基因预测中外显子分值的转化

多数基因预测算法都会给出预测外显子的分值,但这些分值大多没有意义,很难给使用者带来有用的信息.作者以基因预测程序Fgenes为例,分别用4种方法将外显子的分值转换成概率分值,通过计算机模拟,4种方法都取得了良好的效果,其中以局部多项式估计效果最好.

新城疫病毒鹌鹑分离株融合蛋白基因的克隆与序列分析

本研究以一株从自然发生新城疫病死的鹌鹑中所分离到的新城疫病毒（QNDV／89）为研究对象，用反转录一聚合酶链式反应（RT-PCR）对QNDV／89株的F全基因进行分段扩增、定向克隆到pUC119载体后，采用Sanger’s双脱氧末端终止法测定其核苷酸序列，并推导出相应氨基酸序列。QNDV／89株F基因全长1662bp，单一的开放阅读框编码553个氨基酸的多肽，其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-R-R-F117，是NDV强毒株所特有的序列结构，这与其生物学特性及致病性实验结果是相一致的。序列分析结果表明，QNDV／89株与F48E9株的核苷酸同源率高达99.22％，氨基酸的同源率为98.37％;而与弱毒株LaSota的核苷酸同源率为88.93％，氨基酸的同源率为90.42％。本研究首次报道了流行于我国鹌鹑中的新城疫强毒融合蛋白基因序列，并与其它新城疫病毒进行了同源性比较，证明QNDV／89株核苷酸的变异引起了其蛋白质二级结构的部分改变。

鸭源新城疫病毒F基因在昆虫细胞中的表达和鉴定

为在昆虫细胞中表达鸭源新城疫病毒(NDV)F蛋白,本试验首先根据鸭源NDV F基因序列设计引物,PCR扩增出F基因,将其克隆至杆状病毒表达载体pFastBac1,获得重组转座载体pFastBac-F,将其转化到大肠杆菌DH10Bac感受态细胞中,经抗性和蓝白斑筛选,获得重组杆状病毒穿梭质粒rBacmid-F,在脂质体介导下转染Sf9昆虫细胞,获得重组杆状病毒rBac-F。Western blotting、间接免疫荧光试验结果均显示表达的重组蛋白能与鸭抗NDV阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性。结果表明鸭源NDV F蛋白在昆虫细胞中获得了成功表达,为鸭新城疫的预防控制奠定了基础。

一株鸽源新城疫病毒主要毒力基因分析

对2008年从广州市白云区某发病信鸽养殖场分离鉴定的一株鸽源新城疫病毒(简称CP-GD-2008),运用RT-PCR方法扩增出该病毒的F和HN基因的ORF序列,并进行序列测定。经序列对比、进化分析发现,CP-GD-2008属于基因Ⅵb亚型毒株,F蛋白具有强毒株裂解位点序列112R-R-Q-K-R-F117。该毒株与欧洲流行的鸽源基因Ⅵb亚型毒株进化关系密切,表明该毒株与欧洲分离株可能存在共同来源。对F和HN蛋白功能研究发现,除HN蛋白第347位抗原位点由E突变为G外,F和HN蛋白的中和位点、糖基化位点及半胱氨酸残基高度保守。

鸭源新城疫病毒TH-1株的分离鉴定及遗传进化分析

试验从吉林省通化某地发病死亡鸭子病料中分离到1株具有血凝性的病毒,通过血凝试验、血凝抑制试验、血清中和试验及融合蛋白(F)基因的扩增测序,初步鉴定为新城疫病毒,命名为TH-1株。该病毒鸡胚平均死亡时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)及6周龄鸡静脉接种致病指数(IVPI)分别为53.4h、1.85和2.575,表明该新城疫病毒为强毒。F蛋白多肽裂解位点为112-RRQKRF-117,符合新城疫强毒株裂解位点氨基酸序列,进一步证明该毒株为新城疫强毒株。F基因核苷酸及氨基酸同源性比对发现,TH-1株与中国野鸭源新城疫病毒分离株mallard China HLJ株的同源性最高,核苷酸同源性达到了99.3%,同为新城疫基因Ⅶ型毒株,与目前新城疫流行的主要基因型Ⅶ型相一致,为鸭源新城疫的有效防制提供了理论基础。

新城疫病毒Lasota株F基因的克隆和序列分析

本试验采用RT-PCR方法对NDVLasota株的全长F基因进行了扩增与克隆,并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp,单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽,序列中有6个糖基化位点,13个半胱氨酸残基,包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gln-Gly-Arg-Leu,与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg/Lys-Gln-Gly/Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明,Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比,核苷酸序列同源性在88%～99%之间,推导的氨基酸序列同源性在90%～99%之间。

中国新疆小反刍兽疫病毒F基因序列分析

为分析中国新疆小反刍兽疫病毒（PPRV）毒株分子演变特点和疫情传播路线,从GenBank数据库下载所有国家全部的PPRVF基因全序列,应用DNAStar软件,结合疫情毒株时空分布进行序列分析。结果显示,中国新疆PPRV株F基因全序列,与2014年小反刍兽疫情中河南和北京毒株核苷酸的同源性最高,为99.8%～99.9%,与中国西藏3个毒株核苷酸的同源性为97.7%,与中国采用的疫苗株核苷酸同源性为92.9%,核苷酸同源性最低的是肯尼亚毒株,与国外毒株核苷酸同源性最高的是印度毒株。F基因系统进化关系分析显示,中国新疆PPRV株属于基因Ⅳ系。F蛋白氨基酸同源性结果显示,除与科特迪瓦1989年毒株ICV89氨基酸同源性最低外,与其他氨基酸同源性比对结果均与核苷酸的比对结果一致。中国新疆PPRV株存在一定程度的变异,可能是由周边国家传入。