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Model calculation of air-sea heat fluxes over ocean area near China with GEOS DAS system
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作者 周明煜 钱粉兰 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1999年第3期401-411,共11页
The sensible and latent heat fluxes over the ocean area near China were calculated and analyzed by usingthe Goddard Earth Observing System (GEOS) - four-dimensional Data Assimilation System (DAS). The calculated resul... The sensible and latent heat fluxes over the ocean area near China were calculated and analyzed by usingthe Goddard Earth Observing System (GEOS) - four-dimensional Data Assimilation System (DAS). The calculated results showed that the sensible heat flux had its large value in winter and autumn , small value in spring and summer overthe ocean area near China. In winter, the sensible heat flux increased distinctly with latitude, and its isolines were verycrowded. Over the ocean area east of Taiwan Province and south of Japan, the direction of isoline was from southwestto northeast. In the South China Sea the sensible heat flux was lower than that of surrounding ocean areas,and its isoline was distributed into a type of an inverted trough. In autumn and winter, the maximum center of latent heat flux appeared over the ocean area northeast of Taiwan Province and south and southeast of Japan, meanwhile, the isoline wasin the direction of southwest to northeast. In spring and summer, the latent heat flux had minimum value in the Huanghai Sea. At the same time, the maximum value center of latent heat flux appeared over the ocean area south of Japan inspring. 展开更多
关键词 geos DAS system the ocean area near China sensible heat flux latent heat flux
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Leica Geosystems重组
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作者 林之(摘) 《遥感信息》 CSCD 2006年第2期4-4,共1页
由于转归Hexagen公司所属,所以瑞士Leica Geosystems公司在组织上进行了调整。在不影响总的战略方向的同时,公司改组为二个分部,其负责人分别向Hexagen AB公司董事长和CEO汇报工作。原用户产品部重新命名为量测工具部。重点放在新的... 由于转归Hexagen公司所属,所以瑞士Leica Geosystems公司在组织上进行了调整。在不影响总的战略方向的同时,公司改组为二个分部,其负责人分别向Hexagen AB公司董事长和CEO汇报工作。原用户产品部重新命名为量测工具部。重点放在新的第六代激光测距产品DISTRO上。总部设在美国亚特兰大的地理空间成像分部重点将放在软件上并准备进入测高市场。原测量和工程部,高精度测量部。 展开更多
关键词 LEICA systems公司 高精度测量 重组 AB公司 激光测距 空间成像 亚特兰大 GEO 负责人
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基于GEO数据库结合网络药理学和分子对接技术探究玉竹抗抑郁作用机制
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作者 姜振旭 王朝兴 +6 位作者 王宇亮 赵宏 沈宇 孙诗晴 马永哲 宋明明 张宇 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2025年第1期359-366,共8页
目的:基于生物信息学和网络药理学方法筛选玉竹治疗抑郁症的潜在药物靶点和信号通路,并通过PC12细胞实验初步证实其抗抑郁药效。方法:下载GSE98793表达矩阵和GPL570平台信息进行差异表达基因筛选;通过检索TCMSP数据库进行成分筛选,利用C... 目的:基于生物信息学和网络药理学方法筛选玉竹治疗抑郁症的潜在药物靶点和信号通路,并通过PC12细胞实验初步证实其抗抑郁药效。方法:下载GSE98793表达矩阵和GPL570平台信息进行差异表达基因筛选;通过检索TCMSP数据库进行成分筛选,利用Cytoscape3.7.1软件,构建玉竹“药物-成分-靶点”相互作用网络图和PPI网络图;利用DAVID数据库,进行GO和KEGG富集分析;使用SYBYL-X 2.0软件对主要活性成分及靶点进行分子对接验证;采用谷氨酸(Glu)诱导PC12细胞模型后,将玉竹醇提物按低、中、高剂量进行分组给药,考查其对PC12细胞损伤的保护作用。结果:筛选得到玉竹抗抑郁活性成分23个,活性靶点34个;“药物-成分-靶点”网络图显示棕榈酸、月桂酸、(+)-雪松醇等为玉竹抗抑郁的主要活性成分;PPI网络图显示PTGS2、PTGS1、SLC6A2、GABRA1、TNF等为关键靶点;通过GO富集分析得到GO条目共209个,其中包括生物过程(BP)149个,细胞组分(CC)23个,分子功能(MF)37个;主要涉及Chemical carcinogenesis-receptor activation、Small cell lung cancer和Adipocytokine signaling pathway等信号通路;分子对接结果显示,玉竹主要活性成分与抑郁症主要靶点对接结果具有良好稳定性;体外细胞实验结果表明,600μg/mL的玉竹醇提物对Glu诱导的PC12细胞损伤具有明显恢复作用。结论:玉竹可能通过炎症反应、氧化应激和前列腺素合成等途径发挥抗抑郁作用。 展开更多
关键词 玉竹 抑郁症 网络药理学 GEO 数据库 作用机制
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综合微阵列数据分析与动脉粥样硬化程序性细胞死亡相关的lncRNA-miRNA-mRNA竞争内源性网络
