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Optimization of Multiplex PCR Systems for Gene-chip Detection of Mutations in Exons in cTnI Gene Associated with FHCM
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作者 Nongyue He Yuanying Zhang Jinan Zhang 《稀有金属材料与工程》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第A03期270-273,共4页
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is one of the diseases damaging people health most badly and some mutations of exons in cardiac troponin I (cTnI) gene are closely associated with family hypertrophic cardiomyopathy (... Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is one of the diseases damaging people health most badly and some mutations of exons in cardiac troponin I (cTnI) gene are closely associated with family hypertrophic cardiomyopathy (FHCM).A microarray was fabricated to screen mutations in exons 3,5,7,and 8 in cTnI gene.Primers were designed for the PCR (polymerase chain reaction) to amplify the target DNA fragments from fresh blood samples.In order to simplify the PCR process,multiplex PCR technology was investigated in detail.The concentration of Mg^(2+) played an important role in multiplex PCR process,a properly low concentration of Mg^(2+) submitted a better speciality of PCR products.The speciality was also favored when the annealing temperature was reasonably enhanced and 64℃is the optimal annealing temperature for the multiplex PCR systems.When applying the fabricated gene-chip to detect the target fragments from PCR mixture,the signal intensity sequence is in accordance with that from theoretic estimate. 展开更多
关键词 hypertrophic cardiomyopathy(HCM) gene-chip multiplex PCR mutation HYBRIDIZATION
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基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制
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作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 GEO差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
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甲真菌病的真菌学检测方法研究进展
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作者 曹冰莹 廖德君 +1 位作者 杨茜 杨政敏 《皮肤性病诊疗学杂志》 2024年第2期129-135,共7页
目前甲真菌病被认为是全球分布的主要公共卫生问题之一。甲真菌病的诊断依靠典型临床表现、真菌学检查(真菌镜检和真菌培养)以及甲病理检查。传统的真菌学检测方法在精准快速地鉴定真菌种类方面存在较大困难。免疫学诊断、基于PCR的分... 目前甲真菌病被认为是全球分布的主要公共卫生问题之一。甲真菌病的诊断依靠典型临床表现、真菌学检查(真菌镜检和真菌培养)以及甲病理检查。传统的真菌学检测方法在精准快速地鉴定真菌种类方面存在较大困难。免疫学诊断、基于PCR的分子鉴定、基因芯片技术、LAMP、MALDI-TOF MS及光谱学鉴定等新兴诊断技术具有快速、简便、精准的优点,能够克服传统诊断技术的局限性。本文阐述甲真菌病真菌学检测方法的研究进展,旨在发现和总结传统诊断方法与新兴诊断方法的优缺点,以便新兴检测方法的研究与发展。 展开更多
