吉林地方鸡H-FABP基因多态性及其与屠宰性能、肉品质的关联分析

为研究吉林地方鸡H-FABP基因多态性及其对屠宰性能和肉质性状的影响,试验通过基因组PCR测序鉴定出H-FABP基因部分片段SNP位点,并采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术对特定多态位点在吉林芦花鸡、矮脚芦花鸡和吉林黑鸡3个亲本群体及正反交6个群体多态性进行了检验,最后对上述9个群体的肉品质及屠宰性能进行了相关性分析。结果显示:H-FABP基因后段存在8个单碱基SNP位点和1处碱基插入位点,其中g.2892 C>T位点位于外显子3,并导致编码氨基酸由丝氨酸(TCG)突变为亮氨酸(TTG)。g.3173G>A和g.3234~3254位于外显子4中,但所处区域为基因3′UTR区,其余SNP均位于内含子区。KASP技术对不同群体g.2980G>A位点多态性分析发现不同群体三种基因型频率差异较大,但卡方检验分析发现仅在3个群体(LL,AA和HA)该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态。进一步针对不同群体屠宰性能和肉品质进行相关分析发现,不同群体中该位点对不同屠宰性能和肉品质相关性存在差异。本试验证实吉林地方鸡H-FABP基因存在丰富的遗传多样性,且个别位点与屠宰及肉质性状存在一定的相关性。

Genetic Effects of H-FABP Gene on Some Pig Economic Important Traits in a F2 Resource Population

The F2 design was used in construction of the pig resource population, and 14 economic important traits of 119 F2 offspring were measured. The polymorphisms of heart fatty acid binding protein gene (H-FABP) were detected by PCR-RFLP. The effects of different H-FABP genotypes were analyzed by a fixed model. The results showed that, the carcass composition traits were affected by H-FABP gene significantly, backfat thickness alive, carcass backfat thickness between 6th - 7th rib, and average carcass backfat thickness, of different H-FABP genotypes were significantly different (P<0. 05). The dominant effects on the traits demonstrated that the gene affected the carcass composition traits overdominantly. The results also showed that H-FABP gene affected the growth traits and meat quality traits, and the pH, of different H-FABP genotypes was significantly different.

FABPs基因家族在动物育种领域的研究进展

脂肪酸结合蛋白(fatty acid binding proteins,FABPs)广泛存在于动物组织中,通过调节细胞内脂肪酸的转运代谢影响细胞分化,在机体的炎症调节与免疫代谢中也发挥至关重要的作用。研究FABPs基因家族与畜禽表型的关联性对于提高畜禽个体经济价值具有重要意义。介绍了FABPs基因家族成员的主要功能及在动物组织器官中的分布情况,综述了该基因家族代表性成员H-FABP基因和AFABP基因在畜禽育种领域的研究进展,以期为利用该基因家族开展畜禽分子标记辅助育种、改善畜禽生产性状提供参考。

牛FABP基因家族鉴定与生物信息学分析

本研究系统分析牛FABP基因家族序列信息,为阐明FABP在脂肪合成与代谢中的作用奠定基础。运用生物信息学方法通过保守结构域搜索鉴定了牛的FABP基因,分析FABP基因理化性质、基因结构、系统进化关系和表达情况等。鉴定到11个FABP基因家族成员,分布在牛的第2、6、7、9、11和14号染色体上,由2或4个外显子组成,编码由127~175个氨基酸残基组成的蛋白质。FABPs不存在信号肽和跨膜结构域,属于亲水性蛋白。进化分析表明家族中同一成员的基因结构和结构域相对保守,氨基酸序列同源性高。蛋白互作分析显示FABPs与PPAR家族、LIPE和NCMAP等与脂肪酸及其衍生物代谢相关的蛋白质联系紧密。FABP家族中各成员的组织表达模式差异较大,其中FABP2、FABP9和FABP12基因表达具有组织特异性。牛FABP基因具有保守的基因结构和蛋白结构,它们可能在脂肪(酸)合成代谢中起着重要作用。

