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Tumor necrosis factor-stimulated gene-6 ameliorates early brain injury after subarachnoid hemorrhage by suppressing NLRC4 inflammasome-mediated astrocyte pyroptosis
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作者 Mingxiang Ding Lei Jin +4 位作者 Boyang Wei Wenping Cheng Wenchao Liu Xifeng Li Chuanzhi Duan 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2024年第5期1064-1071,共8页
Subarachnoid hemorrhage is associated with high morbidity and mortality and lacks effective treatment.Pyroptosis is a crucial mechanism underlying early brain injury after subarachnoid hemorrhage.Previous studies have... Subarachnoid hemorrhage is associated with high morbidity and mortality and lacks effective treatment.Pyroptosis is a crucial mechanism underlying early brain injury after subarachnoid hemorrhage.Previous studies have confirmed that tumor necrosis factor-stimulated gene-6(TSG-6)can exert a neuroprotective effect by suppressing oxidative stress and apoptosis.However,no study to date has explored whether TSG-6 can alleviate pyroptosis in early brain injury after subarachnoid hemorrhage.In this study,a C57BL/6J mouse model of subarachnoid hemorrhage was established using the endovascular perforation method.Our results indicated that TSG-6 expression was predominantly detected in astrocytes,along with NLRC4 and gasdermin-D(GSDMD).The expression of NLRC4,GSDMD and its N-terminal domain(GSDMD-N),and cleaved caspase-1 was significantly enhanced after subarachnoid hemorrhage and accompanied by brain edema and neurological impairment.To explore how TSG-6 affects pyroptosis during early brain injury after subarachnoid hemorrhage,recombinant human TSG-6 or a siRNA targeting TSG-6 was injected into the cerebral ventricles.Exogenous TSG-6 administration downregulated the expression of NLRC4 and pyroptosis-associated proteins and alleviated brain edema and neurological deficits.Moreover,TSG-6 knockdown further increased the expression of NLRC4,which was accompanied by more severe astrocyte pyroptosis.In summary,our study revealed that TSG-6 provides neuroprotection against early brain injury after subarachnoid hemorrhage by suppressing NLRC4 inflammasome activation-induced astrocyte pyroptosis. 展开更多
关键词 ASTROCYTE early brain injury INFLAMMASOME NLRC4 PYROPTOSIS subarachnoid hemorrhage tumor necrosis factor-stimulated gene-6(TSG-6)
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一株牛呼吸道冠状病毒的分离鉴定及部分生物学特征
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作者 班玛王清 陈曦 +3 位作者 岳怡 苏玉蓉 岳华 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期3094-3104,共11页
牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是引起牛呼吸道疾病和消化道疾病的重要病原之一。本研究旨在分离牛呼吸道冠状病毒(BRCV)并研究其部分生物学特性。采集暴发呼吸道疾病的肉牛鼻拭子,经荧光定量PCR鉴定为BCoV阳性。将阳性样本接种... 牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是引起牛呼吸道疾病和消化道疾病的重要病原之一。本研究旨在分离牛呼吸道冠状病毒(BRCV)并研究其部分生物学特性。采集暴发呼吸道疾病的肉牛鼻拭子,经荧光定量PCR鉴定为BCoV阳性。将阳性样本接种人盲肠腺癌细胞(HCT-8),分离纯化后,对引起细胞病变的病毒分离株的S和HE基因进行序列测定和系统发育分析,并将病毒分离株接种BALB/c小鼠进行致病性研究。结果显示,成功分离到1株致细胞病变的毒株,经荧光定量PCR、间接免疫荧光和电镜观察鉴定为BRCV,蚀斑纯化后计算病毒TCID_(50)为10^(-8.46)·0.1 mL^(-1)。S基因和HE基因序列分析表明两种基因均发生重组事件;S蛋白具有2个独特的氨基酸突变(A33G和A975V),分别位于S1亚基的受体结合域和S2亚基;HE基因具有2个独特的氨基酸突变(L235R和L365F),分别位于凝集素域和近膜端域。分离株对4周龄BALB/c小鼠具有较强的致病性,能够引起小鼠呼吸加快和腹泻等临床症状,剖检和组织病理学显示肺和肠道出血,病毒主要分布在肺和肠组织,以肺组织中病毒载量最高。本研究首次在国内肉牛中分离到1株BRCV,S和HE基因分子有独特氨基酸突变,成功建立了小鼠感染模型,为进一步研究BCoV的生物学特性和遗传进化提供了参考。 展开更多
