鉴定。【结果】20对SSR引物共扩增出78条谱带,其中3对引物(JXL-6、JXL-14和JXL-16)能稳定扩增出差异条带,多态性条带9条,多态性比率11.54%。【结论】获得的2个叶色突变体为金线莲突变体,叶色突变体与亲本在DNA分子水平差异较小。 展开更多
关键词 金线莲 自然突变 分子标记鉴定 ssr
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不同品种草莓花器与花粉特征变异及SSR遗传多样性研究
5
作者 忻雅 余霞奎 +1 位作者 李小白 余红 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1468-1475,共8页
草莓花器特征和花粉形态在品种之间存在一定的差异,这些差异对草莓品种的分类具有指导意义。为研究南方地区主栽的10个草莓品种花器、花粉及其与品种分类的关系,对其花部特征、花粉形态进行比较,并对13个花粉和花器性状进行相关性和主... 草莓花器特征和花粉形态在品种之间存在一定的差异,这些差异对草莓品种的分类具有指导意义。为研究南方地区主栽的10个草莓品种花器、花粉及其与品种分类的关系,对其花部特征、花粉形态进行比较,并对13个花粉和花器性状进行相关性和主成分分析,同时进行了品种间简单重复序列(SSR)标记遗传多样性分析。花器特征显示,甜查理的花瓣长、花瓣宽和花萼宽的特征值显著高于其他9个品种,其次是宁玉和妙香7号,红颊、红玉和越心的花瓣长、花瓣宽、花冠径则明显低于其他品种。红颊、白雪公主、妙香7号和宁玉在极轴长、花粉大小、花粉形状、萌发沟长等花粉特性上高于其他品种。主成分分析结果显示,4个主成分累积贡献率为85.96%,其中花瓣长、花瓣宽和花萼宽的大小特征在第1主成分中具有较大载荷值。SSR分析结果显示,10个草莓栽培品种间的相似系数范围为0.47~0.85,在相似系数0.65处10个草莓品种分为两大类,红颊、章姬、红玉、粉玉1号、越心、白雪公主6个品种聚为一类,甜查理、越秀、妙香7号、宁玉4个品种聚为一类。结合草莓花器特征、花粉特性及其主成分分析与SSR标记聚类结果和系谱情况,花粉形态特性在草莓品种之间的差异不明显,花器特征的花瓣长、花瓣宽、花萼宽适用于品种分类,对指导育种亲本选择有参考意义。 展开更多
关键词 草莓 花器 花粉 ssr标记 主成分分析
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60份辣椒骨干亲本的SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建
6
作者 雷刚 陈学军 +5 位作者 周坤华 黄月琴 袁欣捷 李歌歌 方钰 方荣 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1321-1335,共15页
为解析江西省辣椒育种骨干亲本材料的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,本研究利用毛细管电泳和SSR分子标记技术对江西60份辣椒种质材料进行位点检测。结果表明,49对SSR引物共检测到202个等位基因,平均4.122个,平均有效等位基因为2.172个... 为解析江西省辣椒育种骨干亲本材料的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,本研究利用毛细管电泳和SSR分子标记技术对江西60份辣椒种质材料进行位点检测。结果表明,49对SSR引物共检测到202个等位基因,平均4.122个,平均有效等位基因为2.172个,平均香农信息指数为0.850,平均多态信息含量为0.414,说明60份供试材料具有较为丰富的遗传多样性;平均期望杂合度0.475大于观测杂合度0.126,表明多代自交导致材料纯合度较高。聚类分析、群体结构分析和主坐标分析结果一致,即江西辣椒育种亲本材料以南方地区和小果型尖椒材料为主,遗传背景狭窄且保持较纯的血统。此外,本研究根据多位点匹配分析确定了PM1、CAMS-855、CO911525S、PM22、Hpms E015和Hpms1214为核心引物,并利用这6对核心引物构建了60份辣椒育种亲本的指纹图谱,为江西辣椒资源的鉴定和保护提供了有力支撑,为分子辅助育种中亲本的选择提供理论依据。 展开更多
关键词 辣椒 ssr标记 遗传多样性 指纹图谱 聚类分析 遗传结构分析
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白三叶杂交F1代群体的表型鉴定及SSR分析
7
作者 汪阳 闫三博 +3 位作者 张睿 黄琳凯 张新全 聂刚 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1657-1664,共8页
早期快速鉴定白三叶(Trifolium repens L.)F1杂交子代,获取真杂种对白三叶优良品系的培育和遗传学研究具有重要的意义。本文针对两个白三叶亲本及55个杂交F1的6个表型性状进行分析,绘制聚类热图,再选用3对特异性SSR引物鉴定杂交F1代的... 早期快速鉴定白三叶(Trifolium repens L.)F1杂交子代,获取真杂种对白三叶优良品系的培育和遗传学研究具有重要的意义。本文针对两个白三叶亲本及55个杂交F1的6个表型性状进行分析,绘制聚类热图,再选用3对特异性SSR引物鉴定杂交F1代的真实性。结果表明,在聚类热图中57个株系可以根据亲本的表型性状划分为父本型和母本型。筛选出的19对SSR引物共扩增共得到清晰可辨条带281条,多态性条带137条,多态位点占比为48.41%,每个SSR位点的PIC在18.49%~43.58%之间,平均值为34.73%。其中3对特异性引物在55个杂交后代中共鉴定出53个真杂种,真杂种比率为96.36%,与UPGMA聚类分析结果基本一致。19对SSR分子标记引物具有较高的多态性,可直接用于白三叶遗传多样性分析、杂种鉴定等相关研究,鉴定到的白三叶F1代真杂种为后续育种工作奠定重要基础。 展开更多