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作者 杨琼 宋月月 +3 位作者 贾雨涵 盖秩舶 杨雯晴 张丹 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2025年第1期156-163,共8页
目的基于生物信息学挖掘与程序性细胞死亡相关的ceRNA网络在AS病理生理过程中的作用,以期为AS的诊断和治疗提供新的靶点。方法从GEO数据库筛选GSE97210和GSE28858数据集,筛选差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA,而后基于ceRNA理论在Cytoscap... 目的基于生物信息学挖掘与程序性细胞死亡相关的ceRNA网络在AS病理生理过程中的作用,以期为AS的诊断和治疗提供新的靶点。方法从GEO数据库筛选GSE97210和GSE28858数据集,筛选差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA,而后基于ceRNA理论在Cytoscape3.7.2软件中构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。其次对ceRNA网络中的mRNA进行GO和KEGG富集分析。再将ceRNA网络中的mRNA与自噬、焦亡和铁死亡相关的基因取交集,构建与程序性细胞死亡相关的ceRNA网络。结果共获得1208个DElncRNA、4723个DEmRNA和139个DEmiRNA。构建了一个由64个lncRNA、8个miRNA和167个mRNA组成的ceRNA网络。ceRNA网络中的mRNA主要在转录和迁移的正调控以及蛋白结合等生物功能和PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路等信号通路中显著富集。最终,构建了7种lncRNA介导的ceRNA对焦亡的调控途径和23种lncRNA介导的对铁死亡与自噬的调控途径。结论该研究构建了与程序性细胞死亡相关的ceRNA网络,有助于我们了解程序性细胞死亡导致AS的作用机制。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 GEO数据库 铁死亡 自噬 焦亡 CeRNA网络
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基于GeoServer和OpenLayers技术的地理信息系统在市容环卫行业中的应用 被引量:5
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作者 申晓晓 孙倩 《环境卫生工程》 2016年第3期75-77,共3页
运用开源软件Geo Server和Open Layers技术,建立与市容环卫行业相关的地理信息系统,实现直观可视化的地理信息展示和管理。介绍了Geo Server和Open Layers技术以及开发方案,搭建出环卫网络管理系统的整体架构,并论述系统在环卫行业中的... 运用开源软件Geo Server和Open Layers技术,建立与市容环卫行业相关的地理信息系统,实现直观可视化的地理信息展示和管理。介绍了Geo Server和Open Layers技术以及开发方案,搭建出环卫网络管理系统的整体架构,并论述系统在环卫行业中的具体应用。 展开更多
关键词 地理信息系统 市容环卫行业 GEO SERVER Open LAYERS
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基于GeoServer的地学数据共享系统设计与实现 被引量:5
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作者 郭鹏程 李广宇 《工程建设与设计》 2017年第15期142-145,共4页
地学数据是国民经济建设和社会发展的重要支撑,数据资料共享是推进地学研究的重要手段。论文针对当前地学数据安全共享面临的问题,综合运用计算机网络、GIS和数据库技术,提出了一个基于Open GIS规范的共享解决方案,设计了共享系统的整... 地学数据是国民经济建设和社会发展的重要支撑,数据资料共享是推进地学研究的重要手段。论文针对当前地学数据安全共享面临的问题,综合运用计算机网络、GIS和数据库技术,提出了一个基于Open GIS规范的共享解决方案,设计了共享系统的整体框架、数据库结构及系统的详细功能模块,并以海南省1:250万基础地质空间数据共享为例,基于开源软件Geo Server进行了系统实现,使多源、异构的空间数据能够有机地整合并实现信息的共享和交互。可为解决地学数据共享中的问题提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 GEO SERVER 地学数据 OPENGIS 数据共享
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Joint Optimization of Satisfaction Index and Spectrum Efficiency with Cache Restricted for Resource Allocation in Multi-Beam Satellite Systems 被引量:5
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作者 Pei Zhang Xiaohui Wang +1 位作者 Zhiguo Ma Junde Song 《China Communications》 SCIE CSCD 2019年第2期189-201,共13页
Dynamic resource allocation(DRA) is a key technology to improve system performances in GEO multi-beam satellite systems. And, since the cache resource on the satellite is very valuable and limited, DRA problem under r... Dynamic resource allocation(DRA) is a key technology to improve system performances in GEO multi-beam satellite systems. And, since the cache resource on the satellite is very valuable and limited, DRA problem under restricted cache resources is also an important issue to be studied. This paper mainly investigates the DRA problem of carrier resources under certain cache constraints. What's more, with the aim to satisfy all users' traffic demands as more as possible, and to maximize the utilization of the bandwidth, we formulate a multi-objective optimization problem(MOP) where the satisfaction index and the spectrum efficiency are jointly optimized. A modified strategy SA-NSGAII which combines simulated annealing(SA) and non-dominated sorted genetic algorithm-II(NSGAII) is proposed to approximate the Pareto solution to this MOP problem. Simulation results show the effectiveness of the proposed algorithm in terms of satisfaction index, spectrum efficiency, occupied cache, and etc. 展开更多