关键词 牛呼吸道冠状病毒 S基因 HE基因 小鼠 致病性
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2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析 被引量:11
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作者 李雨琪 许静茹 +12 位作者 郑欣 黄林洁 周娴静 朱智豪 陈芳婷 邓莹滋 蔡思思 靳雨欣 刘璐 董波 戴爱玲 李晓冰 范克伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期84-91,共8页
为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用Meg... 为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S基因 遗传变异 基因重组 分歧时间
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欧李种质资源自交不亲和S-RNase基因的克隆及序列分析
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作者 郭夕雯 穆霄鹏 +3 位作者 王鹏飞 张建成 张帅 杜俊杰 《中国果树》 2024年第2期38-43,共6页
为鉴定不同欧李种质资源的S基因型,分析欧李S基因序列特点,以70份欧李种质为材料,通过PCR特异性扩增S基因,并克隆测序得到其基因序列。结果表明:利用BFP93/BFP94-1引物,在52份种质中各鉴定到2个S基因,在16份种质中各鉴定到单个S基因,在3... 为鉴定不同欧李种质资源的S基因型,分析欧李S基因序列特点,以70份欧李种质为材料,通过PCR特异性扩增S基因,并克隆测序得到其基因序列。结果表明:利用BFP93/BFP94-1引物,在52份种质中各鉴定到2个S基因,在16份种质中各鉴定到单个S基因,在3-32-扁黄和10-32两份种质中未扩增出条带;共克隆得到120条基因,鉴定得到36种S基因型,并将其中的新基因登录到NCBI中,登录号依次为OQ124075~OQ124109。 展开更多
关键词 欧李 S基因 自交不亲和 特异性引物
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广西地区腹泻仔猪呼肠孤病毒的感染及序列分析
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作者 隆美金 陆颖 +8 位作者 李茂宁 易春华 廖梦娟 余科辰 覃一峰 陈樱 韦祖樟 黄伟坚 欧阳康 《动物医学进展》 北大核心 2024年第7期31-37,共7页
为了解广西地区腹泻仔猪中哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)的感染情况及主要流行毒株,应用套式RT-PCR对广西部分地区2020-2022年173份腹泻猪样品进行检测,并选取部分阳性样品进行S 1基因扩增与分析,进一步了解广西地区MRV主要流行毒株的基因特... 为了解广西地区腹泻仔猪中哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)的感染情况及主要流行毒株,应用套式RT-PCR对广西部分地区2020-2022年173份腹泻猪样品进行检测,并选取部分阳性样品进行S 1基因扩增与分析,进一步了解广西地区MRV主要流行毒株的基因特征。结果显示,2020-2022年173份样品MR总阳性率为18%(32/173),各年阳性率分别为29.6%、9.9%和33%。获得1株S 1基因全长序列,序列比对结果发现该序列与其他MRV S 1基因序列的核苷酸同源性为43.4%~97.9%,氨基酸同源性为26.1%~97.8%;遗传进化分析显示,获得的毒株序列为MRV3型,与其他猪源MRV3型毒株ZJ2013、IND/MZ/3013789/reo在同一分支上,同属于谱系Ⅳ。结果表明广西地区猪群存在一定程度的MRV感染,为进一步防控广西腹泻猪群中MRV的流行提供科学依据。 展开更多
关键词 哺乳动物呼肠孤病毒 S 1基因 序列分析 感染情况
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Metadherin-driven promotion of cancer stem cell phenotypes and its effect on immunity in hepatocellular carcinoma
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作者 Nevena Todorović Amedeo Amedei 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2024年第20期2624-2628,共5页
In this editorial we provide commentary on the article published by Wang et al,featured in the recent issue of the World Journal of Gastroenterology in 2024.We focus on the metadherin(MTDH),also known as astrocyte ele... In this editorial we provide commentary on the article published by Wang et al,featured in the recent issue of the World Journal of Gastroenterology in 2024.We focus on the metadherin(MTDH),also known as astrocyte elevated gene-1 or lysine rich CEACAM1,and its effects on cancer stem cells(CSCs)and immunity in hepatocellular carcinoma(HCC).HCC is the most common primary liver cancer and one of the leading causes of cancer-related deaths worldwide.Most HCC cases develop in the context of liver cirrhosis.Among the pivotal mechanisms of