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A new identification method for five species of oysters in genus Crassostrea from China based on high-resolution melting analysis 被引量:8
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作者 王家丰 许飞 +1 位作者 李莉 张国范 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期419-425,共7页
The high phenotypic plasticity in the shell of oysters presents a challenge during taxonomic and phylogenetie studies of these economically important bivalves. However, because DNA can exhibit marked differences among... The high phenotypic plasticity in the shell of oysters presents a challenge during taxonomic and phylogenetie studies of these economically important bivalves. However, because DNA can exhibit marked differences among morphologically similar species, DNA barcoding offers a potential means for oyster identification. We analyzed the complete sequences of the cytochrome oxidase subunit I (COI) of five common Crassostrea species in China (including Hong Kong oyster C. hongkongensis, Jinjiang oyster C. ariakensis, Portuguese oyster C. angulata, Kumamoto oyster C. sikamea, and Pacific oyster C. gigas) and screened for distinct fragments. Using these distinct fragments on a high-resolution melting analysis platform, we developed an identification method that does not rely on species-specific PCR or fragment length polymorphism and is efficient, reliable, and easy to visualize. Using a single pair of primers (Oyster- COI-1), we were able to successfully distinguish among the five oyster species. This new method provides a simple and powerful tool for the identification of oyster species. 展开更多
关键词 identification cytochrome oxidase subunit I (COl) CRASSOSTREA OYSTER high-resolution melting (hrm
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基于PCR-HRM的水稻氮高效基因NRT1.1B功能标记开发及应用
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作者 房文文 王海凤 +4 位作者 郭涛 薛芳 姜艳芳 张焕霞 张士永 《山东农业科学》 北大核心 2023年第8期21-26,共6页
水稻对氮肥的高效与合理利用是发展绿色农业的重要保障。培育含有氮高效基因的水稻品种,是提高氮肥利用率最经济有效的途径。本研究开发了一个用于HRM(高分辨率熔解曲线)高通量检测硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分子功能标记。利用此标记... 水稻对氮肥的高效与合理利用是发展绿色农业的重要保障。培育含有氮高效基因的水稻品种,是提高氮肥利用率最经济有效的途径。本研究开发了一个用于HRM(高分辨率熔解曲线)高通量检测硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分子功能标记。利用此标记对78份山东地方水稻品种进行NRT1.1B基因分型,发现有13个水稻品种为含有NRT1.1B的高效单倍型,表明NRT1.1B在山东省水稻品种中分布较少。利用测序分析验证,测序结果与本标记分型结果一致。可见,本研究开发的功能标记能够快速准确鉴定出NRT1.1B基因型,可为筛选和培育氮高效水稻新品种提供有力的技术支撑。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线(hrm) 氮高效基因NRT1.1B 分子功能标记
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广州地区RhD阴性献血者Del表型及基因型分析
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作者 黄伯泉 贾双双 +3 位作者 温机智 陈景旺 罗广平 姬艳丽 《中国输血杂志》 CAS 2024年第8期859-865,共7页
