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The Expression Characteristics and Potential Functions of Heat Shock Factors in Diatom Phaeodactylum tricornutum
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作者 Yanhuan Lin Jiaxin Feng +5 位作者 Hao Fang Wei Huang Kanglie Guo Xiyan Liu Shuqi Wang Xiaojuan Liu 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2024年第10期2583-2596,共14页
Heat shock transcription factor(HSF)are essential regulators of heat shock protein(HSP)gene expression in plants and algae,contributing to their resilience against biotic and abiotic stresses.However,the localization,... Heat shock transcription factor(HSF)are essential regulators of heat shock protein(HSP)gene expression in plants and algae,contributing to their resilience against biotic and abiotic stresses.However,the localization,structure,phylogenetic relationship,and characteristics of PtHSF genes in microalgae,especially in diatom Phaeodactylum tricornutum,remain largely unexplored.This study presents a comprehensive analysis of the PtHSF gene family in P.tricornutum.A genome-wide analysis identified 68 PtHSF genes,which were classified into two distinct subfamilies:traditional and untraditional.Motif and structure analyses revealed evidence of multiple duplication events within the PtHSF gene family.Expression profiling revealed diurnal patterns,with 34 genes being downregulated during the light period and upregulated during the dark period,while 19 genes exhibited the opposite pattern.These findings suggest that PtHSF genes may have specialized functions during the diurnal cycle and play a crucial role in maintaining cellular homeostasis in response to various stresses.Notably,PtHSF16,30,and 43 genes exhibited higher expression levels,suggesting their potential importance.This study provides a valuable foundation for future investigations into the specific functions of HSFs under different stress conditions and their regulatory mechanisms in P.tricornutum and other microalgae. 展开更多
关键词 Diurnal cycle heat shock factor DIATOM cellular homeostasis differentially expressed gene
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Study on the Expression,Prognosis,and Clinical Features of HOXA6 in Liver Cancer
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作者 Huiqiong Zhu 《Proceedings of Anticancer Research》 2024年第5期159-164,共6页
Objective:To study and analyze the expression level of homeobox A6(HOXA6)in patients with liver cancer and its correlation with prognosis.Methods:From January 2020 to July 2021,43 patients with liver cancer who underw... Objective:To study and analyze the expression level of homeobox A6(HOXA6)in patients with liver cancer and its correlation with prognosis.Methods:From January 2020 to July 2021,43 patients with liver cancer who underwent surgery without prior radiotherapy or chemotherapy were selected.Liver cancer tissues and adjacent tissues were collected,and the expression levels of HOXA6 mRNA and protein were measured using RT-qPCR and Western blot.The expression level of HOXA6 in tumor tissues(without radiotherapy and