结缕草属种质资源EST-SSR遗传多样性分析

本研究以43份不同来源的结缕草属种质为材料,利用表达序列标签-简单重复序列(Expressed Sequence Tag-Simple sequence repeat,EST-SSR)引物对其进行遗传多样性分析。结果表明:从125对EST-SSR引物中筛选出30对能稳定扩增、条带清晰的引物;共检测到124个标记,平均每对引物检测到4个,多态性标记有108个,多态性位点百分率为88.60%;种质间遗传相似性系数为0.530~0.864,平均为0.711;共检测到104个观察等位基因,平均每对引物检测到3个;有效等位基因数范围为0~5,平均为3;Shannon信息指数变化范围为0~1.593,平均为0.940。Nei’s基因多样性指数范围为0~0.793,平均为0.541;在遗传相似性系数为0.800时,利用非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)法将43份种质划分为4个类群,聚类结果与种质地理位置有一定的关联,但联系不紧密。本研究结果表明43份种质的遗传多样性处于上等水平,EST-SSR标记能有效地评价结缕草属种质的遗传差异,为结缕草属种质资源的鉴定评价及分子标记辅助育种提供参考依据。

菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.

木本油料植物无患子SSR特征分析及SSR-PCR反应体系构建

无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR。经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个。SSR长度范围在12~250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多。所有SSR共有435种不同重复单元。SSR不同类型重复基元频次分布在4~30次之间,主要分布在4~10频次,共有7090个SSR位点,占总频次的89.65%。SSR位点靶基因GO功能注释显示,无患子叶片转录组Unigene可分为3大类别51个小组;KEGG功能注释显示5大类别中,代谢通路占比最高为65.18%。通过对无患子SSR-PCR反应体系构建与优化,无患子SSR-PCR反应体系最佳组合为:循环次数37次、退火温度60℃、引物量2.0μL、DNA模板浓度为40 ng/μL。

锥栗优良无性系遗传多样性的EST⁃SSR分析

为促进锥栗新品种的选育、种质资源的鉴定和锥栗产业的健康发展,以福建省建瓯市栽培的22个锥栗优良无性系为研究对象,利用开发的6对多态性表达序列标签-简单重复序列(EST⁃SSR)引物对其遗传多样性进行研究,并构建指纹图谱。结果表明,22个锥栗无性系平均每对引物的等位基因数为2.667,平均有效等位基因数为2.038,平均观测杂合度为0.349,平均期望杂合度为0.447,平均Shannon信息指数为0.721,平均多态性位点数为11.500,平均多态性信息含量为0.434,表明锥栗无性系遗传多样性较高。遗传相似系数变化范围为0.754~1.000,平均值为0.856;在遗传相似性系数为0.860处,可将其划分为5个大类:第Ⅰ类仅包括HL19;第Ⅱ类包括HL5、HL6、HL8、HL21;第Ⅲ类包括HL17、HL18;第Ⅳ类包括HL12、HL13;第Ⅴ类包括HL1、HL2、HL3、HL4、HL7、HL9、HL10、HL11、HL14、HL15、HL16、HL20、HL22。利用3对多态性引物,共构建了22个锥栗无性系的指纹图谱。

基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建

以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。

EST-SSR标记在竹亚科植物纤维资源评价中的应用

开发一批用于竹亚科(Bambusoideae)植物的EST-SSR分子标记,利用其判定样本亲缘关系,结合已有的纤维原料竹种的开发研究数据,给出竹亚科植物纤维资源评价方法与筛选建议。从纤维原料竹种毛竹(Phyllostachys edulis)和早竹(Phyllostachys violascens)转录组中挖掘EST-SSR位点并设计引物,利用PCR-PAGE对50对候选引物进行筛选验证。使用生物信息学软件对条带迁移信息进行处理,得到17份竹样本的亲缘关系。比对近缘种在文献中的竹纤维数据,得出竹亚科植物纤维资源评价方法和筛选建议。结果表明,筛选出14对高通用性和多态性引物;有6对竹样本有较近的亲缘关系,且亲缘关系较近的品种,其竹纤维性能也较为相似。得出结论,在开发竹亚科植物纤维原料新品种时,可以从备选品种中,优先考虑纤维性能优良的品种的近缘种。

