WSSV、IHHNV、EHP和NHPB四重荧光定量PCR检测方法的建立

本研究以对虾白斑综合症病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)的VP664基因、传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious Subcutaneous and Hematopoietic Necrosis Virus,IHHNV)的NSP2基因、虾肝肠胞虫(Enterocytozoon Hepatopenaei,EHP)的ssr RNA基因以及坏死性肝胰腺炎细菌(Necrotizing Hepatopancreatitis Bacteria,NHPB)的16Sr RNA基因为检测对象,建立了WSSV、IHHNV、EHP和NHPB的四重荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性进行了研究。结果表明,建立的四重荧光定量PCR方法特异性良好,对WSSV、IHHNV、EHP和NHPB的最低检测限为4.05 copies·μL^(-1)、6.53 copies·μL^(-1)、5.85 copies·μL^(-1)和6.18 copies·μL^(-1),本实验建立的方法具有较好的应用前景。

几种环境因子对IHHNV在凡纳滨对虾体内增殖的影响

为阐明在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程中影响传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)增殖的关键因子,在实验室条件下,研究了温度、盐度、氨氮、亚硝酸盐氮等环境因子变化对凡纳滨对虾体内IHHNV增殖的影响。结果显示:在同样条件下,水温25℃和30℃凡纳滨对虾体内IHHNV病毒数具有明显差异,且在30℃时最大;2.5‰、10.0‰、20.0‰三个盐度梯度IHHNV增殖组间差异显著,且增殖速度与盐度呈正相关;在氨氮0.05、3.00、7.00 mg/L三个浓度梯度下,IHHNV在凡纳滨对虾体内增殖数量的变化未表现出线性关系,但氨氮0.05 mg/L浓度组凡纳滨对虾体内病毒数明显低于3.00、7.00 mg/L浓度组;在亚硝酸盐氮0.05、5.00、10.00 mg/L三个浓度梯度下,IHHNV在凡纳滨对虾体内增殖数的变化组间差异不显著。

IHHNV假病毒核酸标准物质定值研究

传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)感染对虾引起急性传染病,对幼虾危害尤其明显。基于Genbank收录的IHHNV基因序列(AF218266.2),制备了含IHHNV全基因组序列的假病毒标准物质(NIM-RM4062)。针对ORF1基因设计特异性引物探针,建立了IHHNV数字PCR检测方法,进行IHHNV假病毒核酸标准物质的均匀性和稳定性检验。标准物质拷贝数浓度的标准值及扩展不确定度为:(1.22±0.15)×10^(3)copies/μL(k=2)。利用多种数字PCR平台对标准物质进行定值验证,测量的相对标准偏差(RSD)小于4%,标准物质量值在不同检测平台复现性较好。采用市售IHHNV核酸检测试剂盒进行验证,标准物质量值与荧光定量PCR试剂盒的检测结果具有较好的一致性。

江苏地区对虾3种病毒病的流行病学调查及5株IHHNV的编码区基因序列分析

对虾白斑综合征病毒(WSSV)、桃拉综合征病毒(TSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)是威胁对虾养殖的重要病毒。为了调查这3种病在江苏境内的流行情况,根据世界动物卫生组织(OIE)推荐的《水生动物疾病诊断手册》的PCR检测法对2015年5月—2016年5月采集的1436尾对虾样品进行3种疾病的流行病学调查。结果显示WSSV阳性率为17.20%,TSV阳性率为0%,IHHNV阳性率为39.48%。对江苏不同地区分离出的5株IHHNV进行基因序列分析,数据显示这5个地区的毒株均属于Ⅰ型感染株,与韩国株的进化关系较为接近。本研究通过调查以上3种病毒病在江苏境内的流行情况,并进行序列分析,发现江苏不同地区的凡纳滨对虾IHHNV感染均为Ⅰ型,研究结果对养殖虾的疾病防控有重要参考价值。

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失。研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较。结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点。同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可检测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green I后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性。考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用。

二温式多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)的研究与应用

建立了一种同时检测对虾白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的二温式多重PCR技术。根据基因库中WSSV(AF369029)和IHHNV(NC002190)基因序列,设计了两对分别与WSSV和IHHNV某段保守基因序列互补的引物,用这两对引物对同一样品中的WSSV和IHHNV DNA模板进行多重PCR扩增,结果均同时得到了两条大小与实验设计相符的593 bp(WSSV)和356 bp(IHHNV)特异性多重PCR扩增条带,而对其他对虾疾病病原的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重PCR技术最低能检测到WSSV和IHHNV DNA各100 pg。用该多重PCR对400份临床病料进行检测,结果230份检出WSSV,阳性率57.5%;96份检出IHHNV,阳性率24%;56份同时检出WSSV和IHHNV,阳性率14%。18份为阴性,阴性率为4.5%。结果提示了WSSV和IHHNV广泛存在于中国南方的养殖对虾中,作者建立的二温式多重PCR可以用于这两种病毒的临床快速检测和鉴别诊断。