chemotherapy)was compared with that in adjacent tissues.Additionally,the prognosis and clinical characteristics of patients with low HOXA6 expression were compared to those with high HOXA6 expression,and the factors influencing high HOXA6 expression in liver cancer patients were analyzed.Results:HOXA6 mRNA and protein expression levels in tumor tissues were significantly higher than in adjacent tissues(P<0.05).There was no significant difference in the 1-year and 2-year survival rates between the high HOXA6 expression group and the low HOXA6 expression group(P>0.05).However,the 3-year survival rate was lower in the high HOXA6 expression group compared to the low HOXA6 expression group(P<0.05).There were no statistically significant differences between the two groups in terms of gender,age,tumor diameter,alpha-fetoprotein levels,or hepatitis B virus DNA levels(P>0.05).However,significant differences were found in the number of tumor lesions,degree of differentiation,and the proportion of tumor metastasis between the two groups(P<0.05).Multivariate logistic regression analysis revealed that the number of tumor lesions,degree of differentiation,and tumor metastasis were influencing factors for high HOXA6 expression in liver cancer patients(P<0.05).Conclusion:HOXA6 expression levels are abnormally elevated in liver cancer patients,and higher HOXA6 expression is associated with a worse 3-year survival rate.The factors influencing HOXA6 expression include the number of tumor lesions,degree of differentiation,and tumor metastasis. 展开更多
关键词 Liver cancer HOXA6 expression level Clinical features Influencing factors
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Expression and Purification of Human Coagulation Factor X in Mammalian CHO-DG44 Cells
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作者 Jinwu CHEN Yi LI +4 位作者 Mei LIU Sainan WANG Zilong XIAO Junjie XIA Lulu QI 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2023年第3期50-54,共5页
[Objectives]This study was conducted to obtain a Chinese hamster ovary cell line that stably expresses recombinant human coagulation factor X(rhFX),and to induce efficient expression of the target gene with different ... [Objectives]This study was conducted to obtain a Chinese hamster ovary cell line that stably expresses recombinant human coagulation factor X(rhFX),and to induce efficient expression of the target gene with different concentrations of methotrexate(MTX).[Methods]PCR was performed to obtain the rhFX gene,and a recombinant expression plasmid pOptiVEC-rhFX was constructed and subjected to double restriction endonuclease digestion and sequencing identification.CHO-DG44(DHFR-)cells were transfected by the liposome method,and the target protein was purified by affinity chromatography and detected by SDS-PAGE electrophoresis and Western blot.A cell line with efficient and stable expression of the target gene was obtained by increasing the concentration of MTX to select positive clones.