carcinogenesis are gene mutations,dysregulation of diverse signaling pathways,epigenetic alterations,hepatitis B virus-induced hepatocarcinogenesis,chronic inflammation,impact of tumor microenvironment,oxidative stress.Over the years,extensive research has been conducted on the MTDH role in various tumor pathologies,such as lung,breast,ovarian,gastric,hepatocellular,colorectal,renal carcinoma,neuroblastoma,melanoma,and leukemias.Specifically,its involvement in tumor development processes including transformation,apoptosis evasion,angiogenesis,invasion,and metastasis via multiple signaling pathways.It has been demonstrated that knockdown or knockout of MTDH disrupt tumor development and metastasis.In addition,numerous reports have been carried out regarding the MTDH influence on HCC,demonstrating its role as a predictor of poor prognosis,aggressive tumor phenotypes prone to metastasis and recurrence,and exhibiting significant potential for therapy resistance.Finally,more studies finely investigated the influence of MTDH on CSCs.The CSCs are a small subpopulation of tumor cells that sharing traits with normal stem cells like self-renewal and differentiation abilities,alongside a high plasticity that alters their phenotype.Beyond their presumed role in tumor initiation,they can drive also disease relapse,metastasis,and resistance to chemo and radiotherapy. 展开更多
关键词 Hepatocellular carcinoma Metadherin Astrocyte elevated gene-1 Lysine rich
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PROS1基因新同义突变致以脑梗死起病的遗传性蛋白S缺陷症家系调查
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作者 赵瑾莹 潘蓉蓉 +4 位作者 金慧慧 刘春梅 黄婷 张颖冬 田有勇 《临床神经病学杂志》 CAS 2024年第3期184-187,共4页
目的调查一个以急性脑梗死起病的遗传性蛋白S缺陷症家系的临床特征,分析其PROS1基因的突变特点。方法收集先证者及其直系亲属的临床资料,采集血标本,检测蛋白S活性水平并对PROS1基因进行测序。结果该家系直系亲属三代8人,其中3名确诊为... 目的调查一个以急性脑梗死起病的遗传性蛋白S缺陷症家系的临床特征,分析其PROS1基因的突变特点。方法收集先证者及其直系亲属的临床资料,采集血标本,检测蛋白S活性水平并对PROS1基因进行测序。结果该家系直系亲属三代8人,其中3名确诊为遗传性蛋白S缺陷症,先证者及其兄均表现为急性脑梗死,余家系成员尚未发生血栓事件。检测蛋白S活性:先证者、先证者之兄、先证者母亲分别为16.8%、38.0%、31.8%,父亲正常。基因分析发现先证者、先证者之兄、先证者母亲PROS1基因第11外显子均存在c.1323G>A杂合变异,父亲为野生型。结论本家系为一个新发现的由PROS1基因c.1323G>A同义突变引起的遗传性蛋白S缺陷症家系;此突变可能导致青年缺血性脑卒中的发生。 展开更多
关键词 青年缺血性脑卒中 PROS1基因 同义突变 遗传性蛋白S缺陷症
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帕金森病患者血清LCN2、PROS1水平变化及其与疾病分期、认知障碍的相关性
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作者 单树崇 吴召军 何清 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第9期1068-1072,1079,共6页
目的探讨帕金森病(PD)患者血清脂质运载蛋白2(LCN2)、蛋白S基因(PROS1)水平变化及其与疾病分期、认知障碍的相关性。方法选取2019年1月至2022年12月该院诊治的PD患者120例为研究对象(PD组),参考改良版Hoehn-Yahr分级(H-Y分级),分为早期P... 目的探讨帕金森病(PD)患者血清脂质运载蛋白2(LCN2)、蛋白S基因(PROS1)水平变化及其与疾病分期、认知障碍的相关性。方法选取2019年1月至2022年12月该院诊治的PD患者120例为研究对象(PD组),参考改良版Hoehn-Yahr分级(H-Y分级),分为早期PD组(0~1.5级,n=50),中期PD组(>1.5~3.0级,n=39),晚期PD组(>3.0~5.0级,n=31)。以同期健康体检的60例体检健康者为对照组。检测两组血清LCN2、PROS1水平。比较不同PD疾病分期PD患者血清LCN2、PROS1水平差异。Spearman秩相关分析血清LCN2、PROS1水平与简易智力状态检查量表(MMSE),蒙特利尔认知评估量表(MoCA)及H-Y分级的相关性。多因素Logistic回归分析影响PD患者认知功能障碍的相关因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清LCN2、PROS1水平对PD患者认知障碍的评估价值。结果PD组血清LCN2、PROS1水平分别为(97.47±11.28)μg/L、(77.52±8.69)μg/L,明显高于对照组(40.15±6.22)μg/L、(32.49±4.37)μg/L,差异均有统计学意义(t=36.641、37.783,均P<0.05)。晚期PD组血清LCN2、PROS1水平高于早期、中期PD组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。认知障碍组PD患者病程、血清LCN2、PROS1、H-Y分级均高于认知正常组患者,而MoCA评分、MMSE评分低于认知正常组,差异均有统计学意义(P<0.05)。血清LCN2、PROS1水平与MoCA评分,MMSE评分呈负相关(r=-0.634、-0.489,均P<0.05),与H-Y分级呈正相关(r=0.467、0.625,均P<0.05)。血清LCN2、PROS1是影响PD患者认知功能障碍的相关危险因素。血清LCN2、PROS1单独及联合对PD患者认知功能障碍预测的曲线下面积(AUC)为0.905(95%CI:0.868~0.955),0.803(95%CI:0.764~0.849),0.836(95%CI:0.770~0.867),血清LCN2、PROS1联合检测AUC明显高于单独检测,差异具有统计学意义(Z=5.558,4.974,均P<0.001)。结论PD患者血清LCN2、PROS1水平升高,与PD疾病分期、认知障碍有关,两者联合检测对PD患者认知障碍具有较高的评估价值。 展开更多