目的研究广州地区RhD阴性献血者D放散型(Del)分布、表型及基因型以了解本地区DEL血型分子生物学背景。方法对2021年11月1日—2022年6月30日期间广州地区献血者采用盐水法初筛为RhD阴性血液进行间接抗人球蛋白试验(IAT)血清学确认、采用R... 目的研究广州地区RhD阴性献血者D放散型(Del)分布、表型及基因型以了解本地区DEL血型分子生物学背景。方法对2021年11月1日—2022年6月30日期间广州地区献血者采用盐水法初筛为RhD阴性血液进行间接抗人球蛋白试验(IAT)血清学确认、采用RhCE分型卡确定RhCE表型,对1146例确认RhD阴性所有C+(n=459)以及随机抽取部分C-标本(n=175)进行吸收放散(Del)筛查(共634例);提取Del阳性标本DNA进行高分辨熔解曲线分析法(HRM)实时荧光PCR检测RHD基因c.1227位点基因情况;对HRM检测RHD^(*)1227位点无突变标本采用限制性片段多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)扩增后产物作PstⅠ酶切,进行电泳分析RHD基因合子型;sanger法进行RHD基因进行外显子测序(exon 1-10),采用SeqMan软件分析基因突变情况;采用第3代单分子测序技术对可疑Del阳性标本进行RHD全基因分析。结果634例确认RhD阴性标本吸收放散试验结果显示Del表型占36.1%(229/634),占总RhD确认阴性的20%(229/1146);229例DEL的RhCE分型分别为Ccee 181例,CCee 40例,CcEe 7例,ccEe 1例,HRM结合RHD盒子型分析结果显示170例RHD基因为RHD^(*)1227A/01N.01、32例为RHD^(*)1227A/1227G,26例为RHD^(*)1227A/1227A、6例为RHD^(*)1227G/1227G(其RHD基因测序结果显示1例为弱D12型、4例为D-和1例RHD^(*)01EL.02)。结论广州地区献血者DEL个体基因型以RHD^(*)1227A/01N.01为主且其RhCE表型均为C+的特征;HRM可作为常规筛查“亚洲型”DEL血型基因的分子生物学方法。 展开更多
关键词 无偿献血者 RHD阴性 “亚洲型”DEL RhCE表型 高分辨熔解曲线法(hrm)
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Multi-locus identification of Psilocybe cubensis by high-resolution melting(HRM)
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作者 Xiaochun Zhang Huan Yu +8 位作者 Ziwei Wang Qi Yang Ruocheng Xia Yiling Qu Ruiyang Tao Yan Shi Ping Xiang Suhua Zhang Chengtao Li 《Forensic Sciences Research》 CSCD 2022年第3期490-497,共8页
Hallucinogenic mushroom is a kind of toxic strain containing psychoactive tryptamine substances such as psilocybin,psilocin and ibotenic acid,etc.The mushrooms containing hallucinogenic components are various,widely d... Hallucinogenic mushroom is a kind of toxic strain containing psychoactive tryptamine substances such as psilocybin,psilocin and ibotenic acid,etc.The mushrooms containing hallucinogenic components are various,widely distributed and lack of standard to define,which made a great challenge to identification.Traditional identification methods,such as morphology and toxicology analysis,showed shortcomings in old or processed samples,while the DNA-based identification of hallucinogenic mushrooms would allow to identify these samples due to the stability of DNA.In this paper,four primer sets are designed to target Psilocybe cubensis DNA for increasing resolution of present identification method,and the target markers include largest subunit of RNA polymerase II(marked as PC-R1),psilocybin-related phosphotransferase gene(marked as PC-PT),glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase(marked as PC-3)and translation EF1α(marked as PC-EF).Real-time PCR with high-resolution melting(HRM)assay were used for the differentiation of the fragments amplified by these primer sets,which were tested for specificity,reproducibility,sensitivity,mixture analysis and multiplex PCR.It was shown that the melting temperatures of PC-R1,PC-PT,PC-3 and PC-EF of P.cubensis were(87.93±0.12)℃,(82.21±0.14)℃,(79.72±0.12)℃ and(80.11±0.19)℃ in our kinds of independent experiments.Significant HRM characteristic can be shown with a low concentration of 62.5pg/µL DNA sample,and P.cubensis could be detected in mixtures with Homo sapiens or Cannabis sativa.In summary,the method of HRM analysis can quickly and specifically distinguish P.cubensis from other species,which could be utilized for forensic science,medical diagnosis and drug trafficking cases. 展开更多
关键词 Forensic sciences forensic genetics polymerase chain reaction(PCR) high-resolution melting(hrm) Psilocybe cubensis MULTI-LOCUS SPECIES-SPECIFIC