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′ 端上游区(HinfI RFLP)和第二内含子内(HinfI RFLP、HaeⅢ RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明:(1)在5′ 端上游区的HinfI RFLP位点上,所有的品种都有变异,但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh);(2)在第二内含子内的HinfI RFLP位点上,二花脸只有BB基因型,而其它品种都表现出多态性;(3)在第二内含子内的HaeⅢ RFLP位点上,只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在,等位基因D的频率分别为0 86,0 98和0 68,其余8个猪种均表现为DD型。

9个猪种H-FABP基因5’-上游区和第二内含子的遗传变异

以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因H ,在皖南花猪 ,二花脸猪 ,金华猪 ,小梅山猪 ,滇南小耳猪 ,香猪 ,荣昌猪 ,北京黑猪和大白猪中的频率分别为 0 36 ,0 34 ,0 6 0 ,0 6 6 ,0 80 ,0 73,0 76 ,0 70和 0 90。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ RFLP的基因型分布相似 ,二者分别与其它 7个猪种之间存在着极显著的差异 ;皖南花猪和二花脸猪相近 ,二者与另外 7个品种之间的差异也达到极显著水平。在第二内含子中 ,验证了一个HaeⅢ RFLP ,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中 ,等位基因D的频率分别为 0 99和 0 6 1。另外 ,发现一个新的多态HinfⅠ 酶切位点 ,测序结果表明 ,该多态位点的产生是由于 1970位碱基C突变为T造成的。该多态位点只在皖南花猪和大白猪中出现 ,等位基因B的频率在两品种中分别为 0 86和 0 5 8。在所有测定的猪种中 ,都没有发现MspⅠ RFLP。

中外十个猪种H-FABP基因遗传变异的研究

利用PCR RFLP技术 (限制性内切酶采用HinfⅠ ,HaeⅢ和MspⅠ )检测了杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌 10个猪种共计 5 6 1头猪在心肌脂肪酸结合蛋白 (H FABP)基因位点的遗传变异。结果表明 :(1)在HinfⅠ RFLP位点上 ,南昌白猪均为HH纯合子 ,而其他猪种在此位点上均存在变异 ,外来品种以纯合子HH居多 ;(2 )在HaeⅢ RFLP位点上 ,外来猪种杜、长、大及培育品种南昌白猪均在该位点表现为多态 ,但中国 6个地方猪种在该位点均无变异 ;(3)在MspⅠ RFLP位点上 ,仅有杜洛克在该位点表现为多态。而所有检测的地方猪种均表现为AADD__型。

H-FABP基因型对中畜黑猪I系生长性能的影响

利用PCR RFLP技术(限制性内切酶采用HinfⅠ和HaeⅢ)检测了培育品种77头中畜黑猪I系的心肌脂肪酸结合蛋白(H FABP)基因座位的遗传变异,同时对H FABP的不同PCR RFLP基因型对生产性能的影响作了初步统计分析,旨在探讨利用H FABP进行肉质性状辅助选择,是否对生产性能产生不利影响。结果表明,在H FABP基因5′上游和内含子2 区段,均发现HinfⅠRFLP 和HaeⅢRFLP、HinfⅠ* RFLP;结果显示,在HinfⅠRFLP位点上,HH和hh 2种基因型间个体170日龄体重差异显著(P<0.05),除此之外,未发现其它酶切位点的不同基因型个体生长性能之间的显著差异。研究结果为今后开展猪肉质性状和生产性能的分子辅助选育奠定应用基础。

猪H-FABP基因多态片段的序列分析

利用PCR RFLP方法在猪H FABP基因内确定了 3个变异酶切位点 ,分别为 5′ -上游区HinfI RFLP、内含子 2的HaeIII RFLP和HinfI RFLP(HinfI和HinfI 代表不同区域的HinfI酶切反应 )。对每个多态片段进行克隆测序分析 ,结果表明 ,5′ -上游区HinfI RFLP是由于 132 4位的碱基T→C的突变引起 ;在内含子 2中 ,HaeIII RFLP变异酶切位点在 1811位 ,发生了C到G的突变 ;HinfI RFLP是由于