关键词 帕金森病 脂质运载蛋白2 蛋白S基因 疾病分期 认知功能障碍
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2022年江苏省4种猪腹泻病毒分子流行病学调查
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作者 樊毛迪 李群 +7 位作者 侯闻闻 朱振邦 丁国伟 范娟 李智 曲向阳 陈昌海 李向东 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第8期44-58,共15页
为了解江苏省猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪δ冠状病毒(PDCoV)、猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的遗传变异趋势,采集了2022年江苏省不同猪场的病猪腹泻病料36份,使用RT-PCR方法分别检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV感染... 为了解江苏省猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪δ冠状病毒(PDCoV)、猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的遗传变异趋势,采集了2022年江苏省不同猪场的病猪腹泻病料36份,使用RT-PCR方法分别检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV感染情况,并对部分检测结果为阳性的PEDV、TGEV、PDCoV进行S基因扩增、测序和分析,对PoRV进行VP4、VP7基因扩增、测序和分析,共获得8个PESV S基因,1个TGEV S基因,1个PDCoV S基因,9个PoRV VP4及VP7基因序列。基于PEDV S基因的序列分析结果表明,2022年江苏PEDV流行毒株与我国2010年以来流行的GⅡ-b亚群变异株的序列同源性为97.0%~99.7%,属于同一亚群,而与CV777、SD-M等早期毒株亲缘关系较远;江苏PEDV流行毒株S1蛋白区域存在氨基酸的突变、插入及缺失,不同流行毒株之间存在一定的差异。基于TGEV S基因的序列分析结果表明,江苏TGEV流行毒株与中国毒株WH-1同源性最高,为99.9%;其S基因仅发生了3个氨基酸突变。基于PDCoV S基因的序列分析结果表明,江苏PDCoV流行毒株与CHN/HG/2017株的同源性最高,为98.2%,与来自中国、越南、老挝、泰国等东南亚国家的毒株亲缘关系较近,属于同一群;江苏PDCoV流行毒株的S1蛋白区域发生6个氨基酸的突变。基于PoRV VP4及VP7基因的序列分析结果表明,江苏PoRV流行毒株属于A群轮状病毒,具有G3[P13]型、G3[P23]型、G4[P13]型、G4[P23]型、G9[P13]型、G9[P23]和G11[P13]型7个不同的基因组合型。本研究结果为掌握江苏地区PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV的流行情况、遗传进化趋势及其防控提供了理论依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪δ冠状病毒 猪轮状病毒 S基因 VP4基因 VP7基因
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铜死亡相关基因DLAT在胰腺癌中的表达及临床意义
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作者 张钦泉 匡鹏 +4 位作者 董毅 王理承 毛连春 李中虎 金炜东 《联勤军事医学》 CAS 2024年第2期105-112,共8页
目的 探讨铜死亡相关基因在胰腺癌中发挥的作用,构建预后模型,筛选并验证铜死亡相关基因在胰腺癌中发挥的重要作用。方法 利用生物学数据库分析胰腺癌中铜死亡相关基因的表达水平、预后分析并构建预后模型。结果 以二氢硫辛酰胺S-乙酰... 目的 探讨铜死亡相关基因在胰腺癌中发挥的作用,构建预后模型,筛选并验证铜死亡相关基因在胰腺癌中发挥的重要作用。方法 利用生物学数据库分析胰腺癌中铜死亡相关基因的表达水平、预后分析并构建预后模型。结果 以二氢硫辛酰胺S-乙酰转移酶(dihydrolipoamide S-acetyltransferase, DLAT)为代表的铜死亡相关基因在胰腺癌中高表达(P均<0.05)。以铜死亡相关基因构建预后模型,与低风险评分胰腺癌患者相比,高风险评分胰腺癌患者预后较差(P<0.05)。公共数据库及临床数据的免疫组织化学法验证了DLAT在胰腺癌中高表达不利于胰腺癌患者预后,其表达水平可作为胰腺癌患者病情进展的独立危险因素(P均<0.05)。结论 铜死亡相关基因可以作为胰腺癌患者潜在的预后预测因子。以DLAT为代表的铜死亡相关基因可能为胰腺癌治疗提供新的途径。 展开更多
关键词 铜死亡相关基因 二氢硫辛酰胺S-乙酰转移酶 胰腺癌 免疫组织化学 预后
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To Analyze the Sensitivity of RT-PCR Assays Employing S Gene Target Failure with Whole Genome Sequencing Data during Third Wave by SARS-CoV-2 Omicron Variant
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作者 Pooja Patel Yogita Mistry +1 位作者 Monika Patel Summaiya Mullan 《Advances in Microbiology》 CAS 2024年第5期247-255,共9页