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High-resolution melting-based TILLING of γ ray-induced mutations in rice 被引量:3
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作者 Shan LI Song-mei LIU +2 位作者 Hao-wei FU Jian-zhong HUANG Qing-yao SHU 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2018年第8期620-629,共10页
Targeting Induced Local Lesions IN Genomes (TILLING) is a reverse genetics strategy for the high-throughput screening of induced mutations.γ, radiation, which often induces both insertion/deletion (Indel) and poi... Targeting Induced Local Lesions IN Genomes (TILLING) is a reverse genetics strategy for the high-throughput screening of induced mutations.γ, radiation, which often induces both insertion/deletion (Indel) and point mutations, has been widely used in mutation induction and crop breeding. The present study aimed to develop a simple, high-throughput TILLING system for screening γ ray-induced mutations using high-resolution melting (HRM) analysis. Pooled rice (Oryza sativa) samples mixed at a 1:7 ratio of Indel mutant to wild-type DNA could be distinguished from the wild-type controls by HRM analysis. Thus, an HRM-TILLING system that analyzes pooled samples of four M2 plants is recommended for screening γ, ray-induced mutants in rice. For demonstration, a γ, ray-mutagenized M2 rice population (n=4560) was screened for mutations in two genes, OsLCT1 and SPDT, using this HRM-TILLING system. Mutations including one single nucleotide substitution (G→A) and one single nucleotide insertion (A) were identified in OsLCT1, and one tdnucleotide (TTC) deletion was identified in SPDT. These mutants can be used in rice breeding and genetic studies, and the findings are of importance for the application of γ, ray mutagenesis to the breeding of rice and other seed crops. 展开更多
关键词 Mutation screening high-resolution melting (hrm analysis Targeting Induced Local Lesions IN Genomes (TILLING) Mutant INDEL γ ray RICE
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非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用 被引量:9
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作者 吴莹莹 孟宪红 +3 位作者 孔杰 王清印 栾生 罗坤 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2013年第1期111-118,共8页
利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在... 利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000~0.947和0.049~0.506,有效等位基因数分布范围为1.051~1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476~0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关。以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记。 展开更多
关键词 中国对虾 单核苷酸多态性 高分辨率熔解曲线
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基于HRM获得与桃Tssd紧密连锁的SNP标记 被引量:6
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作者 鲁振华 牛良 +4 位作者 张南南 崔国朝 潘磊 曾文芳 王志强 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1505-1513,共9页
