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Population and genetic diversity of Tibetan red deer based on fecal DNA 被引量:7
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作者 Hejiao Hu Bo Xing +3 位作者 Miao Yang Hamenya Mpemba Zhonghai Lv Minghai Zhang 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2018年第1期227-232,共6页
The Tibet Shannan Red Deer Nature Reserve is the center of the geographic distribution of Tibetan red deer. This paper presents the results of DNA analysis of 199 red deer fecal pellet groups collected during 2013 and... The Tibet Shannan Red Deer Nature Reserve is the center of the geographic distribution of Tibetan red deer. This paper presents the results of DNA analysis of 199 red deer fecal pellet groups collected during 2013 and 2014 during the green-plant period. We successfully extracted DNA from 87 DNA pellet groups and determined individual identification with 12 microsatellite loci. We evaluated the genetic diversity of the population and various population estimates with Capwire in R software. The87 successfully extracted pellet groups were from 50 individuals. In the population, the average number of alleles was 7.58 ± 0.18, the average effective number of alleles was 4.58 ± 0.15, and average polymorphism information content was 0.67 ± 0.01. Among the 12 loci,only T123 was moderately polymorphic; the other 11 loci were highly polymorphic. Expected heterozygosity ranged from 0.45 to 0.91, with an average of 0.72 ± 0.01, and average observed heterozygosity was 0.52 ± 0.11.Although Tibetan red deer remains endangered, the high genetic diversity indicates that this population has a good chance of recovery. This study provided insight that could be used by the local forestry department to develop programs to protect Tibetan red deer. 展开更多
关键词 fecal dna Individual identification POPULATION Tibetan red deer
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Fecal DNA testing for colorectal cancer screening:molecular targets and perspectives 被引量:3
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作者 Amaninder Dhaliwal Panagiotis J Vlachostergios +1 位作者 Katerina G Oikonomou Yitzchak Moshenyat 《World Journal of Gastrointestinal Oncology》 CAS 2015年第10期178-183,共6页