关键词 GEO MULTI-BEAM satellite system dynamic resource ALLOCATION SA-NSGAII CACHE SATISFACTION index spectrum efficiency
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基于GeoStudio的山东某水库防渗问题研究 被引量:2
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作者 梁洪 王凌书 《甘肃水利水电技术》 2015年第4期19-24,共6页
对Geo Studio软件的功能和地下水渗流分析SEEP/W模块做了介绍。根据工程地质勘察资料和水文地质资料,对水库大坝模型运用SEEP/W模块,模拟水库蓄水后坝基的渗流情况。从计算结果可以看出,采用防渗墙处理后的渗流量得到了有效控制,满足大... 对Geo Studio软件的功能和地下水渗流分析SEEP/W模块做了介绍。根据工程地质勘察资料和水文地质资料,对水库大坝模型运用SEEP/W模块,模拟水库蓄水后坝基的渗流情况。从计算结果可以看出,采用防渗墙处理后的渗流量得到了有效控制,满足大坝的防渗设计要求,验证了防渗墙的防渗效果还与防渗墙的深度有很大关系。 展开更多
关键词 GEO STUDIO 土石坝 防渗墙 坝基渗流
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Multi-objective evolutionary optimization for geostationary orbit satellite mission planning 被引量:4
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作者 Jiting Li Sheng Zhang +1 位作者 Xiaolu Liu Renjie He 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2017年第5期934-945,共12页
In the past few decades, applications of geostationary orbit (GEO) satellites have attracted increasing attention, and with the development of optical technologies, GEO optical satellites have become popular worldwide... In the past few decades, applications of geostationary orbit (GEO) satellites have attracted increasing attention, and with the development of optical technologies, GEO optical satellites have become popular worldwide. This paper proposes a general working pattern for a GEO optical satellite, as well as a target observation mission planning model. After analyzing the requirements of users and satellite control agencies, two objectives are simultaneously considered: maximization of total profit and minimization of satellite attitude maneuver angle. An NSGA-II based multi-objective optimization algorithm is proposed, which contains some heuristic principles in the initialization phase and mutation operator, and is embedded with a traveling salesman problem (TSP) optimization. The validity and performance of the proposed method are verified by extensive numerical simulations that include several types of point target distributions. 展开更多
关键词 geostationary orbit (GEO) satellitemission planning multi-objective optimization evolutionary genetic
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Dynamic Connectivity in Cislunar Communication Networking Based on Geosynchronous Orbit Relay Satellites 被引量:3
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作者 Wu Xiaobo Zhou Xianwei Lin Fuhong 《China Communications》 SCIE CSCD 2012年第11期41-53,共13页
The architecture of cislunar multi-hop communication networks, which focuses on the requirements of lunar full-coverage and continuous cislunar communications, is presented on the basis of Geosynchronous Orbit (GEO) s... The architecture of cislunar multi-hop communication networks, which focuses on the requirements of lunar full-coverage and continuous cislunar communications, is presented on the basis of Geosynchronous Orbit (GEO) satellite network relays. According to the geographical distribution of the forthcoming Chinese Deep Space Measuring and Controlling Network (DSMCN), two networking schemes are proposed and two elevation angle