某肿瘤医院NGS、PCR实验室空调系统设计浅析

NGS、PCR实验室已成为医院建设的重要部分,而空调、通风系统的合理设计和布局对这两个实验室安全、稳定、高效的运行起到重要的作用。以某肿瘤医院实验室为例,对NGS、PCR实验室各区域平面布局作了简要介绍,并结合其使用要求,对室内参数、压力梯度、送风、排风系统等要求作了简要阐述。

紫椴ISSR-PCR反应体系的建立与优化

分别采用单因子试验和正交设计2种方法对影响紫椴ISSR-PCR反应体系的4个因素(Taq酶,Mg2+,dNTP,引物)在3个水平上进行优化试验。正交设计选用L9(34)方案,采用直观分析法获得影响因素最佳反应水平。单因子试验分别研究各因素对ISSR-PCR反应的影响情况,找出最佳反应水平。2种方法所得影响因素最佳水平存在差异,通过综合比较与分析,最终建立了紫椴ISSR-PCR的最佳反应体系:在20μL的反应体系中,Taq酶1·0U,Mg2+2·0mmol·L-1,dNTP0·20mmol·L-1,引物0·4μmol·L-1,1×PCRbuffer,30ng模板DNA。在此基础上筛选出14个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度。

两温度梯度多重PCR鉴别牛早期胚胎性别的技术

稳定、可靠和快速的牛胚胎性别鉴定方法在生产应用中具有重要意义。通过两温度梯度PCR方法对牛基因组、克隆胚胎、胚胎样品进行性别鉴别实验研究,建立了稳定、简便、快速的牛早期胚胎性别鉴别两温度梯度PCR方法,鉴定时间仅为57分钟。采用两温度梯度PCR方法对30枚奶牛胚胎进行了早期性别鉴别,并将鉴别的15枚胚胎(11枚为雌性,4枚为雄性)移植到同期处理的15头受体母牛体内。60天后妊娠检查,有7个受体成功受孕,5头受体怀孕晚期流产,流产犊牛全部为母犊。结果产下1公1母两头犊牛,流产个体与出生个体的性别与PCR鉴别结果完全相符。

提高PCR产物的几种有效方法

结合作者的工作实际 ,着重介绍了有效提高PCR产物的几种方法 :如怎样高效快速地设计PCR引物 ,怎样尽快确定PCR反应的最适退火温度 ,如何提高GC富集区的扩增效率等 ,为分子生物学工作者提供一些可以借鉴的方法及经验。

红花檵木RSAP-PCR反应体系的建立与优化

分别采用单因子试验和正交设计试验对影响红花檵木RSAP-PCR反应体系的5个因素(DNA模板量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶量)在4个水平上进行优化.结果表明,2种方法得到的影响因素的最优水平存在差异,通过综合比较与分析,选取红花檵木RSAP-PCR最优反应体系为:在25μL的反应体系中,模板量70ng,Mg2+浓度1.50mmol/L,dNTPs浓度0.25mmol/L,引物浓度0.20mmol/L,Taq酶量2.50U.

节瓜ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

旨在开展节瓜种质资源分类鉴定与遗传多样性研究。通过正交试验设计与单因素分析相结合的方法,对节瓜ISSR-PCR反应体系5个因素(模板DNA浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度与Taq聚合酶浓度)在4个水平上进行优化分析,建立了节瓜稳定可靠且具丰富多态性的最佳反应体系,进而对引物退火温度进行梯度试验分析。结果表明,20μL节瓜ISSRPCR最佳反应体系为70 ng模板DNA、0.2 mmol/L dNTP、1.2 mmol/L Mg2+浓度、0.96μmol/L引物、0.8 U Taq DNA聚合酶和2.0μL10×buffer;引物IS807最佳退火温度为53℃。以此为基础,利用4条引物对4份节瓜种质进行最佳反应体系稳定性验证,证明该体系稳定可靠、扩增谱带清晰、多态性丰富且重复性较好。

药用植物白术ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

采用正交试验设计的方法,对白术ISSR-PCR反应体系进行优化,确立了适合于白术的ISSR-PCR反应的最佳体系,即在25μL反应体系中,10×buffer 2.5μL,Mg2+3 mmol/L,Taq酶0.75U,模板200 ng,dNTP 0.3mmol/L,引物0.5μmol/L,通过梯度PCR试验得到相应引物的最佳退火温度为55.0℃。