The early detection of colorectal cancer with effective screening is essential for reduction of cancer-specific mortality. The addition of fecal DNA testing in the armamentarium of screening methods already in clinica... The early detection of colorectal cancer with effective screening is essential for reduction of cancer-specific mortality. The addition of fecal DNA testing in the armamentarium of screening methods already in clinical use launches a new era in the noninvasive part of colorectal cancer screening and emanates from a large number of previous and ongoing clinical investigations and technological advancements. In this review, we discuss the molecular rational and most important genetic alterations hallmarking the early colorectal carcinogenesis process. Also, representative DNA targets-markers and key aspects of their testing at the clinical level in comparison or/and association with other screening methods are described. Finally, a critical view of the strengths and limitations of fecal DNA tests is provided, along with anticipated barriers and suggestions for further exploitation of their use. 展开更多
关键词 Colorectal cancer SCREENING fecal dna Cologuard^(■) ADENOMA
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基于多靶点粪便FIT-DNA联合检测技术的结直肠癌早筛应用研究
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作者 王杰 侯明星 +4 位作者 程海东 刘永强 苗杰 李淑雯 陈璐 《肿瘤防治研究》 CAS 2024年第7期578-582,共5页
目的评价多靶点粪便FIT-DNA联合检测技术在结直肠癌早期筛查中的效果并进一步分析其应用前景。方法选取内蒙古医科大学附属医院就诊人群,每位受试者分别行血清肿瘤标志物检测、多靶点粪便FIT-DNA联合检测、肠镜检查,以接受多靶点粪便FIT... 目的评价多靶点粪便FIT-DNA联合检测技术在结直肠癌早期筛查中的效果并进一步分析其应用前景。方法选取内蒙古医科大学附属医院就诊人群,每位受试者分别行血清肿瘤标志物检测、多靶点粪便FIT-DNA联合检测、肠镜检查,以接受多靶点粪便FIT-DNA联合检测人群为实验组,以接受肠镜检查及血清肿瘤标志物检测人群为对照组,以病理结果为金标准,评价新型粪便分子检测技术对于结直肠癌筛查的效果,对筛出的阳性人群给予及时干预。结果共分析了115例患者。血清肿瘤标志物检测敏感度63.2%(43/68),特异度74.5%(35/47);肠镜检查敏感度97.1%(66/68),特异度80.7%(38/47);而多靶点粪便FIT-DNA联合检测敏感度89.7%(61/68),特异度87.2%(41/47)。多靶点粪便FIT-DNA联合检测敏感度、特异度等均优于血清肿瘤标志物检测,敏感度虽低于肠镜检查,但相较肠镜检查操作简单,可居家自测。 展开更多
关键词 多靶点粪便FIT-dna联合检测 血清肿瘤标志物 结直肠癌 早筛 肠镜检查
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某社区体检人群多靶点粪便FIT-DNA筛查结直肠癌的效果分析
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作者 陆艳红 张晗 +2 位作者 赵燕萍 谢秋霞 张超彦 《健康体检与管理》 2024年第1期19-22,93,共5页
目的:分析2019年5月至2020年11月北京市东高地社区35~74岁体检人群结直肠癌筛查结果,为结直肠癌早期筛查模式提供一些参考。方法:采用多靶点粪便FIT-DNA联合检测技术检查,阳性人群全结肠镜检查。结果:1963人完成检测,FIT-DNA阳性率14.0%... 目的:分析2019年5月至2020年11月北京市东高地社区35~74岁体检人群结直肠癌筛查结果,为结直肠癌早期筛查模式提供一些参考。方法:采用多靶点粪便FIT-DNA联合检测技术检查,阳性人群全结肠镜检查。结果:1963人完成检测,FIT-DNA阳性率14.0%(275/1963),随年龄增长呈增高趋势(χ2=17.990,P=0.000);70~74岁男性阳性率(27.5%)高于同龄女性(15.3%),其他年龄组无性别差异(P<0.000);高血压、糖尿病、经常吸烟、经常饮酒、低学历人群的FIT-DNA阳性率均增高(P<0.05)。肠镜总参与率9.48%(186/1963),FIT-DNA阳性肠镜参检率61.8%(170/275),检出结直肠癌和癌前病变33.9%(63/186);FIT-DNA和肠镜结果的阳性符合率达92.10%,其中肠癌与高级别病变阳性符合率达100%;75.9%(1489/1963)的人同时进行了FIT-DNA及iFOB检查,前者高于后者(χ2=39.78,P<0.001),前者是后者的2.18倍(OR=2.177,95%CI 1.70~22.784)。结论:FIT-DNA可明显提高肠镜检查的参与率,有利于提高肠癌及癌前病变检出率,可以作为社区人群早期筛查结直肠癌一种有效手段。 展开更多