PCR法制备地高辛标记DNA探针斑点杂交检测对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)

利用非放射性标记物地高辛(DIG),通过PCR方法制备了对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)DNA探针,探针长度705bp,标记产量为20ng/μL。通过核酸探针斑点杂交检测方法对此探针特异性及灵敏度进行验证,结果表明,该探针具有较高的灵敏度和较强的特异性,检测IHHNVDNA的检出灵敏度为24.8pg,可检出26.6ng患病对虾组织DNA中的IHHNV,与250.4ng健康虾组织DNA、202.5ng健康虾匀浆液,白斑综合症病毒(WSSV)DNA和肝胰腺细小病毒(HPV)DNA均不发生交叉反应。本方法可应用于健康亲虾、苗种的培育和无特定病原(SPF)对虾种群的选育及IHHNV流行病学调查,并具有较高的应用价值。

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)及虾肝肠胞虫(EHP)的荧光定量PCR检测

2013年,河北、天津等地区养殖的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)育苗期出现死苗、出苗率低的情况,生产上,仔虾个体大小差异较大,造成了严重损失。本研究采用荧光定量PCR方法(Real-time PCR)对天津大港地区采集的108尾凡纳滨对虾仔虾样品进行单尾病原检测。结果显示,传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)和虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)均有检出。IHHNV阳性检出率100%,每微克对虾组织DNA的病毒拷贝数为10~3–10~7,且个体较大的样品(1.2–2.0 cm)携带病毒拷贝数偏高;EHP阳性检出率为49.1%,每微克对虾组织DNA的拷贝数为10~3–10~5,且集中于个体较小样品(0.7–1.1 cm)。对IHHNV和EHP阳性凡纳滨对虾样品进行生物学体长与病毒载量指数相关性分析,显示IHHNV载量指数与对虾生长速率呈正相关,虾组织IHHNV平均载量达8.51×10~4 copies/μg DNA,为较高的感染水平;EHP的载量与对虾生长速率呈负相关关系,与较大个体阳性检出率较低相对应,虾组织EHP平均载量达到2.19×10~4 copies/μg DNA,为较高的感染水平。由此,该批凡纳滨对虾仔虾患病为IHHNV和EHP的混合感染所致,本研究数据为IHHNV和EHP病原混合感染流行情况及其对养殖育苗期仔虾生长的影响提供科学依据。

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)PCR检测方法的建立

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)病是国际兽疫局(OIE)划定的甲壳类其他重要疾病之一,它分布较广,危害严重,对世界对虾养殖业发展影响重大。本文根据Genbank登录的IHHNV基因序列(AF218266),设计了1对特异性引物,从纯化的IHHNV DNA和感染IHHNV凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)组织DNA中成功地扩增出产物大小为703bp的DNA片段,该对引物对IHHNV DNA的检测灵敏度为19. 85fg(8. 83×103 病毒拷贝),与健康对虾组织DNA、对虾白斑综合征病毒(WSSV) DNA及对虾肝胰腺细小病毒(HPV) DNA无交叉反应。本方法可快速、灵敏、特异地检测出对虾感染和携带IHHNV状况,为对虾健康养殖、无特定病原(SPF)种群选育及流行病调查提供了有效的检测手段。

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的流行病学与检测技术研究进展

对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)是国际兽疫局(OIE)划定的甲壳类其他重要疾病之一,它分布广泛,危害严重,对世界对虾养殖业的发展影响重大。随着国际贸易的不断发展,区域间个体的流动有可能造成该病病毒传播。有迹象表明,近几年来中国养殖对虾中已发现IHHNV,且呈流行趋势。目前,国际上已建立起多种标准检测方法以监控疾病的流行。本文就该病毒的病毒特性、感染宿主、传播途径、地理分布及诊断技术等方面的研究现状作一综述,旨为对虾病毒性流行病学调查及疾病监控提供参考。

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的流行病学调查

传染性皮下和造血器官坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)是对虾养殖的重要病原之一,可感染多种虾种。罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是中国养殖的重要沼虾品种之一。根据国际兽疫局(Office International des Epizooties,OIE)推荐的IHHNV检测方法,在中国大陆地区首次开展IHHNV在罗氏沼虾中的感染和流行情况调查。结果显示,在研究区的罗氏沼虾养殖区,IHHNV广泛流行,阳性率高达90%;但所有成年罗氏沼虾均未表现出明显的病症,仅表现为病毒的携带。通过基因序列分析显示,检测到的华南地区毒株属于Ⅰ型感染株,与菲律宾株进化关系较为接近;华东地区毒株属于Ⅱ型感染株,与东南亚株进化关系较近。本研究为IHHNV在罗氏沼虾内的感染、流行和防控提供了详细参考。