optimization models are established for locating GEO relay satellites. To analyze the dynamic connectivity, a dynamic network model is constructed with respect to the time-varying characteristics of cislunar trunk links. The advantages of the two proposed schemes, in terms of the Connectivity Rate (CR), Interruption Frequency (IF), and Average Length of Connecting Duration (ALCD), are corroborated by several simulations. In the case of the lunar polar orbit constellation case, the gains in the performance of scheme I are observed to be 134.55%, 117.03%, and 217.47% compared with DSMCN for three evaluation indicators, and the gains in the performance of scheme II are observed to be 238. 22%, 240.40%, and 572.71%. The results validate that the connectivity of GEO satellites outperforms that of earth facilities significantly and schemes based on GEO satellite relays are promising options for cislunar multi-hop communication networking. 展开更多
关键词 cislunar communication networking dynamic connectivity dynamic network model GEO relay satellites lunar full coverage
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Re-examining Geos Neighbourhood for Its Energy Self-sustained Ability Through Ecological Footprints, Net Energy, and Life Cycle Assessment Tools
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作者 Mengxiang HU 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2014年第8期1384-1389,共6页
There are mounting evidences that human consume significant quantities of resources and have a major impact on the environment. Some research indicates that since the 1980s human demands on the biosphere have exceeded... There are mounting evidences that human consume significant quantities of resources and have a major impact on the environment. Some research indicates that since the 1980s human demands on the biosphere have exceeded its regen-errative capacity. One way to solve this problem is to minimize the inappropriate ex-ploitation from environment. This essay wil focus on energy self-sustained project, which is a specific way to reduce energy requirements. Energy self-sustained project refers to that energy production is equal to the amount consumed. Three concepts are quoted in the fol-lowing to assess whether the project achieve zero-energy or not. First, ecological footprint, which provides an indication of the human load on the biosphere, is uti-lized to measure the inputs and outputs of the bioregion, which is also beneficial for defining the potential energy. Another one is life cycle assessment, which evaluates environmental load that relates to the entire life periodic system of a product, is helpful to measure the products used in the energy self sustained project. In addi-tion, net energy, and gross resource abundance, definitions for selection, or hierar-chy of different energy resources, can evaluate the new energy resources in project. Geos Neighbourhood, located in colorado, was planned as the largest net-zero energy neighbourhood in the United States. To meet the energy self sustainability, earth and sun power completely sustain the community's energy needs, and re-place al fossil fuels. Compared with the traditional communities, Geos Neighbour-hood minimize the adverse impact on the environment. As tools for assessment, ecological footprint, life circle assessment, and net energy, are al used to analyse the planning and design principles in the neighbourhood. By the research, the de-sign principles and energy use in Geos Neighbourhood wil be re-examined that whether the zero energy project achieves the reduction of ecological footprint, and energy self sustainability. In addition, life circle assessment wil re-examine the ma-terials used in the community also. Final y, the concept of 'net energy' wil test solar energy and earth power which is the major energy used in Geos Neighbour-hood. 展开更多