关键词 甲真菌病 真菌 检测方法 基因芯片
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产前序贯性筛查遗传性耳聋基因携带者的临床意义分析
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作者 李珊珊 张萌 +2 位作者 陈玉娇 闫有圣 王一鹏 《中国临床新医学》 2024年第7期765-771,共7页
目的分析产前序贯性筛查遗传性耳聋基因携带者的临床意义。方法选择2022年5月至12月于首都医科大学附属北京妇产医院进行遗传性耳聋基因突变位点筛查的孕妇9391例,采用微流控芯片法检测遗传性耳聋基因,分析其在孕妇人群中的携带率。对检... 目的分析产前序贯性筛查遗传性耳聋基因携带者的临床意义。方法选择2022年5月至12月于首都医科大学附属北京妇产医院进行遗传性耳聋基因突变位点筛查的孕妇9391例,采用微流控芯片法检测遗传性耳聋基因,分析其在孕妇人群中的携带率。对检出GJB2基因和SLC26A4基因变异的孕妇配偶采用靶向高通量测序进行相同致病基因筛查,当夫妻双方均检出同一基因致病变异时建议对胎儿进行致病基因的产前诊断。对于检出GJB3基因变异孕妇,建议其进行听力学评估和遗传咨询及随访。对检出线粒体12S rRNA基因变异孕妇进行遗传咨询及用药指导。结果9391例孕妇中检出遗传性耳聋基因突变携带者1002例,携带率为10.67%;GJB2、SLC26A4、GJB3及线粒体12S rRNA突变的携带率分别为7.93%、1.99%、0.28%和0.15%。突变经Sanger测序验证,符合率达99.80%。293例GJB2基因或SLC26A4基因突变携带者的配偶进行了序贯性筛查,其中4对夫妇双方检出携带相同基因上的致病突变位点,经羊水细胞测序,1例为GJB2 c.235 del C纯合突变,1例为SLC26A4 c.919-2 A>G纯合突变,其余2例均为杂合突变。结论产前序贯性筛查耳聋基因携带者不仅可以筛查遗传性耳聋基因突变的携带者,还可以发现药物性耳聋敏感性个体,从而实现耳聋胎儿早期诊断、早期干预和及时预警。 展开更多
关键词 遗传性耳聋基因 微流控芯片 产前筛查 遗传咨询
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基于高世代姊妹系发掘玉米穗长性状QTL及候选基因
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作者 孙瑞东 李艺萌 +6 位作者 黄然 刘颖 周筱航 丁明阳 刘新航 吕香玲 李凤海 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期270-278,共9页
玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K... 玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K基因芯片分别对亲本及F2群体进行基因型分析,并通过ICIM、GCIM和dQTGseq 3种方法对F2和F2:3群体的穗长进行QTL定位。结果表明,3种方法共定位到7个与穗长相关QTL位点和43个QTNs,解释了2.04%~10.24%的表型变异。交叉分析不同方法得出的定位结果,在6号染色体上发现一个调控穗长的稳定QTL qEL6.01。根据定位区间内基因注释的结果,并结合参考基因的表达谱数据,共筛选出5个在雌穗中表达的候选基因:Zm00001d035514、Zm00001d035526、Zm00001d035537、Zm00001d035553和Zm00001d035535。本研究结果为玉米穗长基因的克隆及育种改良奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米 穗长性状 QTL 基因芯片 候选基因
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基于高密度基因芯片的福恢2165重要农艺性状分子基础解析
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作者 郑菲艳 毛莹莹 +4 位作者 洪永河 周鹏 胡荣华 张帆涛 涂诗航 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期499-505,共7页
【目的】福恢2165作为一种表现优良的恢复系,具有株叶形态好、配合力高、抗稻瘟病和米质优等特点。因此,明确福恢2165重要农艺性状的分子基础,可以为材料改良和杂交稻育种提供参考,促进福恢2165在水稻生产中的安全应用。【方法】评价福... 【目的】福恢2165作为一种表现优良的恢复系,具有株叶形态好、配合力高、抗稻瘟病和米质优等特点。因此,明确福恢2165重要农艺性状的分子基础,可以为材料改良和杂交稻育种提供参考,促进福恢2165在水稻生产中的安全应用。【方法】评价福恢2165对稻瘟病的抗性表现,并通过水稻全基因组芯片技术分析材料的纯合度及基因组片段来源。检测与产量、抗非生物和生物逆境、品质、生育期、育性和株型等重要农艺性状相关的功能基因。对福恢2165及其亲本进行抗病相关基因的单倍型分析。【结果】福恢2165显示出稳定的稻瘟病抗性,其基因型纯合度高,遗传背景单一。基因组片段来源分析表明,福恢2165的基因组片段更多来自于华航丝苗和蜀恢527。功能基因检测结果表明,福恢2165聚合了多个与重要农艺性状相关的调控基因。此外,单倍型分析进一步揭示了福恢2165含有丰富的抗稻瘟病相关基因资源。【结论】通过深入分析福恢2165的基因型特征和重要农艺性状相关基因,揭示了其遗传特性和抗病性的分子基础。这些结果为福恢2165的遗传改良和育种利用提供了新的理论支持和实践指导。 展开更多
