白木香3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶(AsHMGS)基因的克隆与表达分析

以白木香(Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg)茎cDNA为模板,采用反转录PCR及RACE技术分离得到HMGS基因cDNA全长。序列分析表明该基因序列全长1 831 bp,共编码465个氨基酸,推导的蛋白质分子量为51.4 kD,理论等电点6.25,命名为AsHMGS。推导的AsHMGS蛋白质序列具有植物HMGS酶的典型结构,并预测出HMGS酶的活性中心。系统进化树分析表明,AsHMGS蛋白与拟南芥、琴叶拟南芥、芥菜的相应蛋白相似度最高,其次为人参、喜树和野茶树。荧光定量PCR结果显示,茉莉酸甲酯能诱导白木香AsHMGS的表达。

茶树HMGS基因的克隆与序列分析

对利用cDNA-AFLP技术获得的"紫娟"茶树幼嫩叶与成熟叶之间的差异表达片段TDF,通过RACE方法首次从茶树中克隆了羟甲基戊二酰辅酶A合酶基因的全长cDNA,命名为CsHMGS(GenBank登录号为JQ390224)。CsHMGS全长1 829bp,开放阅读框1 401bp,编码467个氨基酸,经氨基酸序列对比发现,CsHMGS编码的氨基酸序列与人参、橡胶树、春花和喜树的HMGS基因同源性分别为87%、86%、87%和87%,含有HMGS蛋白保守序列,表达特性分析发现在成熟叶片中表达量高于幼嫩叶片。

内蒙古绒山羊SRY基因HMG-box的分子特征分析

【目的】克隆内蒙古绒山羊SRY基因的HMG-box区,并对其序列特征进行分析。【方法】参考Gen-Bank中山羊SRY基因序列设计1对引物,采用PCR法扩增内蒙古绒山羊雄性个体的SRY基因HMG-box区全部序列,克隆到pMD18-T载体中,转化DH5α菌,蓝白斑筛选阳性克隆,并进行测序。将测序结果与GenBank中部分偶蹄目动物SRY基因HMG-box的序列进行同源性比较,构建系统进化树。【结果】内蒙古绒山羊SRY基因HMG-box长度为231 bp,编码77个氨基酸;内蒙古绒山羊SRY基因HMG-box与GenBank中山羊、绵羊、猪、麝香鹿、梅花鹿、牛、水牛和牦牛等偶蹄目动物的核苷酸同源性分别为100.0%,99.1%,86.1%,96.1%,96.1%,97.4%,95.6%和96.9%,推导的氨基酸序列同源性分别为100.0%,100.0%,83.1%,94.8%,94.8%,94.8%,92.2%和93.5%。基于SRY基因HMG-box核苷酸序列构建的物种间系统进化结果,基本上与这些偶蹄目动物传统的系统分类结果一致。【结论】SRY基因HMG-box区在物种进化中高度保守,有望作为构建系统发育树的候选基因。

巴西橡胶HMG-CoA还原酶基因cDNA的扩增与克隆

从橡胶树高产无性系(热研7—33—97)的新鲜胶乳制备总RNA,采用磁吸附法从总RNA纯化mRNA,加反转录酶得到cDNA,以cDNA为模板,设计并人工合成一对特异引物,采用聚合酶链式反应(PCR技术)扩增到一段约1.0kb的DNA片段,用1％低融点琼脂糖电泳回收目的DNA片段,然后将目的DNA克隆到pGEM—5Zf(-)质粒载体上。

三疣梭子蟹Sox基因HMG盒的克隆分析

利用能扩增人类SRY基因HMG盒的一对简并引物,分别对三疣梭子蟹雌雄个体基因组DNA进行扩增,均得到216 bp和约400 bp的两条带,不存在性别差异,通过PCR-SSCP分析,未发现雌蟹或雄蟹所特有的Sox基因。对216 bp的带进行克隆测序得到6个Sox基因,分别命名为PTSox21、PTSox12、PTSox11a、PTSox11b、PTSox11c和PTSox4。其中,PTSox21、PTSox12和PTSox4氨基酸序列与人类Sox21、Sox12和Sox4基因的同源性分别为90%、66%和63%,PTSox11a、PTSox11b和PTSox11c氨基酸序列均与人类Sox11基因有63%的同源性。此外,PTSox11a和PTSox11b的氨基酸序列之间的同源性达到了98.6%,只在第44位氨基酸残基不同。与其他物种Sox基因氨基酸序列的同源性比较发现,PTSox21与饰纹姬蛙Sox2a有92%的同源性,而PTSox12、PTSox11a、PTSox11b和PTSox11c均与意大利蜜蜂的Sox1有73%的同源性,PTSox4与意大利蜜蜂的Sox1有72%的同源性。