基于EST-SSR分子标记的萱草亲缘关系分析

萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩增。结果显示:11对引物共获得40个多态性位点,样本平均有效等位基因数为2.58个,平均Shannon多样性指数为1.00,平均期望杂合度为0.57,平均观察杂合度为0.52;以遗传距离矩阵为分析对象,36个萱草品种间的遗传距离为0.05~0.70,利用NTSYS软件按UPGMA法聚类结果显示,遗传距离0.48为阈值时,36种萱草品种分为2个大类,遗传距离0.414为阈值时,可进一步将第1大类分为4个亚类。综上,供试的36个萱草品种之间具有较高的遗传多样性和较为丰富的遗传背景,为今后培养萱草优良新品种提供了一定的理论依据。

黍稷高基元EST-SSR标记开发及200份核心种质资源遗传多样性分析

为搞清黍稷核心种质资源的遗传背景,开发新的高基元EST-SSR标记用以评估国内不同生态区资源的遗传多样性,为加快黍稷育种进程和挖掘优异种质提供依据。本研究基于转录组测序开发了200个高基元EST-SSR标记并进行多态性筛选,利用筛选到的多态性标记评价200份黍稷核心种质资源的遗传多样性。结果表明,200个标记在6份地理来源差异显著的黍稷材料中有52个呈多态性,开发效率为26%,其中四、五和六碱基重复多态性标记分别为17个(32.7%)、17个(32.7%)和18个(34.6%)。利用52个高基元EST-SSR多态性标记对200份核心资源进行检测,共得到129个观测等位变异,每个位点检测到2~3个;Shannon多样性指数为0.3093~1.0910,平均为0.7277;多态性信息含量为0.1948~0.8211,平均为0.5104。基于UPGMA将200份资源划分为6个群组。基于Structure的遗传结构(K=7)将资源划分为7个类群,黍稷资源主要来自4个(东北地区、华北地区、黄土高原和北方地区)基因库。基于主成分分析将材料聚为6个类群,与其地理来源一致。构建了52个四–六碱基重复EST-SSR标记,开发率为26%;用其分析材料的遗传差异发现黍稷地方核心种质遗传多样性较为丰富。

大麻EST-SSR遗传结构分析及指纹图谱构建

大麻是一年生草本植物,一种多用途、可持续的作物。迄今为止,关于大麻遗传结构的研究还很少。本研究通过EST-SSR分子标记分析大麻的遗传多样性和种群结构。结果表明,20对引物共扩增出113个清晰条带,其中113个(100%)是多态性的;共检测到232个等位基因,平均每对引物检测到4.0176个等位基因;观测杂合度(Ho)平均为0.7102,期望杂合度(He)平均为0.6935;200个个体香农信息指数介于0.7204~2.4625之间,平均值为1.5368;多态信息含量(PIC)变化范围为0.3519~0.8801,平均为0.6558;平均基因流(Nm)平均值为13.6525。基于种群遗传结构、主成分分析和未加权的算术平均对组法(UPGMA)分析,将大麻材料聚类为3组。不同聚类方法之间结果相似,但3种模型的少数个体植株分布不同。聚类结果、基因多样性和遗传相似系数表明,大麻个体总体亲缘关系较为密切。同时用5对核心引物能够区分参试种质,并为每份种质构建了指纹图谱。研究结果为今后的大麻育种、遗传改良和核心种质资源收集提供了参考。

基于EST-SSR标记的60份苇状羊茅遗传多样性分析

苇状羊茅(Festuca arundinacea Schred)是多年生冷季型禾草,作为草坪草、牧草、生态修复草种在温带有着广泛的应用。本研究以60份不同来源的苇状羊茅种质为材料,利用表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)引物对其进行遗传多样性分析,对其构建指纹图谱,对种质资源进行鉴定与评价。结果表明:20对EST-SSR引物共扩增出173条带,多态性条带163条,多态性位点百分率94.220%;所有引物均可识别种质,不同的引物组合可以区分60份种质;聚类结果与地理区划有一定的关联,但不明显;60份参试材料最佳亚群数为3。研究结果表明:60份种质的遗传多样性处于中等水平;SSR标记可以有效地鉴定苇状羊茅种质并评价其遗传差异,为苇状羊茅核心种质的构建、新品种的选育奠定基础。