关键词 白三叶 杂种鉴定 ssr分子标记 遗传多样性 表型分析
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浙江红花油茶×广宁红花油茶杂交子代的表型性状及其SSR分子鉴定
8
作者 周文才 田仟仟 +2 位作者 李田 黄彬 温强 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1269-1277,共9页
浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶(C.semiserrata)具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的优点,培育优良种质材料,该研究对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45个F_(1)杂... 浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶(C.semiserrata)具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的优点,培育优良种质材料,该研究对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45个F_(1)杂交子代进行表型性状分析,以掌握杂交子代的表型性状情况,同时利用SSR标记对其进行杂种真伪鉴定,并筛选可用于油茶杂交子代鉴定的SSR标记。结果表明:(1)浙江红花油茶×广宁红花油茶的F_(1)子代表现为树形高大、生长迅速且其叶脉、萼片、柱头均倾向于父本广宁红花油茶的性状,而花和叶片形态等性状与母本浙江红花油茶接近,叶片颜色与大小等特征介于双亲特征之间。(2)从32个SSR标记中筛选出了8个可区分双亲且能明确杂交子代来源的完全互补型标记,用于开展杂交子代鉴定,其中7个标记杂种鉴定效率高达100%,1个标记杂种鉴定效率为55.56%;8个标记相互补充鉴定出45个杂交子代全是真杂种。(3)8个SSR标记对杂交子代进行的鉴定能力验证表明,利用这些SSR标记鉴定油茶杂交子代是可行的。该研究结果为油茶物种间的杂交育种提供了参考,同时也为后续油茶物种间的杂交子代SSR标记鉴定提供了依据。 展开更多
关键词 红花油茶 杂交子代鉴定 ssr标记 表型性状 杂交育种
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基于SSR的云南野生猕猴桃种质资源亲缘关系分析
9
作者 王连润 万红 +4 位作者 陶磅 陈霞 李坤明 沙毓沧 丁仁展 《中国农学通报》 2024年第4期98-102,共5页
为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析。UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的... 为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析。UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的中越猕猴桃MLP001和MLP010、西畴的中越猕猴桃TSH-1和TSH-4,以及滇南屏边的中越猕猴桃PB001和PB005;类群Ⅱ共31份材料,主要包括滇东北的18份材料,滇西北的3份紫果猕猴桃TC-8、TC-1、TC-10,以及5份贡山猕猴桃CJ-11、CJ-13、CJ-7、CJ-3、CJ-2;类群Ⅲ共14份材料,主要包括滇东北的10份美味猕猴桃和中华猕猴桃系列材料,滇东的JZS-5、JZS-9及JZS-7,以及滇东南西畴的黄毛猕猴桃XPS-1;类群Ⅳ共19份材料,主要包括滇东北的16份材料,滇东南西畴的京梨猕猴桃XCFD-1及革叶猕猴桃XCFD-3,果实无被毛且果皮带斑点,果实较小,与其他类群具有较远的亲缘关系。SSR分子标记反映了云南猕猴桃属70份种质资源间的遗传亲缘关系,其中一些材料按种类、资源分布地及形态学性状特征形成明显有规律的聚类关系。 展开更多
关键词 野生猕猴桃 亲缘关系 云南 种质资源 ssr分子标记
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黄精转录组SSR分子标记开发及种质遗传多样性分析
10
作者 苏海兰 江保东 +5 位作者 朱雁鸣 郑梅霞 陈宏 丁明月 牛雨晴 朱育菁 《中国农学通报》 2024年第26期30-37,共8页
为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记,开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属... 为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记,开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属植物进行转录组测序,从60836967个Unigenes鉴定出19630个包含1~6个碱基重复类型的SSR位点,设计和筛选获得了9对SSR有效性引物,并对来源于5个省份共计31份种质资源进行鉴定与遗传多样性分析。9对SSR引物不仅能够将长梗黄精与其他3种药材黄精划分开,还能够较好地区分不同基源黄精(滇黄精、黄精、多花黄精),并且31份资源遗传相似系数范围为0.0769~0.75。此外,构建了31份黄精属种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。本研究结果为黄精属种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供了可用的分子标记以及参考依据。 展开更多