关键词 社区 体检人群 多靶点粪便FIT-dna 结直肠癌 癌前病变
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基于粪便DNA的东北马鹿遗传多样性 被引量:2
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作者 田新民 张明海 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期41-49,共9页
东北马鹿(Cervus canadensis xanthopygus)为国家二级重点保护野生动物,近些年其种群数量急剧下降、分布区不断退缩、种群基因交流受阻,很多地区更是难觅其踪迹。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展... 东北马鹿(Cervus canadensis xanthopygus)为国家二级重点保护野生动物,近些年其种群数量急剧下降、分布区不断退缩、种群基因交流受阻,很多地区更是难觅其踪迹。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山脉的6个重点研究区域,共收集409份疑似马鹿粪便样本。首先基于mtDNA Cyt b基因测序技术进行物种鉴定,并对鉴定为马鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果共识别出172只东北马鹿个体;Cyt b基因序列共检测出14个变异位点和11个单倍型,单倍型多样性为0.849(0.105~0.732),核苷酸多样性为0.678%(0.099%~0.775%)。10个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为5.7(5.2~7.2),有效等位基因数为3.3(2.5~4.1),观测杂合度为0.687(0.644~0.725),期望杂合度为0.619(0.564~0.689),近交系数为-0.113(-0.160~-0.037)。结果表明,东北马鹿种群遗传多样性处于中等水平,其中双河和铁力种群最高,高格斯台和黄泥河种群次之,方正和穆棱种群最低。种群历史数量的下降与分布区的隔离影响着各局域种群的遗传多样性格局。种群内高比例的稀有单倍型和等位基因显示,东北马鹿种群未来存在遗传多样性下降的风险。高格斯台和黄泥河种群单倍型与核苷酸多样性水平的差异,为种群历史数量下降后快速增长的结果。东北马鹿各局域种群的近交系数均为负值,非杂合度不足,提示种群尚无近交风险。建议对东北马鹿稀有单倍型和等位基因个体重点监测和保护,并促进与附近区域个体的交流,恰当时期考虑圈养种群野外放归,以提高野外个体间基因交流和快速种群恢复。 展开更多
关键词 东北马鹿 MTdna 微卫星 遗传多样性 粪便dna
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结直肠癌患者血浆Septin9 DNA甲基化联合FOBT检测的临床应用价值 被引量:4
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作者 李娜 惠凌云 +2 位作者 冯艾 张琳 王亚文 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第6期1085-1090,共6页
目的:探讨血浆Septin9 DNA甲基化及粪便隐血试验(FOBT)在结直肠癌(CRC)诊断中的应用价值。方法:回顾性收集2017年6月至2022年1月我院收治并经病理检查确诊的101例结直肠良性腺瘤患者、209例结直肠癌患者分别作为良性腺瘤组和结直肠癌组... 目的:探讨血浆Septin9 DNA甲基化及粪便隐血试验(FOBT)在结直肠癌(CRC)诊断中的应用价值。方法:回顾性收集2017年6月至2022年1月我院收治并经病理检查确诊的101例结直肠良性腺瘤患者、209例结直肠癌患者分别作为良性腺瘤组和结直肠癌组,选取同期在我院进行体检的98例健康人群作为正常对照组,比较三组一般资料及血浆Septin9 DNA甲基化及FOBT阳性情况,比较不同病理特征、不同临床分期结直肠癌患者血浆Septin9 DNA甲基化、FOBT阳性情况,采用受试者工作曲线(ROC)评估血浆Septin9 DNA甲基化、FOBT单项及联合检测对结直肠癌的诊断价值。