关键词 福恢2165 基因组片段 功能基因 稻瘟病 基因芯片
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基于Goldengate高通量耳聋基因芯片分析听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型
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作者 郭萌 骆莹莹 +2 位作者 闫娇娇 郝建文 卞新华 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第4期563-567,共5页
目的利用Goldengate高通量耳聋基因芯片技术,对听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型进行研究。方法选择2020年2月至2022年2月邢台医学高等专科学校第二附属医院284例听力筛查未通过新生儿,其中男性154例,女性130例;年龄3~10 d,平均... 目的利用Goldengate高通量耳聋基因芯片技术,对听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型进行研究。方法选择2020年2月至2022年2月邢台医学高等专科学校第二附属医院284例听力筛查未通过新生儿,其中男性154例,女性130例;年龄3~10 d,平均年龄6.46 d(标准差1.57 d);体质量2.5~4.1 kg,平均体质量3.26 kg(标准差0.34 kg);家族史10例,用药史15例。采用Goldengate高通量耳聋基因芯片筛查耳聋基因。分析耳聋基因突变位点和类型,研究基因突变患儿与听力损失程度的关系。结果284例听力筛查未通过新生儿中耳聋基因突变32例(11.27%),其中SLC26A4突变18例(6.34%),GJB2突变9例(3.17%),GJB3突变3例(1.06%),TMC1突变1例(0.35%),MYO6突变1例(0.35%)。SLC26A4基因突变频率最高的2个位点分别为IVS7-2A>G(5例)、697G>C(4例),GJB2基因突变频率最高的2个位点分别为299_300delAT(4例)、235deIC(3例),GJB3、TMC1各突变位点仅有1例。18例SLC26A4突变新生儿的Goldengate高通量芯片与Sanger测序法检测结果基本一致。SLC26A4突变新生儿听力损失程度以轻中度为主,而GJB2突变新生儿听力损失程度以中重度为主,SLC26A4、GJB2突变新生儿的听力损失程度分布差异有统计学意义(χ^(2)=7.481,P=0.024)。结论Goldengate高通量耳聋基因芯片分析可准确检测听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型,其中聋病易感型基因主要为SLC26A4、GJB2。 展开更多
关键词 耳聋 基因芯片 基因突变 听力损失 听力筛查
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视觉发育关键期单眼形觉剥夺弱视大鼠视皮层的差异表达基因及其功能分析
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作者 李佳芹 毕爱玲 毕宏生 《山东医药》 CAS 2024年第7期6-11,共6页
目的筛选视觉发育关键期单眼形觉剥夺弱视大鼠视皮层的差异表达基因,并分析其功能。方法选取出生13 d尚未睁眼SD大鼠24只,按随机数字表法均分为空白对照组、模型组。模型组进行右侧眼睑缝合建立单眼形觉剥夺弱视模型。出生60 d,麻醉处... 目的筛选视觉发育关键期单眼形觉剥夺弱视大鼠视皮层的差异表达基因,并分析其功能。方法选取出生13 d尚未睁眼SD大鼠24只,按随机数字表法均分为空白对照组、模型组。模型组进行右侧眼睑缝合建立单眼形觉剥夺弱视模型。出生60 d,麻醉处死大鼠,取其脑组织。用基因芯片实验筛选差异表达基因,用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对差异表达基因进行富集分析。结果与空白对照组比较,模型组左侧视皮层差异表达基因共163个,右侧视皮层差异表达基因数共38个,共有差异表达基因16个。GO富集分析显示,左侧视皮层差异表达基因富集程度大于2的涉及22个条目,右侧视皮层差异表达基因富集程度大于2的涉及19个条目。KEGG富集分析显示,模型组差异表达基因主要功能集中于胚胎背腹轴线形成、光信号传导通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体信号通路、神经营养蛋白信号通路、神经递质配体-受体相互作用信号通路等。其中MAPK1、鸟氨酸结合蛋白Gα2(GNAT2)基因异常表达可能与视功能异常改变有关,MAPK1基因主要功能集中在胚胎背腹轴线形成、MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、神经营养蛋白信号通路、神经配体-受体相互作用信号通路,GNAT2基因主要功能为光信号传导通路。结论视觉发育关键期进行单眼形觉剥夺可造成大鼠大脑视皮层基因异常表达,并引起其调控的信号通路相关基因表达改变,造成视觉信号传导功能异常;MAPK1、GNAT2基因异常表达可能是弱视发病的生物学机制之一。 展开更多
