基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法

针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ.该算法利用生命体语言与文本语言在组成上的共性,将氨基酸序列类比句子,通过整合ProtBert预训练模型、BiLSTM编码和注意力机制的网络结构优势,对HLA-Ⅰ序列和多肽序列进行特征提取,从而实现HLA-Ⅰ独立于位点的多肽结合预测.实验结果表明,该模型在两组独立测试集中均取得了最优性能.

肿瘤患者血小板输注疗效影响因素及HLA-Ⅰ类抗体特异性分析

目的分析肿瘤患者血小板输注疗效影响因素及HLA-Ⅰ类抗体特异性。方法对四川省肿瘤医院2019年11月至2021年7月期间申请血小板输注的142名肿瘤患者筛查血小板抗体、判定输注疗效并分析其影响因素,对抗体阳性者检测并鉴定HLA-Ⅰ类抗体。结果肿瘤患者血小板抗体阳性率、HLA-Ⅰ类抗体阳性率及输注无效率为35.2%(50/142)、32.4%(46/142)及16.9%(24/142)。血小板抗体阳性者输注无效率为30.0%(15/50),高于血小板抗体阴性者[9.8%(9/92)](χ^(2)=9.428,P<0.05)。多因素Logistics结果显示性别(χ^(2)=12.608,P<0.001,OR=3.800,95%CI:1.819~7.940)为血小板抗体产生独立危险因素,血小板抗体(χ^(2)=8.648,P<0.05,OR=3.952,95%CI:1.581~9.878)为输注疗效独立危险因素。强阳性、阳性及弱阳性HLA-Ⅰ类抗体检出率为69.6%(32/46)、80.4%(37/46)及97.8%(45/46),检出率最高的抗体为抗-B*15∶12、抗-B*57∶03、抗-B*57∶01、抗-B*13∶02、抗-B*49∶01、抗-B*50∶01、抗-A*25∶01、抗-B*15∶01、抗-B*15∶02、抗-B*44∶02。MFI均值≥10000的HLA-Ⅰ类抗体共19种,包含抗-A*02∶01、抗-A*02∶03、抗-A*02∶06等。Wilcoxon检验示HLA-Ⅰ类抗体阳性者(n=46)CCI值低于HLA-Ⅰ类抗体阴性者(n=96)(P<0.05)。结论输注血小板的肿瘤患者中,女性为血小板抗体产生危险因素,血小板抗体阳性者容易发生输注无效,HLA-Ⅰ类抗体是主要的血小板抗体,提示HLA-Ⅰ基因配合型血小板能够改善输注疗效。

中国西安地区血小板捐献者HPA及HLA-Ⅰ分型的研究

为了研究中国西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ分型的分布及多态性,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠技术检测西安地区375位血小板无偿捐献者HPA和HLA-Ⅰ分型并进行统计分析。结果发现,在HPA-1-HPA-17中,HPA-7-HPA-14、HPA-16和HPA-17只有-aa型,不具多态性;仅在HPA-3、HPA-15中检出-bb型。在16个表现型为HPA-5ab中有9个样本同时表达HPA-15ab,另7个样本表达-15bb,未见-15aa表型。此次检出的表型有HPA-1aa-17aa、HPA-1ab、-2ab、-3ab、-3bb、-4ab、-5ab、-6ab、-15ab和-15bb。在375人中可观察到16种HLA-A特异性,占该座位可检出表型特异性的76%(16/21),其中大于1%的有11种;观察到36种HLA-B特异性,占该座位可检出表型特异性的84%(36/43),其中大于1%的有23种,均涵盖在中国北方地区HLA-Ⅰ特异性常见型里。在375人中观察到HLA-A-B单体型264种,频率大于1%的有30种。结论:西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ基因多态性基本符合中国北方地区分布情况,但具有西安地区特点。

华东地区汉族HLA-Ⅱ类基因与白癜风临床特征的相关性

目的探讨华东地区汉族HLA-Ⅱ类基因与白癜风临床特征的相关性。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)方法检测华东地区汉族白癜风患者HLA-DRB1、DQA1和DQB1位点的等位基因,使用SPSS10.0统计软件分析。结果HLA-DQA10103与伴发内分泌疾病的患者有显著正相关,DRB109与C4降低的患者明显负相关。按临床类型分析,发现局限型与DRB109和DQA103正相关,非节段型与DQA103正相关。结论:在华东地区汉族人群中,白癜风的临床特征与HLA-Ⅱ类基因有一定的相关性。