【目的】植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记。桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点。利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研... 【目的】植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记。桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点。利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研究的基础。文章拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同类型SNP的基因分型方法,以获得与桃温度敏感半矮生型基因紧密连锁的分子标记。【方法】以普通生长型(ST)单株97-32-46为母本,温度敏感半矮生型单株03-94-2(Tssd)为父本进行人工杂交,利用其分离群体96个后代单株为研究材料。在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型并获得与目标性状紧密连锁的SNP标记。【结果】明确了DNA模板和Mg^(2+)是影响基因分型的关键因子,并确立了反应体系最佳浓度区间。在15μL反应体系中模板DNA的量低于5.0 ng时或Mg^(2+)浓度低于1.6μmol·L^(-1)时则不能完成PCR扩增和基因分型;根据亲本基因型和表型一致的SNP位点设计引物,扩增片段长度在140 bp左右。高分辨率熔解曲线分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同类型的SNP(A/T、A/G、A/C和C/G)进行基因分型,并正确区分了温度敏感半矮生型和普通生长型,与进行Sanger测序鉴定的结果一致。采用96孔板对温度敏感半矮生型和普通生长型各48个分离后代单株进行了PCR扩增和基因分型,确定了遗传距离。分型结果表明高分辨率熔解曲线分析技术可以将96个样杂交后代单株分为温度敏感半矮生型和普通生长型2种,正确地区分了A/A基因型和A/T基因型。在96个样品中仅1个没有成功扩增,在温度敏感半矮生型和普通生长型中各存在1个重组单株。获得与温度敏感半矮生型基因紧密连锁的SNP标记,遗传距离为2.11 cM。【结论】建立了基于高分辨率熔解曲线分析的SNP基因分型。尽管高分辨率熔解曲线分析技术无法区分两种不同纯合类型的SNP变异,但仍不失为区分已知变异SNP的有效方法。在已经获得桃大量SNP的基础上,该体系可用于桃的基因定位、遗传多样性和品种鉴定等研究。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 SNP基因分型 温度敏感半矮生型
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基于HRM体系的水稻不育系香味和抗稻瘟病基因分型研究 被引量:3
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作者 王平 白玉路 +6 位作者 王闵霞 罗文龙 张志勇 蒲志刚 向跃武 陈志强 张志雄 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期214-220,共7页
为了解析现有不育系香味及稻瘟病抗性基因背景,本文通过基于高分辨率熔解曲线分析系统(HRM)的水稻香味和抗稻瘟病基因功能型分子标记对四川省近年生产上广泛应用的或新育成的46份三系杂交水稻不育系进行fgr、Pita及Pi-k基因检测及分型... 为了解析现有不育系香味及稻瘟病抗性基因背景,本文通过基于高分辨率熔解曲线分析系统(HRM)的水稻香味和抗稻瘟病基因功能型分子标记对四川省近年生产上广泛应用的或新育成的46份三系杂交水稻不育系进行fgr、Pita及Pi-k基因检测及分型。表明具有纯合fgr香味基因型的不育系有10份,分别具有显性纯合抗稻瘟病Pita、Pi-k基因型的不育系有9和29份,同时含有Pita和Pi-k基因型的5份;同时具有fgr、Pita、Pi-k基因型的只有2份。其结果对指导四川水稻香味品质和抗稻瘟病分子育种具有重要作用。 展开更多
关键词 水稻 不育系 香味基因 抗稻瘟病基因 高分辨率熔解曲线 基因分型
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利用HRM功能标记检测黑龙江省水稻抗稻瘟病基因Pita和pik的基因型分布 被引量:3
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作者 郭震华 黄翠红 +6 位作者 罗文龙 黄晓群 王瑞英 陈志强 关世武 张淑华 蔡丽君 《农学学报》 2021年第1期11-16,共6页
为明确Pita及pik基因在黑龙江省水稻种质资源中的分布情况,本研究以67份黑龙江省主栽品种及优异种质资源作为试验材料,通过HRM技术,利用Pita及pik的HRM功能型分子标记Pita-G/T、Pik2-C/T,对67份材料进行基因分型。结果表明,67份种质中,... 为明确Pita及pik基因在黑龙江省水稻种质资源中的分布情况,本研究以67份黑龙江省主栽品种及优异种质资源作为试验材料,通过HRM技术,利用Pita及pik的HRM功能型分子标记Pita-G/T、Pik2-C/T,对67份材料进行基因分型。结果表明,67份种质中,含纯合Pita有27份,占参试种质的40.3%;纯合pik有22份,占参试种质的32.9%,同时含有两基因的为12份,比例为17.9%。综上,Pita-G/T及Pik2-C/T标记可以高效准确地对黑龙江水稻资源进行基因分型,同时,通过基因分型,明确了Pita及pik在黑龙江省的分布情况,为抗稻瘟病育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线 Pita基因 pik基因 基因分型
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利用HRM功能标记检测黑龙江省水稻种质资源Wx和fgr的基因型分布 被引量:3
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作者 郭震华 罗文龙 +4 位作者 黄翠红 陈志强 黄晓群 刘传雪 张兰民 《农业图书情报学刊》 2016年第10期21-25,共5页
水稻直链淀粉含量与香味作为水稻重要的品质性状,一直是水稻研究热点。HRM(高分辨率熔解曲线)技术作为近年来新兴的PCR分析技术,拥有简便、快速及分辨率高等特点,备受关注。为明确黑龙江省种质资源中Wx及fgr基因的分布情况,利用HRM功能... 水稻直链淀粉含量与香味作为水稻重要的品质性状,一直是水稻研究热点。HRM(高分辨率熔解曲线)技术作为近年来新兴的PCR分析技术,拥有简便、快速及分辨率高等特点,备受关注。为明确黑龙江省种质资源中Wx及fgr基因的分布情况,利用HRM功能标记Wx–a/b和fgr-E7FNP,在67份部分黑龙江省主栽品种及优异种质资源中进行基因分型,结果表明,67份种质均含有纯合Wxb基因;4份种质含有纯合的fgr基因,分别为哈99352、龙粳香1号、中龙香粳1号及龙交103970,其余63份种质含纯合野生型BAD2基因。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线 WX基因 fgr基因 基因分型
