五例样本HLA-C基因测序分型中等位基因丢失及其原因分析

目的探讨HLA-C基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因，以提高HLA测序分型的成功率和准确性。方法620份随机选择的深圳健康捐血者血样，采用AlleleSEQRHLA—Cplus测序分型试剂盒进行检测，对无完全匹配、分型结果“异常”的标本，采用分子克隆和测序方法进行全长单倍体序列分析；对未检出新的碱基点突变的样本，进一步采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物进行再测序，分析测序分型结果“异常”的原因。结果620份经AlleleSEQRHLA—C测序分型的样本中，发现5例样本无完全匹配的基因型，与之最接近的多种等位基因型均存在单个碱基的不匹配；并且在第4外显子出现碱基杂合，但第2和第3外显子区域内无杂合碱基。经分子克隆和单倍体测序，以及采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物再测序，证实了5例标本均存在Cw＊0706等位基因漏检和丢失现象，未发现新的碱基点突变。结论HLA-C基因测序分型时，因PcR引物与模板DNA不匹配会导致等位基因的漏检和丢失。根据中国人群HLAC分子全长序列特点，开发适合于中国人群的测序分型试剂十分必要。