3个杂交牛种H-FABP基因第二内含子的遗传变异与肉品质性状的相关分析

利用PCR-RFLP方法在牛H-FABP基因内发现了1个变异酶切位点,为intron2上的HaeIII-RFLP。对此多态性片段进行克隆测序分析,结果表明此酶切位点是由于1006位的碱基C→G的突变引起。利用最小二乘法拟合线性模型对不同分子标记基因型效应值间肉品质大理石花纹和嫩度性状差异显著性检验,结果表明:牛H-FABP基因中的h等位基因,尤其是hh纯合基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响。

H-FABP基因型对二花脸猪相关性状影响的初步分析

利用21窝不同日龄的二花脸猪共97头,根据日龄分布,分成1组(日龄阶段)—49天,2组—58～60天,3组—61～70天,4组—71～80天,5组—81～90天,6组—228天六个日龄组;采用索氏脂肪抽提法和石蜡组织切片图像分析法对其背最长肌及半腱肌的肌肉组织学特性进行了测定。根据心脏脂肪酸结合蛋白(HeartFatty Acid Binding Protein,H FABP)基因的PCR RFLP多态性,对其与二花脸猪相关性状初生重、20日龄体重、断奶重及肌肉组织学特性的关系进行了分析。所有二花脸猪均表现为AADD型。邓肯氏(Dancans)差异显著性检验结果表明:(1)二花脸猪H FABP基因HH与Hh、hh基因型间20日龄体重差异显著(P<0 05),但对初生重及断奶重无显著影响;三性状值均表现为HH>Hh>hh。(2)在不同的基因型间,没有一个日龄组内的肌肉组织学性状值表现为差异显著,从侯选基因角度分析H FABP基因对肌肉粗脂肪含量的影响,发现趋向于HH>Hh>hh。

鸡H-FABP和A-FABP基因表达与肌内脂肪含量相关研究

选用H-FABP和A-FABP基因作为影响鸡肌内脂肪沉积的候选基因,以北京油鸡、矮脚鸡、白莱航鸡和AA肉鸡为研究群体,利用RT-PCR和实时荧光定量PCR技术,分别对56、90、120日龄H-FABP和A-FABP基因mRNA进行定量分析,结合IMF含量及屠体性状测定,分析H-FABP及A-FABP基因表达水平对IMF含量等的影响。结果表明:H-FABP基因mRNA随日龄的增长表达量显著降低,而A-FABP基因mRNA随日龄的增长表达量显著升高,并表现出显著的品种效应(P<0.01),性别因素对A-FABP基因表达影响显著。北京油鸡、白莱航鸡和AA鸡群体的H-FABP基因mRNA表达水平与IMF含量及屠体重呈现显著的负相关,而A-FABP基因mRNA表达水平与屠体重显著相关,与IMF含量没有显著的相关性。矮脚鸡A-FABP基因mRNA水平与IMF含量呈现显著的负相关,其H-FABP基因mRNA水平对屠体重影响显著,表现出显著的品种差异。

西部地区主要猪种和野猪H-FABP基因分子标记与IMF含量关系

利用PCR RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ和MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉中白猪、八眉猪和野猪共计265头猪H FABP基因5′上游区和第二内含子区的遗传变异,并利用最小二乘模型分析了H FABP基因对猪肌内脂肪含量的遗传效应。结果表明:(1)在HinfⅠRFLP位点上,上述品种和野猪均存在多态性,其中大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉中白猪和野猪表现为低度多态,杜洛克、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态;除汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)外,其他猪种基因频率和基因型频率都处于Hardy Weinderg平衡状态(P>0.05);而在HaeⅢRFLP和MspⅠRFLP位点上,仅内江猪、荣昌猪、汉江黑猪和八眉猪为单态;(2)9种基因型对肌内脂肪(IMF)含量的影响,HH>Hh>hh,DD<Dd<dd,AA<Aa<aa,遗传效应值分别为:3.89;3.42;3.17;2.27;2.49;2.91;2.28;2.70;2.95;H FABP基因可显著地提高IMF含量(P<0.05)。结果提示:可通过提高“aa dd HH”基因型的频率来增加IMF含量,达到改善猪肉质的目的。