[Results]PCR yielded a 1509 bp rhFX sequence,and the results of double digestion and sequencing showed that the constructed pOptiVEC-rhFX plasmid was correct.After transfection of cells,MTX significantly increased protein expression.When MTX reached 1.0μmol/L,the expression efficiency of the target protein was(9±0.27)μg/ml.The purity of the target protein purified by affinity chromatography was 93%,which could be used for subsequent experiments.The expression efficiency of rhFX in eukaryotic mammalian cells was improved by increasing MTX concentration,and an affinity chromatography purification process for the target protein was preliminarily established.[Conclusions]The results of this study provide data support for the expression and purification of rhFX,and will lay a solid foundation for the development of drugs related to rhFX. 展开更多
关键词 Recombinant human coagulation factor X(rhFX) Eukaryotic expression MTX Affinity chromatography
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玉米生长素响应因子基因ZmARF10在干旱胁迫中的功能分析 被引量:1
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作者 曹丽茹 叶飞宇 +5 位作者 李伟亚 马晨晨 庞芸芸 梁小菡 张新 鲁晓民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期1-10,共10页
生长素响应因子(ARF)是一类具有B3结构域的转录因子,是调节生长素应答反应、控制基因表达的直接分子。前期通过分析转录组数据,在玉米中筛选到1个编码ARF蛋白并积极参与干旱-复水胁迫响应的基因ZmARF10。为进一步研究该基因调控玉米抗... 生长素响应因子(ARF)是一类具有B3结构域的转录因子,是调节生长素应答反应、控制基因表达的直接分子。前期通过分析转录组数据,在玉米中筛选到1个编码ARF蛋白并积极参与干旱-复水胁迫响应的基因ZmARF10。为进一步研究该基因调控玉米抗旱性的分子机制及抗旱分子育种提供新的思路,首先通过系列生物信息学分析软件对该基因进行生物信息学分析,之后利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ZmARF10在玉米不同组织中的表达模式,分析在高温、干旱、高盐、ABA胁迫和解除胁迫处理下的表达情况,以及在不同玉米自交系间的表达差异,最后利用CRISPR/Cas9技术分析ZmARF10的功能。结果表明,ZmARF10位于玉米的第3号染色体,编码区全长2 127 bp,编码708个氨基酸,具有典型的B3结构域;该基因ATG上游2 kb区域内含有茉莉酸甲酯、生长素、脱落酸、低温响应等应答元件;系统发育树显示,ZmARF10基因编码的蛋白质与高粱同源蛋白的亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,ZmARF10是组成型表达基因,在玉米成熟根中的表达量最高;在高温、干旱、高盐以及ABA等4种胁迫处理下,ZmARF10基因的表达量均显著上调,干旱胁迫后上调倍数最高达8.2倍;干旱胁迫后,ZmARF10基因在抗旱自交系郑36中的表达量上升幅度显著高于干旱敏感自交系B73。观察拟南芥野生型与ARF10缺失型突变体发现,与野生型相比,干旱条件下突变体植株出现叶片萎蔫甚至干死的现象,根系发生卷曲,根系分支数减少,侧根生长发育受阻;测定生理生化指标发现,干旱胁迫后缺失型突变体的相对含水量、叶绿素含量、净光合速率显著低于野生型植株,说明敲除ARF10基因后拟南芥抗旱能力下降。 展开更多
关键词 玉米 生长素响应因子 非生物胁迫 抗旱性 表达模式
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四季秋海棠BsMYB62的抗旱性功能研究 被引量:1
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作者 刘保国 张艳文 +4 位作者 姚珂心 史志坤 李菲 李永华 张开明 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第4期95-104,共10页
【目的】以前期从四季秋海棠叶片中克隆得到的R2R3型MYB转录因子BsMYB62为研究对象,分析其在干旱胁迫下的功能。【方法】对四季秋海棠MYB62蛋白进行亚细胞定位,并通过实时荧光定量PCR方法明确BsMYB62基因在四季秋海棠根、茎、叶、雄花... 【目的】以前期从四季秋海棠叶片中克隆得到的R2R3型MYB转录因子BsMYB62为研究对象,分析其在干旱胁迫下的功能。【方法】对四季秋海棠MYB62蛋白进行亚细胞定位,并通过实时荧光定量PCR方法明确BsMYB62基因在四季秋海棠根、茎、叶、雄花和雌花5个组织部位中的表达情况;构建BsMYB62基因的过表达载体转化到拟南芥,观察过表达转基因株系与野生型植株在萌发期和幼苗期遭受干旱胁迫时的生长表型、种子萌发和根长情况,测定各株系在幼苗期干旱胁迫处理时的叶绿素荧光参数PSⅡ最大光化学效率(F_(v)/F_(m)),叶绿素、丙二醛(MDA)、脯氨酸(Pro)含量,抗氧化酶(SOD、POD、CAT)活性以及转基因株系中BsMYB62基因的相对表达量变化。【结果】BsMYB62定位于四季秋海棠的细胞核,其在根、茎、叶和雌雄花中均有表达,其中以根和茎中的表达水平较高。在MS培养基中,野生型拟南芥和3个BsMYB62过表达转基因株系(OE1、OE2和OE3)的发芽率和长势均无显著差异,而在200 mmol/L甘露醇(模拟干旱胁迫)培养基中,OE1、OE2和OE3在胁迫处理后前2 d的发芽率及主根长均显著高于野生型拟南芥,幼苗长势也明显优于野生型。置于培养土中干旱胁迫1 d时,OE1、OE2和OE3的BsMYB62即被显著诱导;干旱胁迫13 d时,OE1、OE2和OE3的F_(v)/F_(m)、叶绿素含量、Pro含量以及SOD、POD和CAT活性均显著高于野生型拟南芥,而MDA含量则显著低于野生型拟南芥。【结论】BsMYB62基因通过提高转基因拟南芥的光合潜能和抗氧化能力,显著增强其对干旱胁迫的抗性。 展开更多