关键词 弱视 形觉剥夺 视觉发育关键期 基因芯片技术 MAPK1基因 GNAT2基因
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快速定性检测人呼吸道样本中冠状病毒基因芯片的制备方法及其效果评价
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作者 郑皓宇 郑文学 +6 位作者 谷奕诺 安一鸣 张嘉琪 张雨涵 张姗姗 孟晓婷 王放 《国际老年医学杂志》 2024年第2期135-141,共7页
目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经... 目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经琼脂糖凝胶电泳筛选验证后,将探针点样于醛基修饰基片,完成了检测芯片制作。结果将聚合酶链式反应扩增产物用10倍梯度稀释法稀释后进行基因芯片检测,结果表明可形成杂交斑点的最低检测浓度为103copies/mL。结论研制的冠状病毒基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,可同时对SARS-CoV-2及其他呼吸道病毒同时进行高通量快速检测。 展开更多
关键词 冠状病毒 流感病毒 基因芯片
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基于基因芯片的嘉禾系列长粒优质食味粳稻综合评价与比较
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作者 丁正权 潘月云 +1 位作者 施扬 黄海祥 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期397-408,共12页
【目的】嘉禾系列长粒粳稻粒型(细)长,外观品质突出,食味优良,丰产性与主栽品种相近,抗病性较好。本研究旨在明确嘉禾系列长粒粳稻品种的特点与存在问题,解析嘉禾系列长粒粳稻品种优质性状形成的遗传基础,为长粒粳稻品种创新利用提供依... 【目的】嘉禾系列长粒粳稻粒型(细)长,外观品质突出,食味优良,丰产性与主栽品种相近,抗病性较好。本研究旨在明确嘉禾系列长粒粳稻品种的特点与存在问题,解析嘉禾系列长粒粳稻品种优质性状形成的遗传基础,为长粒粳稻品种创新利用提供依据。【方法】以5份嘉禾系列长粒粳稻品种(系)为材料,利用GSR40K水稻高密度芯片分析品种籼粳属性、相似度,鉴定育种相关功能基因,同时比较嘉禾系列长粒粳稻品种(系)与东北长粒粳稻稻花香2号遗传基础差异。【结果】嘉禾系列长粒粳稻品种(系)和稻花香2号基因组中,粳稻区段数占比84.20%~88.38%,均为典型粳稻类型;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)间遗传相似度超过92%,基因组相似度为77.59%~91.73%,与稻花香2号遗传相似度为84.55%,基因组相似度为49.52%~53.68%;嘉禾系列长粒粳稻含有长粒优势功能基因gs3和GW7,嘉禾香1号还含有大粒型基因qSW5/GW5和多穗粒数基因LAX1;嘉禾系列品种的品质性状形成主要是ALK^(c)/Wx^(b)/OsAAP6等优势功能基因组合所致,嘉禾香1号香味是由Badh2第2外显子突变所致;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)含有较多的抗稻瘟病基因,如抗病基因组合Pizt+Pii/HIT7/pi5-1、Pizt+Pi-ta、Pizt+Pii/HIT7/pi5-1+Pi-d2/Pid2+Pid3+Pi-ta,抗白叶枯基因只有Xa26/Xa3。【结论】嘉禾系列长粒粳稻食味优、丰产稳产、抗病抗逆的突出优点,是品种含有较多的产量、品质、抗性、株型、生育期等优势等位基因变异综合影响的结果,但也存在品种相似度较高、白叶枯抗性基因单一的不足。本研究结果也为后续嘉禾系列长粒粳稻品种遗传改良提供了依据。 展开更多
关键词 长粒粳稻 粒型 功能基因 单倍型 籼粳属性 基因芯片
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甲型流感病毒A/WSN/1933(H1N1)感染A549细胞的circRNA表达谱分析与鉴定
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作者 张晓婷 郑一青 +6 位作者 曾亦然 常丽凤 陈纳 卢渊录 罗皓炜 高紫荷 平继辉 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第7期102-111,共10页
