AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析

目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占81.8%(275/336),表现出45种类型;Illumina Miseq测序平台98个标本有82个标本存在模棱两可结果,占83.7%(82/98),表现出27种类型。所有标本HLA-DPB1基因经PCR-SSO法复核,未发现NGS法漏检HLA-DPB1等位基因情况。Sanger测序法检测区分41个标本,共43个HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可的等位基因,发现HLA-DPB1*13∶01∶01等位基因为25个,占58.1%(25/43);HLA-DPB1*107∶01等位基因为18个,占41.9%(18/43)。结论 应用AllType NGS 11位点测序试剂仍有较高比例的HLA-DPB1基因模棱两可组合结果。利用Sanger测序法分析HLA-DPB1基因1号外显子可区分解决部分HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因。

基于数据库探索HLA-DPB1基因在泛癌中的潜在价值

目的:探索HLA-DPB1在泛癌中的表达及其对患者预后、肿瘤免疫细胞浸润的影响及作用机制。方法:从UCSC XENA、TCGA数据库获取基因转录组和临床数据,从UALCAN、HPA数据库获取HLA-DPB1蛋白质在泛癌中的表达情况;使用Cox回归和Kaplan-Meier分析评估HLA-DPB1在泛癌中的预后价值;使用ESTIMATE算法和Timer数据库分析HLA-DPB1表达与免疫细胞浸润的相关性;使用cBioPortal数据库分析泛癌中HLA-DPB1的基因突变及其对预后的影响;使用STRING,GEPIA2及R包对HLA-DPB1相关基因进行GO功能注释及KEGG通路富集分析,进一步通过GSEA软件分析HLA-DPB1的生物学功能;采用Cancer SEA数据库分析HLA-DPB1对单个细胞功能状态的影响。结果:HLA-DPB1在大多数肿瘤组织中表达升高,HLA-DPB1高表达与宫颈鳞癌和腺癌(P=0.03)、肾透明细胞癌(P=1.8×10^(-3))、肺腺癌(P=1.0×10^(-4))、子宫内膜癌(P=0.02)、肉瘤(P=4.5×10^(-3))、皮肤黑色素瘤(P=5.6×10^(-7))的良好预后显著相关。HLA-DPB1基因突变存在于多种恶性肿瘤中,是皮肤恶性肿瘤的不良预后因素。HLA-DPB1表达促进肿瘤微环境中的免疫细胞浸润和免疫检查点相关基因的表达。HLA-DPB1可能通过FcεRI介导Ca^(2+)动员、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)激活及NF-κB激活等信号通路参与肿瘤免疫、炎症反应过程。结论:HLA-DPB1的表达水平与不同肿瘤患者的临床预后及免疫细胞浸润高度相关,HLA-DPB1有望成为新的肿瘤预后标志物和免疫治疗的潜在靶点。

HLA-DPB1 TCE错配及表达模型在同胞相合造血干细胞移植中的评估

目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan■ 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对64对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1 10/10相合的同胞供受者进行HLA-DPB1基因分型和新等位基因的确证,对DPB1错配供受者rs9277534 SNP位点进行测序,依据DPB1 T-Cell Epitope Algorithm version 3.0和rs9277534基因型进行TCE模型和表达模型预测。结果在64例HSCT受者中共计检出14种DPB1等位基因,其中DPB1*05∶01∶01G、DPB1*02∶01和DPB1*04∶01∶01G频率分布最高,分别占31.25%、20.31%和16.41%;发现新等位基因1例,于2020年6月26日被正式命名为HLA-DPB1*1120∶01;检出的3对错配供受者均为单一DPB1位点不合,DPB1座位热点交换率为4.69%,且均为不允许错配(non-PM);rs9277534基因型分别为AG/AG、AG/GG和AA/AG,供受对1较供受对2和3可能存在更高发生急性移植物抗宿主病(aGVHD)的风险。结论同胞相合HSCT中仍需关注HLA-DPB1呈现的TCE不允许错配及表达模型所预示的移植后风险。

