先天性室间隔缺损相关HAND1基因新突变的识别及功能

目的:检测先天性室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)相关HAND1基因新突变并分析其功能。方法:采集125例先天性VSD患者和210名对照者的临床资料和血标本,抽提基因组DNA,扩增HAND1基因的全部编码外显子,并对扩增的基因片段进行测序以识别HAND1基因突变。利用双荧光报告基因分析系统分析突变型HAND1的功能特点。结果:在1例散发性VSD患者中发现了1个新的HAND1杂合突变c.355G>T,亦即E119X突变,该无义突变在210名对照者中并不存在,功能分析显示突变型HAND1丧失了转录、激活靶基因的功能。结论:本研究检测出了一个VSD相关的HAND1基因新突变。

青岛地区2007-2009年人肠道病毒71型的分子流行病学研究

目的了解2007-2009年青岛地区引起手足口病的人肠道病毒71（EV71）型VPI基因编码区（CDS）分子流行病学特征。方法采用荧光定量PCR对咽拭子标本进行总肠道病毒（EV）、柯萨奇病毒A16（CA16）和EV71检测。选取部分EV71检测阳性的标本进行VP1基因CDS序列的扩增及测序，对所获得的序列进行进化树分析。结果青岛市2007-2009年的51株EV71病毒核苷酸和氨基酸的差异性分别为5.3％和1．7％，所有病毒均属于C4亚型中的C4a簇。2008和2009年的基凶进化树均有多个分支产生，但每年都有一个主要分支（即优势株）。2008年的优势株与2007年山东省临沂市优势株高度同源，2008年的次优势株和2009年的优势株同与2008年安徽省阜阳市优势株高度同源。2007年的2株EV71与2007年山东省临沂市流行株高度同源。结论青岛市2008和2009年的EV71均有多个传播链存在，2008年的主传播链至2009年变为次传播链，但2008年的次传播链至2009年发展为主传播链。

手足口病患儿176例病原检测及肠道病毒71型基因特征分析

目的研究手足口病（HFMD）病原构成,对引起HFMD的肠道病毒71型（EV71）进行基因特征分析。方法采集2013年6月至8月天津市儿童医院176例临床诊断HFMD患儿的咽拭子标本,应用实时逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法检测标本中的肠道病毒。选取EV71阳性标本扩增基因的VP1区,测序并比对,构建进化树分析。结果 176例标本中肠道病毒总阳性率为68.8%,其中EV71为32.4%,柯萨奇病毒A组16型（CVA16）为4.0%,EV71和CVA16双阳性为1.7%,其他肠道病毒（EV）28.4%。EV71 VP1区与C4a基因型代表株核苷酸同源性为96.6%～98.9%,氨基酸同源性为98.8%～100%,亲缘进化分析显示本地区EV71与C4a基因型代表株处于同一分支。结论 EV71是2013年天津市儿童医院手足口病住院患儿主要病原,且属于C4a基因亚型。

灰毡毛忍冬Lm-XL-AP1基因克隆、生物信息学和时空表达分析

目的克隆灰毡毛忍冬突变型品种AP1基因(Lm-XL-AP1),并对其进行生物信息学和时空表达分析。方法通过RACE技术克隆Lm-XL-AP1基因全长,运用生物信息学的方法进行基因同源性和相似性比较分析,预测其编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。运用荧光定量PCR(q RT-PCR)检测该基因在灰毡毛忍冬突变型植株不同花期和不同器官的相对表达量。结果获得AP1基因,开放阅读框(ORF)长729 bp,编码242个氨基酸,与甘菊中MADS-box基因家族AP1基因相似性达80%,且包含MADS和K-box的保守序列。AP1蛋白无跨膜区域,定位于细胞核中;在灰毡毛忍冬突变型植株第6花期相对表达量最高,同时茎、叶中也有表达。结论成功从灰毡毛忍冬突变型植株总RNA中克隆到可能参与控制花器官表达的AP1基因。

不同品种灰毡毛忍冬ACS3基因克隆、表达及生物信息学分析

目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性;借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(ACS3)基因在不同品种、不同花期灰毡毛忍冬中表达模式。结果从灰毡毛忍冬野生品种及湘蕾品种中分别克隆得Lm-ACS3(GenBank:MH724196)及Lm-XL-ACS3(GenBank:MH724197),开放阅读框长度均为1452bp,编码483个氨基酸,包含保守的Aminotran_1_2结构域,与其他植物的ACC合酶具较高相似度;qRT-PCR结果显示,野生型ACS3基因不同花期间表达差异显著,从花期3开始呈整体明显上升趋势,湘蕾型中花期间表达差异相对较小。结论分别克隆得到灰毡毛忍冬野生型和湘蕾型ACS3基因,该基因在2品种中具不同表达模式;推测ACS3基因或为导致灰毡毛忍冬不同品种间差异表型的可能功能基因之一,为进一步验证该基因在调控蕾期长短及花表型的生物学功能提供实验基础。