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Development of a multiplex polymerase chain reaction assay for detection of hepatitis C virus,hepatitis B virus,and human immunodeficiency virus 1
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作者 Waleed Abdelgaber Nemr Radwan K Nashwa 《World Journal of Virology》 2024年第1期95-106,共12页
BACKGROUND Hepatitis C virus(HCV),hepatitis B virus(HBV),and human immunodeficiency virus 1(HIV-1)are the most epidemic blood-borne viruses,posing threats to human health and causing economic losses to nations for com... BACKGROUND Hepatitis C virus(HCV),hepatitis B virus(HBV),and human immunodeficiency virus 1(HIV-1)are the most epidemic blood-borne viruses,posing threats to human health and causing economic losses to nations for combating the infection transmission.The diagnostic methodologies that depend on the detection of viral nucleic acids are much more expensive,but they are more accurate than sero-logical testing.AIM To develop a rapid,cost-effective,and accurate diagnostic multiplex polymerase chain reaction(PCR)assay for simultaneous detection of HCV,HBV,and HIV-1.METHODS The design of the proposed PCR assay targets the amplification of a short conserved region featured with a distinguishable melting profile and electro-phoretic molecular weight inside each viral genome.Therefore,this diagnostic method will be appropriate for application in both conventional(combined with electrophoresis)and real-time PCR facilities.Confirmatory in silico investigations were conducted to prove the capability of the approached PCR assay to detect variants of each virus.Then,Egyptian isolates of each virus were subjected to the wet lab examination using the given diagnostic assay.RESULTS The in silico investigations confirmed that the PCR primers can match many viral variants in a multiplex PCR assay.The wet lab experiment proved the efficiency of the assay in distinguishing each viral type through high-resolution melting analysis.Compared to related published assays,the proposed assay in the current study is more sensitive and competitive with many expensive PCR assays.CONCLUSION This study provides a simple,cost-effective,and sensitive diagnostic PCR assay facilitating the detection of the most epidemic blood-borne viruses;this makes the proposed assay promising to be substitutive for the mistakable and cheap serological-based assays. 展开更多
关键词 DIAGNOSIS Blood-borne viruses Multiplex polymerase chain reaction high-resolution melting
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利用HRM功能标记检测黑龙江省水稻种质资源抗稻瘟病基因Pi2的基因型分布
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作者 郭震华 《北方水稻》 CAS 2022年第3期1-5,共5页
高分辨率熔解曲线技术(HRM)作为近年来新兴的PCR分析技术,快捷简便、分辨率高。已克隆的稻瘟病抗性主效基因Pi2,在水稻中表现出稳定的稻瘟病抗性,目前已广泛用于稻瘟病抗性育种中。为明确该基因在黑龙江省种质资源中的分布情况,本研究利... 高分辨率熔解曲线技术(HRM)作为近年来新兴的PCR分析技术,快捷简便、分辨率高。已克隆的稻瘟病抗性主效基因Pi2,在水稻中表现出稳定的稻瘟病抗性,目前已广泛用于稻瘟病抗性育种中。为明确该基因在黑龙江省种质资源中的分布情况,本研究利用Pi2的HRM功能型分子标记,在67份部分黑龙江省主栽品种及优异种质资源中进行基因分型。结果表明,67份种质中,含纯合pi2有9份,占参试种质的13.43%,分别为龙粳12、哈99774、龙粳31、龙粳39、龙粳54、龙交10-989、龙粳53、彩及zlm55-1。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线 基因分型 Pi2基因