HLA-DPB1及PRTN3基因和ANCA相关性小血管炎的相关性分析

背景 ANCA相关性小血管炎（ANCA-associated vasculitides,AAV）包括肉芽肿性多血管炎（granulomatosis withpolyangiitis,GPA）、显微镜下多血管炎（microscopic polyangitis,MPA）和嗜酸细胞性肉芽肿性多血管炎（eosinophilicgranulomatosis with polyangitis,EGPA）.前期的AAV易感基因研究主要着眼于白种人,鉴于人群异质性及种族差异的存在,故而本研究着眼于探究HLA-DPB1、PRTN3及CD226基因与中国北方汉族人群AAV的相关性.方法 使用Sequenom MassArray质谱阵列技术（Sequenom iPLEX assay,San Diego,CA）对待检者进行基因分型.本研究共纳入了196例AAV患者（GPA 100例,MPA 76例,EGPA 20例）和485名健康对照者.结果 GPA组与健康对照组比较,Rs3117242（HLA-DPB1）的T等位基因频率显著上升（68.0％ vs.50.4％）,差异有统计意义（OR=2.09,95％ CI：1.51～2.88,Pc ＜0.001）,但MPA组、EGPA组与健康对照组比较,差异均无统计学意义（Pc =0.09,Pc =0.94）.针对Rs3117242（HLA-DPB1）位点的基因型频率进行分析,其结果与等位基因频率分析结果类似.与健康对照组比较,无论是AAV组或GPA组或PA组或EGPA组,其他基因的SNP位点的等位基因频率或是基因型频率分布的差异均无统计学意义（Pc＞0.05）.结论 Rs3117242（HLA-DPB1）是中国北方汉族人群GPA的易感位点.这一研究为深入探讨GPA的发病机制提供了新的线索.

新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因多态性与肺结核易感的相关性研究

目的:探讨研究新疆石河子地区的汉族肺结核患者与汉族健康对照者的人类白细胞抗原(HLA)-DPB1等位基因的多态性及其与肺结核易感的相关性。方法:采用DNA水平基于测序的分型方法(Sequence-based typing,SBT),通过病例-对照研究93例新疆石河子地区汉族肺结核患者与96例同一地区的汉族随机健康对照者的HLA-DPB1位点的多态性,通过统计分析研究结果,筛选出易感和保护性基因。结果:在健康对照组中,共筛选出16个等位基因,其中HLA-DPB1*0501(28.1%)和HLA-DPB1*0201(27.6%)的基因频率显著高于其他位点,分别位居第一第二;病例组与对照组研究发现,HLADPB1*0201在对照组中的频率显著高于病例组(P<0.05)。而HLA-DPB1*0501在病例组的频率显著高于对照组(P<0.05)。结论:新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因频率与中国其他地区北方汉族人群大体一致;同时本研究提示HLADPB1*0501可能为新疆石河子地区汉族肺结核的易感性基因,而HLA-DPB1*0201则可能为其保护性基因。

山东地区汉族人HLA-DPB1基因单核苷酸多态性

使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA DPB1引物序列 ,由PCR技术扩增人HLA DPB1基因第二外显子。产物纯化后 ,直接核酸序列分折确定个体的HLA DPB1外显子核酸序列。使用基因定型软件与由国际上公布的HLA DPB1核酸序列构建的基因型核酸序列数据库进行比较 ,确定个体的基因型别、确定等位基因类型。研究结果提示中国人HLA DPB1第二外显子基因序列与国际上公布的序列基本一致 ,但有不同之处 ,多处存在单核苷酸多态性 (SNP) ,提示存在有新的等位基因。对 51例个体研究显示 ,出现频率最高的等位基因是DPB1 0 2 0 1 2。

HLA-DPB1等位基因与重症肌无力相关性研究

①目的 探讨人类白细胞抗原 (HLA DPB1)在重症肌无力 (MG)发病中的作用。②方法 采用聚合酶链反应限制性长度多态性 (PCR RFLP)技术 ,对 34例MG病人及 5 1例健康人HLA DP对应的HLA DPB1基因进行分型 ,并对其DPB1的各等位基因的频率进行比较分析。③结果 HLA DPB1 0 5 0 1与MG有一定关系 (χ2 =9.81,P <0 .0 5 )。④结论 HLA

儿童系统性红斑狼疮与HLA-DPB1基因相关性研究

目的研究儿童系统性红斑狼疮(SLE)与人类白细胞抗原(HLA)-DPB1基因的相关性。方法对95例SLE患儿和74例正常对照者,应用序列特异性引物聚合酶链式反应扩增法(PCR-SSP)检测HLA-DPB1基因的等位基因。结果 DPB1*0501等位基因频率在SLE组(31.6%)明显低于对照组(48.0%),校正P值(Pc)<0.05,相对风险度(RR)为0.4792,预防分数(PF)为0.3730。DPB1*0201等位基因频率在狼疮脑病患儿明显高于正常对照组;DPB1*0501等位基因频率在狼疮脑病患儿明显低于正常对照组,但确切概率P值(Pf)>0.05;其余各等位基因频率在SLE组和对照组、SLE不同临床表型与对照组间均无显著性差异(Pf>0.05)。结论 DPB1*0501等位基因可能对儿童系统性红斑狼疮发病有保护性作用。

