结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP分型方法的建立

目的建立高效、特异的结肠小袋纤毛虫遗传亚型分析方法。方法选择限制性内切酶ApoI和PflMI对结肠小袋纤毛虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2的PCR扩增产物进行酶切分析,建立PCR-RFLP分型方法,利用建立的PCR-RFLP方法对猪源、羊源和豚鼠源临床粪便样品进行遗传亚型分析。结果基于ApoI和PflMI的PCR-RFLP方法可以准确区分结肠小袋纤毛虫遗传变异型A和B,用PflMI可以进一步将遗传变异型B细分为B-c和B-t两个亚型。与镜检和测序结果比较,建立的PCR-RFLP方法具有良好的特异性和更高的灵敏性,不仅可以鉴定临床样品中结肠小袋纤毛虫单个亚型,而且可以鉴别单个样品中结肠小袋纤毛虫多个亚型的混合感染。结论本研究成功建立了结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP方法,可用于结肠小袋纤毛虫遗传多态性鉴定和分子流行病学研究。

PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母

目的建立PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母。方法对比两者叶绿体ycfl基因,选择湖北贝母的特异性酶切位点EcoRI设计引物,优化反应条件,并进行方法学考察。结果退火温度58℃、循环数35时,湖北贝母或掺有湖北贝母的浙贝母经特异性引物扩增后能被EcoRI酶酶切,200~400bp处检出2条单一DNA条带,而浙贝母无此条带,检出限达3%。结论该方法方便快捷、灵敏度高,可用于浙贝母、湖北贝母及前者掺混后者的快速检测,为浙贝母质量控制提供参考。

一种基于线粒体COI PCR-RFLP单酶切快速鉴定4种巨蛎属牡蛎的方法

本文报道了一种基于线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mt COI)基因序列PCR-RFLP单酶切的牡蛎物种鉴定方法。本方法可快速鉴定福建牡蛎(Crassostrea angulata)、熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)、香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)和近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)等中国沿海常见的4种巨蛎属(Crassostrea)牡蛎。该方法以甲基转移酶(Msp I)作为限制性内切酶,对4种巨蛎属牡蛎的线粒体DNA COI扩增序列进行酶切,以得到的特异性条带为依据进行物种鉴定。本方法的鉴定结果与COI测序方法的鉴定结果一致,并且筛选出的单一的限制性内切酶Msp I在4种牡蛎的COI序列中不存在酶切位点的突变,准确率达到100%,能够为巨蛎属牡蛎的物种鉴别提供简便可靠的技术支撑。

鸡金银羽位点基因型PCR-RFLP鉴定方法的建立及其应用研究

为了建立一个快速、简便、有效鉴定鸡金银羽位点基因型的方法,试验通过对金银羽等位基因位点核苷酸序列进行分析,设计合成一对引物,应用该对引物对海兰褐、伊莎褐和大午金凤等采用金银羽羽色自别雌雄的蛋鸡配套系商品代公鸡(金银羽等位基因杂合,Ss)和母鸡(金羽等位基因半合子,s-)进行了PCR-RFLP基因型鉴定分析。结果显示,PCR-RFLP方法的鉴定结果与实际基因型一致;采用该方法从960只白羽太行鸡母鸡中鉴定得到3只不携带显性白羽等位基因的银羽母鸡(银羽等位基因半合子,S-);以海兰褐父母代父本公鸡(金羽等位基因纯合,ss)作为父本与用本方法鉴定得到的3只银羽太行鸡母鸡进行杂交,来模拟金银羽自别雌雄的海兰褐蛋鸡商品代鸡的生产,获得的后代雏鸡绒羽颜色表型和性别符合海兰褐商品代鸡金银羽羽色自别雌雄的规律。上述结果表明,建立的PCR-RFLP方法能够快速、简便、有效且低成本地鉴定鸡金银羽位点基因型,为银羽纯合品系的建立提供了一个有效的个体金银羽位点基因型鉴定的方法。

