植物miRNAs前体的生物信息分析

miRNAs前体(pre-miRNAs)是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能形成较为稳定的发卡环结构,具有较低的最小折叠自由能(minimal folding free energy,MFE)。在对植物pre-miRNAs长度、不同碱基含量、MFE、熵分析基础上,重点比较不同RNAs序列之间MFE与其长度的比值(MFEL)。结果表明MFEL是区分植物pre-miR-NAs的一个很有效的参数:pre-miRNAs的MFEL值平均为-45.98 kcal/mol,明显低于mRNAs(-23.08 kcal/mol),tRNAs(-22.13 kcal/mol)和rRNAs(-16.83 kcal/mol)。使用MFEL参数可提高预测植物miRNAs基因的效率。

miRNA-203表达水平对结直肠癌患者预后的临床价值

目的:探讨miRNA-203表达水平对结直肠癌患者预后的预测价值。方法:回顾性选择2010年1月至2013年12月来我院接受手术切除治疗的结直肠癌患者120例,所有患者均经病理确认。根据结直肠癌组织中miRNA-203表达水平将患者分为miRNA-203低表达组(n=42)和miRNA-203高表达组(n=78)。分析结直肠癌组织中miRNA-203表达水平与临床病理特征的关系,应用单因素、多因素非条件Cox回归分析影响结直肠癌患者预后的危险因素,并采用Kaplan-Meier法绘制累积生存曲线。结果:结直肠癌患者组织中miRNA-203表达量与年龄、性别、吸烟史、嗜酒史、组织类型、肿瘤位置、肿瘤直径无关(P> 0. 05),与分化程度、TNM分期、淋巴结转移、脉管浸润有关(P <0. 05)。单因素、多因素Cox回归分析结果显示,分化程度为高分化、TNM分期为IV期、组织中miRNA-203低表达是影响结直肠癌患者无进展生存率和总生存率的危险性因素(P <0. 05)。Kaplan-Meier法生存曲线结果显示,miRNA-203高表达组结直肠癌患者无进展生存率和总生存率显著高于低表达组(P <0. 05)。结论:miRNA-203表达水平可作为预测结直肠癌患者预后的指标。

NSCLC患者尿液中游离miRNAs qPCR内参基因的选择

目的探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者和健康志愿者尿液中微小RNA(miRNA)内参基因的稳定性。方法分别收集NSCLC患者(12名)和健康志愿者(7名)尿液样本,经膜浓缩过滤后提取其中的总RNA。通过BGISEQ-500 miRNA建库和二代测序技术(NGS)测定尿液样本中miRNA的表达谱,基于测序表达量(transcript per million, TPM)值筛选出前5个高丰度的候选内参基因,包括常用的内参基因U6,通过实时荧光定量PCR(qPCR)技术在另一组样本中进行验证。利用geNorm软件、NormFinder软件和BestKeeper软件评价候选内参基因表达的稳定性。结果 geNorm软件和NormFinder软件分析结果一致,候选内参基因的稳定性由高到低的顺序为:真核生物核糖体大亚基(28S rRNA)、真核生物核糖体小亚基(18S rRNA)、U6、5S rRNA和tRNA。BestKeeper软件分析结果显示28S rRNA和U6的稳定性优于其它候选内参基因,tRNA的表达不稳定,18S rRNA最适合与其它候选内参基因联合使用。结论 28S rRNA是最稳定的内参基因,28S rRNA和18S rRNA可联合使用作为尿液样本中qPCR的内参基因;这为尿液中游离miRNAs在疾病诊断中的定量分析提供了重要依据。

miRNA-200家族对卵巢癌预后评估价值的Meta分析

目的探讨miRNA-200家族对卵巢癌患者预后评估的价值。方法全面检索PubMed、Embase、Web of science数据库,检索时限为建库至2019年7月。检索词包括:miR/miRNA-200 family、miR/miRNA-141、miR/miRNA-200a、miR/miRNA-200b、miR/miRNA-200c、miR/miRNA-429、ovarian cancer、prognosis、prognostic、mortality、outcome、survival。语种限定为英语。辅以文献溯源、手工检索等方法搜索相关文献。对纳入的文献进行质量评价和资料提取,对符合质量标准的文献采用Stata15.0统计软件进行Meta分析。结果本研究共纳入11篇文献,Meta分析miR-200与卵巢癌患者的总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)的合并HR分别为0.66(95%CI:0.51~0.81)和0.62(95%CI:0.53~0.71)。分层研究分析提示miR-200a与卵巢癌患者OS合并HR为0.50(95%CI:0.02~0.98);而miR-200a、miR-200b、miR-200c和miR-141与PFS合并HR分别为0.71(95%CI:0.55~0.87)、1.70(95%CI:1.00~2.41)、0.32(95%CI:0.15~0.49)和0.61(95%CI:0.41~0.81)。结论miR-200家族或是卵巢癌患者可靠的临床预后评估生物标志物。

MicroRNA与宫颈上皮内瘤变及宫颈癌关系的研究进展

MicroRNA(miRNA)是约为22个核苷酸的RNA分子,参与基因表达的转录后调节,调节细胞的生长、分化、细胞周期、凋亡,与肿瘤的发生、发展密切相关。近年来研究表明,血清、脱落细胞等来源的游离miRNA也具有特异性与稳定性,有可能作为宫颈癌及其他肿瘤早期诊断的分子标志物。现就miRNA与宫颈癌前病变、宫颈癌的关系及miRNA在宫颈癌诊断治疗中的临床应用前景予以综述。