HMG-CoA还原酶基因单核苷酸多态性与冠心病的关系

目的探讨3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzymeA,HMG-CoA)还原酶基因的BsuRⅠ和ScrFⅠ等2个限制性内切酶多态位点各等位基因与冠心病(CHD)易感性和冠心病患者血脂水平变化之间的关系。方法PCR扩增203例CHD患者和100例对照组的2个多态位点相应的DNA片段,经限制性内切酶消化并电泳后确定基因型,用SPSS软件进行统计学分析。结果2个多态位点的等位基因频率和基因型频率在CHD患者组和对照组间比较差异无显著性。ScrFI多态位点AA基因型的CHD患者其TC和LDL-C水平比aa基因型的CHD患者显著增高(P=0.031,P=0.028),TC/HDL-C比值也差异有显著性(P=0.039)。结论ScrFI多态位点的A等位基因与CHD患者较高的TC和LDL-C水平以及较高的TC/HDL-C比值相关联,这在寻找CHD的危险因素和易感个体的筛查等方面可能有一定的参考意义。

大鲵2个Sox基因HMG-box的克隆及分析

为探明Sox基因在物种进化中的保守性及其性别分型,以大鲵雌、雄个体为材料,参照Sox基因HMG-box保守区的序列,设计简并引物扩增,两因子均在雌、雄个体内得到217 bp PCR扩增产物,不存在性别差异。将二者编码的氨基酸序列与NCBI中其他物种Sox基因编码的氨基酸序列进行比对,其中一个基因与人、斑马鱼、家鼠、鸡、热带爪蟾、扬子鳄Sox11基因的同源性均为90%,另一个基因与罗非鱼、鸭嘴兽、家鼠、红鳍东方鲀、斑马鱼、鸡、人、非洲爪蟾和大鲵Sox14基因的同源性均为90%,故根据大鲵的学名,将这2个基因分别命名为adSox11和adSox14c。adSox11和adSox14c在大鲵精巢、卵巢、肾脏和心脏中均有不同程度表达,而在胃和肝脏中几乎不表达。

斑节对虾Sox基因HMG盒的PCR扩增及SSCP分析

SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因,HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区,在性别决定中极其重要且高度保守,许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒,即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类,其性别决定机制研究薄弱,至今未找到性染色体。本研究根据人的SRY基因的HMG盒保守区的核苷酸序列,设计了1对兼并引物,通过PCR扩增出斑节对虾的Sox基因,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明,斑节对虾雌雄个体均存在Sox基因,从雌雄个体中均扩增出约350bp和220bp两条基因片段,推测其中350bp片段含内含子,SSCP结果显示斑节对虾内存在Sox基因家族的不同成员,且雌雄存在差异。最后我们讨论了对虾性别决定可能的机制。

猪肝脏HMG-CoA还原酶基因的部分序列克隆及分析

从杜长嘉猪的肝脏中提取基因组RNA ,进行反转录 聚合酶链式反应 (RT PCR) ,获得 1条近 175bp的片段 ,克隆于pUCm TVector后进行序列分析结果表明 ,该片段为HMG CoA还原酶催化域cDNA的部分序列 。

不同剂量大豆蛋白对高胆固醇模型大鼠肝脏HMG-CoAr基因表达的影响

目的:研究不同剂量大豆蛋白对高胆固醇模型大鼠肝脏HMG-CoA基因表达的影响及其机制。方法:健康雄性Wistar大鼠经2周诱发高胆固醇模型后,按照体重和血清总胆固醇浓度将动物随机分为4组,分别给予含10%大豆蛋白、15%大豆蛋白、20%大豆蛋白和20%酪蛋白的4种处理因素,喂养8周后,取肝脏采用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测肝脏HMG-CoAr基因的相对表达量。结果:8周后,20%大豆蛋白组的血清总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的浓度与20%酪蛋白组和10%大豆蛋白组比较差异均有统计学意义(P<0.05);20%大豆蛋白组血清TC浓度为(2.04±0.18)mmol/L,降胆固醇效果好于15%大豆蛋白组[(2.44±0.66)mmol/L],但二者差异无统计学意义;各组肝脏HMG-CoAr基因相对表达量差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:大豆蛋白可以降低血中TC、HDL-C、LDL-C水平,但并不影响HMG-CoAr基因的表达。