水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发

为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得128939个Unigene,其总长度、平均长度和GC含量分别是55082725、1101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较,分别有102123个(NR,79.20%)、110157个(NT,85.43%)、70203个(SwissProt,54.45%)、73539个(KOG,57.03%)、77646个(KEGG,60.22%)、77442个(GO,60.06%)以及68216个(Pfam,52.91%)Unigene获得功能注释。发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用。(2)从辣椒转录组数据中发掘到26574个SSR位点分布在24889个Unigene中。SSR的出现频率为20.61%,其中单核苷酸重复所占比例(37.26%)最高,其次是三核苷酸(31.00%)和二核苷酸(25.44%)重复类型,三者占EST-SSR总数的93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA,其次是AT和TA;三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT。(3)用Primer 3在线工具设计了10002对EST-SSR引物,随机选择30对引物进行PCR扩增,均可获得有效扩增。对3份辣椒材料进行扩增,其中7对引物可以扩增出目标条带。综上所述,在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近,并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制,开发了EST-SSR标记,为辣椒耐涝遗传育种提供了参考。

基于EST-SSR分子标记的广西海伦兜兰遗传多样性研究

海伦兜兰(Paphiopedilum helenae)具有极高的观赏价值,为国家一级重点保护野生植物。本研究利用EST-SSR分子标记技术对广西海伦兜兰的5个居群(71个样品)的遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为该种质资源的有效保护与利用提供参考依据。结果表明:海伦兜兰具有中等遗传多样性,多态位点百分比(PPB)为90%-100%,期望杂合度(H_(e))平均值为0.451,香农信息指数(I)平均值为0.801。海伦兜兰绝大多数(93%)遗传变异存在于居群内,仅有7%遗传变异存在于居群间,居群内的遗传变异大于居群间的变异,基因流(N_(m))平均值为4.916。非加权组平均法(UPGMA)、主坐标分析(PCoA)和Structure分析结果表明,聚类并未严格按照地理位置划分,广西邦亮长臂猿国家级自然保护区靖西市(JX)和龙州县下冻镇春秀村(LZ)居群的遗传多样性较高,应作为海伦兜兰重点保护单元进行保护。

绵羊EST-SSR分子标记的鉴定及特异性分析

通过SSR Finder软件及MISA技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PCR扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型。结果显示,通过EST-SSR标记设计的荧光引物p2105.1:248-559、p2025.1:896-1059和p2104.1:704-1015在宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉中具有良好特异性,可实现3个绵羊品种的区分。通过EST-SSR标记技术可准确判断3个纯种绵羊肉的品种,这对绵羊遗传资源的开发利用、品种鉴别以及丰富分子标记类型具有重要的意义。

基于SSR的广西同色兜兰和带叶兜兰遗传多样性分析

评估四季开花型同色兜兰(Paphiopedilum concolor)和春季开花型带叶兜兰(P.hirsutissimum)的遗传多样性和种群结构,探究不同开花习性兜兰属物种间的遗传分化,为兜兰的可持续利用和野生资源保护提供理论依据。本研究利用10个多态性EST-SSR位点对12个同色兜兰和带叶兜兰种群的231个个体分型,开展遗传多样性、瓶颈效应、系统发育、遗传结构、遗传分化、距离隔离和环境隔离分析。结果表明,同色兜兰种群的大多数遗传多样性指标都显著(P<0.05)低于带叶兜兰;分子方差分析(AMOVA)结果显示,两者来自种群间的变异都较少,且带叶兜兰来自个体内的遗传变异高于同色兜兰。在同色兜兰的两个种群中检测到显著(P<0.05)瓶颈效应,而在带叶兜兰全部种群中均未检测到。群体水平的非加权平均(UPGMA)树和个体水平的邻接(NJ)树均显示同色兜兰和带叶兜兰间系统发育关系相对较近,并各自聚为一支。主坐标分析(PCoA)和Structure分析结果均支持系统发育分析结果。此外,遗传分化系数(F_(ST))证实两个物种间的种群分化已达到较高水平。狭窄的自然分布和过去的种群瓶颈可能导致了同色兜兰的部分遗传多样性丧失。地理隔离是驱动同色兜兰和带叶兜兰种群遗传分化的主要因素,而环境隔离的作用较小。