循环microRNAs的外泌形成机制及其对乳腺癌侵袭和转移的影响

目前乳腺癌的临床诊疗主要依赖影像学和相对较少的预后/预测指标(如雌激素受体、孕激素受体、HER2等).这些生物标志物主要是基于原发肿瘤病灶的生物学检测,可用于转移或复发的检测指标很少,尤其是在切除肿瘤原发灶后,复发监测很困难.循环cell-free microRNAs(circulating cf-miRNAs,或简称circulating miRNAs)的发现为改变现有乳腺癌临床诊疗模式提供了可能.Cell-free miRNA通过外泌体、微囊或转运蛋白的主动外泌机制,可能在循环miRNA的形成中起着重要作用.Cell-free miRNA特别是circulating miRNA不仅自身可以作为信号分子影响肿瘤细胞和组织微环境,而且还可以与其他信号通路发生交互通讯来调控肿瘤部位新生血管的形成和肿瘤细胞表型的上皮-间质转换,影响乳腺癌的侵袭和转移.本文综述了循环miRNA的特征与分泌机制,特别是乳腺癌相关的循环miRNA参与作为一种液体活检生物标志物在乳腺癌诊断、预后评价和疗效评估的临床意义.

利用血清肿瘤标志物诊断恶性肿瘤的技术方法

及时的诊断和手术是治疗肿瘤的有效手段。相比肿瘤活组织检查,血液样本具有相对容易获取、无创伤、操作简便易行等优点,因此血清肿瘤标记物的检测对于恶性肿瘤的诊断价值越来越受到研究人员的重视。本研究综述了近年来的一些新的检测技术,并从DNA、RNA、表观遗传、宏基因组和蛋白质组水平探讨了血清肿瘤标记物的检测方法及其应用。

血液循环RNA在宫颈癌液体活检中的研究进展

宫颈癌严重威胁女性健康,早期诊断有利于提高患者的生存率。现有的宫颈癌筛查方法的检出率不是很稳定,也尚无可靠的无创性指标来预测宫颈癌的复发,转移及预后。本文通过检索宫颈癌相关诊断预后指标,共筛选纳入20篇相关文献,证实液体活检有望替代和补充现有的筛选和血液检测方法。循环核苷酸是液体活体检测中其中的一个重要组成部分,包括循环游离DNA(cfDNA)及循环游离RNA(cfRNA),其中cfRNA是肿瘤生物标记物的潜在丰富来源,特别是在宫颈癌的早期诊断中具有独到的特异性及巨大的潜在价值。

长链非编码RNA DHRS4-AS1与骨肉瘤患者无病生存的关系及其体外对骨肉瘤细胞增殖和迁移的影响

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)DHRS4-AS1与骨肉瘤患者无病生存的关系及其体外对骨肉瘤细胞增殖和迁移影响的机制。方法收集GEPIA数据库建库以来骨肉瘤患者DHRS4-AS1转录组水平和生存情况数据,依据DHRS4-AS1转录组中位水平将患者分为DHRS4-AS1高表达组和低表达组,各59例,采用Kaplan-Meier法分析两组无病生存情况。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测DHRS4-AS1在骨肉瘤细胞株MG-63、HOS、143B、U-2OS、Saos2及正常成骨细胞株hFOB1.19中的表达,选择DHRS4-AS1表达水平最低的骨肉瘤细胞株进行后续实验。将载有DHRS4-AS1序列的质粒和载有阴性对照序列的质粒分别转染至选取的骨肉瘤细胞中,分别为DHRS4-AS1组和对照组。CCK-8法检测各组细胞增殖情况,以吸光度值为细胞增殖能力;细胞划痕实验检测各组细胞迁移情况。采用生物信息学网站starBase V2.0预测DHRS4-AS1的靶基因,双荧光素酶报告基因法验证DHRS4-AS1与靶基因的靶向关系。采用qRT-PCR和蛋白质印迹法检测对照组和DHRS4-AS1组骨肉瘤细胞靶基因及下游基因表达水平。结果生存分析显示,GEPIA数据库中DHRS4-AS1高表达组骨肉瘤患者无病生存优于DHRS4-AS1低表达组(P<0.001)。与正常成骨细胞hFOB1.19细胞相比,各骨肉瘤细胞中DHRS4-AS1的表达水平均低(均P<0.01),其中U-2OS细胞中DHRS4-AS1的表达水平最低(P<0.001)。DHRS4-AS1组U-2OS细胞培养1、2、3、4 d后细胞增殖能力均较对照组降低(均P<0.05)。DHRS4-AS1组U-2OS细胞迁移率低于对照组[(31±6)%比(63±4)%,t=4.38,P=0.005]。starBase V2.0网站预测DHRS4-AS1与miRNA-411-3p(miR-411-3p)互补结合;双荧光素酶报告基因实验显示,miR-411-3p过表达降低了野生型DHRS4-AS1报告基因的荧光素酶活性(P<0.001),但对突变型DHRS4-AS1报告基因荧光素酶活性无影响(P>0.05)。qRT-PCR检测显示,与对照组相比,DHRS4-AS1组U-2OS细胞miR-411-3p相对表达量低(0.22±0.06比1.06±0.23,t=3.55,P=0.012),转移抑制因子MTSS1 mRNA相对表达量高(5.58±1.03比1.06±0.22,t=4.28,P=0.005);蛋白质印迹法检测显示,MTSS1表达升高,细胞增殖表型蛋白CDK3、cyclin C和细胞迁移表型蛋白ZEB2、KLF8表达水平均低。结论lncRNA DHRS4-AS1高表达骨肉瘤患者无病生存较好,其在骨肉瘤细胞株中低表达。DHRS4-AS1可能通过靶向下调骨肉瘤细胞miR-411-3p的表达,促进MTSS1基因表达,抑制细胞增殖和迁移。