Introduction: Omicron is a highly divergent variant of concern (VOCs) of a severe acute respiratory syndrome SARS-CoV-2. It carries a high number of mutations in its spike protein hence;it is more transmissible in the... Introduction: Omicron is a highly divergent variant of concern (VOCs) of a severe acute respiratory syndrome SARS-CoV-2. It carries a high number of mutations in its spike protein hence;it is more transmissible in the community by immune evasion mechanisms. Due to mutation within S gene, most Omicron variants have reported S gene target failure (SGTF) with some commercially available PCR kits. Such diagnostic features can be used as markers to screen Omicron. However, Whole Genome Sequencing (WGS) is the only gold standard approach to confirm novel microorganisms at genetically level as similar mutations can also be found in other variants that are circulating at low frequencies worldwide. This Retrospective study is aimed to assess RT-PCR sensitivity in the detection of S gene target failure in comparison with whole genome sequencing to detect variants of Omicron. Methods: We have analysed retrospective data of SARS-CoV-2 positive RT-PCR samples for S gene target failure (SGTF) with TaqPath COVID-19 RT-PCR Combo Kit (ThermoFisher) and combined with sequencing technologies to study the emerged pattern of SARS-CoV-2 variants during third wave at the tertiary care centre, Surat. Results: From the first day of December 2021 till the end of February 2022, a total of 321,803 diagnostic RT-PCR tests for SARS-CoV-2 were performed, of which 20,566 positive cases were reported at our tertiary care centre with an average cumulative positivity of 6.39% over a period of three months. In the month of December 21 samples characterized by the SGTF (70/129) were suggestive of being infected by the Omicron variant and identified as Omicron (B.1.1.529 lineage) when sequence. In the month of January, we analysed a subset of samples (n = 618) with SGTF (24%) and without SGTF (76%) with Ct values Conclusions: During the COVID-19 pandemic, it took almost more than 15 days to diagnose infection and identify pathogen by sequencing technology. In contrast to that molecular assay provided quick identification with the help of SGTF phenomenon within 5 hours of duration. This strategy helps scientists and health policymakers for the quick isolation and identification of clusters. That ultimately results in a decreased transmission of pathogen among the community. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 S Gene Target Failure Whole Genome Sequencing Omicron
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基于GENE-8310的嵌入式TinyOs系统设计
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作者 张丽华 傅剑伟 钱慧 《现代电子技术》 2008年第4期159-161,共3页
无线传感器网络是当前国际上备受关注的、多学科高度交叉、知识高度集成的前沿热点研究技术,其核心技术Tinyos被誉为是"无线嵌入式系统"。在嵌入式开发板GENE-8310上移植Tinyos应用操作系统是一次技术上的新尝试,将GENE-8310... 无线传感器网络是当前国际上备受关注的、多学科高度交叉、知识高度集成的前沿热点研究技术,其核心技术Tinyos被誉为是"无线嵌入式系统"。在嵌入式开发板GENE-8310上移植Tinyos应用操作系统是一次技术上的新尝试,将GENE-8310作为无线传感器网络中的远程服务器,实现无线网络与有线网络的跨网段传输和远程网络监控将进一步推动无线传感器网络的技术的发展。 展开更多
关键词 WSN TINYOS 嵌入式 ZIGBEE gene-8310
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Downregulation of Astrocyte Elevated Gene-1 Expression Combined with All-Trans Retinoic Acid Inhibits Development of Vasculogenic Mimicry and Angiogenesis in Glioma 被引量:1