瓠瓜ISSR-PCR反应体系优化

利用正交设计L9（3^4），对瓠瓜ISSR—PCR反应体系的4因素（dNTP、71物、Mg^2＋、Taq酶）在3水平上进行优化试验，建立适合瓠瓜ISSR—PCR反应体系，结果表明，在25μL反应体系中，含1×PCRbuffer、200μmol·L^-1dNTP、0．5μmol·L^-1引物、2．5mmol·L^-1MgCl2、30ng模板DNA、0．75U的Taq酶为最佳处理；通过PCR梯度测验，瓠瓜ISSR扩增适宜的退火温度比Tm值高2～6℃。

黑木耳ISSR-PCR反应体系的正交优化

采用正交试验设计的方法,对黑木耳ISSR-PCR(简单重复序列区间-多聚酶链反应)反应体系中的5种主要因素(Taq聚合酶,Mg2+,模板DNA,dNTP及引物)4个水平进行优化筛选,确立了适合黑木耳ISSR分析的优化反应体系(20μL),通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。

瓜蒌ISSR-PCR最佳反应体系的研究

为了得到适合研究瓜蒌农家品种的ISSR-PCR反应条件,本研究采用单因素实验和正交实验,对瓜蒌ISSR反应体系进行了优化,确立了适合瓜蒌的ISSR反应体系:20μL反应体系,含0.5μmol/L引物、2×Master Mix(Taq DNA Polymerase)10μL、35 ng模板DNA。通过性状差异较大样品的单因素试验,确定了能够适合尽量多样品的ISSR最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,退火1 min,72℃延伸45 s,35个循环;72℃延伸7min,4℃保存。不同的引物所需要的退火温度不尽一致。

梯度条带PCR快速检测CSBV方法的建立

通过与传统RT-PCR检测方法比较,建立了一种新的快速、准确鉴定中华蜜蜂囊状幼虫病病毒(CSBV)的方法,为中华蜜蜂囊状幼虫病的诊断与防治提供了重要的手段。对陕南、陕北、关中三地的健康蜂及CSBV感染蜂分别进行传统RT-PCR和梯度条带PCR两种方法的检测,通过琼脂糖凝胶电泳及测序结果对两种方法进行分析比较。结果发现传统RT-PCR和梯度条带PCR方法对陕西三地的感染病毒蜂鉴定结果一致,而梯度条带PCR方法相对更快速和直观。与传统RT-PCR鉴定方法比较,该新方法能够在电泳检测阶段通过DNA片段的梯度次序即确定是否存在病毒,能够省去PCR产物测序步骤,缩短了对该病毒的鉴定周期,对及时发现和鉴定病蜂、采取预防措施提供了重要的技术手段。因此,梯度条带PCR快速鉴定方法不仅为CSBV的检测提供了一种简单、快速、直观的方法,对类似动物病毒的快速鉴定也提供了很好的借鉴。

液熏罗非鱼片加工过程中微生物群落的PCR-DGGE分析

为弄清液熏罗非鱼片加工过程中微生物污染的源头,以进一步防控产品的微生物污染提供依据。应用基于细菌16SrDNA的PCR-DGGE(PCR-denaturing gradientgel electrophoresis,PCR-变性梯度凝胶电泳)技术分析液熏罗非鱼片主要加工关键环节的微生物群落结构,提取样品中的细菌总DNA,对细菌的16SrDNA的V6～V8区段进行PCR扩增后,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对DGGE图谱进行微生物多样性分析,对主要条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:10个条带所代表的优势种很可能来源于以下几个属:巨型球菌属(Macrococus)、微球菌属(Micrococus)、肠道细菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、突柄杆菌属(Prosthecobacter)、布特菌属(Buttiauxella),其中肠道细菌属、微球菌属、假单胞菌属和弧菌属细菌都具有使产品腐败的潜能。本研究表明:液熏罗非鱼片中呈现微生物多样性,PCR-DGGE技术可用于研究液熏罗非鱼片加工过程中的微生物群落结构及变化,且具有一定的优越性。

利用梯度PCR和降落PCR扩增CIRP基因的比较

提取SD大鼠总RNA,同时应用降落PCR和梯度PCR在常规PCR反应体系和低模板浓度PCR反应体系中扩增CIRP基因片段,对两种方法的扩增效果进行比较。结果表明:降落PCR法可以通过一次反应即顺利扩增出CIRP基因特异性条带,并且在模板浓度降低后也能扩增出产物;梯度PCR法扩增结果不稳定,不但有非特异性条带出现而且不能检测出低浓度模板的存在。结论:降落PCR省略了梯度PCR摸索最适退火温度的过程,并且其灵敏度和特异性均高于梯度PCR。