结果:三组血浆Septin9 DNA甲基化、FOBT阳性率比较,结直肠癌组高于良性腺瘤组及正常对照组,良性腺瘤组高于正常对照组(P<0.05);肿瘤低分化、淋巴结转移、脉管/神经侵犯的结直肠癌患者血浆Septin9 DNA甲基化和FOBT阳性率高于肿瘤高分化、中分化及未发生淋巴结转移、未发生脉管/神经侵犯的结直肠癌患者(P<0.05);随着结直肠癌TNM临床分期升高,血浆Septin9 DNA甲基化及FOBT阳性率升高,差异具有统计学意义(P<0.05);血浆Septin9 DNA甲基化和FOBT联合诊断结直肠癌的敏感度、曲线下面积(AUC)(87.08%、0.885)均高于两者单独诊断(59.33%、0.744和52.63%、0.643,P<0.05);血浆Septin9 DNA甲基化诊断结直肠癌的特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为89.45%、85.52%和67.68%;FOBT分别为76.38%、70.06%和60.56%,两者联合诊断分别为89.95%、90.10%和86.89%。联合诊断优于单项诊断。结论:随着结直肠病变恶性程度的增加,血浆Septin9 DNA甲基化和FOBT阳性率升高,血浆Septin9 DNA甲基化、FOBT联合检测对结直肠癌具有较高的诊断价值,可作为结直肠癌的实验室诊断指标。 展开更多
关键词 结直肠癌 良性腺瘤 粪便隐血试验 Septin9 dna甲基化
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甲基化芯片技术检测粪便DNA甲基化在海南地区少数民族人群大肠癌筛查中的应用
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作者 刘倩 王振奋 黄平 《中国现代医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第2期13-18,共6页
目的 分析甲基化芯片技术检测粪便DNA甲基化在海南地区少数民族人群大肠癌筛查中的应用价值。方法 选取2020年6月—2022年6月海南省人民医院就诊的大肠癌高危少数民族人群102例。另选取同期该院招募的30例健康志愿者作为对照组。留取所... 目的 分析甲基化芯片技术检测粪便DNA甲基化在海南地区少数民族人群大肠癌筛查中的应用价值。方法 选取2020年6月—2022年6月海南省人民医院就诊的大肠癌高危少数民族人群102例。另选取同期该院招募的30例健康志愿者作为对照组。留取所有患者在结肠镜检查前自然排出或服用泻药后的第一段粪便,通过甲基化芯片技术检测粪便DNA甲基化。根据肠镜病理检查结果,将102例患者分为大肠癌组、腺瘤组、增生性息肉组。对比4组粪便DNA中VAV3、IKZF1、RIMS1基因甲基化状态。将肠镜病理检查结果作为金标准,评估粪便DNA中VAV3、IKZF1、RIMS1基因联合检测大肠癌、腺瘤的诊断效能。结果 大肠癌组VAV3、IKZF1、RIMS1基因单独及联合检测甲基化率高于腺瘤组、增生性息肉组、对照组(P <0.05)。腺瘤组与增生性息肉组VAV3、IKZF1、RIMS1基因单独及联合检测甲基化率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。VAV3、IKZF1、RIMS1基因联合检测大肠癌的特异性、敏感性、阴性预测值、阳性预测值、准确率最高,分别为100.00%、92.31%、92.59%、100.00%和96.08%。粪便DNA中VAV3、IKZF1、RIMS1基因联合检测腺瘤的特异性、敏感性、阴性预测值、阳性预测值、准确率最高,分别为97.30%、71.43%、90.00%、90.91%和90.20%。结论 海南地区少数民族人群大肠癌患者粪便DNA中VAV3、IKZF1、RIMS1基因表现出较高的甲基化水平,且3个基因联合检测可提升大肠癌、腺瘤的诊断效能。 展开更多
关键词 大肠癌 甲基化芯片技术 粪便dna甲基化 少数民族
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粪便DNA甲基化在结直肠癌筛查中的研究进展
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作者 谢程捷 戴一扬 《中外医学研究》 2023年第1期175-181,共7页
结直肠癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,早期发现早期治疗可显著降低患者的死亡率。DNA甲基化修饰导致肿瘤抑制基因表达下降或沉默,是结直肠癌发生发展过程中的重要表观遗传学机制。粪便DNA甲基化检测是一种全新、非侵入性、高效的结直肠... 结直肠癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,早期发现早期治疗可显著降低患者的死亡率。DNA甲基化修饰导致肿瘤抑制基因表达下降或沉默,是结直肠癌发生发展过程中的重要表观遗传学机制。粪便DNA甲基化检测是一种全新、非侵入性、高效的结直肠癌筛查方法,与单基因检测相比,多基因联合检测可提高筛查的敏感度。本文对粪便DNA甲基化检测在结直肠癌筛查中的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 结直肠癌 粪便 dna甲基化 诊断
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多靶点粪便DNA检测在结肠癌早期筛查中的应用价值
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作者 黄国兆 李强 +2 位作者 李海正 陈妙巧 黄铭玉 《当代医药论丛》 2023年第7期139-142,共4页