HMG-CoA还原酶基因单核苷酸多态性与冠心病的关联研究

目的探讨3-羟-3-甲基戊二酰辅酶A(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A,HMG-CoA)还原酶基因的BsuR I和ScrF I等2个限制性内切酶多态位点各等位基因与冠心病(CHD)易感性和冠心病患者血脂水平变化之间的关系。方法PCR扩增203例CHD患者和100例对照的2个多态位点相应的DNA片段,经限制性内切酶消化并电泳后确定基因型,用SPSS软件进行统计学分析。结果2个多态位点的等位基因频率和基因型频率在CHD患者组和对照组间无显著差异。ScrF I多态位点AA基因型的CHD患者其TC和LDL-C水平比aa基因型的CHD患者显著增高(P=0.031;P=0.028),且TC/HDL-C比值比较也有统计学意义(P=0.039)。结论ScrF I多态位点的A等位基因与CHD患者较高的TC和LDL-C水平以及较高的TC/HDL-C比值相关联,此点在寻找CHD的危险因素和易感个体的筛查等方面可能具有一定的参考意义。

甘蓝型油菜HMG基因家族的生物信息学分析

为研究甘蓝型油菜HMG(high mobility group)基因家族的起源、进化和功能,利用生物信息学方法对甘蓝型油菜和其近缘物种HMG基因家族进行鉴定,并对其进化、基因结构、组织表达、直系旁系同源基因进行系统分析。在甘蓝型油菜中鉴定到45个HMG家族成员,并根据进化树和基因结构将其分成5组。染色体定位发现,19条染色体中有18条染色体有HMG基因,说明该家族基因分布较广泛。在甘蓝型油菜与甘蓝、白菜和拟南芥分别鉴定到45、47和26个直系同源基因对。在甘蓝型油菜中鉴定到28个旁系同源基因对,而在其它3个物种中则比较少,这可能与甘蓝型油菜的多次基因组加倍有关。对45个甘蓝型油菜BnHMG基因在根和叶中的表达模式进行分析,结果显示,大多数基因在根和叶中均有表达,且呈现出不同的表达模式。

糙皮侧耳HMG-box转录因子分析与候选基因克隆表达

在糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)的全基因组中鉴定出14个高速泳动蛋白(high-mobility group box,HMG-box)的编码基因(PoHMG1~PoHMG14),对其进行特征、结构与系统进化分析,发现所有的HMGbox转录因子蛋白的三级结构高度相似,相对分子质量为6893.79~60397.29,蛋白PoHMG6、PoHMG11、PoHMG12与PoHMG13之间的亲缘关系较近。基于糙皮侧耳在菌丝、原基、幼嫩子实体和成熟子实体时期的转录组数据,对筛选到的转录因子基因PoHMG11进行克隆分析并探究其功能及表达特性,发现该基因全长序列1517 bp,编码489个氨基酸,含有一个HMG-box结构域。通过大肠杆菌原核表达载体体外诱导表达出相对分子质量为5.5×104的蛋白,该重组蛋白在1 mol·L^(-1)IPTG、25℃诱导表达6 h时表达量最高。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析糙皮侧耳在菌丝、原基、幼嫩子实体和成熟子实体阶段PoHMG11基因的相对表达量,发现该基因在成熟糙皮侧耳子实体中的表达量比其他生长发育时期显著升高5倍以上,推测该基因可能参与调控糙皮侧耳子实体成熟过程。

HMG_(17)非组蛋白与转录活性基因的关系

用核内蛋白质与经0.4mol/L NaCL抽提后的细胞核重组,以DNA酶I消化法为测定活性基因的指标,观察猪胸腺HMG_(17)非组蛋白对细胞核中活性基因的影响。结果显示:猪胸腺HMG_(17)使细胞核对DNA酶I作用的敏感性增加,因此认为HMG17为使细胞核胞核中基因呈较大活性的重要因素。