PCR-DGGE分析四川地区家庭制作泡菜中微生物多样性

以四川家庭制作泡菜为研究对象,通过聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳结合(PCR-DGGE)指纹图谱技术分析样品中微生物群落结构,对典型条带进行系列分析,并构建系统发育进化树。结果表明:四川家庭制作泡菜中的细菌种类比较丰富,真菌在泡菜中存在相对较少。细菌中乳杆菌属(Lactobacillus)是优势种群,非培养细菌(uncultured bacteria)是次优势种群,分别占总数的56%和32%,其中植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)在泡菜发酵中发挥着重要的作用;主要真菌为(Meyerozyma guilliermondii)和奥默柯达酵母(Kodamaea ohmeri)的近缘种。

生物炭对农田土壤细菌群落多样性影响的PCR-DGGE分析

为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20条以上的电泳条带,说明水稻土土壤细菌群落较丰富。从泳道条带数量及光密度值方面对细菌群落多样性指标比较发现,施加生物炭的土壤(T2、T3、T4)细菌丰富度最高,细菌种群较多,其次为秸秆还田处理土壤(T1),而空白对照处理土壤(CK1)细菌群落丰富度最低,各处理之间的细菌种群均匀度指数差异不显著;对细菌群落的条带信息与土壤理化性质进行相关性分析得到,细菌群落的结构变化与各土壤理化性质的相关性大小依次为速效钾>总有机碳>有效磷>全氮>pH。

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。

基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性

以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。

黄芪ISSR-PCR反应体系的建立及优化

为获得最优黄芪ISSR-PCR反应体系,以山西省浑源县官儿乡蒙古黄芪为试验材料,利用单因素试验法对反应体系中的4个因素(模板DNA,dNTPs,Taq DNA聚合酶,ISSR引物)分别设置浓度梯度进行体系优化。结果表明,20μL黄芪ISSR-PCR最优体系为:模板DNA质量浓度6.0 ng/μL,dNTPs浓度0.03 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度0.05 U/μL,引物浓度0.80 mmol/L。最后用不同产地的黄芪检测该体系,结果发现,PCR产物多态性良好。优化体系的确立为今后黄芪种质资源的分子评价奠定了技术基础。

专一性PCR和变性梯度胶电泳协助从焦化废水处理装置中分离优势功能菌Thauera属菌株

【目的】在专一性PCR和变性梯度胶电泳(DGGE)的协助下,从废水处理装置的微生物群落中分离较难分离的功能菌Thauera。【方法和结果】本研究首先使用Thauera特异性PCR-DGGE的方法鉴定了焦化废水处理装置反硝化池生物膜中的Thauera在6种培养基、好氧/厌氧条件下的生长情况。挑选Thauera多样性较高的培养基1/10 NB与MMQ在好氧条件下进行分离培养。然后使用Thauera特异性PCR方法确定分离得到的菌落是否呈阳性,并使用DGGE的方法检验其是否为纯菌。使用不同培养基对含有Thauera的混合菌落进行进一步纯化,DGGE检测发现MMP培养基对混合细菌菌落Q20中的Thauera有明显的富集作用。经过Thauera特异性PCR结合DGGE检测对Thauera属细菌进行追踪,将混合菌落在MMP培养基上多次划线,最终分离得到纯菌。通过这种方法,从反硝化池样品中分离获得了3株在样品中最为主要的Thauera菌株。【结论】以特异性分子标记为导向分离培养细菌,不仅提高了分离效率及细菌筛选的灵敏度,还能协助分离常规方法难以分离的细菌。

PCR-DGGE法分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性

目的:运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法:从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式和降落PCR扩增16S rRNA的V3区段,对扩增产物做变性梯度凝胶电泳,用NTsys 2.10e软件分析条带的相似性,切胶回收条带并测序,鉴定菌种并构建系统进化树、分析优势菌种。结果:19份样品中的乳酸菌菌群组成包括Lactobacillus paracasei、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus crispatus、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus buchneri、Lactococcus raffinolactis、Leuconostoc mesenteroide、Lactobacillus plantarum、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis、Streptococcus thermophilus。综合样品和牧区的乳酸菌分布情况,确定Lactobacillus delbrueckii为优势菌种。结论:PCR-DGGE技术能够有效分析西藏地区发酵乳制品中乳酸菌的多样性。