环状RNA(circRNA)已被证明在众多生物过程中起着重要的调控作用,而circRNA在甲型流感病毒(IAV)复制过程中的功能尚不清楚。本研究旨在利用高通量测序分析IAV感染A549细胞后的circRNA表达谱变化来挖掘能够影响病毒复制的circRNAs并对其... 环状RNA(circRNA)已被证明在众多生物过程中起着重要的调控作用,而circRNA在甲型流感病毒(IAV)复制过程中的功能尚不清楚。本研究旨在利用高通量测序分析IAV感染A549细胞后的circRNA表达谱变化来挖掘能够影响病毒复制的circRNAs并对其进行初步功能鉴定。利用测序结果,对全部circRNAs进行特征分析、差异表达筛选;对差异circRNAs进行GO分析、KEGG分析;对候选circRNAs进行qPCR、RT-PCR验证及Sanger测序鉴定,并通过空斑试验确定影响病毒复制的circRNAs。结果:本试验共筛选到11 630条差异表达circRNAs,对其中6条circRNA进行了鉴定,最终确定novel_circ_007428具有抗病毒作用。本研究对甲型流感病毒感染A549细胞后的circRNA表达谱进行了分析与鉴定,为进一步研究circRNA在流感病毒感染中发挥的调控作用奠定了基础。 展开更多
关键词 环状RNA 甲型流感病毒 基因芯片测序 A549 表达谱 novel_circ_007428
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贵州省某专科医院非结核分枝杆菌的菌种鉴定及耐药检测分析
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作者 秦万 郭生琼 +2 位作者 欧维正 徐勇 杨儒斌 《安徽医药》 CAS 2024年第8期1608-1612,共5页
目的探讨非结核分枝杆菌(NTM)的菌种鉴定分布及耐药性,为临床诊治提供参考依据。方法搜集2017―2020年贵州某专科医院微量肉汤稀释法药敏试验对-硝基苯甲酸(PNB)培养基阳性的疑似NTM菌株,经聚合酶链式反应(PCR)-荧光探针法初步鉴定为NTM... 目的探讨非结核分枝杆菌(NTM)的菌种鉴定分布及耐药性,为临床诊治提供参考依据。方法搜集2017―2020年贵州某专科医院微量肉汤稀释法药敏试验对-硝基苯甲酸(PNB)培养基阳性的疑似NTM菌株,经聚合酶链式反应(PCR)-荧光探针法初步鉴定为NTM后,用基因芯片法进行菌种鉴定,采用微量肉汤稀释法进行15种药物测试。结果贵州地区流行的100例NTM菌株经鉴定分为10种菌型类别。其中,占比最高者为龟/脓肿分枝杆菌48%(48/100),其后依次为鸟分枝杆菌16%(16/100),堪萨斯分枝杆菌12%(12/100),胞内分枝杆菌11%(11/100)。药敏结果显示100株NTM总耐药率61.8%,龟/脓肿分枝杆菌耐药率最高76.4%,其后依次为微黄分枝杆菌73.3%、偶然分枝杆菌55.6%、鸟分枝杆菌53.8%和戈登分枝杆菌53.3%。男女病人比例为63∶37,男性耐药率56.1%;女性耐药率71.5%。结论贵州地区有10种NTM菌种流行,龟/脓肿分枝杆菌是该地区NTM优势菌种。不同菌种间耐药率差异较大,龟/脓肿分枝杆菌耐药率最高。男性病人多于女性,女性耐药率高于男性。应用快速NTM菌种鉴定和药敏试验,可为NTM防控项目的决策者提供参考依据,有助于促进医务人员对抗NTM药物的科学选择。 展开更多
关键词 非结核分枝杆菌 菌种鉴定 药物敏感试验 微量肉汤稀释法 基因芯片法
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基于GEO基因芯片联合网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤治疗慢性胃炎、胃黏膜上皮内瘤变、胃早期癌作用机制
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作者 张玉佩 唐伟 《中国中医药图书情报杂志》 2024年第2期57-62,共6页
目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤防治慢性胃炎(CG)、胃黏膜上皮内瘤变(GIN)、胃早期癌(EGC)的作用机制。方法 从GEO数据库下载含CG、GIN、EGC基因芯片GSE130823,使用R4.1.1筛选共同差异表达基因。利用TC... 目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤防治慢性胃炎(CG)、胃黏膜上皮内瘤变(GIN)、胃早期癌(EGC)的作用机制。方法 从GEO数据库下载含CG、GIN、EGC基因芯片GSE130823,使用R4.1.1筛选共同差异表达基因。利用TCMSP数据库筛选参苓脾喜汤活性成分及对应靶点,使用R4.1.1对共同表达基因与药物靶点取交集,通过Cytoscape3.9.1软件构建中药-活性成分-靶点网络,并通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络并进行拓扑分析,以筛选核心靶点,使用R4.1.1对交集基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后将排名靠前的药物活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果 共筛选出1 115个差异表达基因,参苓脾喜汤活性成分119种,靶点247个,主要活性成分包括槲皮素、豆甾醇、木犀草素等。预测得到参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC潜在作用靶点22个,包括CHRM3、AR、ADRB2、DPP4等。GO功能和KEGG富集分析结果显示,参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC主要涉及对cAMP、IL-17、TNF、离子跨膜转运蛋白活性的调节、钙信号通路等方面。分子对接结果显示,木犀草素与ALB、AR、DPP4有较强结合能力,槲皮素与ALB、DPP4有较强结合能力,豆甾醇与AR有较强结合能力。结论 参苓脾喜汤中多种活性成分可能通过cAMP、IL-17、TNF等信号通路,调控ALB、AR、DPP4、CYP3A4等靶点治疗CG、GIN、EGC。 展开更多