基于ITS序列PCR-RFLP鉴别大蓟药材及饮片中掺伪飞廉、魁蓟的方法研究

[目的]利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP),建立快速鉴别大蓟混伪品飞廉和魁蓟的方法。[方法]通过比对ITS基因序列,分别筛选飞廉、魁蓟的限制性内切酶位点并设计鉴别引物。考察PCR反应的退火温度、循环数及不同酶的适用性,对酶切反应时间和酶切底物量进行优化。同时对该方法适应性及掺伪比例的专属性、稳定性进行考察。[结果]当退火温度为58~60℃、循环数为30个时,样品均能扩增出一条379 bp的DNA条带。底物为8μL、酶切温度为37℃、酶切反应120 min时,ZraI酶将飞廉切割成120 bp和259 bp两条DNA条带;DNA底物为8μL、酶切温度为37℃、酶切反应60 min时,ApaLI酶将魁蓟切割成126 bp和253 bp两条DNA条带。[结论]试验建立的PCR-RFLP方法能够准确地鉴别大蓟混伪品飞廉、魁蓟,避免此类药材的混用,以保证临床用药安全。

PCR-RFLP检测安庆六白猪BPI基因第10外显子的多态性

为探讨安庆六白猪杀菌性/通透性增加蛋白(bactericidal/permeability increasing protein)即BPI基因的遗传多态性,本研究通过PCR-RFLP方法,检测了BPI基因第10外显子在安庆六白猪上的多态性。结果表明,在安庆六白猪中,GT基因型为优势基因型,T等位基因是优势等位基因;推测安庆六白猪BPI基因的GT基因型可能具有较高的免疫力,为安庆六白猪的保种和选育提供了有益的资料。

基于ITS序列PCR-RFLP鉴别北柴胡混伪品藏柴胡

目的基于ITS序列用PCR-RFLP方法鉴别北柴胡药材掺伪藏柴胡的方法。方法分析并筛选出藏柴胡特有的限制性内切酶AseⅠ,用Primer Premier 5.0设计特异性引物,对引物PCR扩增条件和酶切试验进行优化,并对该方法的准确性进行了考察。结果PCR扩增的目的片段为331 bp,且建立的PCR反应方法对不同的酶均具有适应性。限制性内切酶AseⅠ将藏柴胡切成79 bp和252 bp两个片段,而北柴胡及其他柴胡均不能被酶切,且掺伪检出限为1%。结论PCR-RFLP方法实现了准确鉴别北柴胡中的混伪品藏柴胡。

川贝母PCR-RFLP检测方法优化

优化川贝母PCR-RFLP检测方法实验操作。方法 使用高效植物基因组DNA提取试剂盒提取DNA,基于50 x TAE缓冲液稀释配制电泳液,于100 V/cm电压下电泳 50分钟。结果 DNA提取效率良好,且无需水浴加热和冰浴冷却;以1xTAE缓冲液为电泳液,在电压100V/cm下电泳50分钟分离效果良好,且无需手动配置缓冲液、调节pH、染色及脱色等操作过程,电泳时间适中,电泳条带清晰。结论 本方法在川贝母PCR-RFLP方法检测上,能简化实验操作步骤,节省时间,准确度良好、重复性良好、可行有效。

IGF2基因PCR-RFLP多态性与脂肪沉积相关性状的关联分析

胰岛素样生长因子 2在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用 ,是影响猪瘦肉量的主要候选基因。采用PCR RFLP技术 ,分析了IGF2基因第 8内含子部分片段在猪资源家系群体中的NciⅠ酶切片段多态性分布。IGF2基因该片段具有两个NciⅠ酶切位点 (切点位于第 8内含子 ,分别记录为位点A和位点B) ,两位点在资源家系中均具有多态性。IGF2基因B位点酶切未突变个体均比酶切突变的个体背膘薄 18 2 8% (P<0 0 1) ,肥肉率低 2 2 4 3% (P <0 0 1) ,瘦肉率高 8 71% (P <0 0 1) ,位点A具有相同的影响趋势。在该研究群体中 ,IGF2基因发挥作用的方式主要为加性效应 。