关键词 Energy self sustained Ecological footprints Net energy Life cycle assessment geos Neiqhbourhood
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Simulation and Analysis of the Impacts of Anisotropic Ionospheric Scintallition on Geosynchronous Synthetic Aperture Radar
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作者 Yinhui Xu Xichao Dong +1 位作者 Cheng Hu Yuanhao Li 《Journal of Beijing Institute of Technology》 EI CAS 2017年第1期115-120,共6页
The impacts of ionospheric scintillation on geosynchronous synthetic aperture radar(GEO SAR)focusing is studied based on the multiple phase screen(MPS)theory.The power spectrum density of electron irregularities i... The impacts of ionospheric scintillation on geosynchronous synthetic aperture radar(GEO SAR)focusing is studied based on the multiple phase screen(MPS)theory.The power spectrum density of electron irregularities is first modified according to the ionospheric anisotropy.Then propagation wave equations in random medium are deduced in the case of oblique incidence in GEO SAR.The amplitude and phase errors induced by the random electron fluctuations are generated by the iterated MPS simulations and are superimposed into the GEO SAR signals.Through the following imaging and evaluation,the effects of the anisotropic ionospheric scintallition on GEO SAR are assessed.At last,the optimized integration time under different ionospheric scintillation conditions are recommended through Monte Carlo experiments.It is concluded that,greater ionospheric fluctuations and longer integration time will result in more severe deterioration,even no focus at all in the worst case. 展开更多
关键词 ANISOTROPY FOCUSING geosynchronous synthetic aperture radar (GEO SAR) ionospher-ic scintillation multiple phase screen
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Performance Analysis for Regional Satellite Positioning System Based upon GEO/HEO Hybrid Constellation
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作者 刘会杰 《High Technology Letters》 EI CAS 2000年第3期18-23,共6页
Scheme of positioning constellation would greatly influence the positioning performance. In this paper, a GEO/HEO hybrid constellation with 3 HEO satellites deployed in 3 orbits and 3 GEO satellites for regional posit... Scheme of positioning constellation would greatly influence the positioning performance. In this paper, a GEO/HEO hybrid constellation with 3 HEO satellites deployed in 3 orbits and 3 GEO satellites for regional positioning is presented. Firstly, elements for 3 GEO and 3 HEO are optimized from regional visibility for the selected region of interest. Secondly, positioning performance is provided through GDOP(geometric dilution of precision) and PDOP(positional dilution of precision). Simulation results show that similar accuracy with GPS can be gained by this constellation. 展开更多
关键词 GEO/HEO GPS GDOP/PDOP VISIBILITY
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基于GEO数据库联合网络药理学研究川芎-赤芍药对治疗动脉粥样硬化的药理过程及分子机制 被引量:1
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作者 陈启庭 林洪 +4 位作者 陈利捷 卓超林 岳双冰 金宇 张淼 《中国医院用药评价与分析》 2024年第6期655-661,共7页