PCR-SBT法分析内蒙古地区鄂温克族人群HLA-DPB1等位基因型别

目的:调查内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(Humanleukocyteantigen,HLA)DPB1基因多态性。方法:采用SBT(sequecing-based-typing)法。结果:在所检测的DPB1等位基因中,共检出20个等位基因,其中频率最高的是DPB1*02012(24.4%),其次是DPB1*0402(22.6%),DPB1*0401(20.2%),DPB1*0501(10.7%),其余等位基因频率均低于5%。结论:内蒙古地区鄂温克族人群中HLA-DPB1分布特征有独特性,为本民族的人类学及疾病相关性研究提供依据。

骨肉瘤中HLA-DPB1等位基因的初步研究

为探索骨肉瘤与ＨＬＡⅠ类抗原关联的内在机制，采用聚合酶链反应／顺序特异的寡核苷酸探针方法，对２２例骨肉瘤和４８例正常组织对照进行ＨＬＡＤＰＢ１等位基因检测，结果显示，作为ＨＬＡⅡ类抗原的ＤＰＢ１等位基因与骨肉瘤无相关性。

HLA-DPB1基因型与疾病相关性的研究进展

HLA基因型别与移植和疾病密切相关 ,其中HLA DPB1曾被认为与疾病最不具有相关性 ,而最近几年的报道却认为DPB1与许多疾病密切相关。就此本文阐述了HLA

HLA-DPB1等位基因与四川汉族人哮喘的相关性研究

目的:探讨HLA-DPB1等位基因与哮喘之间是否存在相关性,从基因水平探讨支气管哮喘的发病机制。方法:用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法,检测四川汉族人HLA-DPB1基因多态性。用PCR技术对HLA-DPB1基因第2外显子(exon 2)进行体外扩增;然后用Ban II、Fok I、Dde I、Rsa I、EcoN I、BstU I 6种限制性内切酶对扩增产物进行酶切,电泳分离酶切片段,根据片段格局确定相应基因型别。结果:PCR扩增在327 bp有HLA-DPB1 exon 2目的基因产生。限制性内切酶酶切HLA-DPB1后,共检测到12种等位基因。HLA-DPB1*0201在哮喘患者组的出现频率显著低于对照组(P<0．05,RR=0．115<1)。结论:HLA-DPB1* 0201可能为支气管哮喘的抗性基因。

四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1与rs9277534等位基因频率及其连锁关系的分析

目的探讨四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1和rs9277534等位基因分布及其之间的连锁关系。方法从四川骨髓库中随机选取200例无血缘关系的四川汉族志愿者标本,采用PCR-SBT方法对其HLA-DPB1等位基因分型,Taq Man探针法对其rs9277534等位基因分型并通过测序验证结果。利用Arlequin 3.1软件计算HLA-DPB1与rs9277534之间的连锁不平衡参数。结果本组四川骨髓库汉族人群中的DPB1等位基因：以DPB1＊05∶01∶01G频率为最高：0.412 5（165/400）;rs9277534等位基因：A和G的频率分别为0.4（160/400）和0.6（240/400）,AA、GG、AG基因型频率分别为0.165（33/200）、0.375（75/200）和0.46（92/200）。有10种HLA-DPB1等位基因型与rs9277534等位基因A、G之间存在连锁不平衡,DPB1＊04∶02∶01G、DPB1＊02∶01∶02G、DPB1＊02∶02∶01G和DPB1＊17∶01∶01G与rs9277534A完全连锁,DPB1＊05∶01∶01G、DPB1＊03∶01∶01G、DPB1＊13∶01∶01G、DPB1＊14∶01∶01G和DPB1＊21∶01与rs9277534G完全连锁。DPB1＊04∶01∶01G与rs9277534A等位基因之间呈高度连锁不平衡（｜D＇｜=0.95,P〈0.01）。结论四川骨髓库汉族人群的HLA-DPB1部分等位基因与rs9277534A/G等位基因连锁,对临床选择造血干细胞移植供者有参考价值。

南方汉族慢性髓细胞性白血病与HLA-DPB1等位基因的相关性研究

为了探讨慢性髓细胞性白血病 (CML)与人类白细胞抗原 (HLA)DPB1基因的相关性和分析其遗传易感性 ,采用测序分型技术 (SBT)对 86例主要为广东藉的南方汉族CML患者和 82例健康对照者进行HLA DPB1基因分型。结果表明HLA DPB1 130 1和DPB1 2 0 0 11的基因频率在病例组高于对照组。结论