我国主要地方绵羊品种mtDNA D-loop区PCR-RFLP研究

利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,提示我国主要地方绵羊品种起源于两个母系祖先。线粒体DNADloop区多态度为0.0421%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度较为贫乏。

细胞色素B基因PCR-RFLP鉴定阿胶原料

用细胞色素B基因PCR-RFLP方法对阿胶原料进行鉴定。提取马、牛、驴3种动物干皮DNA,PCR扩增细胞色素B基因保守区域的359 bp片段,用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切,采用琼脂糖凝胶电泳获得了DNA指纹图谱,根据获得的DNA指纹图谱判定样品所属物种。该方法不仅简便,还可以100%准确鉴定阿胶原料皮样所属物种来源,适合作为常规技术应用于阿胶原料鉴定。

应用RAPD标记和细胞质基因组PCR-RFLP技术研究大花蕙兰的遗传多样性

利用RAPD、叶绿体和线粒体基因组PCRRFLP标记系统评价了大花蕙兰20个品种的遗传多样性。在50个RAPD引物分析中,有36个引物(72.0%)能揭示材料间的多态性,材料间遗传相似系数为0.503～0.765,平均0.598,根据遗传相似系数进行聚类分析表明,RAPD标记能将所有材料区分开。在7个叶绿体基因组(cpDNA)的PCRRFLP分析中,6个标记(87.5%)可扩增出1至多条清晰的谱带;扩增产物经7种限制性内切酶消化后,6个标记的19种引物/酶组合共检测到53条DNA片段,其中多态性片段有37条,占69.8%;材料间遗传相似系数变化范围为0.571～0.949,平均值为0.766。在8个线粒体基因组(mtDNA)的PCRRFLP标记分析中,只有3个(37.5%)标记能得到1条清晰的谱带;利用7种限制性内切酶对3个标记的扩增产物消化后,在10种标记/酶组合中,共检测到33条酶切片段,其中21条(63.6%)具有多态性;遗传相似系数为0.634～1.000,平均0.829。这些结果表明,RAPD标记揭示的大花蕙兰遗传多样性最高,其次为cpDNAPCRRFLP标记,而mtDNAPCRRFLP标记揭示的遗传多样性最低。

药用植物束花石斛、流苏石斛及其形态相似种的PCR-RFLP鉴别研究

目的建立简易的采用rDNAITS区作为分子标记对中药石斛的基源植物进行分子鉴定的技术。方法用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性(PCRRFLP)方法获得ITS片段的限制性图谱。束花石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用ClaI和ApaLI酶切,流苏石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用SphI酶切。结果根据预测的PCRRFLP图谱,可以鉴别药用植物束花石斛、流苏石斛及它们的形态相似种。用这种方法鉴定了市场上收集的25件商品束花石斛、流苏石斛新鲜药材的原植物。结论rDNAITS的PCRRFLP可用于鉴定石斛药材的原植物,具有简便、费用低的优点。

应用PCR-RFLP技术鉴别区分中国沿海四种主要养殖扇贝

扇贝的物种鉴定,通常主要是依据形态学标准来进行。然而,当用于形态辨别的部分被去除时,对扇贝的物种鉴定工作则显得十分困难。本研究利用对扇贝核糖体ITS的PCR-RFLP分析,首次从分子水平上鉴定区分了中国沿海四种主要的养殖扇贝(栉孔扇贝、华贵栉孔扇贝、虾夷扇贝及海湾扇贝)。根据四种扇贝ITS的测序结果,选取三种内切酶(SmaI、MseI及TaqI)应用于PCR-RFLP分析。根据三种内切酶产生的酶切图谱,四种扇贝可被有效鉴别区分。酶切结果在四种扇贝各群体间的稳定性,证明了利用该技术对四种扇贝进行物种鉴定的可行性。本研究同时成功地对扇贝加工品-干贝进行了物种鉴定,证明了该技术在实践中应用的可行性。