甲基茉莉酸对喜树中HMGS基因表达的影响初探

3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶(HMGS)基因是利用基因工程技术代谢调控喜树碱生物合成的重要靶点和关键酶基因之一,甲基茉莉酸(MJ)是植物次生代谢工程中比较常用的一种化学诱导子,对于活性次生代谢物质的合成及积累具有调控作用。本实验通过用10mg/L甲基茉莉酸喷洒喜树幼苗,来观察其对喜树中HMGS基因表达的调节效应。实验结果表明胚轴在处理12h后,HMGS基因表达量达到峰值,而子叶在被处理后,甲基茉莉酸对HMGS基因有抑制作用。

SOX4靶向miR-17对结肠癌细胞HCT-116生物学行为的影响

目的探讨性别决定区Y框蛋白4(SOX4)及miR-17在结直肠癌中的表达及对HCT-116细胞生物学行为的作用。方法收集2020年3月至2022年1月在河北北方学院一附院和张家口市第一医院的27例结直肠癌患者组织标本并检测SOX4及miR-17的表达水平,并分析与临床病理特征的关系。利用慢病毒转染技术干预HCT-116细胞的SOX4及miR-17表达。检测各组细胞中SOX4和miR-17的表达及细胞增殖、侵袭、迁移能力、细胞活性变化和相关蛋白表达。结果与正常组织比较,结直肠癌组织中SOX4表达水平升高。SOX4及miR-17在结直肠癌组织中的表达呈正相关(r=0.724,P<0.001),SOX4和miR-17的表达和病理分期、淋巴结转移、肝转移情况相关,差异有统计学意义(P<0.05),而与肿瘤的大小、分化程度无相关(P>0.05)。SOX4模拟组细胞增殖能力、迁移能力及细胞活性显著高于对照组及SOX4抑制剂组(P<0.05)。SOX4抑制剂组与对照组相比迁移及增殖相关蛋白表达差异有统计学意义(P<0.05)。结论SOX4在结直肠癌组织中表达上调,SOX4的表达可促进结肠癌细胞增殖、迁移和侵袭能力,miR-17可能是其下游调控靶点。

Sox基因家族研究的新进展

Sox基因家族是在动物中发现的一类新的编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG基序保守区,参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。人类SOX基因的突变或缺失会导致发育异常和严重的先天性疾病。SOX蛋白与其他转录因子相互作用形成复合体而发挥作用。同一Sox基因在不同的细胞或在同一细胞中对不同的启动子具有不同的影响。部分Sox基因之间在功能上相互交叉并且是可以相互替代的。本文比较全面地对Sox基因家族近几年来的新研究成果作一综述。

转基因抗草丁膦油菜籽中Barnase基因的实时荧光定量PCR检测

利用荧光定量PCR技术,对进口抗草丁膦油菜籽中的Barnase基因进行了定量检测,分别建立了抗草丁膦油菜籽参照样品外源Barnase基因和内标准HMG基因C t值与模板量之间的标准曲线和线性回归方程,运用所建立起来的方法对14批油菜籽样品进行了定量分析。

脊椎动物Sox基因家族的系统发生分析

脊椎动物Sox基因是一类高度保守的基因家族 ,它们编码一类转录因子 ,参与多种发育过程的调控。这个家族的共有特征是Sox蛋白具有一个约 79个氨基酸 ,可与DNA特异结合的HMG盒区。该基因家族成员众多复杂 ,对它们的基因结构、功能及进化关系的研究有助于对该基因家族的全面认识。利用已克隆的全部脊椎动物全长核苷酸 /蛋白质数据 ,对这些数据进行序列比对及进化树的构建 ,分析Sox基因家族成员的分类及分子进化模式。

性别决定基因SRY的研究进展

SRY基因是哺乳动物性别决定过程中的主宰基因 ,其表达产物SRY蛋白是一种DNA结合蛋白 ,该蛋白含有一个HMG盒 ,能够以序列特异性结合到DNA双螺旋链的一侧 ,起到转录因子的作用 ,调节或协同下游基因如SOX9、AMH等基因的表达 ,使胚胎发育向雄性方向发展。