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

目的对牦牛H-FABP基因进行克隆和序列分析,以期为进一步开展牦牛该基因与其肉质性状的相关分析,进行分子标记辅助选择以及基因定位、表达等研究提供理论基础。方法用特定引物对牦牛H-FABP基因进行PCR扩增并进行T-A克隆和测序,在此基础上使用RepeatMasker、DNAMAN4.0、BioEdit4.8.10、ClustalW1.81等生物信息学软件进行序列分析。结果牦牛H-FABP基因(已在NCBI上登录,登录号为DQ026674)由4个外显子和3个内含子组成,CDS序列全长为402bp,前体氨基酸数为133个。4个外显子大小分别为73bp、173bp、102bp和54bp;3个内含子大小分别为3460bp、1892bp和1495bp;外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。外显子和内含子个数与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种相同。牦牛H-FABP基因序列中,重复序列所占比率为13.07%。内含子Ⅰ含有5个重复元件,包括1个SINE/Artiodactyls元件、1个SINE/MIR3元件、1个SINE/Bov-tA1元件和2个SINE/MIR元件;内含子Ⅱ无重复元件;内含子Ⅲ有3个重复元件,其中SINE/MIR元件、LINE/L2元件、SINE/Artiodactyls元件各1个。SINEs短重复序列所占比率为11.85%,哺乳动物分散性重复序列MIRs比率为6.44%。LINEs所占比率为1.22%,小于SINEs元件。其中,LINE1、BovB/Art2、L3/CR1重复元件以及LTR类反转录元件和DNA转座子元件在牦牛该基因区域中不存在。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%;相应的氨基酸序列间同源性大小为100%、96.9%、96.9%、92.4%、88.7%、85.7%、85.7%、77.4%、69.9%。结论牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,其中外显子I、外显子Ⅱ、外显子Ⅲ和外显子Ⅳ大小分别为73bp、173bp、102bp和54bp,内含子I、内含子Ⅱ和内含子Ⅲ大小分别为3460bp、1892bp和1495bp。牦牛该基因区域含有较为丰富的重复序列元件且外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼9个物种在H-FABP基因编码区核苷酸及氨基酸序列上具有较高的保守性。

猪H-FABP基因遗传多态性及与肌内脂肪含量的相关分析

采用PCR-RFLP的方法分析了松辽黑猪、军牧1号白猪、PIC猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪和松野杂交猪共计127头猪H-FABP基因的遗传多态性。结果表明:(1)在5′-上游区的HinfⅠ多态位点上,所有试验猪种中均发现了多态性,在第二内含子的HaeⅢ多态位点上,所有被测猪种也都存在变异,在第二内含子的MspI多态位点上,松辽黑猪、长白猪和松野杂交猪仅表现为AA型,其他猪种均表现出多态性;(2)7个猪群的基因频率和基因型频率都达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);(3)松辽黑猪遗传变异对肌内脂肪含量的影响:HH基因型极显著高于Hh基因型(P<0.01),而Hh基因型又极显著高于hh基因型(P<0.01),最小二乘均值为:2.760>2.598>2.335,dd和Dd基因型分别极显著高于DD基因型(P<0.01),最小二乘均值为:2.763>2.732>2.347,结果提示:可通过提高"HH-dd"基因型的频率来增加松辽黑猪肌内脂肪含量,从而改善松辽黑猪的肉质。

