基因表达转录分析中内参基因的选择

目前基因表达的转录分析多采用单一看家基因作为内参来校正目标基因的表达量.实验中以人肝癌BEL-7402细胞为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了新型三肽化合物酪丝缬肽作用后RPL13A、UBC、EIF4A、B2M、GAPDH和ACTB共6个看家基因mRNA水平的表达情况.经过geNorm程序统计学分析处理,结果表明,这6个看家基因的表达存在差异,确定了RPL13A、UBC2个看家基因用于校正目标基因的表达量.基因表达转录分析中内参基因选择的必要性在实验中得以证明,更重要的是为各种实验因素影响下(尤其是新物质作用下)内参基因的选择介绍和提供了一种行之有效的方法.

鳜鱼基因表达转录分析中的内参选择比较(英文)

目前基因表达的转录分析多采用单一或多个看家基因作为内参来校正目的基因的表达量。该实验以鳜鱼6个不同组织和5个不同胚胎发育阶段为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了GAPDH、β-actin和18SrRNA三个看家基因mRNA水平的表达情况。geNorm统计分析表明,胚胎发育阶段β-actin表达最为稳定;不同的组织样品间,GAPDH表达最为稳定;而18SrRNA的表达在不同的发育阶段不稳定。当利用多基因作为内参时,使用两个最稳定表达的看家基因即可对目的基因的表达进行准确校正。该结果证实了基因表达转录分析中内参基因选择的必要性,同时为鳜鱼等鱼类基因表达分析时内参基因的选择提供有价值的参考。

甘蔗基因表达定量PCR分析中内参基因的选择

以甘蔗接种黑穗病菌后0、6、12、24、48、60和72h时间点的材料为研究对象,应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,Real-timeqPCR)技术,探讨25SrRNA、GAPDH、β-actin和β-tubulin4个内参基因mRNA水平的表达情况。经geNorm程序统计学分析,4种内参基因的表达稳定性各异,25SrRNA>GAPDH>β-actin>β-tubulin,其中以25SrRNA表达稳定性最好,且根据该基因设计的两对定量PCR引物都是可行的。同时,甘蔗PPO基因表达特性的定量PCR分析也显示,甘蔗PPO基因与植物的抗病性相关。结果显示,研究中所筛选的内参基因是合适的。

实时荧光定量PCR筛选稻曲病菌内参基因

通过实时定量PCR分析了稻曲病菌中5个传统内参基因18SrRNA、GAPDH、ubiquitin、β-actin、α-tubulin的mRNA差异表达情况,并利用geNorm软件分析了它们在4个发育时期和NaCl胁迫处理中的表达稳定性。结果表明,在菌龄为7d、8d、9d、10d的稻曲病菌中,α-tubulin-2和β-actin表达稳定;在0.4mol/L NaCl溶液处理0h、4h、8h、12h、16h后,β-actin和α-tubulin-2表达稳定。因此,当利用荧光定量PCR分析比较稻曲病菌基因表达差异时,可选择α-tubulin和β-actin作为内参基因。

免疫刺激后小鼠肝脏内参基因稳定性研究

实时定量PCR技术现已广泛应用于细胞或组织mRNA转录水平的检测和半定量。选择合适的内参基因可以消除不同标本在RNA的产量、质量以及逆转录效率上可能存在的差别,从而获得目标基因特异性表达的真正差异。本试验应用实时定量PCR技术,研究小鼠在经过免疫刺激后,B2M、ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和ARBP共6个内参基因在肝脏中的表达情况。结果表明,这6个内参基因表达存在差异。经过geNorm程序统计学分析,确定了ACTB、GAPDH两个看家基因适用于校正目标基因的表达量,为研究小鼠免疫刺激后肝脏目标基因的表达奠定基础。

测定猪不同组织基因表达时RT-PCR内参基因的选择

以95kg体重育肥猪的不同组织为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,对SDHA、HMBS、TOP2B、ACTB、B2M、PPIA、GAPDH、HPRT1、RPL4、TBP和YWHAZ共11个候选内参基因表达量进行检测,应用geNorm程序对内参基因的稳定性进行分析。结果表明,肌肉组织中稳定表达的内参基因是TBP、RPL4,心脏组织中稳定表达的内参基因是GAPDH、RPL4,肝脏组织中稳定表达的内参基因是TBP、HPRT1,脾脏组织中稳定表达的内参基因是SDHA、ACTB,肺脏组织中稳定表达的内参基因是B2M、HPRT1,肾脏组织中稳定表达的内参基因是B2M、TBP。由此可见,不同组织中最稳定表达的内参基因不同,不同组织中标准化目的基因的内参基因也不一样。