目的:探讨多靶点粪便DNA检测在结肠癌早期筛查中的应用价值。方法:选择2021年1月至2021年10月佛山市广东同江医院收治的初诊结肠癌高风险患者50例为观察组。选择同期因患胃炎、消化性溃疡等疾病在佛山市广东同江医院接受体检的患者50例... 目的:探讨多靶点粪便DNA检测在结肠癌早期筛查中的应用价值。方法:选择2021年1月至2021年10月佛山市广东同江医院收治的初诊结肠癌高风险患者50例为观察组。选择同期因患胃炎、消化性溃疡等疾病在佛山市广东同江医院接受体检的患者50例作为对照组。两组均进行多靶点粪便DNA检测、肠镜及病理检查。以肠镜及病理检查的结果为诊断金标准,评价多靶点粪便DNA检测在结肠癌早期筛查中的应用价值。结果:进行肠镜及病理检查的结果显示,观察组中存在肠癌的患者有15例,存在进展期腺瘤的患者有25例。进行多靶点粪便DNA检测的结果显示,观察组中存在肠癌的患者有14例,存在进展期腺瘤的患者有8例。多靶点粪便DNA检测诊断肠癌和进展期腺瘤的敏感度分别为93.33%(14/15)、32.00%(8/25)。进行多靶点粪便DNA检测的结果显示,对照组无肠癌及进展期腺瘤。进行肠镜及病理检查的结果显示,对照组中有2例患者存在进展期腺瘤,其余48例患者无肠癌及进展期腺瘤。多靶点粪便DNA检测诊断肠癌及进展期腺瘤的阴性预测值为96.0%(48/50)。结论:多靶点粪便DNA检测在结肠癌早期筛查中的应用价值较高,可有效提高结肠癌筛查的准确性。 展开更多
关键词 结肠癌 多靶点 粪便dna检测 筛查
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吉林省黄泥河林区东北马鹿野外放归成效评估
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作者 田新民 宋雅祺 +1 位作者 赵雨桐 靳勇超 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期6383-6390,共8页
野外放归是维系濒危物种野生种群长期续存的重要途径,对放归成效的监测研究有利于濒危动物种群科学有效的管理。采用非损伤性标志重捕法评估了吉林省张广才岭南部黄泥河林区东北马鹿的种群数量与分布;利用粪便DNA信息,从亲权鉴定和遗传... 野外放归是维系濒危物种野生种群长期续存的重要途径,对放归成效的监测研究有利于濒危动物种群科学有效的管理。采用非损伤性标志重捕法评估了吉林省张广才岭南部黄泥河林区东北马鹿的种群数量与分布;利用粪便DNA信息,从亲权鉴定和遗传多样性方面对其放归成效进行了评估。结果显示:(1)黄泥河林区马鹿种群数量平均90(68—124)只,密度0.045(0.034—0.063)只/km^(2),主要分布于林区北部,呈现一定程度的地理隔离;(2)性别鉴定显示,野生种群的雌雄性比1.71∶1,放归后雌雄性比1.83∶1,放归提高了种群的可繁殖概率;(3)亲权鉴定检测到,放归个体(R3)与野生个体在野外成功繁殖,并产下子代;(4)野外放归向野生种群引入了平均2.9个“新”的等位基因,提高了其遗传多样性水平。在种群密度、可繁殖率、遗传多样性方面对马鹿放归的有效性进行了证实,但建议进一步在行为节律、家域和生境选择等方面开展研究,系统性评估马鹿种群的放归成效。 展开更多
关键词 东北马鹿 野外放归 黄泥河林区 粪便dna
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基于微卫星的欧亚水獭个体识别和遗传多样性
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作者 郑凯丹 汪巧云 +5 位作者 范朋飞 韩雪松 肖梅 谌利民 董正一 张璐 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期146-158,共13页
种群数量和遗传多样性是保护濒危物种所需的基础信息。欧亚水獭(Lutra lutra)属于国家二级保护动物,曾经在我国分布广泛,但在20世纪经历了大规模的种群数量下降和分布区缩减。欧亚水獭相关研究十分缺乏,种群数量调查和遗传多样性等基础... 种群数量和遗传多样性是保护濒危物种所需的基础信息。欧亚水獭(Lutra lutra)属于国家二级保护动物,曾经在我国分布广泛,但在20世纪经历了大规模的种群数量下降和分布区缩减。欧亚水獭相关研究十分缺乏,种群数量调查和遗传多样性等基础研究亟待开展。本研究采用非损伤性取样法,于2019—2020年在青海省玉树藏族自治州玉树市和四川省广元市青川县的主要河流共采集270个欧亚水獭粪便样品并进行DNA提取,基于9个微卫星位点和SRY基因分子标记进行个体识别和性别鉴定,进而使用非损伤性标志重捕法Capwire估计两地水獭的种群数量,并基于微卫星分型数据评估两个种群的遗传多样性。最终共有67个粪便样品(24.8%)成功分型7~9个微卫星位点并用于个体识别,共识别出玉树市10个个体、青川县30个个体,雌雄性比分别为4:5、15:14,两地各有1个个体未成功鉴定性别。估计研究区域内玉树的水獭种群数量为13只(95%置信区间:7~21只)、青川县的水獭种群数量为75只(95%置信区间:59~133只)。玉树、青川种群的平均观测杂合度H_(O)分别为0.680、0.664,平均期望杂合度HE分别为0.611、0.658,表明两个水獭种群均具有中等的微卫星遗传多样性。玉树、青川种群的平均F_(ST)为0.238,平均近亲繁殖系数F_(IS)分别为-0.121、-0.010,表明两个水獭种群之间分化显著,且种群内近交程度低。本研究是我国大陆地区基于粪便DNA对欧亚水獭进行种群数量估计和遗传多样性评估,可为我国水獭的保护提供重要的基础信息。 展开更多
关键词 欧亚水獭 粪便dna 微卫星 种群数量 遗传多样性