川党参转录组EST-SSR位点分析

[目的]探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。[方法]对川党参叶片进行转录组测序,通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点,并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer3.0设计EST-SSR引物,基于不同产地的川党参种质DNA模板,验证EST-SSR引物的扩增稳定性。[结果]从川党参转录组序列中共鉴定124179个Unigene,其中26084个Uni-gene序列包含35827个SSR位点,SSR发生频率为21.01%。这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型,从重复基元分布比例来看,单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高,为37.59%;从核苷酸重复基元平均距离来看,五核苷酸平均距离最大,为1288.54kb;从基元重复次数比例来看,重复10次的最多,有7722个,占SSR总数的21.55%。川党参转录组SSR序列长度集中在12~19bp,共19628个,频率为54.79%,SSR长度在20bp以上的潜在多态性位点有6933个,占总数的19.35%。筛选出27对扩增稳定的SSR引物,对川党参基因组DNA进行扩增,扩增片段大小范围为124~393bp。基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板,筛选了部分多态性标记,扩增条带清晰,多态性较好。此外对26084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释,这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程。[结论]川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性,挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础。

基于转录组数据的芦笋EST-SSR标记的开发及通用性分析

【目的】明确芦笋转录组中SSR位点的分布规律,开发高信息量的EST-SSR标记并分析通用性,为天门冬属植物系统进化分析、功能基因挖掘及分子标记辅助育种提供工具。【方法】以笔者课题组前期获得的15个芦笋根系RNA-seq数据为基础,采用MISA软件检索SSR位点、Primer 3.0软件批量设计引物及TB-tools软件批量e-PCR与Primer-blast程序逐一e-PCR相结合的方法剔除非有效引物。通过与基因组序列比对,获取标记所属基因ID、物理位置、潜在功能等信息。随机合成引物50对,以9份芦笋、7份天门冬、5份文竹和3份蓬莱松种质为材料,检测引物有效性、多态性和通用性。【结果】共检索出SSR位点36590个,分布于30229条Unigene,发生频率为4.78%,平均间距为9.17 kb。SSR位点非均匀分布于10条染色体,7号染色体数量最多(4642个),3号染色体密度最高(37.86 SSR/Mb)。SRR位点从单核苷酸至六核苷酸均有分布,以三核苷酸(46.92%)类型最丰富,AG/CT(16.58%)基序最具优势。成功设计EST-SSR引物19695对,经e-PCR检测共剔除非有效引物15147对,其中,3085对无扩增产物、10102对扩增产物条带大小与预期严重不符、1289对物理位置未知、402对存在与目的条带大小相似的其他扩增产物、269对扩增产物无SSR序列。以位于基因区域的2517个EST-SSR标记为基础,构建染色体密度分布图,总覆盖长度1125.51 Mb,平均图距447.16 kb,潜在功能涉及产量、品质及抗逆性等多方面。随机合成的50对引物均可扩增出清晰目标条带,其中36对具有多态性,平均多态性信息含量为0.330,在天门冬、文竹和蓬莱松中的通用性分别达到100.00%、92.00%和88.00%。基于EST-SSR鉴定结果的聚类分析,可将24份材料分为芦笋、天门冬、文竹和蓬莱松4类,与植物学分类完全一致。【结论】成功开发出高信息量的芦笋EST-SSR标记2517个,有效扩增率100%,总覆盖长度1125.51 Mb,平均图距447.16 kb,可用于芦笋及其近缘物种的系统进化分析。同时,可为其他物种的EST-SSR标记开发提供借鉴。