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HRM分析方法中不同扩增片段、染料和仪器的比较 被引量:5
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作者 饶丹 嘎利兵嘎 +7 位作者 郭小权 张建峰 张春红 沈海燕 朱余军 刘志成 孙俊颖 郭鹏举 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期169-175,共7页
高分辨率熔解曲线技术(High resolution melting,HRM)是近年发展起来的基于实时荧光定量技术分析核苷酸突变而进行基因分型的一种新型技术。比较了几种动物疫病病原(猪瘟病毒、禽白血病病毒、鸡艾美耳球虫株)的不同扩增片段(C202、ALV45... 高分辨率熔解曲线技术(High resolution melting,HRM)是近年发展起来的基于实时荧光定量技术分析核苷酸突变而进行基因分型的一种新型技术。比较了几种动物疫病病原(猪瘟病毒、禽白血病病毒、鸡艾美耳球虫株)的不同扩增片段(C202、ALV450、En573和C965)、不同荧光染料(LC Green、SYTO9和SYBR GreenⅠ)和不同仪器[Light Scanner96(Idaho),Light Cycler480(Roche)和Rotor-Gene Q(Qiagen)]在HRM基因分型上的异同,揭示了HRM技术对病原体进行分型时,不同扩增片段和不同性质荧光染料对其分型结果影响较大:拥有多个熔解区间的核酸序列比单独1个SNP位点特异性高,更适合于分型;核酸相邻熔解区间Tm差值影响实际HRM分型结果;饱和荧光染料(LC Green和SYTO9)比非饱和染料(SYBR GreenⅠ)分辨率更高,更适合用于HRM分析,并且不同浓度荧光染料对Tm值有一定的影响;不同HRM仪器之间HRM结果无明显差异。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 荧光染料 熔解Tm 熔解曲线模拟
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非探针法高分辨率熔解曲线(HRM)对FecB基因分型方法的研究 被引量:6
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作者 蒋立斌 张云生 +5 位作者 杨华 杨永林 皮文辉 石国庆 李辉 冯训勇 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第1期11-14,212,共5页
为了建立一种基于非探针法高分辨率熔解曲线(HRM)技术对绵羊FecB基因高效分型的方法,试验选用健康、成年绵羊48只,利用HRM和限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)对绵羊多胎主效基因FecB基因进行分型效果研究。结果表明:FecB基因具有3种基因... 为了建立一种基于非探针法高分辨率熔解曲线(HRM)技术对绵羊FecB基因高效分型的方法,试验选用健康、成年绵羊48只,利用HRM和限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)对绵羊多胎主效基因FecB基因进行分型效果研究。结果表明:FecB基因具有3种基因型,分别是野生型(AA)37.50%、杂合型(GA)33.33%、纯合突变型(GG)29.17%;通过对基因测序比对、HRM和PCRRLFP结果的准确率比较,HRM的准确率达到了95.83%(46/48),高于RLFP的分型结果,所需试验时间大大缩短。说明非探针法HRM技术是一种高效率、节省人工的FecB基因分型方法。 展开更多
关键词 非探针法 高分辨率熔解曲线 限制性片段长度多态性 FECB基因 基因分型
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Rapid screening for Klinefelter syndrome with a simple high-resolution melting assay: a multicenter study 被引量:7
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作者 Dong-Mei Fu Yu-Lin Zhou +6 位作者 Jing Zhao Ping HU Zheng-Feng Xu3 Shi-Ming Lv Jun-Jie HU Zhong-Min Xia Qi-Wei Guo 《Asian Journal of Andrology》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期349-354,共6页
Klinefelter syndrome (KS) is the set of symptoms that result from the presence of an extra X chromosome in males. Postnatal population-based KS screening will enable timely diagnosis of this common chromosomal disea... Klinefelter syndrome (KS) is the set of symptoms that result from the presence of an extra X chromosome in males. Postnatal population-based KS screening will enable timely diagnosis of this common chromosomal disease, providing the opportunity for early intervention and therapy at the time point when they are most effective and may prevent later symptoms or complications. Therefore, through this study, we introduced a simple high-resolution melting (HRM) assay for KS screening and evaluated its clinical sensitivity and specificity in three medical centers using 1373 clinical blood samples. The HRM assay utilized a single primer pair to simultaneously amplify specific regions in zinc finger protein, X-linked (ZFX) and zinc finger protein, Y-linked (ZFY). In cases of KS, the ratios of ZFX/ZFYare altered compared to those in normal males. As a result, the specific melting profiles differ and can be differentiated during data analysis. This HRM assay displayed high analytical specificity over a wide range of template DNA amounts (5 ng-50 ng) and reproducibility, high resolution for detecting KS mosaicism, and high clinical sensitivity (100%) and specificity (98.1%). Moreover, the HRM assay was rapid (2 h per run), inexpensive (0.2 USD per sample), easy to perform and automatic, and compatible with both whole blood samples and dried blood spots. Therefore, this HRM assay is an ideal postnatal population-based KS screening tool that can be used for different age groups. 展开更多
关键词 high-resolution melting Klinefelter syndrome multicenter study postnatal population-based screening
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利用基于HRM的功能标记分析水稻Wx和fgr的基因型 被引量:14
16
作者 罗文龙 郭涛 +4 位作者 周丹华 陈海英 王慧 陈志强 刘永柱 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期597-603,共7页
Wx和fgr基因分别调控水稻直链淀粉含量和香气形成。在基于凝胶电泳功能标记的基础上,发展基于高分辨率熔解曲线(HRM)的功能标记Wx–a/b和BAD2–E7,分别用于鉴定88份水稻种质Wx和fgr的基因型。利用LightScanner 96平台进行HRM检测,单次... Wx和fgr基因分别调控水稻直链淀粉含量和香气形成。在基于凝胶电泳功能标记的基础上,发展基于高分辨率熔解曲线(HRM)的功能标记Wx–a/b和BAD2–E7,分别用于鉴定88份水稻种质Wx和fgr的基因型。利用LightScanner 96平台进行HRM检测,单次检测在10 min内即可完成最多96个样品的基因型分析。结果表明,88份水稻种质中,25份含纯合Wxa基因型的种质,直链淀粉含量为25.08%;59个含纯合Wxb基因型的种质,直链淀粉含量为15.00%,其余4个杂合型(Wxa/Wxb)的直链淀粉含量为18.13%。携带纯合fgr基因的3份种质(巴太香占、象牙香占和Basmati 370),其全部米粒均带有香气,而携带杂合fgr的2份种质,只有部分米粒带有香气。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线 功能标记 基因分型
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Grapevine Phenological Quantitative Trait SSR Genotyping Using High-Throughput HRM-PCR Analysis
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作者 Murad Awad Photini V.Mylona Alexios N.Polidoros 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2020年第4期905-923,共19页
Discrimination among grapevine varieties based on quantitative traits,such as flowering,veraison and ripening dates is crucial for variety selection in the context of climate change and in breeding programs.These trai... Discrimination among grapevine varieties based on quantitative traits,such as flowering,veraison and ripening dates is crucial for variety selection in the context of climate change and in breeding programs.These traits are under complex genetic control for which 6 linked SSR loci(VVS2,VVIn16,VMC7G3,VrZAG29,VMC5G7,and VVIB23)have been identified.Using these markers in HRM-PCR analysis,we assessed genetic diversity among a large collection of 192 grapevine varieties.The grapevine germplasm used encompasses the majority of Greek vineyard with 181 varieties,3 prominent foreign varieties and 11 varieties of Palestinian origin.The SSR markers used were highly polymorphic,displaying unique melting curves for unusually higher number of samples than generally observed in SSR analysis.This prompted us to examine sequence composition for selected samples and found that variation present as SNPs in the flanking sequences