关键词 黄精 ssr 分子标记 种质资源 遗传多样性
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茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发
11
作者 王宏 聂智星 +3 位作者 杨舒桓 邵志勇 王同林 郑积荣 《北方园艺》 CAS 北大核心 2024年第21期1-8,共8页
以茄子(Solanum melongena L.)果皮样品转录组的36568条转录本为试材,采用MISA(MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索,研究SSR位点的分布频率和特征,同时利用Primer 3.0软件对检索出的SSR位点设计引物,验证引物有效性,以期为茄子的种质... 以茄子(Solanum melongena L.)果皮样品转录组的36568条转录本为试材,采用MISA(MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索,研究SSR位点的分布频率和特征,同时利用Primer 3.0软件对检索出的SSR位点设计引物,验证引物有效性,以期为茄子的种质鉴定、亲缘关系分析、分子标记辅助育种及遗传图谱构建等提供参考依据。结果表明:在转录本中共检测出9775个SSR位点,分布于6289条转录本上,平均5.49 kb存在1个SSR位点,发生频率26.73%。SSR位点特征分析显示,单核苷酸为优势重复基元类型,占SSR位点总数的47.67%;A/T基元是数量最多的重复基元,占总数的46.13%;97.91%的重复基元的重复次数在5~25,92.21%的SSR重复序列长度分布在10~30 bp。对所有SSR位点进行引物设计,共获得6619对EST-SSR引物。随机选择27对EST-SSR引物在12个茄子自交系中进行PCR扩增,引物有效性为92.59%,多态率为33.33%。 展开更多
关键词 茄子(Solanum melongena L.) 果皮转录组 ssr位点 标记开发
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基于转录组测序的枫香EST-SSR引物开发及有效性评价 被引量:4
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作者 李辉 冯源恒 +1 位作者 唐生森 杨章旗 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期327-335,共9页
枫香是广西重要的乡土树种之一,具有较高的用材、观赏及药用价值。为验证枫香SSR引物的实际应用效果,该研究基于转录组测序技术,检测枫香SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-SSR引物,并对... 枫香是广西重要的乡土树种之一,具有较高的用材、观赏及药用价值。为验证枫香SSR引物的实际应用效果,该研究基于转录组测序技术,检测枫香SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-SSR引物,并对1个枫香天然群体进行遗传多样性分析。结果表明:(1)共发掘到23777个SSR位点,单核苷酸重复类型SSR位点占总位点比例最高(46.54%),在重复次数上5~12次之间的SSR位点占比最高(72.36%)。(2)共开发出262对SSR引物,有效扩增率为53.1%,最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物18对。(3)多态性检测结果显示所有位点均具有多态性,天然群体遗传多样性结果显示该天然群体中等位基因数量(Na)、有效等位基因数量(Ne)、Shannon多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)变化范围分别为2~4、1.1128~2.6096、0.2089~1.1127和0.2759~1.0000,平均值分别为2.3333、1.9574、0.7085和0.7226。综上认为,枫香中占优势的SSR位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同,所开发的18对枫香EST-SSR引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要。该研究结果为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物,对该树种的保护、开发和利用具有重要意义。 展开更多
关键词 枫香 转录组 ssr分子标记 引物开发 遗传多样性
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基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析
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作者 张震 许彦明 +9 位作者 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 《绿色科技》 2024年第18期200-204,共5页
基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,... 基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。 展开更多