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基于粪便DNA的青藏高原雪豹种群调查和遗传多样性分析 被引量:19
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作者 周芸芸 冯金朝 +4 位作者 朵海瑞 杨海龙 李娟 李迪强 张于光 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期138-148,共11页
基于非损伤性取样,利用mtDNA和微卫星DNA遗传标记,对来自青藏高原三江源国家级自然保护区、羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区等地的277份疑似雪豹粪便样品进行了物种鉴定、个体识别和遗传多样性研究。结果显示:在190份成功扩增的... 基于非损伤性取样,利用mtDNA和微卫星DNA遗传标记,对来自青藏高原三江源国家级自然保护区、羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区等地的277份疑似雪豹粪便样品进行了物种鉴定、个体识别和遗传多样性研究。结果显示:在190份成功扩增的mtDNA cytb基因片段中,确定有89份属于雪豹;微卫星分析确定其属于48个不同的个体。在48个雪豹mtDNA cytb基因片段中,共检测出13个多态性位点,定义了9个单倍型,单倍型多态性为0.776,核苷酸多态性为1.50%,9个单倍型的遗传距离为0.009-0.058。研究表明在研究区域均存在雪豹分布,并具有一定的遗传多态性,地理距离分布较远的羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区的雪豹样品具有一定的遗传差异。 展开更多
关键词 雪豹 粪便dna 青藏高原 遗传多样性 遗传结构
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基于粪便DNA的雪豹种群调查和遗传多样性 被引量:12
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作者 张于光 Jan E.JANECKA +3 位作者 李迪强 朵海瑞 R.JACKSON W.J.MURPHY 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第5期762-766,共5页
雪豹(Pantherauncia)是仅分布于亚洲高海拔山区的珍稀濒危猫科动物。本研究在印度西南部(Ladakh)、中国青海和蒙古国的南部(南Gobi)3个独立的雪豹分布区共采集109份粪便样品。应用线粒体DNA(mtDNA)cytb基因特异性引物对109份粪便样品进... 雪豹(Pantherauncia)是仅分布于亚洲高海拔山区的珍稀濒危猫科动物。本研究在印度西南部(Ladakh)、中国青海和蒙古国的南部(南Gobi)3个独立的雪豹分布区共采集109份粪便样品。应用线粒体DNA(mtDNA)cytb基因特异性引物对109份粪便样品进行鉴定,发现有31份粪便来自雪豹,其中印度Ladakh、我国青海和蒙古国南Gobi的雪豹样品分别为17份、3份和11份。利用重新筛选设计的7对家猫(Feliscatus)微卫星引物,对雪豹粪便样品进行了基因分型分析,结果发现在Ladakh和南Gobi检测到的雪豹粪便样品分别来自4只和5只不同的雪豹个体,而青海的样品则来自同一只雪豹;遗传多样性统计分析表明,蒙古国南Gobi的雪豹微卫星遗传多样性水平低于印度的Ladakh。研究结果表明了粪便DNA在雪豹种群监测和遗传多样性研究中的可行性。 展开更多
关键词 雪豹 粪便dna 遗传多样性 种群
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我国圈养和野生东北虎种群线粒体基因组遗传多样性的比较研究
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作者 褚佳宁 徐海涛 +9 位作者 何志健 杨金城 周永恒 刘博洋 崔靓玉 高雨薇 刘丹 徐艳春 姜广顺 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2024年第2期231-241,共11页
东北虎(Panthera tigris altaica)是体型最大的猫科(Felidae)动物之一,是极具代表性的珍稀野生动物。现有研究表明,我国野生东北虎种群遗传多样性较低、近交水平较高。尽管目前我国野生东北虎的数量在逐步增长,但通过人工干预来提高野... 东北虎(Panthera tigris altaica)是体型最大的猫科(Felidae)动物之一,是极具代表性的珍稀野生动物。现有研究表明,我国野生东北虎种群遗传多样性较低、近交水平较高。尽管目前我国野生东北虎的数量在逐步增长,但通过人工干预来提高野生东北虎的遗传多样性会更利于其数量的恢复,通过野化放归进行遗传拯救是一种关键策略,但实施遗传拯救之前,必须确定圈养个体与现存野生个体间的遗传关系。采用粪便DNA的高通量测序数据组装了51只横道河子圈养东北虎和13只完达山、老爷岭等地的野生东北虎的线粒体基因组,分析两者之间的关系,评估线粒体基因组的遗传多样性。结果表明:圈养东北虎的遗传多样性高于野生种群,所有遗传变异均为无害。部分圈养个体与野生种群同属一个进化支,且具有野生种群所不包含的遗传变异,可用于实施遗传拯救。此外,圈养种群存在显著的遗传分化,一个与当前野生种群关系很远的分支可能代表未知的地理种群,因此,建议对该远缘分支开展野外来源的追溯,确定其谱系地理学地位和保护价值,使其成为恢复野外历史遗传多样性的后备资源。 展开更多