麦洼牦牛H-FABP、HSL基因多态性及与生长性状的相关分析

【目的】探讨心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)、激素敏感脂肪酶(hormone-sensitive lipase,HSL)基因在牦牛中的遗传多态性,进一步揭示牦牛各品系间的遗传分化以及候选基因与牦牛生长性状间的关联性,同时为2个候选基因在牦牛中的表达调控等研究提供理论依据,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对共100头麦洼牦牛个体的H-FABP、HSL基因的外显子部分进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围、管围等生长性状的关联性。【结果】①麦洼牦牛H-FABP、HSL基因外显子部分均存在多态性,多态性检验均存在3种基因型;②适合性检验表明仅HSL基因外显子8上多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余多态位点均偏离;③测序分析表明,H-FABP基因外显子4第7 339位(与原序列相比)发生单碱基突变(T→C),该突变属同义突变;HSL基因外显子7第6 883位发生G→C转换,以及第6816处发生碱基A→G突变,并导致编码氨基酸由天冬氨酸(D)转变为甘氨酸(G);外显子8第10 183 bp处发生A→G碱基突变,编码氨基酸由半胱氨酸(C)变为甘氨酸(G);④对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围、体重)进行差异显著性检验,仅HSL基因外显子7上A6816G基因座差异极显著(P﹤0.01)。【结论】麦洼牦牛H-FABP、HSL基因存在遗传多态性,且HSL基因外显子7上A6816G基因座表现的多态有可能作为一种遗传标记。

鸡H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量的相关研究

根据GenBank发表的鸡H-FABP基因序列设计引物,以广东省农科院畜牧研究所提供的4个地方优质肉鸡品种,2个培育品种和1个引进的肉鸡品种为试验材料,通过测序和PCR-SSCP的方法进行SNP检测和基因型分析,探讨H-FABP基因多态性与肌内脂肪含量(IMF)之间的关系。结果发现在H-FABP基因260 bp和675 bp处存在T/C和G/A的突变位点,对2个突变位点在研究群体中进行基因型分析,结果产生3种基因型。基因型与IMF的相关分析结果表明:在T260C位点上,所有品种中AA基因型的IMF含量显著(P<0.05)高于BB基因型个体,但对于不同的品种来说,AA和BB基因型只对封开杏花鸡和岭南黄鸡II号的IMF含量有显著影响(P<0.05),而对其他各鸡种均无显著影响(P>0.05);在G675A位点上,所有品种中AA型和AB型肌内脂肪含量差异显著(P<0.05)。

陕北白绒山羊H-FABP基因SNPs及其与生长、胴体性状的相关研究

利用PCR-SSCP技术分析了262头周岁陕北白绒山羊H-FABP基因外显子2的多态性及其与生长和胴体性状的关系,结果表明:该座位存在1个突变位点(G→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AB与AA和BB基因型个体背膘厚差异显著,AA和BB型个体间的差异极显著;AB和BB型个体的胸围和管围差异显著(P<0.05),AA和BB型个体的眼肌面积具有显著差异(P<0.05),其他性状在不同基因型间均无显著差异;此外,在初生重、眼肌面积、背膘厚等6项指标上,均表现为AA>AB>BB,而在体高、胸围、管围3项指标上,均表现为AB>AA>BB。可以推断H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记。

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】(1)在5′-上游区:HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区:HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC=0.3222);HaeⅢ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为:HH>Hh>hh,dd>Dd>DD,BB>Bb>bb;遗传效应值分别为:4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。

鲁西黄牛H-FABP基因的多态性及其与肉质性状关系的分析

利用PCR-RFLP方法在鲁西黄牛H-FABP基因内发现了1个变异酶切位点,为in tron 2上的H aeⅢ-RFLP。利用最小二乘线性模型对不同分子标记基因型效应值间肉品质大理石花纹评分和嫩度性状差异显著性检验,结果表明:鲁西黄牛H-FABP基因中BB纯合基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响(P<0.05);对大理石花纹评分来说,3种基因型AA、AB和BB之间差异不显著。