关键词 GEO基因芯片 慢性胃炎 胃黏膜上皮内瘤变 胃早期癌 参苓脾喜汤 网络药理学 分子对接
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秸秆覆盖休耕对土壤C、N、P循环功能基因的影响
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作者 王根林 段衍 +4 位作者 刘峥宇 王译阳 刘沣漫 孙磊 李玉梅 《农业资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期325-332,共8页
为了探索一种适于坡耕地的基于种养结合的耕作方式,采用田间试验结合基因芯片研究方法,探究了秸秆覆盖休耕技术[包括隔年秸秆覆盖休耕+旋耕(RF)、2年旋耕+1年秸秆覆盖休耕(RRF)]与常规耕作(CRT,秸秆移除后旋耕)对土壤C、N、P循环的影响... 为了探索一种适于坡耕地的基于种养结合的耕作方式,采用田间试验结合基因芯片研究方法,探究了秸秆覆盖休耕技术[包括隔年秸秆覆盖休耕+旋耕(RF)、2年旋耕+1年秸秆覆盖休耕(RRF)]与常规耕作(CRT,秸秆移除后旋耕)对土壤C、N、P循环的影响。结果表明:外源C的投入激发了土壤微生物对有机物料的降解潜力,无论是RF处理,还是RRF处理,参与土壤C循环的降解功能基因(acsE、xylA和rbcL)丰度均有一定程度的增加,xylA基因平均相对丰度较CRT处理增加43.12%,而秸秆不还田的CRT处理中参与C同化基因(acsA)的丰度显著增加,平均增加33.03%;CRT处理参与N循环基因的丰度降低,而秸秆覆盖还田促进了土壤中N从NH4+-N向NO3--N的转化,gdh基因丰度增加;秸秆覆盖还田后土壤活性P的积累增强,碱性磷酸酶基因(phoD)丰度较CRT处理平均增加59.57%,phoD与速效P和phnk基因丰度呈显著正相关。研究表明,秸秆覆盖还田促进了土壤微生物C、N、P周转,进而促进外源有机C的转化和土壤有机C的积累,短期内秸秆当季覆盖休耕与上季覆盖休耕处理间差异不大。研究结果为东北黑土区坡耕地实施保护性耕作和防控土壤侵蚀提供了科学依据。 展开更多
关键词 秸秆还田 基因芯片 土壤元素循环 微生物功能 耕作
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乳酸对小鼠未成熟树突状细胞影响的基因芯片分析
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作者 赵茂 黄瑾 +1 位作者 刘新宇 邱炜 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第4期108-116,共9页
研究乳酸对小鼠未成熟树突状细胞(imDCs)基因组表达水平的影响,为深入研究病理酸性微环境对imDCs免疫功能影响的分子机制提供前期数据。从C57BL/6J小鼠骨髓中分离单核细胞,并诱导其分化为imDCs。20 mmol/L浓度乳酸处理imDCs 24 h,利用BG... 研究乳酸对小鼠未成熟树突状细胞(imDCs)基因组表达水平的影响,为深入研究病理酸性微环境对imDCs免疫功能影响的分子机制提供前期数据。从C57BL/6J小鼠骨髓中分离单核细胞,并诱导其分化为imDCs。20 mmol/L浓度乳酸处理imDCs 24 h,利用BGISEQ平台进行基因芯片分析,筛选出差异表达基因。结果显示,20 mmol/L浓度乳酸处理使imDCs中表达发生变化的基因有915个。通过基因本体论(GO)分析发现差异表达基因参与细胞骨架、凋亡过程及免疫反应等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现差异表达基因涉及的信号通路包括MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路及TOLL样受体信号通路等。利用Cytoscape软件构建差异表达蛋白之间的互作网络图,并根据节点数筛选关键差异表达蛋白。筛选出分化抗原簇38(CD38)、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)等上调关键差异表达蛋白和信号转导和趋化因子受体7(CCR7)、转录激活因子1(STAT1)等下调关键差异表达蛋白。 展开更多
关键词 乳酸 未成熟树突状细胞 基因芯片 GO分析 KEGG分析
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广西壮族自治区胸科医院不同年龄和性别肺泡灌洗液分枝杆菌菌种分布特征
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作者 蓝吉慧 唐柳生 +3 位作者 雷振 董捷 覃善芳 黄丽玲 《中国当代医药》 CAS 2024年第16期122-125,共4页