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作者 Chen LIANG Ling YANG +1 位作者 Shi-wen GUO Rui-chun LI 《Current Medical Science》 SCIE CAS 2022年第2期397-406,共10页
Objective This study aimed to investigate the effects of downregulating astrocyte elevated gene-1(AEG-1)expression combined with all-trans retinoic acid(ATRA)on vasculogenic mimicry(VM)formation and angiogenesis in gl... Objective This study aimed to investigate the effects of downregulating astrocyte elevated gene-1(AEG-1)expression combined with all-trans retinoic acid(ATRA)on vasculogenic mimicry(VM)formation and angiogenesis in glioma.Methods U87 glioma cells were transfected with AEG-1 shRNA lentiviral vectors(U87-siAEG-1)and incubated in a medium containing 20µmol/L ATRA.Matrigel-based tube formation assay was performed to evaluate VM formation,and the cell counting kit-8(CCK-8)assay was used to analyze the proliferation of glioma cells in vitro.Reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction and Western blot analysis were used to investigate the mRNA and protein expression of related genes,respectively.Glioma xenograft models were generated via subcutaneous implantation of glioma cells in nude mice.Tumor-bearing mice received an intraperitoneal injection of ATRA(10 mg/kg per day).Immunohistochemistry was used to evaluate the expression of related genes and the microvessel density(MVD)in glioma xenograft models.CD34/periodic acid-Schiff double staining was performed to detect VM channels in vivo.The volume and weight of tumors were measured,and a tumor growth curve was drawn to evaluate tumor growth.Results A combination of ATRA intervention and downregulation of AEG-1 expression significantly inhibited the proliferation of glioma cells in vitro and glioma VM formation in vitro and in vivo.It also significantly decreased MVD and inhibited tumor growth.Further,the expression levels of matrix metalloproteinase(MMP)-2,MMP-9,vascular endothelial-cadherin(VE-cadherin),and vascular endothelial growth factor(VEGF)in glioma significantly decreased in vivo and in vivo.Conclusion Hence,a combinatorial approach might be effective in treating glioma through regulating MMP-2,MMP-9,VEGF,and VE-cadherin expression. 展开更多
关键词 astrocyte elevated gene-1 GLIOMA all-trans retinoic acid vasculogenic mimicry ANGIOGENESIS
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Expression of hypoxia-inducible factor 1 alpha and oligodendrocyte lineage gene-1 in cultured brain slices after oxygen-glucose deprivation
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作者 Hong Cui Weijuan Han +1 位作者 Lijun Yang Yanzhong Chang 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2013年第4期328-337,共10页
