Based on the major gene and polygene mixed inheritance model for multiple correlated quantitative traits, the authors proposed a new joint segregation analysis method of major gene controlling multiple correlated quan...Based on the major gene and polygene mixed inheritance model for multiple correlated quantitative traits, the authors proposed a new joint segregation analysis method of major gene controlling multiple correlated quantitative traits, which include major gene detection and its effect and variation estimation. The effect and variation of major gene are estimated by the maximum likelihood method implemented via expectation-maximization （EM） algorithm. Major gene is tested with the likelihood ratio （LR） test statistic. Extensive simulation studies showed that joint analysis not only increases the statistical power of major gene detection but also improves the precision and accuracy of major gene effect estimates. An example of the plant height and the number of tiller of F2 population in rice cross Duonieai x Zhonghua 11 was used in the illustration. The results indicated that the genetic difference of these two traits in this cross refers to only one pleiotropic major gene. The additive effect and dominance effect of the major gene are estimated as -21.3 and 40.6 cm on plant height, and 22.7 and -25.3 on number of tiller, respectively. The major gene shows overdominance for plant height and close to complete dominance for number of tillers.展开更多
基因组靶向定位诱导损伤技术(Targeting Induced Local Lesions In Genomes,TILLING)是在化学诱变和PCR定向筛选基础上发展起来的检测点突变的反向遗传学研究方法,在多种重要农作物上都有应用。本研究使用化学诱变剂甲基磺酸乙酯(Ethyl ...基因组靶向定位诱导损伤技术(Targeting Induced Local Lesions In Genomes,TILLING)是在化学诱变和PCR定向筛选基础上发展起来的检测点突变的反向遗传学研究方法,在多种重要农作物上都有应用。本研究使用化学诱变剂甲基磺酸乙酯(Ethyl methane sulfonate,EMS)处理大麦品种‘Tamalpais’,获得了2154个M2株系,同时开发了基于芹菜内切酶CEL I(celery juice extract)的酶切筛选体系。针对植物水杨酸抗病途径相关的两个重要基因EDR1和NPR1,检测到5个M2突变株系。序列分析表明,2个突变发生在内含子、1个NPR1基因的同义突变、2个EDR1基因的错义突变(His351Tyr和Pro556Ser)。本项研究为麦类作物反向遗传学研究奠定了基础。展开更多
生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并...生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并下载子宫内膜异位症相关转录物组数据集,并对其进行GEO在线分析,筛选差异表达基因并进行GO聚类和KEGG通路富集分析。利用10例无内异症且无明确疾病妇女的在位子宫内膜,以及11例卵巢巧克力囊肿病人异位子宫内膜,对3个以上数据集共有的差异基因的mRNA水平进行实时荧光定量PCR验证。在子宫内膜异位症临床样本中,采用免疫组化、实时荧光定量PCR验证关键调控因子GAS6及上皮间充质转化(epithelial mesenchymal transition, EMT)标记基因的表达水平,并利用免疫荧光对GAS6和E-钙黏着蛋白(E-cadherin)进行共标。研究发现:从4个转录物组数据集中共筛选出47个差异表达基因,其主要富集于细胞迁移等过程以及MAPK、PI3K-AKT、紧密连接等相关信号通路。3个以上数据集所共有的9个差异基因在子宫内膜异位症病人中的mRNA水平均符合生物信息学分析的结果。GAS6在子宫内膜异位症病人异位内膜中的表达水平高于对照组(P<0.05),并且子宫内膜异位症病人的内膜组织中存在EMT现象,EMT的标志物E-钙黏着蛋白表达水平下调(P<0.05)、波形蛋白(vimentin)表达水平上调(P<0.01)。在GAS6高表达的子宫内膜异位症患者异位子宫内膜腺上皮细胞中,E-cadherin显示低表达,提示GAS6可能在子宫内膜异位症中介导EMT过程。综上所述,本研究初步揭示GAS6在子宫内膜异位症病人中高表达,及其可能介导EMT过程参与子宫内膜异位症的发生与发展,为子宫内膜异位症的临床治疗提供潜在靶标。展开更多
一个微阵列数据集包含了成千上万的基因、相对少量的样本,而在这成千上万的基因中,只有一少部分基因对肿瘤分类是有贡献的,因此,对于肿瘤分类来说,最重要的一个问题就是识别选择出对肿瘤分类最有贡献的基因。为了能有效地进行微阵列基...一个微阵列数据集包含了成千上万的基因、相对少量的样本,而在这成千上万的基因中,只有一少部分基因对肿瘤分类是有贡献的,因此,对于肿瘤分类来说,最重要的一个问题就是识别选择出对肿瘤分类最有贡献的基因。为了能有效地进行微阵列基因选择,提出用一个边缘分布模型(marginal distribution model,MDM)来描述微阵列数据。该模型不仅能区分基因是否在两样本中差异表达,而且能区分出基因在哪一类样本中表达,从而选择出的基因更具有生物学意义。模拟数据及真实微阵列数据集上的实验结果表明,该方法能有效地进行微阵列基因选择。展开更多
基金This research was supported by the National Natural Science Foundation of China to Xu Chenwu （39900080, 30270724 and 30370758）.