人不同孕期胎盘组织中实时荧光定量PCR内参基因的选择

目的比较人不同孕期胎盘组织中最常用的内参基因及其他几种管家基因mRNA表达水平的差异及稳定性,选出用于该研究的最佳内参基因。方法应用荧光实时定量RT-PCR技术检测6种管家基因[3磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、β肌动蛋白(β-actin)、β2微球蛋白(β2-M)、18S核糖体RNA(18srRNA)、RNA聚合酶Ⅱ(RPⅡ)、泛素(UBC)]在早、中、晚不同孕期孕妇绒毛和胎盘组织中mRNA的表达情况,并应用geNorm程序对内参基因表达稳定性进行分析。结果在早、中、晚不同孕期的孕妇早孕绒毛或胎盘组织中内参基因GAPDH mRNA的表达水平变化最大,其中在早孕绒毛组织中表达水平最高,随着孕期的延长其表达水平逐渐降低;内参基因β-actin mRNA转录水平则呈相反的趋势变化,标本间mRNA表达水平变化亦较大;内参基因β2-M、18S和UBC mRNA表达水平在不同孕期标本间变化相对较小,其中内参基因RPⅡmRNA表达水平在不同孕期标本间变化最小。所选内参基因的表达稳定度由高到低依次为RPⅡ>UBC>18srRNA>β2-M>β-actin>GAPDH。结论在应用荧光实时定量RT-PCR技术研究基因转录表达时,应根据研究所用的材料选择合适的内参基因;本研究中RPⅡ是可用的稳定内参基因。

小鼠基因转录表达分析中内参基因的优选

目的建立小鼠基因转录表达分析中内参基因的选择方法。方法以C57BL/6J和C3H/HeJ两个品系3个不同组织及2个不同发育阶段为研究对象,应用反转录实时定量PCR技术,评价GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、HPRT1(hypoxanthine phosphoribosyl transferase)、B2M(β2-microglobulin)、PPIA(peptidylprolyl isomerase A)、ACTB(Actin-beta)和18S rRNA(18S ribosomal RNA)等6个看家基因在下丘脑、垂体与卵巢中mRNA水平的表达稳定性。结果 GeNorm统计分析表明,GAPDH和HPRT1表达最为稳定,PPIA等次之,B2M在不同组织和发育阶段中都几乎无表达。结论成功筛选到GAPDH和HPRT1两个稳定表达的看家基因,证实了小鼠基因表达转录分析中内参基因选择的必要性和可行性。

大鼠心肌梗死模型中管家基因的选择

目的反转录聚合酶链反应（RT—PCR）广泛应用于基因表达分析，其中选择合适的管家基因非常重要。大鼠心肌梗死模型是心肌梗死相关研究的主要动物模型，而心肌梗死后大鼠管家基因选择问题研究报道则较少。本研究拟探讨大鼠心梗模型中管家基因表达的稳定性。方法结扎冠脉前降支制作心梗模型，分析并挑选出使用广泛的4个标准管家基因：3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH），核糖体蛋白L13A（RPL13A），β-肌动蛋白（ACTB），结合区连接蛋白（ARBP）；用实时荧光反转录-聚合酶链反应方法比较它们在心梗大鼠心脏中的表达，采用GeNorm程序分析最适于心肌梗死后大鼠基因表达管家基因研究。结果RPL13A、GAPDH、ARBP及ACTB基因表达稳定度的平均值（M值）分别为0．812、0．721、0．812和1．2。结论GAPDH及ARBP是大鼠心梗模型中表达最稳定的基因。

乳腺癌细胞(MCF-7)内参基因的选择

将稳定转染了真核表达载体pcDNA V5 HisB-rib-esp的乳腺癌细胞(MCF-7)和正常传代细胞分别于10%和20%胎牛血清(FBS)的DMEM条件下培养,连续传代3次以上。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测上述4种细胞样品中5种常用看家基因3磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、肌动蛋白(β-actin)RNA聚合酶Ⅱ(RPⅡ)、β2微球蛋白(β2-M)、18S核糖体RNA(18SrRNA)的mRNA稳定表达情况,并使用geNorm程序对其稳定性进行评价确定需要的内参基因数目,以选择转染过程中表达最稳定的内参基因。结果表明,5种看家基因表达稳定度M值的排序为:RPⅡ=18SrRNA>β2-M>β-actin>GAPDH,需要2个内参基因(RPⅡ和18SrRNA)共同校正目的基因的表达。RPⅡ和β2-M分别是不同血清下和转染前后表达最稳定的内参。