两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS(18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC<0.25)。χ2检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关(P<0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P<0.05)。C14T位点贵州黑山羊(公羊)CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P<0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体(P<0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和Cp G岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致m RNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主(48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。

麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因的SNPs检测及其与体尺性状的关联分析

旨在探讨生长激素(Growth hormone,GH)、生长激素受体(Growth hormone receptor,GHR)、生长激素促分泌素受体(Growth hormone secretagogue receptor,GHSR)基因在麦洼牦牛中的遗传多样性,揭示不同基因型与其生长性状的关联性,同时为候选基因在牦牛中的表达调控提供理论依据,寻找可用于遗传育种辅助选择的分子标记。本试验采用DNA池技术,结合PCR-RFLP和直接测序法研究麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因的遗传多态性,分析候选基因多态位点与体高、体斜长、胸围、管围和体重等生长性状的关联性。结果表明:1)麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因均存在多态性,其中GH基因存在A757G和T949C2个SNPs位点,GHR基因发现T2416C、T3490C和A7500G3个突变位点;GHSR基因存在T1387C和T3006C突变;2)适合性检验表明,GHR基因A7500G位点在粉嘴类群,及GHSR基因T3006C位点在纯黑类群中偏离Hardy-Weinberg平衡状态,其他位点均符合Hardy-Weinberg平衡;3)差异显著性检验表明,GHR基因T2416C、T3490C和A7500G位点与麦洼牦牛管围极显著相关(P<0.01),GHSR基因T1387C位点与其体重显著相关(P<0.05)。麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因均存在遗传多态性,推断GHR基因T2416C、T3490C和A7500G位点、GHSR基因T1387C位点可能是影响麦洼牦牛管围、体重性状的主基因或与主基因相连锁的基因座,可作为辅助选择的遗传标记。

山羊GHSR基因多态性及其与体重和体尺性状的相关性研究

本研究旨在探讨GHSR基因SNP与山羊体重和体尺性状的关联性。试验以贵州白山羊和黔北麻羊为研究对象,采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR基因的单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和黔北麻羊GHSR基因外显子2和3′UTR区检测到2个SNPs位点G996A和T1424C,其中G996A位点为同义突变,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA,而在外显子1和5′UTR区未发现多态位点。基因型与体重体尺性状关联分析显示,黔北麻羊GG和GA基因型个体的体重显著高于AA基因型个体,胸深小于AA基因型个体(P<0.05),其余5个指标均差异不显著(P>0.05);在贵州白山羊中,GG基因型个体的体重、体斜长和管围均显著高于AA基因型个体(P<0.05)。研究结果提示:GHSR基因可能是影响山羊体重的主效基因或与主效基因连锁,G996A位点可望作为提高山羊个体体重的分子遗传标记。

GHSR基因多态性与黔北麻羊生长性状关联性分析

为了将GHSR基因应用于山羊生长性状的标记辅助选择中,利用PCR-SSCP技术分析了黔北麻羊生长激素促分泌素受体GHSR基因外显子1、2、3’UTR区及5’UTR区的多态性及其与黔北麻羊生长性状的关联。结果表明,在GHSR基因外显子2和3’UTR区各检测到2个SNP位点G996A和T1424C,其中G996A位点为错义突变,氨基酸由甘氨酸变为丝基酸,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA;外显子1和5’UTR区未发现多态位点。进一步将G996A位点与生长性状进行关联性分析,发现GG和GA基因型个体的体重显著高于AA基因型个体,胸深显著低于AA基因型个体。初步推断GHSR基因G996A位点是非常有价值的辅助选择标记,可为黔北麻羊生长性状方向选择提供理论依据。

荷那龙罗非鱼两种GHSR基因的克隆与序列分析

用RT-PCR和RACE方法,从荷那龙罗非鱼(Oreochromis hornorum)垂体中克隆到生长激素促分泌素受体(GHSR)cDNA全序列。荷那龙罗非鱼GHSR基因具有GHSR-1a与GHSR-1b两个高度保守cDNA序列。GHSR-1a序列全长1 646 bp,包括225 bp的5′非编码区,266 bp的3′非编码区和1 155 bp的开放阅读框,编码384个氨基酸残基,具有7个跨膜结构域结构(transmembrane domains,TM);GHSR-1b序列全长1 877 bp,包括225 bp的5′非编码区,755 bp的3′非编码区和897 bp的开放阅读框,编码298个氨基酸残基,只具有前5个TM,在第6个TM的第4个氨基酸处开始缺失。将GHSR cDNA序列与基因组序列比较发现,这两种cDNA转录本来自同一个基因的不同变体。

2个尼罗罗非鱼群体GHSR基因5＇侧翼序列的多态性及其遗传多样性分析

该试验以快长尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和普通尼罗罗非鱼2个群体为研究对象,通过PCR扩增与测序,获得GHSR基因5'侧翼区序列77条,片段大小为1 217 bp。共检测出变异位点57个,包括12个插入/缺失位点和45个多态性位点。共发现16种单倍型,其中Hap2可能为原始单倍型。16种单倍型在进化树中聚为A和B 2支,A支中有11种单倍型,在普通群体和快长群体中均有分布,但快长群体中所占比例较高;B支中有5种单倍型,均分布于普通群体中。遗传多样性参数显示普通尼罗罗非鱼群体的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸差异数(K)都高于快长尼罗罗非鱼群体。AMOVA分析结果显示快长和普通尼罗罗非鱼2个群体之间的Fst为-0.200 0(P>0.1),表明2个群体间遗传分化不明显,且2个群体的遗传差异主要来自群体内(120%)。