目的通过微阵列基因芯片法检测肺泡灌洗液分枝杆菌,了解广西壮族自治区胸科医院肺部感染分枝杆菌患者不同年龄和性别的菌种分布特征。方法收集2018年1月至2022年12月广西壮族自治区胸科医院收治的肺部感染患者的肺泡灌洗液通过微阵列基... 目的通过微阵列基因芯片法检测肺泡灌洗液分枝杆菌,了解广西壮族自治区胸科医院肺部感染分枝杆菌患者不同年龄和性别的菌种分布特征。方法收集2018年1月至2022年12月广西壮族自治区胸科医院收治的肺部感染患者的肺泡灌洗液通过微阵列基因芯片法检测的结果,统计就诊患者的资料,分析其分枝杆菌的分布特征。结果949份灌洗液检测出分枝杆菌348例,检测率为36.7%(348/949),其中结核分枝杆菌复合群占83.6%(291/348),男性检出率为33.2%(203/611),女性检出率为26.0%(88/338),男女间检出率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=5.29,P<0.05),非结核分枝杆菌(NTM)占16.4%(57/348),男性检出率为5.1%(31/611),女性检出率为7.7%(26/338),男女间检出率比较,差异无统计学意义(χ^(2)=2.64,P>0.05)。检测出的NTM中,胞内分枝杆菌占35.1%(20/57),龟/脓肿分枝杆菌占33.3%(19/57),鸟分枝杆菌占19.3%(11/57),戈登分枝杆菌占5.3%(3/57),蟾蜍分枝杆菌占5.3%(3/57),浅黄分枝杆菌占1.7%(1/57)。各年龄段的肺部感染患者中,结核分枝杆菌复合群的检出率比较,差异无统计学意义(χ^(2)=10.8,P>0.05),各年龄段的肺部感染患者中,NTM的检出率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=18.7,P<0.01)。结论广西壮族自治区胸科院肺部感染分枝杆菌以结核分枝杆菌复合群为主,NTM主要的流行菌株为胞内分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌和鸟分枝杆菌,结核分枝杆菌复合群的肺部感染患者不存在年龄差异,但存在性别差异,NTM的肺部感染患者不存在性别差异,但存在年龄差异,有老龄化趋势,NTM菌种具有多样化。 展开更多
关键词 微阵列基因芯片法 分枝杆菌 肺泡灌洗液 检出率
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二维和三维培养脐带间充质干细胞的差异基因表达研究
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作者 徐哲 戴晓宇 +2 位作者 赵莎莎 李树建 李栋 《中国医药生物技术》 2024年第4期333-341,共9页
目的比较二维培养和三维培养的脐带间充质干细胞(UC-MSCs)的细胞形态和基因表达。方法分别采用以聚氟乙烯为支架的三维培养及传统二维培养方法进行稳定增殖期UC-MSCs细胞的培养,使用倒置显微镜、扫描电镜等观察比较二维培养与三维培养... 目的比较二维培养和三维培养的脐带间充质干细胞(UC-MSCs)的细胞形态和基因表达。方法分别采用以聚氟乙烯为支架的三维培养及传统二维培养方法进行稳定增殖期UC-MSCs细胞的培养,使用倒置显微镜、扫描电镜等观察比较二维培养与三维培养在细胞形态、细胞连接等方面的不同;然后应用基因表达谱芯片技术检测二维培养细胞与三维培养细胞的差异表达基因,用KEGG数据库及GO数据库进行生物信息学分析。结果成功分离并培养人UC-MSCs,流式检测高表达CD105、CD73和CD90等。三维培养的UC-MSCs附着在支架的表面生长并向外扩散,支架各层均可见细胞生长,细胞与细胞间连接紧密。基因表达谱芯片分析显示,三维培养的UC-MSCs与二维培养的UC-MSCs相比,升高的基因主要与生物学过程、分子功能及细胞组分相关,且参与了多个细胞信号通路的调控。结论与二维培养相比,三维细胞培养环境更适合脐带间充质干细胞的生长。 展开更多
关键词 脐带间充质干细胞 三维细胞培养 二维细胞培养 基因表达谱芯片
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苗药组方熏蒸疗法对家兔早期膝骨性关节炎模型的差异基因分析及聚类分析
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作者 张力文 王兴桂 +1 位作者 李春 庞平 《西部中医药》 2024年第2期20-26,共7页
目的:探讨苗药组方熏蒸疗法对家兔早期膝骨性关节炎(knee osteoarthriti,KOA)模型差异表达基因进行层次聚类分析的意义。方法:将新西兰兔40只随机分为4组,空白对照组、模型对照组、苗药熏蒸组、清水对照组,每组10只。采用木瓜蛋白酶在... 目的:探讨苗药组方熏蒸疗法对家兔早期膝骨性关节炎(knee osteoarthriti,KOA)模型差异表达基因进行层次聚类分析的意义。方法:将新西兰兔40只随机分为4组,空白对照组、模型对照组、苗药熏蒸组、清水对照组,每组10只。采用木瓜蛋白酶在兔膝关节腔内注射的方法复制早期KOA模型,造模成功后用苗药熏蒸疗法治疗20天,运用基因芯片检测技术对软骨组织的基因表达谱进行检测,最后将得到的原始数据通过RMA算法进行预处理,通过相关基因分析软件进行差异基因(difference gene,DEG)分析,并对其基因表达谱进行聚类分析。结果:DEG分析显示,模型对照组与空白对照组比较,差异显著基因有827个,上调435个,下调392个;苗药熏蒸组与模型对照组比较,差异显著基因有208个,上调112个,下调96个;清水熏蒸组与模型对照组比较,差异显著基因有152个,上调93个,下调59个。聚类分析显示,每个实验组的标本基本为一类,每个标本重复性好,每个实验组与对照组比较,它们的基因表达各有特点。结论:基因芯片检测可以发现苗药熏蒸疗法治疗早期KOA的差异表达基因,而聚类分析发现其相关基因的改变及其基因表达的特殊性。 展开更多