关键词 东北虎 遗传拯救 线粒体基因组 粪便dna 遗传多样性
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基于粪便DNA的岩羊微卫星引物的筛选及个体识别 被引量:9
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作者 刘旭 刘振生 +1 位作者 丁由中 王小明 《四川动物》 北大核心 2015年第2期169-173,共5页
贺兰山保护区岩羊Pseudois nayaur种群数量近年来增长很快,为了解贺兰山保护区的岩羊种群的遗传健康状况,从而更好地保护和管理岩羊种群,需要对岩羊种群的遗传多样性进行研究。在其近缘物种中选出36对微卫星引物对收集到的岩羊粪便DNA... 贺兰山保护区岩羊Pseudois nayaur种群数量近年来增长很快,为了解贺兰山保护区的岩羊种群的遗传健康状况,从而更好地保护和管理岩羊种群,需要对岩羊种群的遗传多样性进行研究。在其近缘物种中选出36对微卫星引物对收集到的岩羊粪便DNA样品进行PCR扩增。结果发现,有9对引物在岩羊粪便DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.26~0.95之间,平均杂合度为0.48,各位点多态信息含量介于0.23~0.68之间,平均多态性为0.48。 展开更多
关键词 岩羊 微卫星 粪便dna 个体识别 引物筛选
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粪便DNA的Vimentin基因甲基化检测在结直肠癌患者早期诊断中的意义 被引量:6
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作者 付蕾 盛剑秋 +5 位作者 孟晓明 孟明明 金鹏 李爱琴 武子涛 李世荣 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2010年第7期601-603,共3页
目的通过检测结直肠癌组织及粪便中Vimentin基因甲基化探讨其在结直肠癌早期诊断中的应用。方法分别收集结直肠正常新鲜组织、癌新鲜组织及粪便标本,提取组织及粪便基因组DNA,DNA经亚硫酸盐处理后进行甲基化特异性PCR检测,检测结果经3%... 目的通过检测结直肠癌组织及粪便中Vimentin基因甲基化探讨其在结直肠癌早期诊断中的应用。方法分别收集结直肠正常新鲜组织、癌新鲜组织及粪便标本,提取组织及粪便基因组DNA,DNA经亚硫酸盐处理后进行甲基化特异性PCR检测,检测结果经3%琼脂糖电泳鉴定。结果正常结直肠组织中未检测到Vimentin基因甲基化,结直肠癌组织中Vimentin基因甲基化的检出率为80%,结直肠癌患者粪便中Vimentin基因甲基化检出率为36%,其中早期直肠癌粪便的Vimentin基因甲基化检出率为66.7%。结论Vimentin基因在直肠癌早期诊断中具有重要意义。 展开更多
关键词 Vimentin基因 甲基化 结直肠癌 粪便dna
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基于粪便DNA的马鹿种群数量和性比 被引量:17
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作者 田新民 张明海 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第22期6249-6254,共6页
为分析黑龙江省完达山林区马鹿种群生存状态,制定科学有效地保护措施,从分子水平研究了种群数量和性比。2006、2007两年冬季跟踪马鹿足迹链,于五泡林场共搜集210份粪便,以成功提取DNA的167份作为分析样本。通过多态性较高的7个微卫星位... 为分析黑龙江省完达山林区马鹿种群生存状态,制定科学有效地保护措施,从分子水平研究了种群数量和性比。2006、2007两年冬季跟踪马鹿足迹链,于五泡林场共搜集210份粪便,以成功提取DNA的167份作为分析样本。通过多态性较高的7个微卫星位点进行了基因分型分析,显示167份粪便DNA分属66只个体。基于非损伤性标志重捕法,统计出林场内马鹿数量2a平均47(39—60)只,密度0.302(0.251—0.386)只/km2,与2002年大样方法调查结果相比有减无增。SRY基因性别鉴定显示,种群雌雄性比1.00∶2.00(22♀,44♂),存在较多雄性个体,分析认为偷猎是导致性比失衡的最主要原因。数量的持续下降和性比失衡提示完达山林区马鹿种群数量的恢复需要更好地保护工作。 展开更多
关键词 马鹿 粪便dna 种群数量 性比
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藏羚交配群成员间亲缘关系及遗传多样性分析
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作者 赛青高娃 王子涵 +2 位作者 李全邦 王东 连新明 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-170,共12页
