葡萄卷叶伴随病毒-3 RT-LAMP检测体系的建立与应用

为实现葡萄生产中对葡萄卷叶伴随病毒-3(GLRaV-3)的快速检测。本研究以GLRaV-3的CP基因序列(GenBank登录号:KC477128.1)为靶序列设计并合成了3对逆转录环介导恒温扩增技术(RTLAMP)引物,建立并优化GLRaV-3的RT-LAMP检测方法。结果表明,该方法能够实现在恒温64℃下反应1 h完成对GLRaV-3的检测,引物GLRaV3-LAMP-Ⅰ特异性高,不与GLRaV-1~2、葡萄扇叶病毒、沙地葡萄茎痘相关病毒、葡萄病毒A、灰皮诺葡萄病毒和葡萄浆果内坏死病毒等7种葡萄常见病毒发生交叉反应;RNA最低检测限为10 pg·μL^(-1),灵敏度是逆转录PCR(RT-PCR)的10倍。田间样品检测验证结果表明,该方法与常规RT-PCR法检测一致率为100%。综上,本研究建立的GLRaV-3 RT-LAMP检测体系具有高特异性、高灵敏度和实用性强等特点,可应用于田间葡萄卷叶病样的检测。

基于重组酶聚合酶扩增技术(RPA)的葡萄卷叶伴随病毒3号检测方法

【目的】建立一种快速、灵敏的重组酶聚合酶扩增技术(RPA)检测葡萄卷叶伴随病毒3(Grapevine leafroll-associated virus 3,GLRaV-3)方法。【方法】根据GLRaV-3已测序和已报道的HSP70基因(Heat shock protein 70)保守序列,设计用于RPA检测的特异性引物,建立GLRaV-3的RPA检测方法,并对其特异性和灵敏度进行验证。【结果】建立RPA检测方法能够从GLRaV-3带毒株中检测到约380 bp的特异性条带,仅需在37℃下恒温反应40 min,无需特殊的仪器设备,经特异性评价特异性好,且该方法与普通PCR检测灵敏度基本一致。【结论】建立的RPA检测方法特异性强、灵敏度高,无需特殊的仪器设备,适合GLRaV-3的快速检测方法。

葡萄卷叶伴随病毒-3复制酶基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

以感染有葡萄卷叶伴随病毒-3(Grapevineleafroll-associatedvirus-3,GLRaV-3)的葡萄韧皮部组织中提取到的dsRNA为模板,利用RT-PCR和重叠延伸PCR技术,对GLRaV-3的复制酶(RNA-dependentRNApolymerase,RdRp)基因进行克隆,获得了预期大小的目标片段。将此片段克隆到载体pBluescriptSKⅡ,酶切鉴定后测序。测序结果表明:RdRpcDNA全长为1618bp。经BLAST分析推导其可能编码538个氨基酸,与报道的GLRaV-3美国分离物NY1RdRp核苷酸相似性为99.3%,氨基酸相似性为99.6%;推导的氨基酸序列与其同属的PMWaV-2、GLRaV-1和LChV-2的RdRp氨基酸序列相似性分别为53%,50%和38%,包含了GDD在内的8个保守基元序列。将该段RdRp连接到表达载体pET22b(+)上,获得的重组子pET-RdRp转化大肠杆菌BL21(DE3)plysS后,用1mmol/L的IPTG进行诱导。SDS-PAGE分析表明,RdRp在大肠杆菌中被诱导表达,融合蛋白分子量约为61kDa。

山东省葡萄几种主要病毒病调查及检测研究

对采自山东省不同葡萄园类别的葡萄样品,采用PTA-ELISA法和Dot-ELISA法对葡萄茎痘相关病毒(GRSPaV)进行了检测,采用DAS-ELISA法对葡萄卷叶病的3个毒原(GL-RaV-1-、2-、3)进行了检测。GRSPaV检测结果表明:检测的61个品种518个样品,阳性样品率33.6%,阳性品种率73.8%,其中资源圃样品阳性率32.7%,生产园样品阳性率34.0%。对检测到阳性样品辅以RT-PCR法验证,2对引物均扩增出了预期片段,分别为解旋酶基因340 bp片段、CP基因842 bp片段。GLRaV-1-、2-、3的检测结果表明:鲜食品种3种病原的阳性样品率分别为33.7%、7.1%、62.2%,酿酒品种阳性样品率分别为35.1%、16.2%、54.1%,综合3种病毒的阳性样品率为76.3%,品种感染率87.7%。通过该类研究对推动国内葡萄无毒化生产有重要意义。