of SSR motifs was responsible for the observed polymorphism.Hence,HRM-PCR proved to be a tool of higher analytical power to distinguish genotypes surpassing the discrimination power of conventional gel-based SSR analysis.The study provides a better understanding of genetic variation of SSR marker loci associated to phenological traits in grapevine varieties,signifying an analytical methodology that may be of higher discrimination power in detection of polymorphism for utilization in breeding programs. 展开更多
关键词 Vitis vinifera L phenological QTLs microsatellites GENOTYPING high-resolution melting
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HRM技术在掌跖角化病KRT9基因致病突变检测中的应用
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作者 马超 冯文华 韩维田 《中国计划生育学杂志》 2016年第8期552-554,共3页
目的:建立一种低成本、高通量、简便易行、准确可靠的检测掌跖角化病致病突变的方法。方法:应用高分辨率熔解曲线(HRM)方法检测掌跖角化病患者KRT9基因第一外显子突变情况,并与测序结果进行比较。结果:HRM方法能准确区分野生型和杂合型... 目的:建立一种低成本、高通量、简便易行、准确可靠的检测掌跖角化病致病突变的方法。方法:应用高分辨率熔解曲线(HRM)方法检测掌跖角化病患者KRT9基因第一外显子突变情况,并与测序结果进行比较。结果:HRM方法能准确区分野生型和杂合型致病突变536T>C、548A>G,测序结果与HRM结果完全一致。结论:HRM方法能简单快速、准确经济地检测KRT9基因突变,能用于掌跖角化病患者的大样本临床初筛。 展开更多
关键词 掌跖角化病 高分辨率熔解曲线 角蛋白9
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高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测 被引量:13
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作者 杨彩虹 杨敏 +4 位作者 于璐 包海洋 吴长新 曹旭东 陈创夫 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期403-412,共10页
目的评价高分辨率熔解曲线分析技术(high-resolution melting curve,HRM)检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值。方法 1)通过传统比例法药敏实验对本实验室保存的49株结核分枝杆菌进行异烟肼耐药性分析。2)进一步对该结核分枝杆菌进... 目的评价高分辨率熔解曲线分析技术(high-resolution melting curve,HRM)检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值。方法 1)通过传统比例法药敏实验对本实验室保存的49株结核分枝杆菌进行异烟肼耐药性分析。2)进一步对该结核分枝杆菌进行异烟肼耐药相关基因KatG基因和inhA基因进行异烟肼耐药决定区测序分析,筛查突变位点。3)根据筛查到的突变位点设计高分辨率熔解曲线分析所用的特异性引物,对异烟肼耐药基因耐药决定区进行高分辨率熔解曲线分析检测DNA突变,评估用高分辨率熔解曲线分析技术对结核分枝杆菌异烟肼耐药性检测的效率。结果 1)比例法药敏结果显示,49株实验菌株中20株为异烟肼耐药株,29株为异烟肼敏感株。2)测序分析结果显示:(1)KatG基因出现了4种突变形式,分别是234单位点突变;234、315双位点突变;234、463双位点突变;234、315、463三位点联合突变。(2)inhA基因检测到3种突变,即-8位、-15位、-152位。3)(1)对耐药株的基因突变进行分析发现:20株异烟肼耐药株中11株存在KatG基因第315位密码子的突变、占异烟肼耐药株的55%;6株存在inhA基因-15(4株)位碱基、-8(1株)位碱基、-152(1株)位碱基的突变,共占异烟肼耐药株的30%;2株同时存在基因KatG315密码子和inhA-15位碱基的突变,占异烟肼耐药株的10%;1株均未检测到KatG基因和inhA基因的突变,占异烟肼耐药株的5%。通过基因突变检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的敏感性为95%、特异性为100%。(2)用高分辨率溶解曲线检测实验菌株耐药基因突变的结果显示,18株存在基因突变,24株不存在基因突变,检测的灵敏度为94.7%、特异性为80%。(3)以高分辨率熔解曲线检测到突变为耐药的判断标准,检出19株为耐药株,24株为敏感株。以比例法药敏结果为参照,检测的灵敏度为95%、特异性为82.76%。结论高分辨率溶解曲线用于结核分枝杆菌对异烟肼耐药性的检测具有较好的灵敏度,耗时短,在异烟肼耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 高分辨率熔解曲线(hrm) DNA测序 耐药性 异烟肼
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基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析 被引量:13
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作者 王婷 黄智慧 +4 位作者 马爱军 马得友 王新安 夏丹丹 马本贺 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1300-1307,共8页
大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,... 大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。 展开更多
关键词 大菱鲆 单核苷酸多态性(SNP) 转录组 高分辨率溶解曲线(hrm)
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