对虾IHHNV荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)保守基因序列(AF218226),设计合成了1对引物和1条TaqMan探针,建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术。将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比。结果显示,所建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达2个拷贝,比常规PCR灵敏度高1000倍。对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV阳性的DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阳性,检测的病毒含量为2.15×107～4.21×104拷贝/μL。用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测,表明该方法具有良好的重复性,可满足IHHNV的临床诊断需要。

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用

目的：建立一种快速、定量、特异、灵敏的PCR方法用于对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）的早期诊断和疫情监测。方法：根据GenBank登录的IHHNV毒株序列，使用生物学软件进行序列比对，在IHHNV保守区序列设计特异性引物与Taqman探针。对实时荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间，提高特异性、灵敏度、重复性，并与普通PCR进行盲样测试的比对。结果：本法线性范围5×10^2～5×10^7拷贝／ml，检出限5×10^1拷贝／ml，灵敏度超过普通PCRl00倍，特异性高于普通PCR，重复性极好（S=0．035～0．39，CV=0．13％-1．05％），检测时间为普通PCR的1／5，现场盲样IHHNV检出阳性率高于普通PCR26．00％。结论：本研究建立Taqman实时荧光定量PCR用于对虾IH—HNV检测具有特异、灵敏、快速、定量、重复性好等优点。

IHHNV PCR检测方法改进及广西流行株基因型分析

[目的]建立并优化传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)检测及其基因分型的套式PCR,并确定IHH-NV在广西流行的基因型,为有效防控广西对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)提供参考依据。[方法]在以PCR检测IHHNV现有标准的基础上,于389F/R和309F/R两对引物扩增片段之外的绝对保守区域设计外引物IHHNV-WF/WR,优化退火温度和引物浓度后建立IHHNV检测及基因分型的套式PCR,并通过与一步法PCR对比以验证其优越性;采用建立的套式PCR对546株2010 2018年收集的IHHNV广西流行株进行基因型分析,确定IHHNV在广西流行的基因型。[结果]优化后的第一轮PCR反应体系20.0 L:2×F8 FastLong PCR MasterMix 10.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.8 μL,DNA模板2.0 μL,无核菌酶灭菌水补足至20.0 μL。扩增程序:94.0 ℃预变性3 min;94.0 ℃ 10 s,59.0 ℃ 15 s,72.0 ℃ 15 s,进行35个循环;72.0 ℃延伸5 min。套式PCR检测IHHNV的灵敏度较一步法PCR提高100倍;对100份IHHNV阳性临床样品的检测结果与一步法PCR的检测结果一致,符合率达100%。从546株IHHNV广西流行株中均能扩增获得309 bp的目的条带,全部为感染型(基因1型和基因2型)。[结论]在PCR检测IHHNV现有标准基础上建立的IHHNV检测及基因分型套式PCR,其灵敏度较一步法PCR提高100倍,尤其适用于检测IHHNV含量低的样品,可为疫病监测及进出口检疫提供更敏感的技术手段。当前广西流行的IHHNV均为感染型(基因1型和基因2型)。

双重PCR同时检测对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)

根据Genbank中对虾白斑病由白斑综合征病毒（WSSV）和传染性皮下及造血器官坏死病毒（IHHNV）的基因序列，设计了两对能分别检测WSSV和IHHNV保守片段基因的特异性引物，而且这两对引物在同一反应体系中可以同时对WSSV和IHHNV的DNA模板进行多重PCR扩增，得到大小分别为110bp（WSSV）和356bp（IHHNV）的扩增条带。对影响PCR反应的主要因素Mg“浓度和退火温度进行了优化，证明当Mg^2＋浓度为2．0～4．0mmd，退火温度为57～59℃时可获得最佳的扩增和检测效果。特异性试验结果表明，这两对引物检测WSSV和IHHNV具有很好的特异性，对其它对虾常见病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明，该反应体系最低能检测100pg的WSSV和IHHNV的DNA模板。临床检测表明，所建立的双重PCR方法可以适用于WSSV和IHHNV的同时检测和鉴别。

