多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1和exon-2的序列分析

参考牛的Hoxc8基因序列设计引物,扩增正常蒙古羊(胸椎数13)和多脊椎蒙古羊(胸椎数14)Hoxc8的exon-1和exon-2基因,对得到的序列进行生物信息学分析。结果表明,经序列比对二者的DNA序列,除两侧个别碱基有差异外,中间序列完全一致。蒙古羊Hoxc8的exon-1和exon-2序列分别与其他物种进行同源性比对,蒙古羊Hoxc8 exon-1与人、小鼠、大鼠、犬的同源性达到96%以上,与斑马鱼的同源性为75.8%;exon-2与大猩猩、犬、人、小鼠、大鼠的同源性达到91%以上,与斑马鱼的同源性为74%。

多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1甲基化分析

研究旨在探索多脊椎蒙古羊多脊椎性状与Hoxc8 exon-1的甲基化比例是否可以成为多脊椎蒙古羊早期选种的DNA分子标记。克隆多脊椎蒙古羊(14个胸椎)和正常蒙古羊(13个胸椎)的Hoxc8 exon-1,超声波破碎基因组DNA并变性。用5-甲基胞嘧啶抗体做选择性免疫反应,经抗体结合磁珠免疫沉淀,分离纯化甲基化DNA。设计2对多脊椎蒙古羊Hoxc8exon-1引物进行实时定量PCR,分别分析免疫沉淀后的甲基化DNA浓度。引物P2扩增,6只多脊椎蒙古羊和4只正常蒙古羊样本校正后的甲基化DNA浓度分别为11.50%、11.00%、5.28%、4.49%、2.89%、2.41%和1.20%、0.60%、0.35%、0.03%,两实验组差异显著(P<0.05)。引物P1扩增,两实验组甲基化DNA浓度差异不显著(P>0.05)。P2引物扩增Hoxc8exon-1的甲基化DNA浓度可以作为多脊椎蒙古羊早期选种的DNA分子标记。

利用交错式热不对称PCR法获取多脊椎蒙古羊Hoxc8启动子序列的研究

[目的]探索获得蒙古羊Hoxc8基因启动子序列的方法。[方法]尝试利用交错式热不对称PCR法,获得蒙古羊Hoxc8启动子序列。[结果]通过PCR获得的序列不理想,测序结果无法与已知序列相匹配。虽然利用交错式热不对称PCR法未获得蒙古羊的Hoxc8的启动子序列,但可为今后的相关研究提供借鉴。[结论]该研究为进一步分析蒙古羊Hoxc8的启动子区域的甲基化状态奠定了基础。

利用交错式热不对称PCR法获取多脊椎蒙古羊Hoxc8启动子序列的研究(英文)

[目的]探索获得蒙古羊Hoxc8基因启动子序列的方法。[方法]尝试利用交错式热不对称PCR法,获得蒙古羊Hoxc8启动子序列。[结果]通过PCR获得的序列不理想,测序结果无法与已知序列相匹配。虽然利用交错式热不对称PCR法未获得蒙古羊的Hoxc8的启动子序列,但可为今后的相关研究提供借鉴。[结论]该研究为进一步分析蒙古羊Hoxc8的启动子区域的甲基化状态奠定了基础。

蒙古羊Hoxc8基因甲基化与胸椎数量的关系

为了研究蒙古羊Hoxc8基因的甲基化与胸椎数的关系,试验采用亚硫酸氢盐测序PCR方法进行检测。结果表明:蒙古羊的14枚胸椎个体(T14)占26.1%,7枚腰椎个体(L7)占69.5%,其中Hoxc8 exon-1含27个CpG。T13型个体的甲基化CpG分别为6,3,6;T14型个体的甲基化CpG分别为23,20,21。T13和T14的甲基化比例平均值分别为(18.500±0.064)%和(79.030±0.056)%(P=0.002)。T14蒙古羊Hoxc8 exon-1的甲基化功能区(120～142个碱基)的CpG胞嘧啶全部甲基化,而T13则相反。说明蒙古羊Hoxc8 exon-1甲基化CpG的密度和数量影响Hoxc8基因的表达,并且调控胸椎的发育。