关键词 四季秋海棠 BsMYB62转录因子 亚细胞定位 组织特异性表达 干旱胁迫
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荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量:1
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作者 董晨 郑雪文 +2 位作者 王弋 全振炫 李伟才 《热带生物学报》 2024年第2期190-197,共8页
为揭示荔枝(Litchi chinensis)GFR基因的功能,对荔枝生长调控因子(LcGRF)基因家族进行了全基因组鉴定和分析,并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库,使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定,分析基本理化性质... 为揭示荔枝(Litchi chinensis)GFR基因的功能,对荔枝生长调控因子(LcGRF)基因家族进行了全基因组鉴定和分析,并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库,使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定,分析基本理化性质、染色体定位、基因结构、进化关系、蛋白保守基序、顺式作用元件和时空表达情况进行系统分析。共获得12个GRF基因,不均匀地分布在10条染色体上,内含子2~5个。蛋白保守基序分析发现,荔枝GRF蛋白均含有保守的motif1(WRC)和motif2(QLQ),进化分析LcGRF划分为5个亚家族,LcGRFs启动子上存在大量的光、植物激素、非生物胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。不同转录组表达模式结果显示,各个组织中呈现出多样化的表达特征,表明不同成员可能在荔枝不同生长发育过程中发挥调控作用,参与调节荔枝的生长发育。研究显示,荔枝GRF家族成员有12个,划分为5个亚家族。 展开更多
关键词 荔枝 生长调控因子 生物信息 表达模式
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基于转录组测序的油莎豆茎豆形成关键基因的挖掘与分析
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作者 郭晓阳 余彦鸽 +6 位作者 代丹丹 腊贵晓 理向阳 李彦鹏 王艳红 郭红霞 杨铁钢 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期71-81,共11页
【目的】通过分析油莎豆匍匐茎与新茎豆的转录组数据,挖掘与油莎豆茎豆形成相关的基因,探究油莎豆茎豆形成的分子机制。【方法】以匍匐茎及新茎豆为研究对象,通过转录组比较分析,挖掘茎豆形成相关基因,富集KEGG代谢通路。【结果】与未... 【目的】通过分析油莎豆匍匐茎与新茎豆的转录组数据,挖掘与油莎豆茎豆形成相关的基因,探究油莎豆茎豆形成的分子机制。【方法】以匍匐茎及新茎豆为研究对象,通过转录组比较分析,挖掘茎豆形成相关基因,富集KEGG代谢通路。【结果】与未膨大的匍匐茎相比,膨大后的新茎豆中筛选出差异表达基因2126个,其中283个上调表达,1843个下调表达。GO富集分析显示,主要集中在胚胎发育结束于种子休眠、细胞分裂、细胞核、叶绿体、GTP酶活性等GO terms。KEGG富集分析表明,DEGs主要富集到植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢通路中。其中植物激素信号转导相关基因(生长素反应因子ARF11、稻草人2-like蛋白SCR、LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At2g24230),淀粉和蔗糖代谢相关基因(葡聚糖内切-1,3-葡糖苷酶At2g27500、叶绿体异淀粉酶2 ISA2、含五肽重复序列蛋白At1g71460)在新茎豆中表达下调。上述基因可能是参与茎豆形成的相关基因。【结论】通过对新茎豆与匍匐茎进行转录组分析,挖掘出茎豆形成相关基因及代谢通路,为阐明茎豆形成的分子机制提供理论参考。 展开更多
关键词 茎豆 差异表达基因 KEGG通路 转录因子
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ApiAP2转录因子家族调控弓形虫生长发育的研究进展
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作者 胡丹丹 罗润琪 +5 位作者 梁瑞英 汪磊 梁琳 司红彬 丁家波 汤新明 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第13期2687-2697,共11页
弓形虫病是世界范围内危害最为严重的人兽共患寄生虫病之一。WHO数据显示,全球人群弓形虫抗体阳性率在25%—50%。孕妇感染弓形虫引起的垂直传播严重危害胎儿及婴幼儿健康,弓形虫感染也是引起免疫缺陷病人死亡的主要因素。在畜牧生产中,... 弓形虫病是世界范围内危害最为严重的人兽共患寄生虫病之一。WHO数据显示,全球人群弓形虫抗体阳性率在25%—50%。孕妇感染弓形虫引起的垂直传播严重危害胎儿及婴幼儿健康,弓形虫感染也是引起免疫缺陷病人死亡的主要因素。在畜牧生产中,弓形虫病引起孕畜流产、死胎,危害严重。弓形虫(Toxoplasma gondii)是一种专性细胞内原生动物寄生虫,属于顶复门原虫,生活史复杂,包括在中间宿主(人类和其他温血动物)的无性增殖和在终末宿主(猫科动物)的有性繁殖。为完成弓形虫在中间、终末宿主复杂的生命周期,其在不同发育阶段的转化及生长需要严格而精准的基因调控,因此揭示弓形虫生长发育的调控机制对治疗性药物和疫苗的研发具有重要意义。ApiAP2转录因子是一类具有AP2结构域和强大调节功能的蛋白家族,在疟原虫、弓形虫等寄生虫的生长发育中发挥核心调控作用,是阐明弓形虫不同生活史阶段发育与转化调控机制的突破口。弓形虫作为顶复门原虫研究的模式生物,有67个含AP2结构域的转录因子被注释,部分转录因子在弓形虫生命周期生长发育和转化过程中发挥核心调控功能,但尚有大部分AP2转录因子的生物学功能未知,尤其是针对有性繁殖阶段发育调控的研究较为匮乏。本文对已报道的弓形虫AP2转录因子的研究手段、生物学功能、调控的互作基因及网络进行系统梳理,旨在挖掘对弓形虫生长发育的重要节点起核心调控作用的基因或分子,在微观分子层面初步勾勒出弓形虫复杂生活史不同生长发育时期的调控机制,并对其在新型药物和疫苗研发中的作用及潜能进行展望。以期为动物弓形虫病的防控提供新的思路和切入点,阻断人弓形虫病的感染源,践行“人病兽防、关口前移”,实现“同一世界、同一健康”。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 生活史 转录因子 基因调控 基因表达
