拟穴青蟹(CA)_n微卫星DNA多态性引物筛选

利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)技术建立拟穴青蟹Scylla paramamosain基因组文库,并与生物素标记的(CA)15寡核苷酸探针杂交,联合磁珠富集法构建拟穴青蟹微卫星富集文库。测序194个阳性菌落,分析其中的150条序列,结果表明:两碱基重复类型占90%以上,其中重复拷贝数在30以上的占27.45%;含微卫星座位189个,其中完美型146个、非完美型28个和复合型15个。设计125对引物扩增一个拟穴青蟹野生群体(含20个个体),其中的19对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度。遗传变异分析表明,17个位点表现出高度多态性,16个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),4组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0026,经Bonferroni法校正),7个微卫星位点可能存在无效等位基因。若排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIC(polymorphism information content)值在0.5以下的引物对,则13对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。

薇菜SSR分子标记的开发及遗传多样性初步探讨

利用改良FIASCO法（Fast Isolation by AFLP Sequences COntaining repeats）开发出的9对多态性SSR引物评价了薇菜（Osmunda japonica Thunb.）2个野生居群（庐山和恩施）、1个栽培居群（恩施）的遗传多样性和遗传分化水平。结果显示,9个SSR标记在3个薇菜居群中共检测到47个等位基因,每个SSR位点的平均等位基因数为5.222个,观测杂合度和期望杂合度分别为0.000~0.944和0.577~0.834,香农指数为0.962~1.860,表明各SSR位点多态性较高;各居群的平均期望杂合度均大于平均观测杂合度且种内近交系数均为正值,说明3个薇菜居群中都存在非随机交配现象;对各居群的相关遗传多样性参数分析表明,恩施野生居群遗传多样性最高,而其栽培居群最低;庐山野生居群与恩施野生居群间遗传分化系数为0.092,说明两地野生薇菜居群的遗传分化程度较低,AMOVA分析也表明遗传变异主要存在于野生居群内部。

海洋产毒甲藻——塔玛亚历山大藻(Alexandrium tarmarense)基因组DNA微卫星位点分离

采用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats site)方法富集、分离海洋产毒甲藻——塔玛亚历山大藻基因组DNA微卫星位点。结果发现,测序分析的22个克隆中全部含有微卫星位点,插入片段大小为175-687 bp,微卫星DNA的重复数最低4次,最高27次,平均11次;在全部的39个微卫星位点中,其中25个属于完美重复型,13个不完美重复型,1个复合型。为塔玛亚历山大藻系统进化生物学、分子生态学研究提供了很好的标记位点。