采用OIE标准检测养殖对虾中传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的PCR检出类型

利用世界动物卫生组织(OIE)推荐的4对引物(389F/R、392F/R、77012F/77353R和309F/R),通过普通PCR方法,对本实验室2011-2012年采集于国内不同地区的对虾样品进行IHHNV(Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus)检测,并对国内存在的IHHNV检出类型进行初步分析。检测结果显示,在凡纳滨对虾、斑节对虾、中国对虾、宽沟对虾中均检测出了IHHNV,而在脊尾白对虾中未检出。其中凡纳滨对虾阳性率最高,中国对虾阳性检测率最低。对虾样品2011年阳性率高于2012年,华东地区高于华北、华南两地。此外,根据4对引物的检测结果,得到国内IHHNV的4种PCR检出类型。

广西凡纳滨对虾IHHNV感染情况的调查与分析

【目的】了解凡纳滨对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）在广西的分布、流行特点及趋势，为研究制定广西对虾IHHN的综合防控措施提供参考。【方法】根据广西凡纳滨对虾养殖情况，分别在北海市、钦州市、防城港市设立监测区，每个监测区设3-5个监测点，2010-2012年每年5月和9月进行两次采样，应用PCR对采集样品进行IHHNV检测，阳性产物送至宝生物工程（大连）有限公司测序，并与NCBI数据库中的IHHNV序列进行比对。【结果】2010年共检测凡纳滨对虾298份，IHHNV阳性率62.1%；2011年共检测凡纳滨对虾300份，IHHNV阳性率44.3%；2012年共检测凡纳滨对虾299份，IHHNV阳性率32.1%；3年的检测结果均以北海市的IHHNV感染率最高。2010、2011和2012年虾苗和中成虾的IHHNV阳性率分别为49.6%和72.1%、35.5%和49.2%、27.3%和36.9%。2010、2011和2012年5月和9月的IHHNV阳性率分别为53.2%和71.8%、35.2%和50.6%、21.6%和37.0 %。【结论】2010-2012年IHHNV在广西凡纳滨对虾主要养殖地区均有不同程度的流行，且中成虾IHHNV阳性率高于虾苗，每年9月的IHHNV阳性率高于5月，但广西近年通过严格控制亲虾品质及引进无病毒感染种苗，凡纳滨对虾品质已得到提升，IHHNV感染呈逐年下降的趋势。

凡纳滨对虾鳃细胞膜IHHNV衣壳蛋白受体的筛选

对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)为对虾主要病毒病之一,近些年,在全球范围内广泛流行并造成严重的经济损失。目前,在流行病学和诊断方面受到重视,但其致病机理鲜有报道。本研究首先构建了IHHNV CP原核表达载体,纯化CP蛋白并制备多抗,抗体效价达到1︰51200;利用匀浆、超速离心方法分离未感染IHHNV的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)鳃细胞膜蛋白;用VOPBA和HIS PULL–DOWN方法筛选凡纳滨对虾鳃细胞膜IHHNV CP受体,分别将疑似的蛋白条带进行LC-MS/MS分析。结果表明,信号转导与转录激活因子(STAT)、热休克蛋白90(HSP 90)、酚氧化酶原2型、Na+/K+-ATP酶α亚基4种蛋白能与IHHNV衣壳蛋白产生相互作用,并具有多种生物学活性,可能参与病毒的入侵及细胞病变的产生。其具体作用有待深入研究。

WSSV和IHHNV二重实时荧光PCR检测方法的建立

根据基因库中对虾白斑综合症病毒W SSV(AF369029)和传染性皮下及造血器官坏死病毒IHHNV(AF218226)基因序列,设计了W SSV和IHHNV的两对特异性引物和两条用不同荧光基团标记的TaqM an探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测W SSV和IHHNV的二重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对W SSV和IHHNV的检测敏感性分别达到2和20个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对W SSV和IHHNV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这二个病毒。对保存的30份经常规PCR检测仅为W SSV或IHHNV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中1份为W SSV和IHHNV混合感染。本研究建立的二重实时荧光PCR方法用于W SSV和IHHNV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。

凡纳滨对虾IHHNV群体遗传多样性的SSR分析

利用SSR标记分析广西凡纳滨对虾育种中心选育的凡纳滨对虾品种中抗传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)家系的遗传多样性,为凡纳滨对虾抗IHHNV育种亲本材料的选择提供参考。通过体外攻毒试验,从育种中心构建的凡纳滨对虾家系中筛选出抗IHHNV的家系,然后利用SSR标记对筛选出的抗IHHNV品种的遗传多样性进行分析。结果表明,6对引物在上述抗病毒品种中共检测到162个等位变异,每对引物平均为3个,引物的多态信息含量(PIC)在0.372 8～0.479 7之间,平均为0.434 1;抗病品种间的遗传相似系数平均为0.894 2,表明筛选出的抗病品种遗传多样性较高。