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基于转录组测序的蝴蝶兰低温胁迫响应MYB转录因子挖掘
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作者 梁芳 张燕 +3 位作者 袁秀云 康莹莹 吴征 许申平 《河南农业科学》 北大核心 2024年第8期108-117,共10页
为了探究MYB转录因子在抗冷型蝴蝶兰低温胁迫响应中的功能,从蝴蝶兰低温胁迫转录组文库中筛选出31条具有完整开放阅读框的MYB转录因子基因序列,对其蛋白质结构域、理化性质、系统进化、表达特性等进行分析。结果表明,有19条序列属于R2R3... 为了探究MYB转录因子在抗冷型蝴蝶兰低温胁迫响应中的功能,从蝴蝶兰低温胁迫转录组文库中筛选出31条具有完整开放阅读框的MYB转录因子基因序列,对其蛋白质结构域、理化性质、系统进化、表达特性等进行分析。结果表明,有19条序列属于R2R3-MYB,其中所含R2氨基酸排列模式为W(T/S/I)X_(2)EDX_(2)LX_(7)GX_(3)WX_(2)(L/V/I)X_(3)(A/T/S)(G/S)LXR(C/T/S)GKSCRLRWXNY,R3氨基酸排列模式为(F/I/M/L)(S/T)X_(2)EX_(3)(I/V)(I/L/V)X(L/V)HX_(2)(L/W)G(N/T)(R/K)W(S/A)XIAX_(2)LPGRTDNE(I/V)KNXW-(N/R/H)(T/S/G);其余12条序列属于1R-MYB,R氨基酸排列模式为W(S/T)X(E/D)EHX_(2)FLX(A/G)X_(4)-(G/D)(R/K)G_(0~1)(A/D)W或W(S/T)X(E/K)(Q/E)(N/D)KXFE(R/K)AL(A/V)X_(3)(E/D)X(T/A)PXRW。这31条序列均具有Myb-DNA-binding结构域,平均相对分子质量为30 288.28,平均理论等电点为7.55,且都为疏水蛋白。蝴蝶兰MYB转录因子TRINITY_DN61754_c4_g1在抗冷品种大辣椒中的表达量于低温处理前后基本不变,但在不抗冷品种富乐夕阳中低温处理早期表达量就开始下降;TRINITY_DN74288_c0_g1在大辣椒中低温处理后48 h表达量显著增加,而在富乐夕阳中低温处理24 h后的表达量显著降低。结合其与小兰屿蝴蝶兰MYB转录因子的同源性分析及功能预测,推测这2个基因可能在蝴蝶兰低温胁迫响应过程发挥重要的作用。 展开更多
关键词 蝴蝶兰 MYB转录因子 低温胁迫 基因表达 基因挖掘
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草地早熟禾转录因子PpMYB44基因克隆及非生物胁迫响应分析
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作者 陈阳 黄小芹 +4 位作者 尤学 于浩然 刘殿辉 赵清峰 金一锋 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期3062-3070,共9页
MYB转录因子在植物次生代谢调节、激素信号转导和抗逆等生理生化过程中发挥重要作用。为揭示MYB转录因子对草地早熟禾(Poa pratensis L.)逆境胁迫条件下的响应,本研究克隆了PpMYB44基因,并进行了生物信息学分析,应用qRT-PCR技术对该基... MYB转录因子在植物次生代谢调节、激素信号转导和抗逆等生理生化过程中发挥重要作用。为揭示MYB转录因子对草地早熟禾(Poa pratensis L.)逆境胁迫条件下的响应,本研究克隆了PpMYB44基因,并进行了生物信息学分析,应用qRT-PCR技术对该基因在组织中的表达特异性及非生物胁迫处理下的表达进行了检测。结果显示,PpMYB44包含典型结构域PLN03091超家族,与其在黑麦草(Lolium perenne)中的同源基因相似度较高。草地早熟禾PpMYB44基因存在组织特异性,其相对表达量由高到低依次为根>茎>叶;PpMYB44显著响应干旱、盐、磷和氮胁迫,干旱、氮胁迫抑制PpMYB44基因表达;盐和磷显著促进其表达;经植物激素SA、GA处理后,PpMYB44相对表达量下调,而IAA及GABA促进该基因表达。本研究为丰富草地早熟禾转录因子MYB家族在非生物胁迫下的调节机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 草地早熟禾 转录因子 PpMYB44 非生物胁迫 表达分析
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芒果乙烯信号转导关键基因MiCTR1的克隆与序列分析
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作者 袁芳 王春艳 +4 位作者 李丽 许丹妮 李志红 甘婷 隆宇涵 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期2035-2043,共9页
芒果属于典型的呼吸跃变型果实,采后代谢旺盛且对乙烯非常敏感,CTR1是乙烯信号转导途径的负调控因子,在乙烯信号通路中发挥着核心作用。为了研究芒果CTR1在芒果采后贮藏过程中的表达模式及可能的作用,本研究从台农1号芒果转录组数据库... 芒果属于典型的呼吸跃变型果实,采后代谢旺盛且对乙烯非常敏感,CTR1是乙烯信号转导途径的负调控因子,在乙烯信号通路中发挥着核心作用。为了研究芒果CTR1在芒果采后贮藏过程中的表达模式及可能的作用,本研究从台农1号芒果转录组数据库中筛选1个CTR基因(MiCTR1),利用生物学方法对其编码的蛋白质进行测序分析,并对MiCTR1基因在芒果后熟过程中经乙烯抑制剂1-MCP处理后的表达模式进行分析。结果表明:MiCTR1的开放阅读框(ORF)长度为1551 bp,编码516个氨基酸,预测蛋白的分子式为C_(2503)H_(3932)N_(712)O_(797)S_(26),总原子数为7970,分子量为57.58 kDa,理论等电点(pI)为5.72,负电荷和正电荷的氨基酸残基总数分别为64和50个,脂肪系数为70.78,亲水性总平均值为–0.596,有111个磷酸化位点,且以丝氨酸(Ser)的磷酸化修饰为主,苏氨酸(Thr)为辅,无跨膜结构,无信号肽,亚细胞预测分析显示其定位于细胞核。蛋白质结构域预测发现,MiCTR1蛋白含有1个保守的PB1结构域,位于氨基酸序列189~285处。系统进化分析表明,MiCTR1与扁桃(Prunus dulcis)、桃(Prunus persica)、甜樱桃(Prunus avium)、杏(Prunus armeniaca)、梅(Prunus mume)的亲缘关系较近。荧光定量PCR结果显示,MiCTR1的相对表达量在芒果后熟过程中升高,且经1-MCP处理后其表达量下调。本研究结果为芒果后熟的分子机制提供基础。 展开更多
关键词 芒果 乙烯响应转录因子 CTR 克隆 表达分析
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藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因和可变剪接事件的综合分析