中国人常见HLA-DPB1不明确杂合子SSP分型解决方案

目的:人类染色体是二倍体,这使得以测序方法研究多态性区域时会遇到不明确杂合子,这个问题在HLA-DPB1的分型上尤为突出。试图寻找一个来解决HLA-DPB1分型中不明确杂合子比例高给分型带来的困难的方案。方法:对946例样品进行HLA-DPB1分型,其中不明确杂合子有353例,共30种,占总例数的37%。建立了一套SSP分型方法,设计上游引物6条,下游引物15条,每一个样品同时用两对特异性引物进行扩增,两对引物分别代表两种不同的杂合模式。再从30种不明确杂合子类型中各挑2个样品进行克隆测序,结果与SSP分型结果比较。结果:SSP分型方法采用同一套扩增体系与两套循环反应条件,只需一次PCR扩增,就可以方便快捷地实现不明确杂合子的分辨,其结果与克隆测序结果相符。结论:与以往的克隆测序、SSCP方法相比,本研究中SSP分型方法具有高效率、高通量、省时省力的特点。

用核酸序列测定法对1型糖尿病HLA-DPB1、DQB1基因分析

目的 研究山东地区汉族人 1型糖尿病与HLA -DPB1和HLA -DQB1等位基因的相关性。方法 采用基于核酸序列测定的基因分型技术对 5 2例 1型糖尿病患者及 3 8名正常对照者进行了DPB1和DQB1基因分析。结果 DPB1 2 2 0 1(P <0 .0 1)和DQB1 0 2 0 1(P <0 .0 1)、 0 3 0 3 (P <0 .0 5 )及 0 60 4 (P <0 .0 5 )等位基因频率在糖尿病患者组显著高于对照组 ,而DPB1 0 4 0 2 (P <0 .0 1)和DQB1 0 3 0 1(P <0 .0 1)等位基因在糖尿病患者组显著低于对照组。结论 DPB1 2 2 0 1和DQB1 0 2 0 1、 0 3 0 3及 0 60 4等位基因可能是山东地区汉族人 1型糖尿病的易感性等位基因 ,而DPB1 0 4 0 2和DQB1 0 3 0 1等位基因可能是山东地区汉族人

A Study of the Best Probes to Detect HLA-DPB1, DQB1 Allele Genes

ＡＳｔｕｄｙｏｆｔｈｅＢｅｓｔＰｒｏｂｅｓｔｏＤｅｔｅｃｔＨＬＡ－ＤＰＢ１，ＤＱＢ１ＡｌｌｅｌｅＧｅｎｅｓＫｅＢｉｎｇｓｈｅｎ（克丙申）ａｎｄＳｕｎＸｉａｏｍｉｎｇ（孙晓明）（ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ＪｉｎａｎＭｉｌｉｔａｒｙＧ...

霍奇金淋巴瘤患者血液中HLA-DPB1的表达与不同EBV状态关系的研究

目的研究不同EB病毒(Epstein-Barr Virus,EBV)状态下霍奇金淋巴瘤(Hodgkin′s lymphoma,HL)患者的血液标本中人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigen,HLA)II类抗原DPB1的表达。方法取100例霍奇金淋巴瘤患者石蜡标本,用EBV编码的小RNA(Epstein-Barr virus encoded small RNA,EBER)原位杂交方法判定EBV表达状态(阳性/阴性),判定EBV阳性患者36例,取该36例患者血标本,用DNA直接测序分型法对血标本进行HLA-DBP1基因分型,用直接计数法计算基因频率,运用卡方检验分析EBV阳性与EBV阴性、EB病毒核抗原-2(Epstein-Barr virus nuclear protein 2,EBNA2)阳性与EBNA2阴性HL患者中HLA-DBP1基因表达情况。结果100例HL患者中EBER阳性患者36例,EBER阴性患者64例,EBV阳性与EBV阴性的HL患者在性别、年龄、组织学分型的分布差异均无统计学意义(P>0.05);在HL患者血液标本中,共检出16种HLA-DBP1等位基因,在EBV阳性HL中表达的有1种,在EBV阴性HL患者表达的有4种,两组患者共同表达的有12种,其中HLA-DPB1*050101(19.4%,25%)、HLA-DPB1*040101(29.2%,19.5%)、HLA-DPB1*020102(19.4%,14.1%)、HLA-DPB1*030101(6.9%,10.2%)表达频率较高(前者为EBV阳性基因频率)。HLA-DPB1*04:02:01基因频率在EBV阴性患者(13.3%)中高于阳性患者(4.2%),差异有统计学意义(P<0.05)。余基因位点在两组患者中差异均无统计学意义(P>0.05)。HLA-DPB1*04:01:01基因频率在EBNA2阳性患者(45.8%)中高于EBNA2阴性患者(20.8%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论HLA-DPB1*04:02:01的表达可能增加罹患EBV阴性HL风险;HLA-DPB1*04:01:01可能为EBNA2阳性HL患者的易感因素。