文摘Based on the major gene and polygene mixed inheritance model for multiple correlated quantitative traits, the authors proposed a new joint segregation analysis method of major gene controlling multiple correlated quantitative traits, which include major gene detection and its effect and variation estimation. The effect and variation of major gene are estimated by the maximum likelihood method implemented via expectation-maximization （EM） algorithm. Major gene is tested with the likelihood ratio （LR） test statistic. Extensive simulation studies showed that joint analysis not only increases the statistical power of major gene detection but also improves the precision and accuracy of major gene effect estimates. An example of the plant height and the number of tiller of F2 population in rice cross Duonieai x Zhonghua 11 was used in the illustration. The results indicated that the genetic difference of these two traits in this cross refers to only one pleiotropic major gene. The additive effect and dominance effect of the major gene are estimated as -21.3 and 40.6 cm on plant height, and 22.7 and -25.3 on number of tiller, respectively. The major gene shows overdominance for plant height and close to complete dominance for number of tillers.
文摘基因组靶向定位诱导损伤技术(Targeting Induced Local Lesions In Genomes,TILLING)是在化学诱变和PCR定向筛选基础上发展起来的检测点突变的反向遗传学研究方法,在多种重要农作物上都有应用。本研究使用化学诱变剂甲基磺酸乙酯(Ethyl methane sulfonate,EMS)处理大麦品种‘Tamalpais’,获得了2154个M2株系,同时开发了基于芹菜内切酶CEL I(celery juice extract)的酶切筛选体系。针对植物水杨酸抗病途径相关的两个重要基因EDR1和NPR1,检测到5个M2突变株系。序列分析表明,2个突变发生在内含子、1个NPR1基因的同义突变、2个EDR1基因的错义突变(His351Tyr和Pro556Ser)。本项研究为麦类作物反向遗传学研究奠定了基础。
文摘生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并下载子宫内膜异位症相关转录物组数据集,并对其进行GEO在线分析,筛选差异表达基因并进行GO聚类和KEGG通路富集分析。利用10例无内异症且无明确疾病妇女的在位子宫内膜,以及11例卵巢巧克力囊肿病人异位子宫内膜,对3个以上数据集共有的差异基因的mRNA水平进行实时荧光定量PCR验证。在子宫内膜异位症临床样本中,采用免疫组化、实时荧光定量PCR验证关键调控因子GAS6及上皮间充质转化(epithelial mesenchymal transition, EMT)标记基因的表达水平,并利用免疫荧光对GAS6和E-钙黏着蛋白(E-cadherin)进行共标。研究发现:从4个转录物组数据集中共筛选出47个差异表达基因,其主要富集于细胞迁移等过程以及MAPK、PI3K-AKT、紧密连接等相关信号通路。3个以上数据集所共有的9个差异基因在子宫内膜异位症病人中的mRNA水平均符合生物信息学分析的结果。GAS6在子宫内膜异位症病人异位内膜中的表达水平高于对照组(P<0.05),并且子宫内膜异位症病人的内膜组织中存在EMT现象,EMT的标志物E-钙黏着蛋白表达水平下调(P<0.05)、波形蛋白(vimentin)表达水平上调(P<0.01)。在GAS6高表达的子宫内膜异位症患者异位子宫内膜腺上皮细胞中,E-cadherin显示低表达,提示GAS6可能在子宫内膜异位症中介导EMT过程。综上所述,本研究初步揭示GAS6在子宫内膜异位症病人中高表达,及其可能介导EMT过程参与子宫内膜异位症的发生与发展,为子宫内膜异位症的临床治疗提供潜在靶标。
文摘一个微阵列数据集包含了成千上万的基因、相对少量的样本,而在这成千上万的基因中,只有一少部分基因对肿瘤分类是有贡献的,因此,对于肿瘤分类来说,最重要的一个问题就是识别选择出对肿瘤分类最有贡献的基因。为了能有效地进行微阵列基因选择,提出用一个边缘分布模型(marginal distribution model,MDM)来描述微阵列数据。该模型不仅能区分基因是否在两样本中差异表达,而且能区分出基因在哪一类样本中表达,从而选择出的基因更具有生物学意义。模拟数据及真实微阵列数据集上的实验结果表明,该方法能有效地进行微阵列基因选择。