癫痫患者脑组织TNF-αmRNA、IL-6mRNA以及HLA-Ⅱ抗原表达的改变

为探讨肿瘤坏死因子 (TNF-α)、白细胞介素 6 (1L - 6 )以及 HL A- 抗原表达在癫痫免疫学发病机制中的作用 ,采用地高辛标记 c DNA探针技术组织原位杂交方法研究癫痫患者 TNF- α m RNA和 IL- 6 m RNA在脑组织中的表达与分布 ;同时借助免疫组织化学技术检测癫痫患者脑组织中 HL A- 抗原的表达水平。结果发现 :癫痫患者脑组织中星形胶质细胞异常高表达 TNF- α m RNA和 IL- 6 m RNA;星形胶质细胞和小胶质细胞异常高表达 HL A- 类抗原。结果提示 :脑组织局部自分泌或旁分泌的细胞因子 (TNF-α和 IL - 6 )水平以及胶质细胞表面 HL A-

中医痰湿体质与HLA-II类基因相关性研究

目的:研究中医痰湿体质与HLA-II类基因(DPB1、DRB1、DQB1)多态性的关系。方法:采用PCR-SBT(sequence-based typing)分型方法对正常体质、痰湿体质人群样本进行DPB1、DRB1、DQB1基因分型。比较组间表型频率(PF)并计算相对危险度(RR)。结果:与正常质组比较,痰湿质组DRB1*09012、DRB1*15021、DQB1*03032、DQB1*05011表型频率显著升高(P=0.002、0.04、0.0006、0.02);DRB1*11011表型频率显著降低(P=0.04)。结论:HLA基因与中医体质类型有一定关联,为中医体质的免疫遗传学研究提供依据。

不同IL-15转染对NCI-H446HLA-Ⅰ和HLA-Ⅱ表达及NK敏感性的影响

目的探讨不同形式IL15基因转染对人小细胞肺癌细胞株NCIH446细胞HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达及NK杀伤敏感性的影响。方法在本室已构建的3种细胞模型(转染IL15成熟肽基因的NCIH446/IL15mp细胞、转染原型IL15基因的NCIH446/IL15细胞和转染以IL2信号肽替代IL15信号肽的改型IL15基因的NCIH446/IL2spIL15mp细胞)基础上[1],以野生株细胞为对照,流式细胞分析仪(Fluorescenceactivatedcellsorter,FACS)分析这3种细胞HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达,四甲基偶氮唑蓝(MTT)法测定它们对NK杀伤的敏感性。结果野生株NCIH446细胞表面阳性表达HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子;转染IL15成熟肽基因或改型IL15基因后,这两种分子的表达均被抑制为阴性;转染原型IL15基因后,这两种分子的表达均被显著上调。5名不同健康志愿者的外周血单个核细胞(PBMC)对野生株NCIH446细胞的平均NK杀伤率最低,对NCIH446/IL15、NCIH446/IL15mp和NCIH446/IL2spIL15mp细胞的平均NK杀伤率依次升高。结论转染不同形式IL15基因对NCIH446细胞的免疫生物学特性影响不同。转染IL15成熟肽基因或改型IL15基因,抑制NCIH446细胞表面HLA的Ⅰ类和Ⅱ类分子表达;转染原型IL15基因,上调这两种分子的表达;转染不同形式IL15基因均可增强NCIH446细胞对NK杀伤的敏感性,但程度不同:以改型IL15者最高,IL15成熟肽者次之,原型IL15者最低。

应用微量SSP法进行器官移植供受者HLA-Ⅱ类基因分型

目的：探讨应用于临床器官移植的组织配型新技术。方法：采用快速ＤＮＡ抽提技术，建立微量ＰＣＲ－ＳＳＰ－ＨＬＡ－ＤＲＢ／ＤＱＢ基因分型方法，并与单克隆抗体一步法分型结果进行对比研究。结果：应用２种方法对７３份标本进行ＨＬＡ－Ⅱ类抗原／基因分型，结果完全相符，但微量ＰＣＲ－ＳＳＰ法不但快速、需血量少，而且分辨率高。结论：微量ＰＣＲ－ＳＳＰ法具有快速、准确、省血等优点，适合在临床器官移植配型中推广应用。

中国人HLA-Ⅲ(C4A、C4B、Bf、C2)的遗传多态性及其与疾病的关系

C4、Bf、C2均为补体的固有成份,为形成两条途径C3转化酶与C5转化酶的关键分子。这三个补体蛋白的基因紧密连锁,定位于人第6染色体短臂(6p21.3)。

非经典HLA-Ⅰ类分子对母胎免疫耐受的调节

携带父系抗原的胚胎作为植入母体子宫腔内的半同种异体移植物,却不被母体排斥,有赖于母胎间复杂的免疫耐受。一旦母胎免疫耐受不足或缺失就可能导致反复妊娠丢失等病理性妊娠的发生。在正常妊娠过程中,胎儿绒毛外滋养细胞可特异性高表达非经典HLA-I类分子HLA-E、HLA-F、HLA-G,对母胎界面免疫耐受的维持及调节发挥着关键作用。