Oligodendrocyte lineage gene-1 expressed in oligodendrocytes may trigger the repair of neuronal myelin impairment, and play a crucial role in myelin repair. Hypoxia-inducible factor la, a transcription factor, is of g... Oligodendrocyte lineage gene-1 expressed in oligodendrocytes may trigger the repair of neuronal myelin impairment, and play a crucial role in myelin repair. Hypoxia-inducible factor la, a transcription factor, is of great significance in premature infants with hypoxic-ischemic brain damage There is little evidence of direct regulatory effects of hypoxia-inducible factor le on oligodendrocyte lineage gene-l. In this study, brain slices of Sprague-Dawley rats were cultured and subjected to oxygen-glucose deprivation. Then, slices were transfected with hypoxia-inducible factor la or oligodendrocyte lineage gene-1. The expression levels of hypoxia-inducible factor la and oligodendrocyte lineage gene-1 were significantly up-regulated in rat brains prior to transfection, as detected by immunohistochemical staining. Eight hours after transfection of slices with hypoxia-inducible factor la, oligodendrocyte lineage gene-1 expression was upregulated, and reached a peak 24 hours after transfection. Oligodendrocyte lineage gene-1 transfection induced no significant differences in hypoxia-inducible factor la levels in rat brain tissues with oxygen-glucose deprivation. These experimental findings indicate that hypoxia-inducible factor la can regulate oligodendrocyte lineage gene-1 expression in hypoxic brain tissue, thus repairing the neural impairment. 展开更多
关键词 neural regeneration brain injury biological factors hypoxia-inducible factor la oligodendrocyte lineage gene-1 oxygen-glucose deprivation brain slice culture immunohistochemistry OLIGODENDROCYTE myelin repair premature delivery rat grants-supported paper photographs-containing paper neuroregeneration
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表达猪流行性腹泻病毒变异株S基因重组伪狂犬病病毒的构建与鉴定 被引量:2
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作者 张传健 郭仕琦 +6 位作者 郭容利 刘晓琳 陈赛赛 王志胜 曾容愚 咼荣兵 王继春 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第2期51-58,共8页
为研制预防猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株感染的重组伪狂犬病病毒(PRV)活载体疫苗,本研究应用PRV变异株的细菌人工染色体和同源重组技术,将PEDV流行株的S基因表达盒插入PRV基因组UL40与UL41之间的非编码区,构建重组病毒rPRV-S(UL40-41)... 为研制预防猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株感染的重组伪狂犬病病毒(PRV)活载体疫苗,本研究应用PRV变异株的细菌人工染色体和同源重组技术,将PEDV流行株的S基因表达盒插入PRV基因组UL40与UL41之间的非编码区,构建重组病毒rPRV-S(UL40-41),该毒株还缺失了TK和gE基因。生长动力学显示该毒株在猪睾丸(ST)细胞的增殖效率与亲本毒株相似,表明S基因表达盒的插入对病毒生长性能无显著影响。重组病毒在ST细胞传至15代,PCR和测序鉴定S基因未发生碱基的丢失和变异,间接免疫荧光显示重组病毒感染鸡胚成纤维细胞后可稳定表达S蛋白。应用该毒株接种断奶仔猪,产生低水平的针对PEDV的抗体。该研究为PRV活载体疫苗的构建奠定了基础。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 猪流行性腹泻病毒 重组病毒 S基因 细菌人工染色体
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牛冠状病毒河北流行株部分基因全序列测定及分子特征分析 被引量:1
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作者 刘莹 顾文源 +5 位作者 刘媛 曹立辉 彭志豪 王梦佳 左玉柱 范京惠 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第1期191-202,共12页
牛冠状病毒(BCoV)是引起新生犊牛腹泻的重要病原之一,在世界范围内广泛分布,严重影响养牛业的健康发展。为确定河北省BCoV流行毒株的基因遗传进化特征,本研究对从河北省某牛场腹泻犊牛的粪便和肠内容物中鉴定出的1株BCoV流行毒株(BCoV/C... 牛冠状病毒(BCoV)是引起新生犊牛腹泻的重要病原之一,在世界范围内广泛分布,严重影响养牛业的健康发展。为确定河北省BCoV流行毒株的基因遗传进化特征,本研究对从河北省某牛场腹泻犊牛的粪便和肠内容物中鉴定出的1株BCoV流行毒株(BCoV/CH/HB-BD/2019),进行了S、N、HE基因的全序列扩增及测定,并与GenBank中的51株牛冠状病毒参考株进行了各基因的同源性和遗传进化分析。结果显示:BCoV/CH/HB-BD/2019与BCoV参考株相比,S基因具有2个独特的氨基酸变异位点(N311S、D1276Y);在HE基因中HB-BD株出现2个独特的氨基酸变异位点,分别为G400V、D423H;虽然在基因的重组分析中,HB-BD株HE基因序列并没有检测到基因重组信号,但通过检测我们发现,HB-BD株HE基因序列为其新疆毒株(KU886219.1)推测的主要亲本毒株;进化分析发现,BCoV HB-BD株与人冠状病毒(HCoV-OC43)均属于β类冠状病毒属2a亚群,且同源性高达96.0%,而正在全世界范围内传播的SARS-CoV-2属于β类冠状病毒属2b亚群病毒,BCoV与SARS-CoV-2属于同一冠状病毒属不同亚群。本研究为牛冠状病毒病的防控以及进一步揭示冠状病毒之间的关系提供了依据。 展开更多