关键词 油茶 转录组测序 ssr SNP INDEL
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基于EST-SSR分子标记的广西海伦兜兰遗传多样性研究
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作者 朱舒靖 邹蓉 +4 位作者 柴胜丰 唐健民 唐凤鸾 陈泰国 韦霄 《广西科学》 CAS 北大核心 2023年第6期1060-1067,共8页
海伦兜兰(Paphiopedilum helenae)具有极高的观赏价值,为国家一级重点保护野生植物。本研究利用EST-SSR分子标记技术对广西海伦兜兰的5个居群(71个样品)的遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为该种质资源的有效保护与利用提供参考依据... 海伦兜兰(Paphiopedilum helenae)具有极高的观赏价值,为国家一级重点保护野生植物。本研究利用EST-SSR分子标记技术对广西海伦兜兰的5个居群(71个样品)的遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为该种质资源的有效保护与利用提供参考依据。结果表明:海伦兜兰具有中等遗传多样性,多态位点百分比(PPB)为90%-100%,期望杂合度(H_(e))平均值为0.451,香农信息指数(I)平均值为0.801。海伦兜兰绝大多数(93%)遗传变异存在于居群内,仅有7%遗传变异存在于居群间,居群内的遗传变异大于居群间的变异,基因流(N_(m))平均值为4.916。非加权组平均法(UPGMA)、主坐标分析(PCoA)和Structure分析结果表明,聚类并未严格按照地理位置划分,广西邦亮长臂猿国家级自然保护区靖西市(JX)和龙州县下冻镇春秀村(LZ)居群的遗传多样性较高,应作为海伦兜兰重点保护单元进行保护。 展开更多
关键词 海伦兜兰 est-ssr 分子标记 遗传多样性 遗传结构
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基于SSR分子标记吉安地区的水稻亲缘关系鉴定分析
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作者 郑卓 张天舒 +4 位作者 李华 王莉莉 吴杨 贺卫东 孙惠敏 《井冈山大学学报(自然科学版)》 2024年第1期48-53,共6页
稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。... 稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。结果表明:所选取的8份水稻样品中,其相似系数为0.65~1.00,在遗传相似系数0.65处,8份水稻样品聚为两大类群,其中5号‘赣迟A04’单独为一类,其他水稻样品聚为一类。在遗传相似系数0.80处,可划分为三大类群:第一类囊括了6种样品,表明这6个品种亲缘关系较近,其中6号‘赣早A02’与7号‘吉安早A07’疑似同一样品,3号‘井冈山迟A03’与4号‘井冈山早A05’的亲缘关系最近,而6号、7号同时与8号‘吉安迟A09’保持有最近的亲缘关系;第二类只含有2号‘迟-2’样品株;第三类则仅有5号稻株‘赣迟A04’,说明其与其他7份水稻样品的亲缘关系最远。本研究结果为杂交水稻的应用提供重要信息。 展开更多
关键词 水稻 ssr分子标记 品种鉴定 聚类分析
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川党参转录组EST-SSR位点分析 被引量:2
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作者 蒋小刚 周武先 +2 位作者 王华 由金文 张美德 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1132-1140,共9页
[目的]探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。[方法]对川党参叶片进行转录组测序,通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点,并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer3.0设计EST-SSR引物,基于不同产地的川党参种质DNA模板... [目的]探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。[方法]对川党参叶片进行转录组测序,通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点,并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer3.0设计EST-SSR引物,基于不同产地的川党参种质DNA模板,验证EST-SSR引物的扩增稳定性。[结果]从川党参转录组序列中共鉴定124179个Unigene,其中26084个Uni-gene序列包含35827个SSR位点,SSR发生频率为21.01%。这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型,从重复基元分布比例来看,单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高,为37.59%;从核苷酸重复基元平均距离来看,五核苷酸平均距离最大,为1288.54kb;从基元重复次数比例来看,重复10次的最多,有7722个,占SSR总数的21.55%。