目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程。方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取。川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药... 目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程。方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取。川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药系统药理学数据库与分析平台检索。合并差异基因和药物作用靶点以获得共同的靶点。利用在线分析工具STRING和Cytoscape构建药物和靶点的调控网络以及靶点间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。然后利用R语言注释靶点基因的基因本体(GO)功能,分析京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,再进行基因集富集分析(GSEA)以验证KEGG的通路和富集的情况,确定靶点基因的调控功能和参与基因调控功能的信号转导通道。结果:共筛选出动脉粥样硬化差异基因1244个,川芎-赤芍药对含36个生物活性成分,其中靶点为环加氧酶1、肾上腺素受体、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ、激酶插入域受体、孕激素受体、基质金属蛋白酶9、CXC趋化因子配体8、蛋白激酶Cβ、白细胞介素6、CD14、二肽基肽酶-4、PIK3CG、肾上腺素受体α1B、微管相关蛋白2、尿激酶纤溶酶原激活剂和单胺氧化酶B。靶点在GO中主要富集在合成DNA过程的调控、DNA生物合成的过程、含胶原的细胞外基质、细胞外基质、蛋白酶结合、细胞迁移、血管形成过程、膜筏结构、转录的调节等与动脉粥样硬化炎症、脂肪代谢及血管生成相关的生物学注释。脂质与动脉粥样硬化通路和核因子κB信号通路与动脉粥样硬化关系最为密切,并且在KEGG信号通路和GSEA均显示出富集。结论:川芎-赤芍药对通过潜在的13个活性成分作用于可能的16个靶点调控相关信号转导通路,通过抗炎、调脂和保护血管等方式产生抗动脉粥样硬化的作用。 展开更多
关键词 川芎-赤芍药对 动脉粥样硬化 GEO数据库联合网络药理学 信号通路
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胰高血糖素样肽1受体激动剂治疗阿尔茨海默病的潜在靶点预测及验证 被引量:3
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作者 韩维娜 徐晓庆 +2 位作者 史晋宁 李欣儒 蔡红艳 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2568-2573,共6页
背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默... 背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的作用靶点。方法:利用DisGeNET数据库及SEA数据库获取阿尔茨海默病和利拉鲁肽作用的共同基因;利用DAVID在线数据库对共同靶点进行GO/KEGG富集分析;使用STRING数据库构建蛋白互作网络;使用CCK-8判断利拉鲁肽的最佳使用剂量;使用免疫荧光和免疫印迹技术对关键蛋白的表达情况进行分析。采用小鼠海马神经元HT22细胞系进行体外实验,细胞被随机分为3组:HT22组、HT22+Aβ组和HT22+Aβ+Lir组。HT22组不做特殊处理,HT22+Aβ组使用Aβ1-42干预HT22细胞系24 h构建Aβ损伤细胞模型,HT22+Aβ+Lir组在HT22+Aβ组的基础上添加利拉鲁肽12 h。结果与结论:①从DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病相关联的基因,共得到3333个关联基因。再从SEA数据库中,得到利拉鲁肽的潜在作用靶点147个。最后使用R包筛选出阿尔茨海默病与利拉鲁肽共同靶点64个。②用DAVID数据库进行共同靶点的GO/KEGG分析,结果提示共同靶点主要富集在:神经活性配体-受体相互作用、肾素-血管紧张素系统、膀胱癌、内肽酶活性、肽受体活性、G蛋白偶联肽受体活性和转运囊泡等生物进程。③将已经得到的64个共同靶点蛋白导入至SRTING在线数据库进行蛋白互作网络构建,得到排名前3位的基因为基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β。④采用CCK-8试剂盒检测了培养细胞的活性,确定利拉鲁肽拮抗Aβ1-42的最佳浓度为100 nmol/L。⑤在免疫印迹实验与免疫荧光实验中,较HT22组相比,在HT22+Aβ组内基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β表达量明显上升(P<0.05);HT22+Aβ+Lir组较HT22+Aβ组相比基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β的表达量显著下降(P<0.05)。⑥结合上述生物信息学数据及在GEO数据库的差异基因二次验证结果提示,基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β均可作为利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 利拉鲁肽 胰高血糖素样肽1受体 生物信息学 DisGeNET数据库 SEA数据库 GEO数据库 MMP9 MMP2 白细胞介素1Β
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基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制
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作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 GEO差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
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基于网络药理学探讨中药复方龙牡汤治疗特应性皮炎的作用机制
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作者 杨彦洁 迟慧彦 +5 位作者 付中学 王清滢 李云峰 田凤艳 王晶晶 毛超一 《世界中西医结合杂志》 2024年第3期534-541,共8页