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作者 德吉 索朗达 +6 位作者 魏宇辰 王斌 阿旺措吉 仁青措姆 崔久增 张磊 巴贵 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第7期1429-1436,共8页
背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(... 背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(分别代表容受前子宫内膜组和容受性子宫内膜组),分别随机选取3只藏西北绒山羊,采集子宫内膜组织,苏木精-伊红染色观察组织形态,免疫组织化学检测子宫内膜容受性标志蛋白白血病抑制因子、血管内皮生长因子的表达水平;提取子宫内膜组织总RNA,质量检测合格后进行转录组测序,寻找差异表达的mRNA、长链非编码RNA、环状RNA和miRNA,进行功能预测,并分析与子宫内膜容受性相关的可变剪接mRNA和长链非编码RNA。结果与结论:(1)与容受前子宫内膜组比较,容受性子宫内膜组子宫内膜组织中白血病抑制因子和血管内皮生长因子蛋白的表达水平明显升高;(2)测序结果显示,差异表达基因多为mRNA和长链非编码RNA,包括250个上调的mRNA、193个上调的长链非编码RNA、135个下调的mRNA和123个下调的长链非编码RNA,显著富集于Wnt、Hedgehog和Hippo信号通路;(3)可变剪接事件分析显示有8个差异表达的可变剪接转录本,均为mRNA分子,其中2个下调、6个上调,与血管内皮生长因子受体信号、细胞运动和胚胎发育有关。 展开更多
关键词 藏西北绒山羊 子宫内膜容受性 转录组测序 差异表达基因 可变剪接 白血病抑制因子 血管内皮生长因子
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共表达甲状腺转录因子1与p40的非小细胞肺癌患者临床病理特征分析
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作者 陈慧萍 张瑞珍 +3 位作者 章纳 任景丽 冯怡锟 胡桂明 《河南医学研究》 CAS 2024年第19期3457-3460,共4页
目的探讨共表达甲状腺转录因子1(TTF-1)和p40的非小细胞肺癌(NSCLC)患者的临床病理特征。方法收集7例共表达TTF-1和p40的NSCLC患者的资料,回顾性分析其临床特征、病理形态、免疫表型及分子特征,并复习相关文献。结果患者中位年龄58岁,... 目的探讨共表达甲状腺转录因子1(TTF-1)和p40的非小细胞肺癌(NSCLC)患者的临床病理特征。方法收集7例共表达TTF-1和p40的NSCLC患者的资料,回顾性分析其临床特征、病理形态、免疫表型及分子特征,并复习相关文献。结果患者中位年龄58岁,多为男性且吸烟者;影像显示为外周型肿块。肿瘤细胞呈实性巢状排列,瘤细胞呈圆形、卵圆形或多角形,胞质透明或嗜酸性,核分裂象>10个/10HPF;3例可见脉管内癌栓。同一群肿瘤细胞同时表达TTF-1和p40,CK7、p63、CK5/6和napsinA呈灶性或弥漫表达,增殖指数Ki-67阳性10%~90%。2例采用ARMS-PCR法分别检测到表皮生长因子受体(EGFR)18号外显子G719A/S/C突变和21号外显子L858R突变,1例采用二代测序法检测到TPM3-ROS1融合突变和ROS1(G2032R)突变。随访1~46个月,2例患者分别于22、46个月死亡,3例患者出现颈部淋巴结或脑转移。结论共表达TTF-1和p40的NSCLC具有独特的临床病理特征,临床进展快,预后差,可能是一种新的肿瘤实体。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 甲状腺转录因子-1 P40 共表达
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乳腺癌组织中bFGF、Ki-67及ADAM15表达情况及与其临床病理特征的相关性分析
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作者 王莹 刘秋雨 +2 位作者 张梦阳 杨瑞 黄国玲 《实用癌症杂志》 2024年第7期1093-1096,共4页
目的 探讨乳腺癌组织中碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、Ki-67及去整合素金属蛋白酶15(ADAM15)表达情况及其与临床病理特征的关系。方法 选取87例乳腺癌患者作为研究对象,均行手术治疗,采集肿瘤标本及癌旁标本行免疫组化染色检查,比较肿... 目的 探讨乳腺癌组织中碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、Ki-67及去整合素金属蛋白酶15(ADAM15)表达情况及其与临床病理特征的关系。方法 选取87例乳腺癌患者作为研究对象,均行手术治疗,采集肿瘤标本及癌旁标本行免疫组化染色检查,比较肿瘤组织及癌旁组织内bFGF、Ki-67及ADAM15表达情况,并分析bFGF、Ki-67及ADAM15表达与其临床病理特征的关系。结果 肿瘤组织内bFGF、Ki-67及ADAM15阳性率高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05);bFGF阳性组肿瘤Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、肿瘤直径≥3 cm占比高于bFGF阴性组,差异有统计学意义(P<0.05);Ki-67阳性组肿瘤Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、肿瘤直径≥3 cm占比高于Ki-67阴性组,差异有统计学意义(P<0.05);ADAM15阳性组肿瘤Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、肿瘤直径≥3 cm占比高于ADAM15阴性组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 bFGF、Ki-67及ADAM15在乳腺癌组织内存在较高阳性表达,且与肿瘤分期、淋巴结转移及肿瘤直径存在密切关系,或可作为完善乳腺癌治疗方案的新靶点。 展开更多
关键词 乳腺癌 碱性成纤维细胞生长因子 免疫组化 临床表达 病理特征
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基于设计值法的结构可靠性设计实用性研究
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作者 姚继涛 王枭雄 杨成 《西安建筑科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2024年第4期475-482,共8页
