HOXA5基因转录起始点上游区域高甲基化水平与神经管缺陷的关系

目的探讨同源异形盒基因转录起始点(TSS)上游区域甲基化水平与神经管缺陷(NTDs)的关系。方法采用两阶段病例对照研究设计。第一阶段选择NTDs病例10例和对照8例作为研究对象,运用全基因组甲基化芯片检测其脑或脊髓DNA全基因组甲基化水平。针对HOXA5基因差异甲基化区域,在第二阶段扩大样本量(52例病例和23例对照)进行验证。提取脑或脊髓组织DNA,使用Mass ARRAY系统的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对HOXA5基因差异性甲基化区域进行验证。结果第一阶段在全基因组甲基化芯片结果中筛选出HOXA5基因TSS上游区27个CpG位点在病例组甲基化水平高于对照组(P<0.05)。第二阶段利用Mass ARRAY系统针对上述发现的差异区域进行检测,成功检测到10个可用于分析CpG位点。NTDs病例组及其亚型脊柱裂组和无脑畸形组中甲基化水平高于对照组的CpG位点数各有7、6和2个(P<0.005)。HOXA5基因TSS上游区域病例组平均甲基化水平高于对照组[NTDs病例组:(31.3±13.9)%,对照组:(21.4±9.7)%],调整胎儿性别和孕周后OR值为1.09(1.03~1.16)。结论 HOXA5基因TSS上游区域高甲基化与胎儿神经管缺陷风险增加存在关联性。