GridMol:一个基于网格的分子可视化系统

介绍了一个基于网格环境、支持大分子显示的远程可视化系统GridMol。系统采用Browser-Server结构,客户端采用Java3D实现,服务器端使用面向对象方法实现了支持多种文件格式的数据处理,同时采用了特定的数据格式以减小网络数据传输。整个系统置于网格环境下,用户通过ChinaGrid的VisPortal进行访问。

GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化

基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol,其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题,给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法,通过GridMol和其他分子可视化软件的性能比较以及自身优化前后的性能比较,证明优化方法取得了良好的效果。

基于GridMol的等密度图算法实现与应用

等密度图是由一系列密度相同的点所构成的面,它在高分子材料研究领域应用广泛。本文介绍了基于高性能计算化学系统(SCChem)的GridMol程序中等密度图显示功能的实现。应用Marching Cubes算法实现,并采用法向量均值的方法进行优化,在SCChem应用系统中进行测试,取得了较好的测试结果。

基于网络的新型虚拟研究组织——计算化学虚拟实验室

2004年,一批来自国内外20多个单位的化学家和计算数学、信息技术科研工作者,在中国科学院计算机网络信息中心联合组建了一个新型的基于网络协同工作的虚拟研究组织——计算化学虚拟实验室。本文介绍了它的发展历程及长期发展目标,并总结了自成立以来在科学研究、自主软件开发和国内外学术交流等方面取得的突出成果。文章最后展望了实验室在‘十一五'期间的工作和任务。