HLA-Ⅱ类基因多态性与乙型肝炎转归的相关性

目的探讨HLAⅡ类基因多态性与乙型肝炎转归之间的关系。方法采用PCRSSP对52例慢性乙型肝炎、30例急性乙型肝炎和106例正常人的HLADRB1、DQA1和DQB1等位基因多态性进行了分析。应用结晶紫染色法检测淋巴母细胞系(LCL)分泌TNF的细胞毒活性。采用MTT法检测淋巴细胞增殖指数。结果HLADRB10301、DQA10501和DQB10301在慢性乙型肝炎组的等位基因频率明显高于正常对照组。HLADRB111011104和DQA10301在慢性乙型肝炎组的等位基因频率明显低于急性乙型肝炎组。HLADRB10301、HLADQA10501、HLADQB10301阳性组LCL分泌TNF的活性和淋巴细胞增殖指数明显低于阴性组,HLADRB111011102、HLADQA10301阳性组LCL分泌TNF的活性和淋巴细胞增殖指数明显高于阴性组。结论HLADRB10301、DQA10501和DQB10301与慢性乙型肝炎的易感性相关,HLADRB111011104和DQA10301与慢性乙型肝炎的抗性相关。HLAⅡ类基因可通过影响TNF和淋巴细胞增殖反应来发挥免疫调节作用,与HBV感染慢性化或HBV清除有关。

HLA-Ⅲ类成份及其构成的补体型与重症肌无力相关性的研究

对42个无血缘关系的重症肌无力(MG)患者家庭及36个健康献血员家庭成员的EDTA血浆用琼脂糖高压电泳及免疫固定的方法对属于HLA-Ⅲ的Bf,C4A及C4B的遗传多态性及其构成的补体型进行了检测。通过家系分析及对比发现,MG的Bf基因频率与正常人无差异;C4A~*4的基因频率病人远大于正常人,而C4A~*2则较常人为小。在补体型方便,MG患者与正常人亦不相同:患者以S42的频率最高,常人则以S31最高。MG患者的S42、S31及S40之间存在着正向连锁不平衡,S32和S41之间存在着负向连锁不平衡。进一步分析显示,S42与MG密切相关,这主要是由于C4A~*4与MG强烈相关,而Bf~*S和C4A~*2又与C4A~*4连锁不平衡的结果。

中国多表位疫苗设计的HLA-Ⅰ积累表型频率空间预测系统(英文)

目的 建立HLA Ⅰ积累表型频率(CPF)的空间预测系统,旨在指导中国疫苗学家设计受HLA限制的多表位疫苗(包括DNA疫苗) ,并评价或预测根据不同HLA Ⅰ组合形式设计的多表位疫苗(或DNA疫苗)在中国不同地区的免疫效果。方法 通过构建中国境内人群HLA Ⅰ基因空间数据库,利用“克立格”技术建立CPF空间预测系统。结果 根据疫苗设计目的,设计者可利用该系统预测和估计特定地理位置上人群的CPF ,包括根据单个HLA座位(HLA A或HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗和根据两个HLA基因座位(HLA A和HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗在特定地理位置上人群的CPF值,从而估计或预测拟研制的或已研制的多表位疫苗在中国不同地理位置上人群中的免疫效果。结论 该预测系统可用于:①鉴别任何中国群体的期望CPF百分比,为设计疫苗组分提供依据;②在特定地理位置的人群中,预测限制性表位已知的多表位疫苗的理论免疫应答率;③在特定地理位置的人群中,识别因缺乏HLA Ⅰ限制性等位基因而不能对表位疫苗产生免疫应答的个体。

杂色曲霉素对人外周血单个核细胞表面HLA-Ⅰ分子表达的影响

目的探讨杂色曲霉素(ST)对体外培养的人外周血单个核细胞表面(HPBMc)HLAⅠ分子表达的影响。方法采用流式细胞定量术(FCM)和免疫印迹(Westernblot)分析方法,研究不同浓度ST(0.125、0.25、0.5、1和2mgL)处理后人外周血单个核细胞表面HLAⅠ分子表达的变化。结果FCM定量分析结果表明,经不同浓度ST处理24小时后,与对照组相比,各组细胞HLAⅠ的平均荧光强度均降低,以较高浓度(0.5、1和2mgL)ST处理组降低更明显(P<0.05)。在0.125mgL到2mgL的浓度范围内,随ST处理浓度的升高,HLAⅠ荧光指数逐渐降低,两者呈明显的负相关(r=-0.841,P<0.01)。免疫印迹结果也表明,随ST浓度的增高,HLAⅠ分子降低越明显。结论提示在0.125mgL到2mgL的浓度范围内,ST抑制人外周血单个核细胞表面HLAⅠ分子的表达呈现出负的剂量-反应关系。