藏羚(Pantholops hodgsonii)是青藏高原特有物种,多集群生活且具有典型的性别分离现象。除交配季节外,雌雄两性个体组成的同性集群分开活动。本研究于2021年12月下旬在三江源国家公园可可西里片区以藏羚集群为单元采集了32个集群共188... 藏羚(Pantholops hodgsonii)是青藏高原特有物种,多集群生活且具有典型的性别分离现象。除交配季节外,雌雄两性个体组成的同性集群分开活动。本研究于2021年12月下旬在三江源国家公园可可西里片区以藏羚集群为单元采集了32个集群共188份新鲜粪便样品,利用多态性较高的10个微卫星位点进行亲缘关系鉴定与遗传多样性分析。结果表明:(1)188份新鲜粪便样品来自145只藏羚个体,其中10只藏羚个体(8只雌羚,2只雄羚)出现更换集群现象,导致前后集群发生变化。结合野外实地记录,推测藏羚交配群的变化存在3种方式:集群解散,雄性个体离开(加入),雌性个体离开(加入)。新加入的藏羚个体与原集群成员间的亲缘关系较远。雄性藏羚更换的集群中雌性个体均多于之前的集群,能够获得更多交配机会。(2)10个微卫星位点的平均等位基因数为16.1,平均多态信息含量为0.766。观测杂合度(Ho)0.607~0.993,平均值为0.819;期望杂合度(He)0.575~0.930,平均值为0.798,表明藏羚种群遗传多样性丰富。(3)经过亲缘关系鉴定,种群内所有亲子关系中14对(43.75%)发生在集群内并且以母女(71.43%)为主,与雄性个体相关的亲子对(母子/父女/父子)有4对(28.57%)。对比集群内及集群间藏羚的平均亲缘系数,结果表明雄性个体对集群内成员间的亲缘关系影响不大。针对集群间藏羚亲缘关系的研究结果也表明,藏羚种群的近交比例处于较低水平。由于藏羚雌性比雄性个体有更多时间和机会组成含有多个雌性成员的集群,因此,集群内雌性个体的亲缘关系较高不仅有利于提高集群的稳定性,还有利于迁徙信息的交流和传递,从而为进一步验证藏羚迁徙的集体记忆猜想提供科学佐证。 展开更多
关键词 藏羚 粪便dna 交配群 亲缘关系 遗传多样性
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粪便DNA突变检测在快速筛选大肠癌中的应用 被引量:6
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作者 吴文娟 周国华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1161-1166,共6页
大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病,对高危人群进行大规模的普查筛选,可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术,与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比,具有特异性高、灵敏度高和易于... 大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病,对高危人群进行大规模的普查筛选,可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术,与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比,具有特异性高、灵敏度高和易于被患者接受等优点。文章阐述了粪便DNA突变检测的相关基因、肿瘤特异性DNA提取方法和检测方法等,并对其在快速筛选大肠癌中的应用进行了展望。 展开更多
关键词 大肠癌 提取方法 粪便dna突变检测 筛选
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大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取方法的比较 被引量:7
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作者 戴方伟 宋晓明 +4 位作者 周莎桑 柯贤福 李长龙 应华忠 萨晓婴 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2011年第3期246-249,共4页
目的比较两种肠内容物前处理和两种提取方法对清洁级SD大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取效率。方法分别选用PBS多次离心漂洗、液氮破细胞两种前处理方法和酚/氯仿抽提、试剂盒过柱法两种提取方法进行组合分析,对4份肠内容物和16份含金黄... 目的比较两种肠内容物前处理和两种提取方法对清洁级SD大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取效率。方法分别选用PBS多次离心漂洗、液氮破细胞两种前处理方法和酚/氯仿抽提、试剂盒过柱法两种提取方法进行组合分析,对4份肠内容物和16份含金黄色葡萄球菌肠内容物进行随机提取。结果大鼠肠内容物细菌基因组DNA含量和纯度测定结果显示,与PBS反复离心相比,液氮研磨前处理能显著提高大鼠肠内容物基因组DNA。荧光定量PCR表明,液氮研磨前处理较PBS反复离心能更好地收集细菌基因组DNA,其Ct值最低。结论研究结果表明,采用液氮研磨试剂盒法在大鼠肠内容物DNA提取中是较为优良的方法,该方法为建立实验动物中微生物的定量PCR检测方法打下了基础。 展开更多
关键词 实验动物 肠内容物 细菌 dna提取方法
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