目的利用网络药理学探索中药复方龙牡汤在特应性皮炎(Atopic dermatitis,AD)中的作用机制。方法从TCMSP、BATMAN-TCM数据库获取龙牡汤的活性成分及其所对应的药物靶点,构建药物靶点的蛋白质互作网络及功能富集分析。从GEO数据库下载有... 目的利用网络药理学探索中药复方龙牡汤在特应性皮炎(Atopic dermatitis,AD)中的作用机制。方法从TCMSP、BATMAN-TCM数据库获取龙牡汤的活性成分及其所对应的药物靶点,构建药物靶点的蛋白质互作网络及功能富集分析。从GEO数据库下载有关特应性皮炎的普通转录组数据进行差异分析,通过GeneCards、DisGeNET数据库检索得到AD相关靶点。将药物靶点和疾病靶点取交集得到药效靶点,对药效靶点进行GO、KEGG富集分析,构建出“中药-活性成分-药效靶点-AD”网络。结果获得复方龙牡汤55种活性成分以及262个药物靶点以及AD的157个疾病靶点,交叉分析后得到龙牡汤治疗特应性皮炎的药效靶点10个。通过GO分析这10个药效靶点基因在内皮细胞凋亡过程的调控(Regulation of endothelial cell apoptotic process)、内皮细胞凋亡过程(Endothelial cell apoptotic process)、上皮细胞凋亡过程的调控(Regulation of epithelial cell apoptotic process)等通路上显著富集;KEGG分析药效靶点基因在TNF信号通路(TNF signaling pathway)、脂质与动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)、流体剪切应力和动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)等通路上显著富集。结论复方龙牡汤通过多个信号通路起效,其中CCL2、FOS、MMP9、IRF1、VCAM1与TNF信号通路显著正相关。 展开更多
关键词 网络药理学 GEO数据库 复方龙牡汤 特应性皮炎
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基于长链非编码RNA调控ceRNA网络的缺血性脑卒中相关分子机制
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作者 陈建敏 王志勇 +1 位作者 张楠楠 陈清法 《中国康复医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期53-61,共9页
目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ce RNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制。方法:从GEO数据库下载IS相关的mi RNA、m RNA和lnc RNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过star Base、mi RDB... 目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ce RNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制。方法:从GEO数据库下载IS相关的mi RNA、m RNA和lnc RNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过star Base、mi RDB和mi Rwalk数据库进行lnc RNA-mi RNA和mi RNA-m RNA关系预测,并构建ce RNA网络。预测与差异分析的结果取交集后筛选出差异靶基因(DETm RNAs),利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析,String数据库构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件识别核心靶基因。结果:共筛选出存在明显差异表达的mi RNAs 20个,m RNAs 1512个,lnc RNAs 278个,并成功构建了5lnc RNAs-6mi RNAs-102m RNAs互作的ce RNA网络。筛选出的285个DETm RNAs所富集的功能主要包括染色质的组织、磷蛋白磷酸酶活性的负向调节和细胞周期等生物学过程,涉及白细胞经内皮迁移、血小板激活等信号通路,最终识别出排名前10的核心靶基因为CREB1、MAPK1、GSK3B、SP1、PIK3R1、NR3C1、NCOR1、NFATC1、SETD2、NSD1。结论:构建ce RNA网络有助于进一步认识IS的分子机制和筛选潜在的生物标志物,为后续康复治疗靶点的确定和制定康复策略提供一些线索。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 生物信息学 GEO数据库 ce RNA调控网络 生物标志物
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鬼箭羽通过调节EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路延缓糖尿病肾病的进展
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作者 王瑾瑾 崔文飞 +4 位作者 窦雪伟 尹冰磊 牛钰琪 牛羚 闫国立 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1243-1255,共13页
目的结合GEO数据库利用网络药理学、分子对接技术及动物实验探究鬼箭羽治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在作用机制。方法通过TCMSP、PubChem及Swiss Target Prediction数据库获取鬼箭羽的活性成分和作用靶点。利用GEO数据库找出与DKD相关基因芯... 目的结合GEO数据库利用网络药理学、分子对接技术及动物实验探究鬼箭羽治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在作用机制。方法通过TCMSP、PubChem及Swiss Target Prediction数据库获取鬼箭羽的活性成分和作用靶点。利用GEO数据库找出与DKD相关基因芯片,使用R语言分析筛选出差异表达基因,结合GeneCards、DisGeNet、OMIM以及TTD疾病数据库整合获取DKD的治疗靶点。利用Venny2.1.0平台将药物与DKD相关的靶基因取交,利用STRING平台构建蛋白-蛋白互作网络图,并利用Cytoscape3.8.2软件进行核心靶点的拓扑属性分析以及“药物-成分-靶点-疾病”网络图构建;利用David平台进行KEGG与GO分析。利用Autodock vina V1.2.0软件对核心靶点及主要药效成分进行分子对接,并通过db小鼠动物实验进一步加以验证。结果符合条件的基因芯片为GSE96804、GSE30528和GSE30529,共包含60例患病和45例正常样本数据,R语言分析得到111个差异基因。网络药理学分析显示鬼箭羽相关靶基因共226种,DKD相关靶基因共4252种,二者取交得到鬼箭羽治疗DKD的潜在靶基因共161种;PPI网络图中筛选出关键核心靶基因为SRC、EGFR、AKT1等,“药物-成分-靶点-疾病”网络图得到鬼箭羽的主要核心活性成分为槲皮素、山奈酚、香叶木素、柚皮素。GO和KEGG富集分析显示,鬼箭羽治疗DKD的生物过程与外源刺激的反应、蛋白质磷酸化等有关,可能主要通过调节EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药通路发挥作用。分子对接结果显示鬼箭羽的主要核心活性成分与关键核心靶点具有良好的结合活性。体内动物实验结果证明鬼箭羽能够改善肾脏组织的病理学变化,且显著抑制了SRC、EGFR、AKT1的表达(P<0.05),延缓DKD的进一步恶化。结论鬼箭羽可能是通过槲皮素、山奈酚、香叶木素、柚皮素等多种活性成分调控SRC、EGFR、AKT1等基因表达,从而影响EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路治疗DKD。 展开更多
关键词 鬼箭羽 糖尿病肾病 GEO数据库 网络药理学 分子对接 信号通路 动物实验
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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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