人ligatin样基因HCA56的克隆及其生物信息学分析

目的 利用 SEREX方法筛选人肝细胞癌 (HCC) c DNA表达文库 ,克隆能引起机体体液免疫应答的抗原编码基因 ,并对其进行生物信息学分析 ,以指导对新克隆基因功能的研究。方法 采用 ZAP- c DNAGigapack Gold Cloning试剂盒构建人 HCC c DNA表达文库 ,用患者自体血清进行筛选 ,对筛选得到的阳性克隆进行序列测定。通过生物信息学对筛选得到的阳性克隆 HCA5 6进行染色体定位、基因结构分析、蛋白序列预测以及相似性搜索和功能分析。逆转录多聚酶链反应 (RT- PCR)检测 HCA5 6的组织表达谱。结果 通过对一个c DNA表达文库的筛选 ,获得了一个血清反应阳性克隆 HCA5 6 ,全长 2 0 2 1bp,编码 5 84个氨基酸 ,定位于染色体1q31～ q32。数据库搜寻表明它与人 ligatin编码基因片段有 95 %的相似性。 RT- PCR显示 HCA5 6广泛分布于各种正常组织。结论 HCA5 6很可能是 ligatin的全长编码基因 。

应用生物信息学方法分析人HCA56基因

目的利用生物信息学对新克隆的人ligatin样基因HCA 5 6的基因和蛋白序列进行分析,探讨生物信息学在新基因研究中的作用。方法以人类基因组数据库为基础,利用电子PCR和SAGE数据库对HCA 5 6进行染色体定位和组织表达分布分析;BLAST程序进行HCA 5 6的基因结构分析和相似序列搜索;ORFfinder和GeneRunner3 0 5程序对HCA 5 6编码蛋白进行序列预测和功能分析。结果得出HCA 5 6的全长cDNA为2 0 2 1bp ,定位于染色体1q31 q32 ,其最长的开放读码框架为175 5bp ,编码5 84个氨基酸,编码氨基酸含有一个亮氨酸拉链和一假定的RNA结合保守序列。相似性搜索发现HCA 5 6基因片段与人ligatin基因片段具有很高的相似性(99% )。SAGE结果显示HCA 5 6在多种组织中都有表达。结论生物信息学是进行新基因研究的有效方法;HCA 5 6很可能是ligatin的全长编码基因。