目前,结构设计主要采用基于概率的分项系数法,而随着材料强度、施工工艺、设备性能的改善以及荷载作用的变化,该法在使用过程中因分项系数的取值固定而缺乏灵活性、通用性、并且可靠度控制精度不足.为此,国际上提出了设计值法.该法可从... 目前,结构设计主要采用基于概率的分项系数法,而随着材料强度、施工工艺、设备性能的改善以及荷载作用的变化,该法在使用过程中因分项系数的取值固定而缺乏灵活性、通用性、并且可靠度控制精度不足.为此,国际上提出了设计值法.该法可从根本上解决目前设计方法的缺陷,但仍缺乏足够的工程实用性,尚未全面推广.鉴于此,根据工程设计习惯,以结构可靠度理论和设计值法为基础,建立基于设计值法的实用设计表达式,并结合工程实际给新的设计表达式选取最优的灵敏度系数,从而建立新的实用性设计值法的应用研究理论.结果表明,新的实用设计值法在工程应用中提高了可靠度控制精度和实用性. 展开更多
关键词 分项系数法 设计值法 灵敏度系数 实用设计表达式
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基于心功能及IGFBP7、sST2、CGRP、ET分析沙库巴曲缬沙坦在治疗冠心病合并慢性心力衰竭中的应用效果 被引量:1
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作者 张娟 李宁 张文超 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第3期472-475,480,共5页
目的 分析冠心病(CHD)合并慢性心力衰竭(CHF)患者应用沙库巴曲缬沙坦治疗的效果。方法 选择2020年1月至2023年1月邯郸市第四医院收治的86例CHD合并CHF患者,以随机数字表法将其分为对照组和试验组各43例。两组CHD治疗均应用硝酸酯类、他... 目的 分析冠心病(CHD)合并慢性心力衰竭(CHF)患者应用沙库巴曲缬沙坦治疗的效果。方法 选择2020年1月至2023年1月邯郸市第四医院收治的86例CHD合并CHF患者,以随机数字表法将其分为对照组和试验组各43例。两组CHD治疗均应用硝酸酯类、他汀类及抗血小板药物,对照组CHF治疗应用坎地沙坦酯片、醛固酮受体拮抗剂及β受体阻滞剂,试验组治疗则将对照组中的坎地沙坦酯片替换为沙库巴曲缬沙坦钠片。比较两组疗效、不良反应、心功能指标[左室短轴缩短率(LVFS)、左室射血分数(LVEF)、6min步行距离(6 MWD)]、心室重构指标[Ⅲ型胶原前肽(PⅢP)、层粘蛋白(LN)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)]、心肌损伤和血管内皮功能相关指标[胰岛素样生长因子结合蛋白7(IGFBP7)、可溶性生长刺激表达基因2(sST2)、降钙素基因相关肽(CGRP)、内皮素(ET)]。结果与对照组比,试验组治疗3个月后的总有效率更高,差异有统计学意义(P<0.05)。两组治疗3个月后的LVFS、LVEF、6 MWD、IGFBP7、CGRP与治疗前比升高,且试验组与对照组比更高,差异有统计学意义(P<0.05);PⅢP、LN、MMP-9、sST2、ET降低,试验组与对照组比更低,差异有统计学意义(P<0.05)。两组不良反应总发生率对比差异无统计学意义(P>0.05)。结论 沙库巴曲缬沙坦可有效调节CHD合并CHF患者IGFBP7、sST2、CGRP、ET,改善血管内皮功能、心肌损伤、心室重构及心功能,进而可提高疗效,且具有良好的安全性。 展开更多
关键词 沙库巴曲缬沙坦 可溶性生长刺激表达基因2 降钙素基因相关肽 内皮素 胰岛素样生长因子结合蛋白7
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樟树WRKY转录因子分析
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作者 伍艳芳 涂白连 +2 位作者 张月婷 刘新亮 郑永杰 《南方林业科学》 2024年第5期1-7,共7页
WRKY基因家族是一种重要的转录因子,参与植物生长发育及激素调节通路,可以正向或负向调节其他基因的表达。为了研究樟树WRKY基因家族的功能,更好地了解其对萜类物质的调控机制,研究基于已获得的樟树全基因组及不同化学型转录组数据,采... WRKY基因家族是一种重要的转录因子,参与植物生长发育及激素调节通路,可以正向或负向调节其他基因的表达。为了研究樟树WRKY基因家族的功能,更好地了解其对萜类物质的调控机制,研究基于已获得的樟树全基因组及不同化学型转录组数据,采用生物信息学方法对樟树WRKY转录因子进行鉴定与分析。结果表明:TPS关键基因转录水平的表达调控可能受樟树WRKY转录因子的影响。使用HMMER 3.0软件对樟树蛋白序列进行WRKY基因的检索比对,分离出61条候选CcWRKY序列。根据WRKY保守域数目和锌指结构类型,WRKY蛋白被分为Group I、GroupⅡ、GroupⅢ3种类型,其中GroupⅡ型WRKY基因依据其结构特征可进一步分为5个亚组:Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe。对CcWRKY蛋白进行WRKY保守域分析,发现Ⅱ型蛋白上的3条WRKYGQK七肽系列结构上发生了突变。对CcWRKY基因的结构和表达模式进行分析,结果表明其结构可以分为不含内含子、含有1~6个内含子7种。所有CcWRKY基因在5种化学类型转录谱中均有表达,其中CCA009569.1、CCA002757.1、CCA027442.1在芳樟中的表达量远高于其他4种化学型,推测其可能参与芳樟醇的合成调控途径。 展开更多
关键词 樟树 WRKY转录因子 基因家族 表达模式
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谷子SiNF-YB亚家族基因的单倍型与功能分析
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作者 王春芳 祁东梅 +2 位作者 张霈涵 林伟 史慎奎 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期28-37,共10页
谷子属于短日照植物,是我国北方重要的杂粮作物,随着对谷子的深入研究,越来越多与逆境相关的转录因子被发现,其中NF-Y家族便是一类可以与启动子中CCAAT-box相结合的转录因子,包括3个亚家族NF-YA、NF-YB、NF-YC。本研究针对谷子SiNF-YB... 谷子属于短日照植物,是我国北方重要的杂粮作物,随着对谷子的深入研究,越来越多与逆境相关的转录因子被发现,其中NF-Y家族便是一类可以与启动子中CCAAT-box相结合的转录因子,包括3个亚家族NF-YA、NF-YB、NF-YC。本研究针对谷子SiNF-YB亚家族的14个基因进行研究,通过亚细胞定位分析,发现该亚家族中除了SiNF-YB8和SiNF-YB15其余成员主要定位于细胞核中。顺式作用元件分析显示,在各成员启动子区域包含大量与非生物胁迫响应以及光周期相关的顺式作用元件。单倍型分析显示,SiNF-YB4是一个与耐旱有很强相关性的基因,有3种单倍型,其中H003是优异的抗旱单倍型;SiNF-YB12是一个与抽穗有很强相关性的基因,有H001和H002两种单倍型。转录组数据分析显示,抗旱和敏旱品种干旱处理前后,SiNF-YB5在根部的表达量存在显著性差异;在长日照与短日照条件下,SiNF-YB4在春谷和夏谷中的表达量存在显著差异。本研究结果为后续进一步探究谷子SiNF-YB亚家族基因的功能提供了重要的理论依据,同时为培育抽穗期与环境相适应的谷子抗旱品种奠定基础。 展开更多