关键词 骨性关节炎 基因芯片技术 苗药熏蒸疗法 差异表达 信号通路
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食品检测中现代检测技术的应用与分析
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作者 周祖宁 《食品安全导刊》 2024年第20期190-192,共3页
食品安全问题是社会各界关注的焦点话题,食品检测是保障食品安全和公众健康的重要手段,发挥着至关重要的作用。现代检测技术具有灵敏度高、精准度高、检测效率高等特点,在食品检测领域有着良好的发展前景。本文详细分析了光谱技术、超... 食品安全问题是社会各界关注的焦点话题,食品检测是保障食品安全和公众健康的重要手段,发挥着至关重要的作用。现代检测技术具有灵敏度高、精准度高、检测效率高等特点,在食品检测领域有着良好的发展前景。本文详细分析了光谱技术、超声波技术、基因芯片技术及荧光免疫层析技术等现代检测技术在食品检测中的应用,旨在全面推广现代检测技术,进一步提升食品检测水平,保障食品安全。 展开更多
关键词 食品检测 光谱技术 超声波技术 基因芯片技术 荧光免疫层析技术
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高尿酸血症状态下低度炎症的病理特点研究
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作者 褚梦真 王雨 +4 位作者 林志健 黄晶 刘亚迪 殷晓阳 张冰 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第13期1881-1888,共8页
目的:探讨高尿酸血症(HUA)状态下低度炎症的病理特点。方法:根据体质量随机将迪法克鹌鹑分为正常组、模型组,每组10只。以普通饲料:酵母浸膏粉=4∶1制备食饵,并以该食饵喂养模型组鹌鹑,正常组鹌鹑则自由饮食饮水。分别于造模第10、20、3... 目的:探讨高尿酸血症(HUA)状态下低度炎症的病理特点。方法:根据体质量随机将迪法克鹌鹑分为正常组、模型组,每组10只。以普通饲料:酵母浸膏粉=4∶1制备食饵,并以该食饵喂养模型组鹌鹑,正常组鹌鹑则自由饮食饮水。分别于造模第10、20、30天检测血清尿酸,血清炎症介质白细胞介素-1β(IL-1β)、IL-33、IL-2、IL-13、IL-8、IL-17、IL-6、IL-10、IL-12/P40、IL-16、IL-21、C反应蛋白(CRP)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、趋化因子CC配体2(CCL2)及γ干扰素(IFN-γ)、神经突起生长导向因子2(Netrin-2)、五聚蛋白3(Pentraxin 3),观察各炎症介质强度变化;造模第30天,取鹌鹑肝、回肠、肾各脏器组织,进行HE染色后观察组织病理形态变化;造模第20天,用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析差异炎症介质功能及相关信号通路;用Pearson相关性分析方法分析差异炎症介质与血清尿酸水平的相关性。结果:与正常组比较,模型组鹌鹑血清尿酸水平高(P<0.05),以血清IL-17、IL-6、IL-33等为主的白细胞介素类,以IL-8、CCL2为主的趋化因子类,IFN-γ、TNF-α、CRP及GM-CSF水平均升高(P<0.05),而IL-13、IL-10水平降低(P<0.05)。造模第20天,GO/KEGG富集分析结果显示,HUA状态下的低度炎症可能是尿酸代谢靶点群,通过IL-17、Janus激酶信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)等信号通路激活、细胞因子-细胞因子间相互作用,从而诱导IL-6、TNF-α等炎症介质产生。2组组织病理变化结果显示,与正常组相比,模型组回肠组织黏膜下层可见炎性细胞浸润,肝、肾组织未见明显差异。差异炎症介质与血清尿酸水平的相关性分析结果显示,鹌鹑血清中IL-6、TNF-α、CRP、IL-33、IL-17、IL-8、IFN-γ、CCL2、GM-CSF、IL-1β、IL-2、IL-6水平均与血清尿酸水平正相关,IL-10、IL-13水平与血清尿酸水平负相关。结论:HUA鹌鹑模型存在低度炎症,该低度炎症可能与尿酸代谢靶点群通过IL-17、JAK-STAT等信号通路的激活以及细胞因子间的相互作用,从而调控IL-6、TNF-α等炎症介质的产生有关。 展开更多
关键词 高尿酸血症 低度炎症 病理特点 鹌鹑 炎症介质 蛋白芯片技术 酶联免疫吸附试验法 基因本体/京都基因与基因组百科全书富集分析
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