黔北麻羊GHSR基因外显子多态性及其与体重体尺的关联分析

为给山羊品种的选育和种质鉴定提供理论依据,以黔北麻羊为试验对象,采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对GHSR基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明:在黔北麻羊GHSR基因外显子2处检测到1个同义位点G200A,氨基酸由甘氨酸变为丝氨酸,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA,其频率分别为0.507 4、0.408 0和0.084 6,等位基因G、A频率分别为0.711 4和0.288 6。χ2检验表明,黔北麻羊GHSR基因G200A位点分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。基因型与体重体尺的关联分析显示,GG和GA基因型个体的体重显著高于AA基因型个体,胸深显著小于AA基因型个体(P<0.05),而其余5个指标差异不显著(P>0.05)。

GHSR基因三个SNP位点与鸡生产性状的关联性分析

根据已发表的鸡GHSR基因SNP位点,利用PCR-RFLP技术检测该基因C-1896A、C-1459T和A-1022C3个SNP位点在华南农业大学杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2代资源群体中的多态性,并构建单倍型,进行方差分析。结果表明,这3个SNP位点与其生长、屠体性状都不相关(P>0.05)。所构建的单倍型与单个SNP的分析结果一致,也与各生长、屠体性状都不相关(P>0.05)。表明这3个SNP不是鸡生长和屠体性状的重要分子标记。

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P<0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P>0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。

不同绵羊品种GHSR基因多态性与生长性状的关联分析

以GHSR基因为候选基因,随机选取滩羊、小尾寒羊和兰州大尾羊3个品种共计1 249个个体为试验材料,利用DNA池测序结合琼脂糖凝胶电泳方法,检测突变多态性,分析其与体重、生长性状的相关性。试验结果表明,在GHSR基因的第一内含子上存在24 bp的插入/缺失突变,3个绵羊品种中均存在AA、AB、BB 3种基因型。该位点的多态性与3种绵羊8个生长性状指标关联分析显示,兰州大尾羊BB基因型的个体体重显著高于其他基因型;AB基因型的个体体高、十字部高显著高于其他基因型;小尾寒羊AB基因型的个体胸宽显著高于其他基因型;AA基因型的个体体高、十字部高显著高于BB基因型;滩羊AB基因型的个体体斜长、体重显著高于AA基因型,BB基因型的个体体高显著低于其他基因型。研究表明:GHSR基因可以作为3种绵羊生长性状的候选基因,为绵羊育种选育提供新思路。

家兔GHSR基因遗传多态性研究

GHSR基因编码促生长激素分泌素受体,被认为是生长性状的候选基因,但其在家兔上的研究甚少。本试验采用PCR产物直接测序法寻找GHSR基因遗传变异,应用HRM分型技术对新西兰兔、加利福尼亚兔和天府黑兔3个肉兔品种共176个个体进行基因型分析。结果表明:在GHSR基因外显子2中存在一个SNP多态位点,位于编码区918bp处(c.918C>T),该SNP为同义突变。c.918C和c.918T在3个品种中平均基因频率分别为0.704 5和0.295 5,3种基因型CC、CT和TT的频率分别为0.557、0.295和0.148。该位点在3个兔群体中均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50),具有较大的选择潜力。

贵州半细毛羊促生长激素分泌素受体基因SNPs筛查与变异分析

通过研究促生长激素分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)基因多态性,为贵州半细毛羊选种选育提供进一步的分子生物学依据。试验选取36只贵州半细毛羊构建DNA池,设计1对引物扩增其GHSR基因第2外显子及第1、2内含子部分序列并进行双向测序,对SNPs位点等位基因频率进行估算,利用在线生物信息学软件分析SNPs位点对GHSR基因RNA二级结构的影响。结果发现,在贵州半细毛羊GHSR基因中筛选到2个SNPs:T70G和G229A,均为同义突变,SNPs位点导致GHSR基因mRNA二级结构发生变化。GHSR基因多态性可能影响贵州半细毛羊的生长。

GHSR基因变异及其与贵州黑山羊体重体尺的关联研究

本实验以82只贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池结合PCR产物测序及PCR-SSCP技术检测GHSR基因的单核苷酸多态性,探讨GHSR基因SNP与山羊体重、体尺性状的关联性。结果表明:在GHSR基因外显子2′和3′UTR区分别检测到1个SNP位点(G996A和T1424C),而在外显子1′和5′UTR区未发现多态性;G996A为错义突变位点,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA,其基因型频率分别为0.2317、0.5122和0.2561,等位基因G和A的频率分别为0.4878和0.5122;χ2适合性检验表明,贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合HardyWeinberg平衡。基因型分型后个体体重体尺性状间差异显著性分析显示,GG基因型个体的体重与AA基因型个体的体重间差异显著;GA基因型个体的体高和体斜长与AA基因型个体间均存在显著差异(P<0.05);而3种基因型个体的胸围、管围间的差异不显著(P>0.05)。综上说明,G996A位点突变与贵州黑山羊体重、体高和体斜长间有一定的相关性,但与胸围、管围间没有明显的关联。