人肝癌细胞的HLA-Ⅰ类抗原表达

为了为肝癌细胞毒性 T细胞疫苗设计、构建及免疫治疗策略的决策提供体外实验研究依据 ,采用免疫细胞化学 L SAB法及流式细胞术观察了体外培养人肝癌细胞的 HL A- 类抗原表达情况。结果显示 ,人肝癌细胞株 Alexander、Hep G2、SMMC- 772 1、QGY- 770 3都有较强的 HL A- 类抗原表达 ,这使细胞毒性 T细胞杀伤肝癌细胞成为可能。

HLA-DRB_1*1501位点基因多态性与重度慢性牙周炎易感性的相关关系研究

目的:探讨HLA-Ⅱ类基因区基因多态性与重度慢性牙周炎易感性的关系.方法:收集134例重度慢性牙周炎(CP)患者和81例健康对照者的颊黏膜拭子,提取DNA,采用多聚酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RELP)方法,检测HLA-DRB1*150l的多态性,采用行×列表资料的x2检验,比较重度CP患者和健康对照组中等位基因频率和基因型的分布.结果:DRB1*150l等位基因频率在重度CP组高于对照组(P＜0.05),0R=3.874(2.401～6.252),提示该等位基因可能与重度CP的危险性增高有关.两组之间基因型分布有统计学差异,携带HLADRB1*1501纯合子基因型个体患重度CP的危险性可能增高,0R=20.896 (4.866～89.726),P＜0.05.结论:DRB1*1501等位基因可能与汉族人群重度CP遗传易感性相关,HLA-DRB1*1501纯合子基因型可能增加了重度CP的易感性.

Eplets配型方法在HLA-Ⅰ类抗体所致血小板输注无效患者中的应用评价

目的了解Eplets配型方法在HLA-Ⅰ类抗体所致血小板输注无效（PTR）患者中的适用性。方法以PCR-SBT方法检测24名PTR患者及血小板供者的HLA基因型;利用Luminex技术平台、采用抗-HLA检测试剂（LSA）检测患者的HLA特异性抗体（DSA）;再借助HLA Matchmaker软件获得患者的预存HLA-Ⅰ类抗体对应的表位（Eplets）及DSA荧光指数中值（MFⅠ）;最后统计分析Eplets错配数对PTR的影响。结果对DSA不同MFⅠ阈值（1 000—3 000）的统计分析：DSA MFⅠ〈1 000时的血小板输注效果最佳,且随着DSA MFⅠ的增加,血小板输注效果均出现不同程度的下降。本组32次输注有效与PTR患者的DSA MFⅠ平均值分别为1 289.67±1 121.83 vs 4 078.60±2 578.57（P〈0.01）,Eplets错配数0—5的患者与错配数〉5的患者输注效果分别为29.38±22.47 vs 18.47±15.38（P〉0.05）。结论 Eplets配型方法结合DSAMFⅠ水平可筛选到适合的血小板供者,从而避免对于HLA-Ⅰ类抗体所致的PTR,保证输注效果。

HLA-Ⅰ、CD8和CD4在宫颈不同病变组织中的表达及意义

目的检测人类白细胞抗原1(HLA-Ⅰ)类抗原、CD8和CD4分子在慢性宫颈炎、宫颈上皮内瘤样变(CIN)、宫颈癌和癌旁组织中的表达,探讨其表达与宫颈不同病变的关系。方法宫颈癌、CIN、慢性宫颈炎和癌旁组织标本各20份,采用免疫组织化学SP法检测HLA-Ⅰ类抗原、CD8和CD4分子的表达。结果在宫颈癌、CIN、慢性宫颈炎和癌旁组织中,HLA-Ⅰ类抗原的阳性表达率分别为40%、95%、100%和100%,宫颈癌组的表达率明显降低(P<0.01);CD8分子的阳性表达率分别为35%、95%、100%和100%,宫颈癌组的表达率明显降低(P<0.01);CD4分子的阳性表达率分别为45%、80%、100%和100%,宫颈癌组的表达率亦明显降低(P<0.01)。HLA-Ⅰ类抗原和CD8分子的表达呈正相关(r=0.913,P<0.001)。结论 HLA-Ⅰ类抗原、CD8和CD4分子在宫颈上皮内瘤变和宫颈癌组织中表达减少及无表达,3者在宫颈病变程度由低到高的发生发展过程中可能起着重要的保护作用。

HLA-Cw研究进展

HLA Cw属于经典的HLA I类基因 ,HLA Cw分子与HLA A、B分子一样具有高度多态性 ,广泛分布于有核细胞表面 ,不仅呈递内源性多肽给CD8+ T细胞 ,诱发特异性细胞杀伤效应 ,还可作为NK细胞免疫球蛋白样受体 (KIR)的配体参与免疫反应。因此 ,HLA Cw与疾病相关性研究、在移植免疫、抗病毒。