关键词 牛冠状病毒 S基因 N基因 HE基因 序列扩增 序列分析
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AAEON Gene-6320
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《世界仪表与自动化》 2004年第4期48-48,共1页
关键词 单板电脑 gene-6320 研扬科技(苏州)有限公司 模块设计 多媒体 局域网
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陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析
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作者 朱小甫 吴旭锦 +2 位作者 郑红青 尹宝英 熊忙利 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第2期1-10,21,共11页
【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株... 【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4149~4167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978~OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%~98.3%,氨基酸同源性为91.0%~98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%~98.5%,氨基酸同源性为87.8%~98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%(88/1383),其中在59~62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160~161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S基因 基因序列分析 生物学信息 陕西省
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原发性干燥综合征患者唾液腺中染色质调节因子相关基因的表达分析及其与免疫浸润的关系
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作者 张乃丹 刘利洪 +1 位作者 孙家祥 袁成良 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第3期301-305,310,共6页
目的分析染色质调节因子(CRs)相关基因在原发性干燥综合征(pSS)患者唾液腺中的表达情况,并探讨其与pSS患者唾液腺免疫浸润的相关性。方法通过下载并整合基因表达综合数据库(GEO)的3个包含pSS患者和健康对照者唾液腺基因表达阵列的数据集... 目的分析染色质调节因子(CRs)相关基因在原发性干燥综合征(pSS)患者唾液腺中的表达情况,并探讨其与pSS患者唾液腺免疫浸润的相关性。方法通过下载并整合基因表达综合数据库(GEO)的3个包含pSS患者和健康对照者唾液腺基因表达阵列的数据集,纳入38例pSS患者作为pSS组,32例健康对照者作为对照组,并对22189个基因的表达情况进行分析,包括筛选与CRs有关的差异表达基因(DEGs)、基因本体论(GO)富集分析。所有数据集都在R语言(4.0.3)中使用相关程序包进行分析,采用ssGSEA算法获得不同免疫细胞和免疫功能的免疫浸润评分,并对不同免疫细胞间和不同免疫功能间的免疫浸润评分进行相关性分析。对pSS组和对照组的免疫浸润评分进行差异分析。结果从22189个基因中共筛选出850个与CRs有关的基因表达,差异分析共筛选出11个DEGs,其中包括10个上调基因和1个下调基因。GO富集分析提示,频率最高的4种生物学过程为正向调控DNA修复、调节DNA损伤刺激反应、非同源端连接修复双链DNA和DNA修复,所涉及的细胞组分包括性染色体、PML核体、染色体端粒和核心蛋白复合体。对免疫细胞的相关性分析提示,肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)和B细胞的相关性最高(r=0.90,P<0.001),其次为滤泡辅助性T细胞(Tfh)和TIL(r=0.72,P<0.001);在免疫功能方面,免疫检查点和T细胞共刺激的相关性最高(r=0.92,P<0.001),其次为免疫检查点和CC趋化因子受体(r=0.89,P<0.001)。pSS组9种免疫细胞和8种免疫功能的免疫浸润评分较对照组显著上调(P<0.05)。结论pSS患者唾液腺中DEGs数量较少,但是与受损唾液腺免疫浸润异常有关,值得临床医生的关注。 展开更多
关键词 染色质调节因子 差异表达基因 原发性干燥综合征 免疫浸润
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猪德尔塔冠状病毒CHN/20GXNN-1/2020分离鉴定及遗传进化分析 被引量:3
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作者 速雪丽 秦毅斌 +7 位作者 陆颖 杜琛 赵武 何颖 陈樱 韦祖樟 黄伟坚 欧阳康 《动物医学进展》 北大核心 2023年第1期12-18,共7页
为了解广西地区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的流行特点,对该地区PDCoV进行分离鉴定及遗传进化分析。将20份检测为PDCoV阳性的样品接种于LLC-PK细胞,经RT-PCR及IFA鉴定,获得1株PDCoV,命名为CHN/20GXNN-1/2020。通过TCID50和RT-qPCR测定,该... 为了解广西地区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的流行特点,对该地区PDCoV进行分离鉴定及遗传进化分析。将20份检测为PDCoV阳性的样品接种于LLC-PK细胞,经RT-PCR及IFA鉴定,获得1株PDCoV,命名为CHN/20GXNN-1/2020。通过TCID50和RT-qPCR测定,该毒株的病毒滴度及病毒载量在连续传代过程中逐步增高。其S基因核苷酸在153 bp-155 bp位置存在3 bp的缺失,氨基酸有23个位点发生突变。S基因同源性分析结果表明,PDCoV毒株CHN/20GXNN-1/2020与中国多数流行毒株的亲缘关系更近。结果表明,分离鉴定出1株新的PDCoV毒株,为冠状病毒生物学特性研究提供了材料,也为进一步开展病毒致病性研究及疫苗研制奠定了基础。 展开更多
关键词 猪德尔塔冠状病毒 分离鉴定 S基因 遗传进化分析
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