微量植物组织直接RT-PCR反应检测4种植物病毒的方法建立与优化

建立并优化微量植物组织直接RT-PCR反应检测病毒的方法:在立体显微镜下,用26 G无菌注射器针头刺入植物茎、叶柄或根中,将沾有组织液的针头直接浸入RT反应液中,通过PCR反应产生病毒特异性DNA条带.该方法在葡萄、苹果、马铃薯和百合中有效检测了葡萄卷叶相关病毒3(GLRav-3)、苹果茎沟病毒(ASGV)、马铃薯卷叶病毒(PLRV)和黄瓜花叶病毒(CMV);消除了传统RT-PCR制备RNA模板复杂耗时的缺点.

葡萄卷叶伴随病毒ⅢCP基因在E.coli中的表达

将葡萄卷叶伴随病毒 的 CP基因克隆到表达载体 p ET- 30 a中 ,转化大肠杆菌 BL2 1,筛选得到阳性克隆 GB- 1,用 IPTG诱导使其表达。SDS- PAGE电泳分析表明 ,该 CP基因在大肠杆菌 BL2 1中得到大量表达。用该病毒的 CP抗血清通过间接 EL

葡萄卷叶伴随3型病毒和葡萄A病毒的多重检测及其系统进化分析

葡萄卷叶伴随3型病毒(Grapevine leafroll associated virus-3,GLRaV-3)和葡萄A病毒(Grapevine virus A,GVA)常常复合侵染部分主栽欧美杂交葡萄品种。以半定量RT-PCR与qRT-PCR方法研究了‘希姆劳特’葡萄(Vitis vinifera L.×V.labrusca L.‘Himrod’)中不同组织内病毒的相对积累量,结果表明叶脉和韧皮部内的病毒相对积累量显著高于其他组织。以成熟枝条韧皮部组织的cDNA为模板,优化了RT-PCR多重扩增体系,可以同时扩增待测样本中两种病毒的目标基因。从一株复合感染GLRaV-3与GVA的‘藤稔’葡萄(Vitis vinifera L.×V.labrusca L.‘Fujiminori’)中,分别克隆了GLRaV-3外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长序列和GVA部分基因组区域序列,后者包括CP基因的部分序列与病毒RNA沉默抑制子(viral suppressor of RNA silencing,VSR)基因全长序列。病毒核酸同源性分析与系统进化研究表明,不同GLRaV-3分离物的CP高度保守;而‘藤稔’葡萄的GVA分离物包含多种变异株,具有准种病毒的特点。

双引物一条探针的实时荧光RT-PCR检测葡萄卷叶病毒3

葡萄卷叶病毒3(GLRaV-3)被认为是葡萄卷叶病最重要的致病因子。本研究根据NCBI核酸数据库中葡萄卷叶病毒3复制酶基因序列保守区,设计合成2对上下游引物和1条Taq Man探针,组成2套反应组合。以病毒RNA反转录合成的c DNA为模板,依据2组引物序列和相同的Taq Man探针序列,在荧光PCR特异性、灵敏度、扩增效率对比试验的基础上,建立了双引物一条探针的实时荧光RT-PCR检测GLRaV-3的新方法,病毒RNA检测下限可达4.5 fg/μL。两套组合相互验证,减少非特异性扩增,进一步提高了方法的特异性。

葡萄4种病毒多重RT-PCR检测体系的建立

以复合感染4种病毒的‘红地球’(Red Globe)葡萄样品为试材,对影响多重PCR的dNTPS浓度、Taq酶浓度、引物浓度、退火温度及模板量进行了调整和优化,建立了能同时检测葡萄卷叶伴随病毒3(Grapevine leafroll-associated virus-3,GLRaV-3)、沙地葡萄茎痘相关病毒(Grapevine rupestris stem pitting associated virus,GRSPaV)、葡萄病毒B(Grapevine virusB,GVB)和葡萄病毒A(Grapevine virusA,GVA)的多重RT-PCR方法。灵敏度测验结果显示,多重RT-PCR与单一RT-PCR检测灵敏度基本一致。多重RT-PCR获得的特异性片段大小分别为905、546、460和196bp,经过克隆、测序及序列比对,表明其序列与已报道的病毒序列具有较高的同源性。对7个已知带病毒的葡萄样品进行检测验证的结果表明,所建立的多重RT-PCR技术可用于大量田间样品中这些病毒的检测。