关键词 谷子 NF-YB 转录因子 单倍型分析 表达量
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超前镇痛方案对跟骨关节内骨折患者OPG/RANKL信号通路因子表达的影响
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作者 王剑 欧阳彬 李强 《临床和实验医学杂志》 2024年第4期438-441,共4页
目的 探讨跟骨关节内骨折患者采用超前镇痛方案对骨保护素(OPG)/核因子-κB受体活化因子配体(RANKL)信号通路因子表达的影响。方法 回顾性选取2017年2月至2022年2月大庆油田总医院收治的跟骨关节内骨折患者100例,依据镇痛方案不同分为... 目的 探讨跟骨关节内骨折患者采用超前镇痛方案对骨保护素(OPG)/核因子-κB受体活化因子配体(RANKL)信号通路因子表达的影响。方法 回顾性选取2017年2月至2022年2月大庆油田总医院收治的跟骨关节内骨折患者100例,依据镇痛方案不同分为对照组和观察组,每组各50例。对照组患者接受常规性静脉自控镇痛方案,观察组患者接受地佐辛超前镇痛联合常规性静脉自控镇痛方案。统计分析两组围手术期指标(术中出血量、手术时间、术后引流量、术后引流时间、住院时间),麻醉前、手术前、手术后即刻的血流动力学(平均动脉压、心率),手术前、手术后1 d的应激反应[C反应蛋白(CRP)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、前列腺素E2(PGE2)],手术后即刻,手术后6 h、12 h、1 d的镇静[Ramsay镇静评分(RSS)、视觉模拟评分法(VAS)评分]和镇痛效果,以及手术后1 d、手术后1周的血清OPG、RANKL含量和术后并发症发生情况。结果 两组患者的术中出血量、手术时间比较,差异均无统计学意义(P>0.05);观察组患者的术后引流量为(59.86±2.54) mL,少于对照组[(110.97±9.41) mL],术后引流时间、住院时间分别为(123.23±9.82) h、(5.61±0.45) d,均短于对照组[(178.22±9.32) h、(8.01±0.31) d],差异均有统计学意义(P<0.05)。麻醉前、手术前、手术后即刻,两组患者的平均动脉压、心率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。手术后1 d,两组患者的血清CRP、TNF-α、IL-6、PGE2水平均明显高于手术前,观察组患者的血清CRP、TNF-α、IL-6、PGE2水平分别为(5.11±1.47) mg/L、(43.15±7.51)μg/L、(32.52±5.31) ng/L、(138.11±12.68) pg/mL,均明显低于对照组[(21.42±3.44) mg/L、(87.60±13.56)μg/L、(75.77±21.35) ng/L、(144.60±15.20) pg/mL],差异均有统计学意义(P<0.05)。与手术后即刻比较,两组患者手术后6、12、24 h的RSS评分、VAS评分均逐渐降低,差异均有统计学意义(P<0.05);手术后6、12、24 h,两组患者的RSS评分、VAS评分比较差异均无统计学意义(P>0.05)。手术后1周,两组患者的血清OPG、RANKL含量均高于手术后1 d,且观察组患者的血清OPG、RANKL含量分别为(188.86±21.47)、(108.37±10.43) pg/mL,均高于对照组[(177.75±19.23)、(98.76±8.26) pg/mL],差异均有统计学意义(P<0.05)。观察组患者的术后并发症发生率为8.00%,明显低于对照组(32.00%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论 超前镇痛方案能够促进跟骨关节内骨折患者OPG/RANKL信号通路因子表达及患者术后康复,提高镇痛效果,减少术后并发症的发生。 展开更多
关键词 跟骨 骨折 手术后并发症 超前镇痛方案 OPG/RANKL信号通路因子
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生物信息学方法筛选IL-3和IL-3+SCF诱导的小鼠骨髓来源肥大细胞的差异表达基因及相关信号通路分析
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作者 曹君 金婕妤 +2 位作者 张胜 乔龙威 梁玉婷 《现代检验医学杂志》 CAS 2024年第1期16-22,共7页
目的通过生物信息学方法分析IL-3和IL-3+干细胞因子(stem cell factor,SCF)诱导的小鼠骨髓来源肥大细胞(bone marrow-derived mast cells,BMMCs)的差异表达基因及相关信号通路,为肥大细胞(mast cell,MC)的体外培养和功能学研究提供基础... 目的通过生物信息学方法分析IL-3和IL-3+干细胞因子(stem cell factor,SCF)诱导的小鼠骨髓来源肥大细胞(bone marrow-derived mast cells,BMMCs)的差异表达基因及相关信号通路,为肥大细胞(mast cell,MC)的体外培养和功能学研究提供基础。方法从GEO数据库下载IL-3和IL-3+SCF诱导的BMMCs的基因表达数据集GSE35332,采用R软件分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),使用在线工具DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析。采用STRING在线软件分析DEGs的蛋白相互网络。通过Cytoscape软件的MCODE插件筛选枢纽基因。结果通过R软件分析数据集GSE35332,共筛选出1339个DEGs,其中上调基因723个,下调基因616个。通过Cytoscape软件的MCODE插件共筛选出6个枢纽基因,分别为Psmd8,Psmd6,Psmd14,Psmc4,Psma6和Psma3。GO和KEGG分析显示枢纽基因主要集中在蛋白质水解、MHC I类分子呈递的抗原提呈和加工、泛素依赖性蛋白质分解代谢过程及Epstein-Barr病毒感染等相关通路。结论本研究基于GEO数据库通过生物信息学方法,发现两种模式下诱导的小鼠BMMCs基因表达谱存在明显差异,同时发现6个枢纽基因参与泛素依赖性蛋白分解过程,为更深入研究MC体外培养和功能提供帮助。 展开更多
关键词 肥大细胞 干细胞因子 差异表达基因 生物信息学
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