美洲鲥脑转录组多态性EST-SSR的规模化开发与利用

【目的】挖掘美洲鲥脑组织转录组数据中的EST-SSR,规模化开发多态性较好的EST-SSR,为美洲鲥种质资源评估提供分子标记。【方法】采集2龄美洲鲥雌雄个体(各3尾)的脑组织,提取其RNA,构建cDNA文库,进行高通量转录组测序。用MISA软件进行脑组织转录组EST-SSR挖掘和特征分析,利用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSR。从获得的多态性位点中随机选取20对4核苷酸重复的EST-SSR设计引物,对24尾1龄美洲鲥进行遗传多样性评估,验证这些多态性EST-SSR的应用效果。【结果】从雌性美洲鲥脑组织转录组189 428个非冗余基因中鉴定到117 751个EST-SSR,从雄性美洲鲥脑组织转录组185 419个非冗余基因中鉴定到114 809个EST-SSR。美洲鲥雌雄个体脑组织转录组中不同类型微卫星的重复基序均具有不同的数量分布特征,其中2核苷酸重复基序数量最多,分别占EST-SSR总数的72.78%和73.60%,而单核苷酸、3核苷酸、4核苷酸、5核苷酸和6核苷酸重复的EST-SSR数量随着重复碱基数量的增加而呈逐级减少趋势;不同EST-SSR重复类型的优势重复基序亦有所不同,单核苷酸重复、2核苷酸重复和3核苷酸重复基序的优势基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT。从7 671个雌雄美洲鲥脑组织转录组共有EST-SSR中成功鉴定到1 726个多态性EST-SSR,其中鉴定自单核苷酸重复、2核苷酸重复、3核苷酸重复的多态性EST-SSR分别有705,827和116个。20个4核苷酸重复的EST-SSR中,有17个位点多态性较好,其检测1龄美洲鲥的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均值分别为0.498,0.620和0.561,表明本单位科研基地的美洲鲥养殖群体历经数年的人工养殖,仍然具有相对较高的遗传多样性。【结论】基于美洲鲥脑组织转录组数据规模化开发了多态性EST-SSR,这些位点可用于美洲鲥养殖群体的遗传多样性评估及分子标记辅助遗传育种。

雪胆属转录组的EST-SSR分子标记开发

[目的]开发雪胆属表达序列标签简单重复序列(SSR)分子标记。[方法]对雪胆属肉花雪胆和母猪雪胆2个种进行转录组测序,检测SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性,并分析种间和种内遗传多样性。[结果]从200对引物中筛选出6对具有高多态性的引物,每对引物检测到的等位基因数5~8个,平均值6.3333个。有效等位基因(Ne)为2.4807~4.9828个,平均值3.7608个。多态信息含量(PIC)为0.5495~0.7583,平均值0.6729。遗传多样性分析显示,种间和种内居群均存在明显的遗传分化。[结论]该研究开发的EST-SSR引物具有丰富的多态性,为雪胆属植物的遗传多样性研究提供参考依据。

两种软珊瑚EST-SSR通用性引物的研发

基于短指软珊瑚(Sinularia ceramensis)和花环肉质软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)转录组数据,比较了上述两种软珊瑚转录组SSR序列的差异。利用合成的100条EST-SSR引物和4属11种30株软珊瑚样本进行通用性筛选。研究表明,在短指软珊瑚和花环肉质软珊瑚转录组数据中分别检测到2914个和2335个微卫星,两种软珊瑚最多的重复类型均为三核苷酸序列重复,优势重复基元均为TA/AT。筛选出8对扩增稳定的EST-SSR引物,Sinularia属和Sarcophyton属的扩增率分别为87.50%和96.43%,Aldersladum属的扩增率为56.25%,Lobophytum属的扩增率为37.50%。这8对种属间通用性较好的EST-SSR标签序列能为今后软珊瑚多样性研究提供借鉴。

两种溪黄草转录组的构建及比较分析

中药溪黄草药用成分复杂多样,有效成分尚不明确,且分子水平相关研究十分薄弱。因此,构建溪黄草转录组数据库,以生物信息学手段进行分析,可为中药溪黄草药物的研究开发利用奠定基础。本研究利用高通量测序平台Illumina构建了两种常用溪黄草基源植物溪黄草和线纹香茶菜的转录组数据库,并进行了比较分析。两种溪黄草分别获得了144650个和103221个Contigs,N50值分别为1400 bp和1516 bp。这些Contigs聚集成107777个和68220个Unigenes,其功能注释分析以鉴定有效药物成分的基因为主。整个转录组数据中分别有14138个和11756个EST-SSR基因序列。本研究不仅快速地解读了溪黄草整体的基因组信息,还为挖掘相关的功能基因、阐明活性成分的生物合成及其调控机制、评估种质资源和发现隐藏的药用部位提供重要的科学依据。