川党参转录组SSR序列长度集中在12~19bp,共19628个,频率为54.79%,SSR长度在20bp以上的潜在多态性位点有6933个,占总数的19.35%。筛选出27对扩增稳定的SSR引物,对川党参基因组DNA进行扩增,扩增片段大小范围为124~393bp。基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板,筛选了部分多态性标记,扩增条带清晰,多态性较好。此外对26084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释,这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程。[结论]川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性,挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础。 展开更多
关键词 川党参 转录组 功能注释 est-ssr 分子标记
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燕麦全基因组SSR位点鉴定及多态性标记开发 被引量:1
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作者 陈凯凌 武涛 +4 位作者 徐逸群 高佳 张美俊 李欣 贾举庆 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期120-129,共10页
【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位... 【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位点进行检索并利用EXCEL和SPSS软件对检索数据分析其分布特征。根据检索结果设计引物,在构建的F_(2)遗传群体中小规模进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证,并克隆测序其有效性与真实性。【结果】在燕麦基因组中,SSR数量众多,类型丰富。全基因组共检索到828138个SSR位点,SSR平均密度为78.16个/Mb,平均距离为12.90 kb。单、双、三核苷酸重复类型占主导优势。基元重复次数主要集中在5次和6次,A/T、AG/CT和AAC/GTT重复基元为优势基元。燕麦基因组SSR位点呈现中度多态性,长度变化范围为11-1587 bp。并由此开发设计52对多态性引物在试验材料中进行扩增验证,在构建的遗传群体中均具有多态性。【结论】在“三分三”裸燕麦参考基因组中开发SSR引物有效可行,可以用于后续进一步试验研究。 展开更多
关键词 燕麦 皮裸 ssr标记 引物开发 多态性
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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量:1
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作者 贺彩霞 李长忠 +8 位作者 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期48-56,共9页
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SS... 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 转录组 分子标记 ssr SNP INDEL
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基于SSR分子标记的枣品种鉴定及DNA分子身份证构建 被引量:1
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作者 包文慧 包杭盖 +4 位作者 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期175-185,共11页
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增... 【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。 展开更多
关键词 ssr分子标记 遗传多样性 DNA分子身份证
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基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用 被引量:1
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作者 李雪松 孙达锋 +4 位作者 刘绍雄 张俊波 岳万松 李建英 华蓉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期84-93,共10页
以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供... 以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。 展开更多
关键词 大球盖菇 基因组 ssr分子标记开发
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