16种商品海参16S rRNA的PCR-RFLP鉴定方法

基于570bp左右的线粒体16SrRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(DdeI,Hae Ⅲ和Sty Ⅰ)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类。运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标。本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法。本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑。

我国南方常见的6种寡毛实蝇PCR-RFLP快速鉴定研究

应用PCR-RFLP技术,对我国南方发生和诱捕到的6种寡毛实蝇开展了快速鉴定方法研究,结果表明,设计出的2组引物对6种供试实蝇线粒体DNA(mtDNA)的PCR扩增片断大小分别约为350bp和450bp。用限制性内切酶MSEI和DRAI对PCR扩增产物进行酶切,得到的酶切位点可将供试的6种实蝇区分开来。该方法不受供试实蝇食物源的影响,对各种虫态(卵、幼虫、蛹)和不同性别的成虫均适用,可用于实蝇的快速鉴定。

PCR-RFLP鉴定隐孢子虫种类研究

为快速、准确鉴别人畜隐孢子虫种类,建立了巢式PCR扩增隐孢子虫18SrRNA基因的特殊区域,扩增片段测序结果表明:安徽牛源分离株(Cryptosporidiummuris)781bp;北京鸡源分离株(C.baileyi)776bp;北京牛源分离株(C.muris)781bp;河南牛源分离株(C.muris)725bp;长春牛源分离株(C.muris)776bp;宁夏鸡源分离株(C.baileyi)725bp,该片段位于18SrRNA全序列271～1103bp之间。使用Ssp 限制性内切酶消化发现C.muris产生418～420bp和305～363bp两个片段,C.baileyi产生544～545bp和185～231bp两个片段。所检测的6个分离株可以显著区分为C.muris和C.baileyi两个种,所建立的PCR-RFLP可以有效鉴别隐孢子虫种类。

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对五指山猪、二花脸猪及皮特兰猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行了分析,结果显示,SLA-DQB基因外显子2经限制酶HaeⅢ和RsaⅠ酶切共分出9种RFLP组合带型,五指山猪、二花脸猪和皮特兰猪分别有3种、3种和5种组合带型。Hardy-Weinberg平衡分析表明,五指山猪和二花脸猪的SLA-DQB基因外显子2的两个酶切位点的PCR-RFLP带型达平衡状态,而皮特兰猪中只有RsaⅠ酶切位点达到平衡状态。

南阳牛DGAT2基因PCR-RFLP多态性及其与生长性状相关性研究

以131头纯种南阳牛为研究材料,利用PCR-RFLPs对二酰甘油酰基转移酶2(DGAT2)基因的第6内含子和第7内含子的多态性及其与生长发育的相关性进行了分析。结果表明:南阳牛在该位点分别检测到两种等位基因A/B和N/M,频率分别为0.875/0.125和0.971/0.029。A和N等位基因是群体中的优势等位基因。该基因内含子6对南阳牛6月龄的体高、2岁体重、6月龄到两岁的胸围和体斜长都有显著的影响,内含子6的AA基因型的6月龄的体高比杂合型高3.8%,两岁体重高3.9%,6月龄到两岁的胸围分别高3.8%、3.4%、3.7%、4.3%;6月龄到两岁的体斜长分别高3.8%、3.6%、3.8%、3.1%。内含子7对18月龄和两岁的坐骨端宽有极显著的影响(P<0.01);对两岁的胸围有显著的影响(P<0.05)。

不同猪种IGF2基因PCR-RFLP多态性与部分生长性状相关性分析

以IGF2基因作为控制猪生长性状主基因的候选基因,采用PCR-RFLP方法对7个品种/群体共528头猪进行了NciⅠ酶切位点基因型检测,计算了该位点的基因频率与基因型频率,并对品种间基因型频率进行了x2差异性检验.结合生长性能记录,运用SAS软件分析了IGF2不同基因型对生长性状的遗传效应.结果表明:在杜洛克、长白、大白中,AA基因型比BB基因型生长速率快,生长性能指数高4.06%～8.31%,等位基因A对猪的生长具有正效应.